此游戏为作者前作《Stanley博士的家1》的续集。第一部的游戏通关后，仍有一个绿门不能打开，且许多玩家对游戏不满意游戏结局，纷纷猜测此游戏能否打开绿门、触发第二种结局。第二部则给了绿门一个合理的解释，并且给真假博士的故事一个完整的交代。情节比Stanley博士的家1更颠覆，更出人意料，更具可玩性。玩家需要利用敏锐的观察力、严谨的逻辑分析能力以及对医药、光学和物理的基本知识来一步一步推动情节的发展最终完成一个精彩的故事。
1、点医院大门，进入医院大堂，点右上大玻璃门，进入走廊，点上方箭头，在右边墙上拿应急灯，点左侧箭头后退。
2、点左下角大玻璃门，看剧情动画(值班护士回到前台)，点护士，看剧情动画(护士以为侦探是电气修理工)，动画结束后拿到电箱钥匙。(注意：如果在值班护士出现前进入女洗手间[高跟鞋标志的门]则无法拿到电箱钥匙。)
3、点烟斗标志的门，进入男洗手间，点左上箭头，点天花板上的通风口，进入天棚(要拿到应急灯才可以进入)。
4、点2次箭头，点向右箭头，点墙上电箱2次，打开电箱(要拿到护士给的钥匙才可以打开)，拉下电箱里的开关，后退。
5、点右下箭头，点向上的箭头，点向左的箭头，点向上的箭头，进入绿色区域，点排气扇，在排气扇左下拿风之石(要拉下电闸才可以拿到，注：是否拿到风之石不影响游戏过关)，后退。
6、点下面箭头，点向左箭头，点右侧墙上灰色隔板，打开隔板，点向上的箭头，进入红色区域，点地上的通风口2次，进入药房。
7、点下面的箭头，点右边桌子上的书，拿到中西药手册，点手册，点阅读，看到上面写着：甘草与阿司匹林合用会导致胃肠不良反应(鼠标移到手册下边缘，会自动翻页)，点左下角工具箱，收回道具。
8、点左侧西药柜，点药柜下层左侧的药盒，拿到阿司匹林，后退；点右侧中药柜，在随机的抽屉里拿甘草、人参、灵芝，后退。
9、点右上箭头，点天花板上的通风口，进入天棚，点右侧箭头，点下面箭头，点向右的箭头，进入黄色区域，点地上的通风口2次，进入医生房间的上方。
10、打开工具箱(点左下角的手提箱标志)，点甘草，点组合，点阿司匹林，把甘草和阿司匹林混合，点混合物，点使用，看剧情动画，混合物被放入医生的咖啡内，医生喝掉咖啡。
11、后退2次，点右下箭头，点画面中间向右的箭头，进入灰色区域，点向上的箭头，点地上的通风口，2次，进入病房。
12、点向下箭头，点病人，在枕头右侧拿遥控器；打开工具箱，点人参，点组合，点灵芝，把人参和灵芝混合，点混合物，点使用，看剧情动画(病人吃下混合物，从手里掉下一个东西)，后退，在病床右侧地上拿生命之石。(注：此处需要了解些中医药的常识，人参和灵芝有补气血、固本培元的功效，适合重伤病人服用；如果没有给病人吃药或者吃错了药，则无法拿到生命之石，病人最多可以吃药6次，是否拿到生命之石不影响游戏过关。)
13、点右上箭头，点天花板上的通风口，进入天棚，打开工具箱，点遥控器，点使用，看剧情动画(监护器报警，医生走进病房)。
14、后退2次，点向右箭头，点隔板处向右的箭头，再点向右的箭头，进入黄色区域，点通风口2次，进入医生房间，点向下箭头，拿墙上挂的白大褂，点门离开医生房间。
15、点左侧箭头，点上面箭头，点左侧病房门，进入博士的病房(之前要拿到白大褂，并且让医生进入另一个病人的病房才可以进入博士病房)。
16、点病床上的博士，看剧情动画(博士对侦探讲了之前家里曾经发生的事情，并且给了侦探研究所办公室的电子卡钥匙，让侦探去拿回研究所的红皮文件和家里的小雕像，没等说出研究所的密码博士就再次晕倒)。
17、点病房门离开病房，点左侧箭头，点左下的大玻璃门回到医院大堂，点右侧箭头离开医院；打开地图(点左上角的指南针图标)，点右侧楼房图标，来到研究所。
18、点大门进入研究所，点左侧小门，进入门卫房间，在左上青蓝色桌子上拿打火机，点门卫腰带下面的小圆环，拿到小钥匙，点右上的门离开门卫房间。
