张忠培先生接任故宫博物院院长之际，用他自己的话说，“我不迷信，但我这个院长很不走运。”他上任不到两个月，就遭遇了两次小偷和一把火。小偷抓着了，火被灭了，却烧毁了一座明代的景阳宫。这事使他大为震撼，认识到“安全是故宫的生命线”，是故宫博物院一切工作的前提。为了保住这一生命线，张忠培做出了不少决定，也做了不少事。故在任期间，再也没有出现任何危及故宫安全的事故了。
如何保护好紫禁城建筑及其文物——这是故宫博物院院长必须承担的一个中心任务。张忠培先生在任职期间制定了完整地保护紫禁城及紫禁城文物完整体系的原则，并狠抓文物保护工作。他着力解决破坏性开放问题。张忠培先生入院以后，经故宫博物院办公会议反复研究讨论，并多次与国家文物局和文化部汇报沟通，制定了以限制参观人数为核心的七条措施。这些措施实行后，午门广场得到治理，御花园得到重点保护，专馆的参观也更有秩序。
重新确定故宫保护范围和管理权限
张忠培先生任故宫博物院院长期间，重新确定了故宫的保护范围。1988年初，北京市政府要求重新划定和明确各重点文物保护单位的保护范围，并进行房产登记。利用这一时机，故宫博物院坚持文物保护范围与故宫博物院的权限保持一致。经过努力，“紫禁城东、西、北三面护城河及其外沿以内和南面东西两侧护城河及其外沿以内”均重新划入故宫博物院的保护范围和管理权限，并明确了中国历史博物馆占用的端门及东西朝房收回问题。
怎样办有故宫博物院特色的博物院——这是故宫博物院院长必然面对的一个核心命题。张忠培先生自入院任职之初即对这一命题进行了深刻思考，并将宫廷历史、宫殿建筑、古代艺术作为构成故宫博物院特色的三项重要内容加以阐述，明确了故宫博物院的发展方向。
1987年7月30日，张忠培先生在故宫博物院部处级干部会议上明确指出，故宫博物院的优势就在“故宫”两字上，因此故宫博物院的主要任务有两项：一是“保”，将故宫作为一个整体安妥保存下去，这是一切工作的前提；二是“特”，利用故宫的优势，搞出故宫的特色。“保”与“特”，张忠培先生用最简洁的两个字概括了故宫博物院管理的两大核心问题。
在学术建设上，研究制定藏品编目计划。1978年，故宫博物院曾制定了《库藏文物进一步整理七年规划》，及至1987年，文物的进一步整理工作基本完成，藏品编目工作尚未进行。根据这一情况，张忠培先生开始计划推进藏品编目及目录开放工作，1989年的《故宫博物院七年发展规划（1989—1995年）》对这项工作提出了明确规划。张忠培先生将其多年来从事考古资料的发掘、整理和研究所形成的“学术研究之材料当为天下之公器”的理念应用于故宫博物院文物藏品管理工作之中，目前故宫博物院藏品大系的编纂以及藏品目录的公布均秉承了这一理念。
率先提出实行“院长负责制”
怎样运转好故宫博物院这个机构——这是故宫博物院院长必须深思的一个关键问题。
1987年6月，张忠培先生在故宫博物院全院科组长馆员以上干部会议上率先提出实行院长负责制。1987年7月，经文化部批准，故宫博物院开始实行院长负责制。接着，张忠培先生在全院推行岗位责任制，并健全规章制度建设。1987年11月，故宫博物院领导班子建设完成。1988年初，故宫博物院各部处岗位职责起草以及各项规章制度修订等工作全面启动。
在岗位责任制推行之际，张忠培先生根据部处职能性质实行不同的管理办法，尝试“一院多治”管理体制的建立。为进一步激发职工工作热情和部门创造力，故宫博物院以开放管理部和工程队为试点推动改革。开放管理部属于无创收条件部门，实行目标管理的承包制，明确任务，核定编制，工资奖金包干，层层制定责、权、利相结合的岗位责任制，采取绩效考核，提高了工作效率。工程队为古建维修施工部门，实行生产效益挂钩的承包制，自负盈亏，独立核算，允许在完成院内工程的前提下承接院外部分有偿工程。“一院多治”管理体制的尝试，为逐步打破分配制度上的平均主义大锅饭和人事制度上的铁饭碗奠定了基础。
设立故宫博物院学术委员会
如何筹谋故宫博物院的长远发展——这是故宫博物院院长应当具备的一个重要素养。
张忠培先生从完善学术机构设置入手，开始实行专业技术职务任命制，并做出了许多具有开创性的工作：设立故宫博物院学术委员会，并取得审批文博系统正、副高级专业职务的权力；推动研究室职能改革，将科研、科研管理和学术委员会办事机构三个职能集为一体；加强宫廷历史研究，组织国际学术会议，推动业务工作、学术研究和文化交流之间的联系与并举。同时，张忠培先生从编制中长远规划入手，确立办院方针、原则和目标，并注重各部处具体规划与全院总体规划之间的配合与协调。《故宫博物院七年发展规划（1989—1995年）》从全国重点文物保护单位及世界文化遗产保护与发展的视角对故宫博物院的陈列展览、文物保管、古建修缮、开放管理、科研出版、人才培养、安全保卫等主要业务进行了规划设计。