主线剧情中，有九个区域是剧情的主要发生地，劳拉在其中一些区域需要重复拜访。
以下为古墓丽影9主线剧情中，劳拉在岛上主要的穿梭路线，其中黑色箭头是前半程的游戏流程，蓝色箭头为后半程。
坚忍号沉没后，劳拉被冲刷到海滩边，她还没搞清楚状况就被人击晕。醒来时，她发现自己被倒吊在了这个拾荒者藏身处，她必须设法逃离。
劳拉的呼救终于得到了回应。下一步，劳拉需要让救援飞机知道他们的确切位置。
从信号塔上滑行而下，劳拉寻得了打火石引爆油桶，飞机向劳拉的位置飞来，但却被凭空出现的风暴击中，伴随着“谁也不能离开”的模糊的日语，飞机在劳拉眼前坠毁，向着她直冲而来。
逃过一劫的劳拉，一心要去解救因前来救援而陷入麻烦的飞行员，但当她在峭壁处的村落遇上第一个飞行员时，却正赶上他被杀死的一幕。
逃出寺院后的劳拉再次遇到了“鬼”，经过一连串逃生场景，她迅速下到了山下。在对讲机中她得到了来自珊曼莎的消息，原来是珊曼莎偷了守卫的对讲机。她告诉劳拉自己被绑架，还听到绑架者在谈论火祭。劳拉心知不妙，决意前去解救珊曼莎。在对讲机中劳拉与罗斯商定，两人下山会和后前往古皇宫。在与罗斯的对话中得知，不仅仅是珊曼莎，其他船员也被抓获并被关在了那里。劳拉上一次与船友们联系，是在山中村落时他们告诉劳拉，他们追踪珊曼莎而来到了一个古皇宫式的建筑。看起来他们的行动暴露了。
眼前就是劳拉的目的地——关押着珊曼莎的日本古皇宫。但严重受伤的劳拉已是自身难保，她必须尽快处理自己的伤口。不远处停放着一架直升机，劳拉希望能在那里发现有用的药品。
通过伞降，劳拉已经来到了古皇宫附近的贫民区，她朝着直升机进发，途中隐约听到索拉瑞正在向俘虏逼问“老头”的下落。劳拉最终来到了直升飞机上，但没能找到需要的药品，只得到了一个打火机。将箭头烧烫之后，劳拉用它刺向腹部的伤口，然后将打火机绑在弓上，获得了火箭。在对讲机中罗斯惊异于劳拉行动如此迅速，完全没想到她是如何得以“飞速”下山的。
继续前进的劳拉得到了来自船长的有力支援，在手持狙击枪的罗斯船长的掩护下，劳拉得以潜入古皇宫。这里已经被索拉瑞重建，并作为他们的祭祀场所和军事堡垒。
劳拉看到珊曼莎将要被火祭，于是一箭射死了即将点燃柴火堆的索拉瑞，但却暴露了自己，被索拉瑞捕获。未能阻止火祭的劳拉，眼看着珊曼莎就要被烧死，却忽然挂起狂风将火焰熄灭。经过这一试炼，马蒂亚斯声称他们找到了女王的继承人，大家马上就要获得自由，然后吩咐手下将珊曼莎带去加冕室，而劳拉则被拖走。趁敌人不备，劳拉夺回了自己的弓，然后跳进血池摆脱了敌人，从那里，她进入了地热洞穴。
这里的洞穴是日本古坟时代的古墓，但如今被索拉瑞用作关押场所，堆尸如山。劳拉亲见一些人被扔进这里自相残杀，或被吞食。她也见到了索拉瑞的成员宣誓的场面。在这个地热洞穴，劳拉利用点爆瓦斯救下了被关押的朋友，但惠特曼和珊曼莎却不在这里。劳拉继续前往古皇宫要救下这两人。
