荆州博物馆的前身是1951年建立的湖北省文史馆荆州工作组、湖北省文物保护管理委员会荆沙分会。当时，由荆州地委、专署委派王干清同志（解放初任江陵县副县长）主持筹建工作，选择开元观作为馆址，经费由专署、地委统战部分别拨给，专署文教局直接开支。
1952年，调进两名工作人员。
1953年，调进杨元发同志。由于人员编制少，因此常常采取临时抽调县专业人员或聘请社会上具有一定史学知识的老人，如钟祥的戴祺生、江陵的张秘之等参与文史资料的鉴别、研究工作，宣传贯彻国家文物保护政策法令，开展文物调查、保护管理工作。
1954年，王干清同志调省后，彭桂全同志调任主任至1957年，工作人员先后虽充实到七人，但实际上只有少数同志坚持正常工作，为掌握全区文物分布概况，加强文物保护管理，文教局于1957年配备了专职干部对文物重点地区进行调查摸底，为推动全区文物普查工作作准备。
1958年，经专署办公室批准，正式建立湖北省荆州专区博物馆，隶属荆州专区文教局主管。博物馆是全地区的文物和博物事业机构，担负全区的文物调查、勘探、保护、征集和考古发掘工作，举办历史文物及一些临时性的陈列展览，接待国内外观众参观，负责馆藏文物的保护和保养，开展考古学和博物馆学的研究工作。当时由陈庭吉同志、黄生贵同志分别担任副主任。
1960年，李世荪同志调博物馆任副主任。
1961年，经荆州专署批准，将原湖北省人民政府文物保护管理委员会荆沙分会更名为“湖北省荆州专区文物保护管理委员会”，主任委员江洪（行署副专员），办公室主任潭道山，副主任李世荪等。此机构虽属地区文物管理机构，但不另配干部，具体业务工作仍由博物馆负责。
1964年，李世荪同志任博物馆副馆长。
1965年，人员编制8人，其中行政1人，业务人员7人。
1966年，“文化大革命”开始，博物馆成立了新的革命领导小组，滕壬生同志担任组长，全馆职工6人，其中业务人员5人。
1969年，博物馆更名为“江陵县展览馆”，隶属江陵县管理，陈列展览内容以农业为主，同时举办收租院展览。
1971年，博物馆重新收归地区管理，恢复荆州地区博物馆革命领导小组，高道成同志调入博物馆担任党支部书记。
1973年4月，经地区文化局批准，将原“荆州地区博物馆革命领导小组”名称改为“湖北省荆州地区博物馆”，当时，全馆编制为16人，内部机构有行政组3人、业务组11人、后勤组2人。
1974年8月，滕壬生同志担任博物馆党支部副书记。
1975年9月，张绪球同志被任命为博物馆副馆长，增加刘振芳同志为副书记（1976年4月调走）。
1976年至1977年，领导班子由党支部书记高道成、副书记张鹏、滕壬生、副馆长王尧、张绪球同志组成。内部机构有文物组、保管组、接待组、后勤组。1976年人员编制为37人，1977年增至40人，其中党员有20人。
1978年，张鹏同志担任博物馆馆长，增加副馆长李世荪、丁设科同志。彭浩、陈跃钧同志为文物组负责人，刘立力为保管组负责人，另有接待组、后勤组等机构。全馆人员编制为42人，其中党员18人。
1979年，党支部书记高道成、副馆长王尧同志调走，人员编制为51人。
1980年，张鹏馆长调往地区科委。6月，刘先杜同志调博物馆担任党支部副书记和馆长，滕壬生同志任副书记、副馆长，张绪球、李世荪、丁设科继续担任副馆长。内部机构有文物组（组长陈跃钧、副组长彭浩）、接待组（组长范典昭）、保管组（组长黄曼华）、后勤组（组长郑中山）、办公室（刘立力）。全馆共有党员20人。此外，博物馆馆址在开元观对面西侧（现为市妇幼保健院）兴修扩建并正式对外开放。
1981年，馆领导班子成员未变，人员编制发展为63人（其中固定职工53人）。
1982年，刘先杜同志被任命为党支部书记。
1983年5月，郑中山同志被任命为副馆长。
