关于军机处档的来由，向斯在专著中简述说：“军机处将一切经办的文书、档案登记簿册；所有谕旨奏章，一一缮录副本，正本原件送还内阁。这样，留存在军机处的是一些关乎军国大事和外交事务的原始谕旨奏章、外藩表文和各国照会文件，是国家最重要、最机密，也是最完整、最可靠的档案。内阁大库虽然留存的是原件文档，但档案如果缺失，还要到军机处借用副本抄补。”
1914年，这批军机处档移交给北洋政府国务院管理，国务院将这批书藏在了院内的“集灵囿”。然国务院事务繁忙，没有派人整理这批档案。故宫博物院成立后，在1920年1月致函国务院，希望将这批档案交还给故宫。
函中谈到了这批档案的重要性，同时举出了《太常集礼稿》《大元通礼》等书已失传，所以他们提出：“以此类推，清代遗文，失今不图，后将何及？查德、法等国所有各机关过时档案，均移存文献馆，以为编纂国史之用。本院现为保存有清一代文献典章起见，用特函请贵院将旧存军机处档案移存故宫博物院（图书馆）文献部，以便从事整理，一面分类陈列，并可勒成专书，一举两得，岂不胜束之高阁，徒供蠹鱼，终归漂没也！”
国务院同意了故宫博物院的所请，于是故宫派人前往集灵囿拉回这批数量巨大的文档，将其运到了大高玄殿内，于此进行整理。
藏书源之二观海堂旧藏
大高玄殿的第二部分藏书是杨守敬观海堂旧藏。杨氏是晚清著名藏书家，关于他的藏书数量，其弟子熊会贞在《邻苏老人年谱》中称：“嗜古成癖，书籍、碑版、钱印、砖瓦之属，莫不多方搜求，贮藏之富，当世罕匹。”
光绪六年（1880），杨守敬跟随驻日公使何如璋前往日本，那时正赶上明治维新，很多中国古书被日本人处理出来，价格很便宜。杨守敬抓住这个机会，连买带换，搜集了大量珍贵典籍，同时帮助黎庶昌公使校刻《古逸丛书》。等他回国时，将买得之书一并带回，因为他在黄州的住所与东坡旧居相邻，于是自号邻苏老人。在黄州居所内，他拿出十间房子来做书库，可见其藏书量之大。
杨守敬也以自己的藏书成就为傲，在给友人黄萼的信中自称：“弟现在所藏书，已几十万卷，其中秘本亦几万卷，就中有宋版藏书五千六百册。大约在本朝唯钱遵王藏书可以相并，其他皆不足言也。”（容肇祖《史地学家杨守敬》）
杨守敬自称有宋版书五千多册，自认为可与清初时的钱曾藏书量相媲美。然从其藏书目看，这种说法显系夸张，但尽管有所夸张，也足以说明他的藏书质和量确实都有一定水平。
杨守敬去世后，其家人在民国四年（1915）将观海堂藏书以国币三万五千元售予北洋政府。1918年11月，梁启超请政府将所购观海堂藏书转给松坡图书馆收藏，经大总统徐世昌批准，观海堂藏书中的2.4万余册拨给了松坡图书馆，剩余部分还有近1.6万册，存在国务院院内的集灵囿。民国十五年（1926）一月，故宫博物院理事陈垣致函国务院，希望仿松坡图书馆前例，将这批书拨给故宫博物院。此后观海堂剩余部分藏书拨给故宫博物院，储藏在大高玄殿内。
藏书源之三方略馆
大高玄殿藏书的另一部分则来自方略馆。
清廷纂修方略，动议于平定三藩之乱后。玄烨认为此事可行，但是要找出此做法的理论依据。当时任武英殿大学士的勒德洪查看史料后，找到了先例，这些史料都是记载皇帝的武功，大多称为“录”或“记”，也有的称为“要略”和“日历”，可见并没有统一的称呼方式。
康熙二十一年八月十三日，大学士明珠等奏：“臣等奉旨传集九卿，将前戴王缙疏奏逐一与阅。九卿等言，祖宗圣训，固应编辑。至逆贼变乱以来，皇上宵旰忧勤，运筹决胜。八年之间，殄灭贼寇，克奏肤功，复见升平，皆皇上神机独运，指授方略所致。若不纂辑成书，恐鸿功伟绩，或有遗漏。况古来帝王，武功告成，无不将所行之事，逐一记载。今宜如御史所请，勒成一书，以垂永久。”
此处提到了“方略”二字。玄烨首肯了明珠等人所奏，于是礼部于九月初拟定书名为《皇帝武功方略》，十月改称为《平定三逆神武方略》，亦称《平定三逆方略》。自此之后，就有了方略这一类史书，后来方略馆不仅仅是纂修方略，也会参与其他书的编纂，宣统三年（1911），方略馆随同军机处一并被撤。