在刚才的爆炸中，古皇宫已经是一片火海。劳拉来到加冕室，听到马蒂亚斯在和珊曼莎喋喋不休，称珊曼莎很清楚她“身上流着卑弥呼的血”，且很多女子都为了女王“奉献自己的灵魂”。马蒂亚斯走后，躲在暗处的劳拉一箭射死了看守，救下了珊曼莎。但在带着珊曼莎去与“把风”的惠特曼会和时，却遇到索拉瑞。劳拉与珊曼莎失散，独自穿越火海。
在火海中劳拉获得了榴弹发射器，并拿走了马蒂亚斯的日记和一幅打了标记的岛屿地图。她看到墙上写着“谁也不能离开”，正是之前救援飞机坠毁时她所听到的日语。劳拉知道马蒂亚斯认为卑弥呼的灵魂将大家困在的岛上，这虽然很荒谬，但显然这座岛屿有着某种神秘力量不让人离开。
即使知道搭乘直升飞机不但无法帮助大家离开岛屿，反而会机毁人亡，并且也曾经警告过珊曼莎不要登机，但已经无路可走的劳拉，在皇宫爆炸的时刻，不得不跳上罗斯船长所在的直升机。
深知任何试图逃离这座岛的努力都是徒劳无益，劳拉强迫飞行员降落，但飞机仍然被雷电击中，劳拉失去意识，被罗斯船长救活。但罗斯为了保护劳拉而被马蒂亚斯杀死。其他船员赶到时，船长已经死去。雷耶斯决定回到船难海滩把一艘船修好，以离开这里。劳拉称这无济于事，并提出要一个人待会一会儿。独自感伤的劳拉意识到自己必须前往内陆，回到峡谷寺院里由风暴卫士守护的那个密室里。
穿越顶峰森林后，劳拉回到了贫民窟，但她的下山又不顺利，先是架空缆车卡住，再是遇到又一波敌人，而后在敌人的机枪扫射下，劳拉所在的废旧船体整个崩坏，她不得不通过一连串的缆绳滑行下到地面。
来到船难海滩与朋友会合后，劳拉先是前往海盗船获得滑轮组以便雷耶斯修船。归来后的劳拉遇上惠特曼归队，劳拉对他深表怀疑，但船友们并不希望内讧。前往坚忍号取工具的艾力克斯迟迟未归，劳拉决定前去查看情况，临行前，约拿交给她一把威力巨大的复合弓。
穿过峭壁碉堡来到坚忍号上，劳拉见到了被困的艾力克斯，但索拉瑞的人持枪出现，艾力克斯将工具交给劳拉，点爆了瓦斯与敌人同归于尽，劳拉只身逃出坚忍号，艾力克斯所在的后半截船体在她身后爆炸沉没。
在返回的途中，劳拉拿走了一本科学家的笔记本，其中提及在峭壁的基地那里发现了一座镰仓时代的将军墓，那里或许是揭开谜团的关键。在海滩与朋友会合后，劳拉翻看着笔记本，决定前去调查。
劳拉意识到需要回到峡谷去，将女王的尸体破坏掉。在返回船难海滩的途中，她从对讲机里得知雷耶斯等人遭到索拉瑞的攻击。劳拉赶到的时候，索拉瑞已经撤退，而惠特曼则已趁乱把珊曼莎再次抓走。
劳拉说服了雷耶斯，开着修好的船深入内陆，再次回到了曾经遇到鬼武士的山中隘口。劳拉只身前往峡谷营救珊曼莎。在隘口，劳拉看到惠特曼和马蒂亚斯带着珊曼莎接近武士，惠特曼向武士们宣告他带来了女王的继承者，但被武士们砍死，马蒂亚斯趁机溜了进去。劳拉一路追踪，来到了历代女王像所在的大殿。回想起将军所谓的“第一位以及最后一位女王”，还有在堡垒听到马蒂亚斯对珊曼莎说，很多女子为了女王而奉献了自己的灵魂，劳拉顿悟，所谓的“传承”，其实不是力量和王位的传承，而是灵魂。所有的女王其实都是最初的那位卑弥呼，后来的女祭司仅仅是为这个灵魂提供了容器。现在，卑弥呼瞄准了珊曼莎。