1984年，副馆长李世荪同志离休。4月，党支部书记刘先杜调往荆州地区宾馆。博物馆领导班子进行了相应的调整，经地区宣传部批准：滕壬生同志任党支部书记，张绪球同志任馆长，丁设科、郑中山、彭浩同志任副馆长。内部机构有办公室（主任黄曼华）、文物考古部（主任陈跃钧）、文物保管部（主任代声平、副主任吴顺清）、陈列美工部（主任栗红约、副主任朱由）、群众工作部（主任范典昭、副主任郭传玉）、革命文物部（副主任段纪明，后来调走，此机构撤消）、总务科（科长胡昌玉）、保卫科（副科长谢永满）。同年6月，经地区工会批准，博物馆工会正式成立，工会主席丁设科。全馆人员编制为56人，其中党员15人。
1985年，领导班子成员未变。博物馆馆址则由开元观西侧（现妇幼保健院）重新迁至开元观东侧，新陈列大楼对外试展。
1986年５月，增加副馆长陈跃钧同志。６月，经省公安厅批准，我馆建立了民警室。６月11日，新建博物馆陈列大楼、珍宝馆举行开馆典礼，正式对外展出。全馆人员发展为63人。
1987年至1990年，领导班子成员未变，仍由滕壬生（党支部书记）、张绪球（馆长）、丁设科、郑中山、彭浩、陈跃钧（副馆长）组成。
1987年，博物馆人员为71人，内部机构新增设了文保部。
1988年，经地区编委批准，内部机构为办公室、考古部、群工部、保管部、文保部、总务科、保卫科，人员编制为72人。
1989年，人员增加到83人，其中副研究馆员４人，馆员24人。
1990年，内部机构增加了革命文物部，郭传玉同志任主任。全馆人员增至90人。新修珍宝馆正式对外开放。
1991年，王从礼同志任副馆长。丁设科同志享受副县级待遇。余元枝同志任办公室副主任，鲍仁伟同志任外展部副主任，李红同志任群工部副主任。
1992年，经地区编委批准，增设“对外展览部、旅游服务部、文物复制工艺部、财务科”四个内部机构。副馆长、工会主席丁设科同志因病逝世。全馆干部职工91人。
1993年，何努同志任考古部主任，陈官涛任办公室主任。全馆干部职工增至96人。
1994年12月，荆沙合并，博物馆更名为“荆沙市荆州博物馆”。国家文物局、公安部批准我馆为文物系统博物馆一级风险单位。4月，市旅游局批准我馆为旅游涉外定点单位。同年，胡昌玉同志任我馆党支部副书记。全馆干部职工增至101人。
1995年，省文化厅同意我馆设立湖北省文物总店荆沙市分店。12月，市委组织部批准陈元高同志任博物馆党支部书记、张绪球任博物馆馆长、滕壬生任名誉馆长。彭浩、陈跃钧、胡昌玉、郑中山、王从礼任副馆长。院文清任陈列部主任。全馆干部职工102人。
1996年，王从礼同志任工会主席。我馆进行了内部机构改革和调整，任命何努任考古部主任、刘德银、陈官涛任副主任，柯光荣任保卫科科长，代声平任保管部主任，龚英明任陈列部主任，李红任群工部主任、侯纯珍任副主任，周先素任财务科科长，郭传玉任总务科科长、谢永满、杨乾松任副科长，史基础任服务公司经理、朱江松任副经理，余元枝任楚乐宫主任，张群英任办公室副主任，史玉芬任省文物商店荆沙市分店经理、金陵任副经理。
1997年，我馆更名为“湖北省荆州市博物馆”。全馆干部职工97人。
1998年10月，党支部书记陈元高同志调离我馆。全馆进行机构改革，张万高任考古部主任、刘德银、陈官涛任副主任，陈华亮任保管部主任，龚英明任陈列部主任，李红任群工部主任，张群英任办公室主任，余元枝任楚乐宫主任，肖璇任票务科科长、廖平任副科长，翟玉莘任总务科科长、杨乾松任副科长，史基础任服务公司经理。全馆干部职工93人。
1999年4月，经市编委批准，成立荆州市文物考古勘探大队，挂靠博物馆，实行一套班子，两块牌子。进一步实行机构改革，我馆内设机构12个，即办公室、总务科、财务科、保卫科、考古部、文物保管部、陈列部、群工部、旅游服务部、流散文物工作部、楚乐宫、票务科。全馆干部职工94人。
2000年7月，范志谦同志调任我馆党支部副书记，王明钦同志任副馆长，郑中山同志任工会主席，陈跃钧同志任主任科员。全馆干部职工95人。