当年方略馆编纂之书直接在宫内印制，主要是以雕版方式出版。到同治年间，开始用大铅字排印本，因为这属于机印，所以纸张也做了相应调整。
贰
张作霖入关，插手建立管委会，仅存8个月
张作霖入关后，插手故宫博物院事务。
1927年6月16日，张作霖的安国军将领在北京聚会，拥其为安国军政府海陆军大元帅。两天后，张作霖在居仁堂就职，任命潘复为国务总理。两个月后，国务会议决议了两项有关故宫博物院的议案：一是将清太庙、堂子两处拨归内务部坛庙管理处；二是将存在大高玄殿的清军机处档案拟归国务院保管。
故宫博物院维持会会长江瀚听闻消息后，立即从天津返回北京，与维持会同仁商议保留大高玄殿档案的办法，他们致函国务院，称军机处档案整理还未完结，希望能将这些档案保留于故宫，等工作完结后再做移交。
国务院派内务部总长沈瑞麟和农业部总长刘尚清各率随员四人，前往大高玄殿查看，之后将此事汇报大元帅府。沈和刘认为维持会的工作搞得井然有序，资料图书保护得很好，但是安国军政府还是要改组故宫博物院人事。他们在9月20日的国务会议上，决定成立故宫博物院管理委员会，以取代故宫博物院维持会。管理委员会以王士珍为委员长，另有张学良、傅增湘、江庸等12人为委员。
叁
藏书归入大高玄殿之后，经过一番悉心整理
关于这些资料档案存在大高玄殿的情况，单士元在《清代军机处档案释名前言》中说：“一九二六年北洋军阀政府国务院同意，将在辛亥革命后，从故宫移去的清朝军机处档案交回故宫博物院进行整理。当时连同杨守敬观海堂藏书一并搬到景山西街故宫博物院所属大高玄殿庋藏。曾经编印出军机处档案目录一册。”
为什么将这些档案存到了当时国务院的集灵囿？单士元说：“案清代军机处档案原存故宫内旧军机处方略馆。属于清代机密档案，保管谨密。当日除军机处章京职官外，任何人不能窥见。旧民国成立后，袁世凯重视这批档案，因而移到北洋军阀政府国务院集灵囿地方。利用它并为其统治做参考资料，这批档案在集灵囿后楼搁置长达十五年之久。在一九二五年故宫博物院成立后，经博物院要求作为研究清代史料，于是又收回故宫。并连同旧国务院收购杨守敬观海堂藏书迁到故宫迤西大高玄殿庋藏整理和阅览，始为世人所知。”
这批资料储藏在大高玄殿后，却难以充分利用，主要原因是这些史料以及相应的书籍未能予以编目整理，尤其是缺乏题解式目录，于是文件馆开始整理这些档案。
单士元在前言中简述说：“军机处档案移存大高玄殿后，文献馆由单士元、刘儒林、张德泽、程文翰等人进行整理，首先编制档册目录，计档册一百五十五种，并将折包档按朝代年月顺序，仿图书馆公开阅览之例，使学者可以到馆参观。当日利用军机处档案，写出学术著作，有社会调查所陶孟和、汤象龙、刘什如等教授，近代经济史蒋廷黻教授写《国际关系史辑要》，吴燕绍教授写《蒙藏史料汇编》。亦有其他学术团体来馆查阅史料者，欲求其所需时，每苦调何种档为宜，常以此事见询吾辈。整理之初亦无备咨询之识，余即发愤将所印行之只具档而无录者，在档名之下附以解题，试为数档，私称为档案词解。呈诸陈垣教授，师曰：‘何不称为档案释名。’一九三六年夏，在山东青岛首次成立图书馆博物馆协会，余在该会上宣读一篇论文，曰‘档案释名发凡’，以求同好，发表在民国二十五年双十节《故宫文献论丛》。”
那志良所说的王先生，有人认为应当是指王重民。
经过一番整理，他们编出了《大高殿书目》，该书为誊印本，此目应当就是那志良所编。何澄一则主编了《故宫所藏观海堂书目》。
肆
八国联军中的法军曾盘踞了十月之久
大高玄殿位处紫禁城北，与景山隔一条街，是我国现存规模最大的一座皇帝御用道观，始建于明嘉靖二十一年（1542）。嘉靖皇帝朱厚熜是明代最崇信道教的君主，以藩王身份入继大统，朱厚熜喜好道教，应是受其父兴献王朱祐杬的影响。关于他下令修建大高玄殿的原因，按照《明实录》记载，是听从了道士陶仲文的建议。
其实在此之前，紫禁城内已有道观钦安殿，因为宫内几次失火，嘉靖帝认为真武大帝有镇火之能，所以要另建一所道观。大高玄殿陆续修了30多年方完工，嘉靖皇帝以自己的道装形象做成金像，供奉在大高玄殿内，可见他对此殿极其看重。