2001年，实行机构改革和调整，撤消票务科，合并为财务科，朱茵任财务科科长，肖璇任群工部主任，翟玉莘任保管部主任，陈华亮任保卫科科长，杨开勇任办公室主任，张万高、刘德银任考古部副主任。全馆干部职工94人。
2002年5月，我馆进一步实行机构改革和调整，共设10个部门，即文保中心（吴顺清任主任）、考古所（刘德银、张万高任副所长）、保管部（翟玉莘任主任）、陈列部（龚英明任主任）、群工部（肖璇任主任）、办公室（余元枝任主任）、保卫科（陈华亮任科长）、财务科（朱茵任科长）、楚乐宫（程洁任主任）、总务科（杨乾松任科长）。12月，经市委宣传部批准，张万高、刘德银同志任博物馆副馆长，胡昌玉同志任主任科员，工会主席郑中山同志离职退养。全馆干部职工91人。
2003年4月，内部机构进行调整，楚乐宫并入群工部，程洁任主任，肖璇任保管部主任，贾汉清任考古所所长。7月，领导班子进行了调整，原馆长张绪球同志延退，任命为名誉馆长，刘娟同志调任博物馆党支部书记，王明钦同志任馆长，范志谦（兼任党支部副书记、工会主席）、张万高、刘德银任副馆长，彭浩同志任主任科员。
2004年4月，陈列部改名为陈列外展部，群工部改名为宣教部，李红任宣教部主任，楚乐宫重新独立出来，鲍仁伟任楚乐宫主任。彭昊任总务科科长，丁键任办公室主任。
2005年，荆州博物馆第一届学术委员会成立，张万高任主任委员；中共荆州市委编委办公室批复设立荆州博物馆熊家冢考古工作站；李亮任荆州博物馆团支部副书记。
2006年1月，荆州博物馆对各部门干部进行调整：龚英明任陈列外展部主任，李红任宣教部主任，彭昊任行政科科长，杨开勇任文物考古研究所副所长，朱江松任文物勘探大队副队长，范志谦任荆州博物馆主任科员，不再担任博物馆副馆长、党支部副书记职务；荆州市委编委办公室同意在荆州市博物馆熊家冢考古工作站加挂荆州市熊家冢管理处牌子；张绪球退休，不再担任荆州博物馆名誉馆长职务。
2007年5月，成立信息技术部,金陵任主任。
2008年，荆州博物馆被国家文物局评定为首批国家一级博物馆并实行免费开放，为加强安全保卫工作，成立了安全应急领导小组和行动小分队。
2009年，刘德银任荆州博物馆党支部副书记，贾汉清、彭昊当选为荆州博物馆副馆长。
2010年，荆州博物馆对中层干部进行调整：杨开勇任文物考古研究所所长、赵晓斌任副所长，刘玮任财务科科长、郑梅任副科长，雷中翠任办公室副主任，毛芳任宣教部副主任，程洁任陈列部副主任，刘露任保管部副主任，肖玉军任信息部副主任，黄成家任保卫科副科长，赵宁武任后勤科副科长。同年，荆州博物馆工会第五届委员会成立，由赵自刚、刘雁、罗军、李亮、翟玉莘、李晓红等六位组成，赵自刚任工会主席，罗军任工会审查委员，李晓红任女职工委员。
2011年，（荆编办［2011］2号）中共市委编委办公室批准荆州博物馆加挂荆州市简牍研究所牌子。杨开勇任所长，赵晓斌任副所长。全馆干部职工106人。
2012年3月13日，（荆博文［2012］20号）荆州博物馆学术委员会换届改选，选举出贾汉清、张万高、张绪球、丁家元、杨开勇为第三届学术委员会成员，（荆博文［2012］21号）后增补金陵、李红为成员。（荆组干［2012］228号）8月17日，张治根任荆州市文物局副局长、党委委员、党委副书记、荆州博物馆党支部书记；刘娟同志任荆州市文物局副调研员，不再担任荆州市文物局副局长、党委委员、党委副书记、荆州博物馆党支部书记。全馆干部职工112人。
2013年1月22日，荆州市简牍研究所揭牌仪式在荆州博物馆举行。（荆组建［2013］19号）关于中共荆州博物馆委员会委员选举结果的批复：同意中共荆州博物馆第一届委员会由张治根、刘德银、张万高、彭昊、杨开勇、陈华亮组成，其中书记张治根，副书记刘德银。全馆干部职工115人。
2014年8月15日，根据中共荆州市委机构编制委员会关于荆州市文物旅游局所属部分事业单位机构编制方案的通知(荆编［2014］14号)，荆州市文物管理处（正科级）并入博物馆，荆州博物馆为公益一类事业单位，机构级别相当副县级，隶属荆州市文物旅游局领导，加挂“荆州市文物考古研究所”，“荆州市简牍研究所”、“荆州市文物考古勘探大队”。荆州博物馆事业编制61名，其中馆长1名，党委书记1名（改革过渡期过度职数）、纪委书记一名、副馆长4名（其中1名副馆长负责分管简牍研究和开发利用工作）；中层正科级领导职数13名（含荆州市文物考古研究所副所长1名，荆州博物馆工会主席1名，荆州博物馆团委书记1名），中层副科级领导职数5名。荆州博物馆下设10个内设机构：办公室、考古部、古建部、保管部、宣教部、陈列部、财务科、保卫科、熊家冢遗址博物馆、市场营销部。杨平同志担任荆州市文物旅游局副局长、党委委员、党委副书记、荆州博物馆党支部书记。（荆工组［2014］3号）荆州博物馆工会换届选举，由赵自刚、刘雁、罗军、李亮、李晓红、翟玉莘、毛芳等七位组成，赵自刚任工会主席，罗军任工会审查委员，李晓红任女职工委员。全馆干部职工120人。
2015年，荆组干［2015］51号文件，聘任王明钦同志为荆州博物馆馆长，聘期3年。
荆宣干［2015］1号文件，聘任刘德银同志为荆州博物馆副馆长，续聘贾汉清、彭昊同志为荆州博物馆副馆长，聘任杨开勇同志为副馆长，李金法同志任荆州博物馆党委委员，免去其荆州城文物管理处主任、党支部书记职务，免去张万高同志荆州博物馆副馆长职务。
荆编办［2015］64号文件，批复同意荆州博物馆办公室挂信息技术部牌子，具体负责荆州博物馆局域网建设，藏品信息化管理、展陈多媒体运用等工作。核增1名副科级领导职数。
荆博党文［2015］4号、7号文件，丁健同志任办公室主任，赵宁武同志、汤琪琪同志任副主任；杨开勇同志任荆州博物馆副馆长兼任文物考古研究所所长，朱江松同志、赵晓斌同志、李亮同志、金陵同志（正科级）任文物考古研究所副所长；朱江松同志任文物考古勘探大队大队长，肖玉军同志任副大队长；李正贵同志任古建部主任，严烽同志任副主任；肖璇同志任保管部主任，刘露同志、王丹同志任副主任；李红同志任宣教部主任，陈冬冬同志任副主任；龚英明同志任陈列部主任，程洁同志任副主任；刘玮同志任财务科科长，李莉同志、王潘盼同志任副科长；陈华亮同志任荆州博物馆党委委员，保卫科科长，罗军同志、黄成家同志任副科长；副馆长贾汉清同志兼任熊家冢遗址博物馆馆长，田勇同志、李荆同志任副馆长；李梅同志任市场营销部主任，刘雁同志任副主任；武家璧同志任简牍研究所所长；李亮同志任团委书记，陶娅同志任副书记。
2015年10月28日，荆编办［2015］64号文件，中共荆州市委机构编制委员会办公室批复同意在荆州博物馆办公室挂信息技术部牌子。
2015年，全馆干部职工120人。
2016年11月9日，市文物旅游局直属机关委员会批复同意成立荆州博物馆妇委会。
2016年，全馆干部职工121人。
2017年，全馆干部职工120人。
2018年6月4日，中共荆州市委组织部荆组干［2018］193号文件，任命王立静同志为荆州博物馆党委书记，免去杨平同志荆州博物馆党委书记职务。
2020年6月28日，根据荆编办文［2020］14号文件《中共荆州市委机构编制委员会办公室关于调整荆州博物馆内设机构的批复》，荆州博物馆设立人事科，刘玮任科长，同时撤销市场营销科，全馆干部职工103人。