满人入关后，虽然他们信仰的是萨满教和喇嘛教，但仍然在大高玄殿内举办道教活动。玄烨即位后，因避其名讳，将大高玄殿改称为大高元殿，有时又称大高殿。进入民国后，恢复了大高玄殿之称，但故宫内的工作人员仍习惯称其为大高殿。
光绪二十六年（1900），八国联军打入北京，法国军队驻扎在大高玄殿内长达十个月之久，致使宫内建筑受到损坏，里面的所藏大部分被抢走。对于大高玄殿内损坏情况，《内务府档案》有房文瑞在光绪二十七年（1901）五月的呈报，其中记载：
大高殿档案房为报堂事，于光绪二十六年七月洋兵入城，二十日洋队在本殿扎营，今于二十七年五月十三日接收看守。查得山门外三面牌楼夹杆石铁箍并三面栅栏均行拆毁无存。音乐亭两座四面槅扇拆毁不齐，石栏杆均行损坏。头道山门门扇六面拆毁不全，石栏杆拆毁损坏。二道山门门扇六面拆毁不全，石栏杆均行损坏。东西院值房十四间门窗户壁并两角门均行拆毁无存，屋内册档稿案及一切家具均失落无存。
此后，清廷派张百熙等主持修复，1911年辛亥革命后，按照民国政府优待逊清皇帝条件，大高玄殿仍然归皇室所有。1924年，溥仪离开紫禁城后，大高玄殿改由善后委员会管理，转年移交给故宫博物院。2013年5月，大高玄殿归还给故宫。
伍
住这儿的曾全是学术界的单身汉
因为处于维修中，大高玄殿只能从消防通道进入，此通道位于景山公园西门的斜对面。进入院落后，眼前所见仍然是施工现场，地面的砖都已起了出来，上面盖着防尘网，脚下坑洼不平，我小心地寻找着下脚处，慢慢向前走。
而今大高玄殿仅余一路，我们先走到最前方，在那里看到了著名的三门，而后进入主殿中，此殿高大敞阔，让我觉得大高玄殿这个名称有可能是形容词。其顶棚彩绘颇为完好，只是在左角留有时代痕迹。
参观完毕后，从院中转出，贾立新老师带我前往后方的清稽查内务府御史衙门，现在这里由北京故宫文物保护基金会在使用。内务府是清廷为服务皇室而设的机构，下辖七司三院，机构规模十分庞大，为此，在雍正四年（1726）设立了稽查内务府御史衙门。
之所以要来这里探访，缘于民国间此处是北京图书馆的宿舍，有不少人为了到大高玄殿查史料，就会居住于此。谢兴尧的《堪隐斋杂著》中有《记大高殿和御史衙门》一文，该文称：“大高殿是过去贮藏军机处档案的地方，御史衙门是北京图书馆的宿舍”，“二十年代三十年代间，故宫博物院的组织分为三部分：一为古物馆，俗称珍宝馆，是故宫精华之所在，馆长由院长易培基兼；一为图书馆，即乾隆时所称的天禄琳琅，所藏均宋元善本，乃皇家族的图书室，馆长由北京图书馆馆长袁同礼兼；一为文献馆，所藏均清朝军机处档案，是中国近世近代的原始资料库，馆长沈兼士。”
如果以直线距离计，御史衙门的大门距大高玄殿的院落仅隔着不宽的陟山门大街，两者间的距离不超过20米，因为太过便利，所以查书之人喜欢居住于此。谢兴尧写道：“三十年代这所称为御史衙门的房屋，划归北京图书馆作为宿舍。但是这座北京图书馆的宿舍，却没有一人住在这里，这里住的，全是学术界的单身汉，似乎是图书馆的招待所。”
那时的谢兴尧在此租住一年多，赵万里、王重民等人常到这里来找他。谢兴尧主要是到那里查看与太平天国有关的史料，他谈到曾在故宫内花五角钱买到了太平天国金玺的钤盖印。
御史衙门的门牌号为陟山门大街5号，其隔壁6号院是个更有故事的地方，这里曾经是林长民的居所，他当时任段祺瑞内阁司法总长，这个职务的性质与御史衙门属于同一类。后林长民跟随郭松龄去讨伐张作霖，在敌军中身亡。为此，6号院归其女林徽因管理，在之后林徽因将这处院落卖给了胡适。
贾老师是故宫文物保护基金会的秘书长，她对这里十分熟悉，边走边听她讲解那些历史故事，使得这个寂静的院落在我的脑海中立体了起来。一路参观下来，这里总计有三进院落，每一进院落都有正厅和厢房，谢兴尧说，他当时是住在东边的一间，房屋高大，里面有20多平方米，每月租金四元。而今这里不对外开放，更不会对外出租。