2021年2月26日，荆文旅直党［2021］2号文件《中共荆州市文化和旅游局党组关于江慧婷等同志职务职级任免的通知》，同意汤琪琪同志聘任荆州博物馆办公室主任；李莉同志聘任荆州博物馆财务科科长，身份不变；肖玉军同志聘任荆州博物馆考古部主任，免去文物考古勘探大队副大队长职务；刘露同志聘任荆州博物馆保管部主任；王丹同志聘任荆州博物馆陈列部主任，免去荆州博物馆保管部副主任职务；陈冬冬同志聘任荆州博物馆宣教部主任；罗军同志聘任荆州博物馆保卫科科长；王潘盼同志聘任荆州博物馆团委书记，身份不变，免去荆州博物馆财务科副科长职务。以上同志聘期均为3年，试用期1年。同意刘玮同志聘任荆州博物馆人事科科长，聘期3年，免去荆州博物馆财务科科长职务，身份不变；李正贵同志续聘荆州博物馆古建部主任，聘期3年，身份不变。同意免去贾汉清同志兼任荆州博物馆熊家冢遗址博物馆馆长职务；免去杨开勇同志兼任文物考古所所长职务；免去李红同志荆州博物馆宣教部主任职务；免去朱江松同志文物考古勘探大队大队长职务；免去肖璇同志荆州博物馆保管部主任职务；免去龚英明同志荆州博物馆陈列部主任职务；免去李梅同志荆州博物馆市场营销部主任职务。
2021年3月23日，根据荆文旅直党［2021］3号文件《关于荆州博物馆党委换届选举结果报告的批复》，同意中共荆州博物馆委员会由王立静、李正贵、刘玮、李亮、杨开勇、彭昊6名同志组成，王立静同志任书记，李亮同志任副书记。
2021年3月23日，荆人社事［2021］3号文件《荆州市人力资源和社会保障局关于同意聘用盛平江等145位同志为市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用张梦婷、陈文、谢禹墨为荆州博物馆工作人员。
2021年8月27日，荆人社事［2021］8号文件《荆州市人力资源和社会保障局关于同意聘用张英娥等57位同志为市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用李明英为荆州博物馆工作人员。
2021年11月18日，人社部发〔2021〕91号《人力资源社会保障部文化和旅游部关于表彰全国文化和旅游系统先进集体、先进工作者和劳动模范的决定》，荆州博物馆荣获“全国文化和旅游系统先进集体”称号。
2022年1月25日，荆文旅党〔2022〕4号《中共荆州市文化和旅游局党组关于赵宁武等同志职务任免的通知》，同意赵宁武同志任荆州博物馆工会主席，免去办公室副主任职务，试用期1年，身份不变。田勇同志聘任荆州博物馆熊家冢遗址博物馆馆长；王威同志聘任荆州博物馆办公室（信息技术部）副主任；李志芳同志聘任荆州博物馆考古部副主任；刘建业同志聘任荆州博物馆考古部副主任；黄祥同志聘任荆州博物馆熊家冢遗址博物馆副馆长；孙凡同志聘任荆州博物馆古建部副主任。以上六名同志聘期均为3年，试用期1年。
2022年7月6日，荆人社事〔2022〕7号文件《中共荆州市委人才工作领导小组办公室、荆州市人力资源和社会保障局关于同意聘用余海等235名硕士研究生为市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用曹慧祎、胡鑫、徐香玉、于红鹂为荆州博物馆工作人员。9月1日，陈文正式离职。
2023年6月9日，荆人社事〔2023〕9号《中共荆州市委人才工作领导小组办公室、荆州市人力资源和社会保障局关于同意聘用陈祥等3名博士研究生、华敏等78名硕士研究生为市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用王海睿、周保荣为荆州博物馆工作人员。
2024年7月19日，荆人社事〔2024〕9号《关于同意聘用肖梦银等232名同志为荆州市市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用曹佳鑫、罗孟秋为荆州博物馆工作人员。
2024年7月24日，荆人社事〔2024〕11号《关于同意聘用娄婧瑶等2名博士研究生、李广安等90名硕士研究生为荆州市市直事业单位工作人员的通知》，同意聘用何月琴、丰杰、吴梦瑶、孔令镜为荆州博物馆工作人员。