19、点左上的深灰色电梯门进入电梯，点门左侧的电梯按钮，点数字2按钮，进入2楼，点箭头离开电梯，点走廊尽头的箭头，点左侧的门，进入光学研究室。
20、在左边桌子上拿蓝色滤光镜片，点中间的仪器，点筒状镜头口，看到有彩色光线，注意看闪烁的圆形颜色(颜色随机)，此设备的原理是通过红、绿、蓝3色光按一定比例混合，得到闪烁的那个颜色，后退2次。
21、点长桌子最右边的设备，打开工具箱，点蓝色滤光镜片，点使用，把蓝色滤光镜片插入B卡槽，分别按+、-按钮，调整3种颜色的比例(R红色、G绿色、B蓝色)，使3种颜色的光混合(此处随机)，调整正确会看到中间仪器打开的动画，点G卡槽里的滤光镜片，拿到绿色滤光镜片，后退，在中间仪器上拿光明之石。(注：如只为游戏过关，可直接拿绿色滤光镜片即可，是否拿到光明之石不影响游戏过关)
23、点右下箭头，看剧情动画(光学实验室对面的房门被毁掉)，点右侧箭头，点右边灰色门进入电梯，点门左侧的电梯按钮，点数字1按钮，回到1楼，点右下的门，回到研究所门前。
24、打开地图，点左下的房子图标，来到博士家，点蓝色门进入博士家，看到大狗，打开工具箱，点打火机，点白大褂，看剧情动画(狗被吓跑)，在地上拿火焰之石。(注：如果用打火机点燃其他东西来吓跑狗，则无法得到火焰之石，是否得到火焰之石不影响游戏过关。)
25、点下面箭头，点左侧房门进入客厅，点对面的柜子，在柜子里拿小雕像，后退，点房门，离开客厅。
26、点右边箭头，点向右箭头，点灰色门，进入卧室，点桌子，在桌子上拿名片，点名片，点翻转，在名片背面看到6位数字(数字随机)，收回道具(点左下角手提箱图标)，后退，点房门离开卧室。
27、点左上箭头，点对面蓝色门离开博士家，打开地图，点右侧楼房图标，来到研究所。
28、点大门进入研究所，点对面的灰色门进入电梯，点门左侧的电梯按钮，点最下面的被锁住的部分，打开暗格(要先在门卫处拿到钥匙才可以，参考第18条)，按B按钮，进入研究所地下室。
29、点墙上的电子锁，使用电子卡钥匙之后输入博士名片后面的6位数密码(密码随机)，点绿色按钮，门锁解除。
30、点左侧门，进入密室，在地上拿小便签，点便签，点阅读，看到提示：真理隐藏于规律中，而规律属于善于观察的人，收回道具。
31、点对面墙上的激光发射装置，打开工具箱，点绿色滤光镜片，点使用，滤光镜片阻挡住红色激光，后退。
32、根据便签上的提示，注意观察地上的地砖，会发现有些地砖是平的(地砖的左上没有反光现象)，特殊地砖的位置就是保险柜的密码(注意：最左边的两列地砖不算，从第3列开始算1，数一下每行中特殊地砖是第几块，密码顺序是从下到上，没有特殊地砖的行算0，特殊地砖的位置随机)。
33、点绿色保险柜，根据上一条的结论，调整保险柜上的6个旋钮，调整正确后保险柜打开，拿保险柜里的红皮文件，后退，点门离开密室。
34、点右边电梯门，进入电梯，点门左侧的电梯按钮，点数字1按钮，回到研究所1楼，点右下的门，回到研究所大门前，打开地图，点左上的医院图标。
36、打开工具箱，点轮胎，点使用，修好车，打开地图，点左上的医院图标，回到医院。
37、点医院大门进入医院大堂，点右上的大玻璃门，进入走廊，点上面箭头，看剧情动画(得知小雕像是一个蕴含巨大能量的陨石，博士是准备用小雕像制作一种恐怖的武器，随后侦探被博士赶了出来)。
38、打开地图，点左下的房子图标，来到博士家，点蓝色门进入博士家，点向右箭头，点4次下面箭头，来到楼上。
看剧情动画(神秘老头出现，给了给了侦探翠绿色钥匙)，点右侧翠绿色门，侦探进入一个暗室，点暗室门，看剧情动画(原来侦探被神秘老头利用时空门传送到了过去，在研究所救下神秘老头的帮凶居然就是侦探自己)。
点门，看剧情动画(神秘老头对侦探说出了事情的始末，原来神秘老头所作的一切都是为了阻止博士制造恐怖武器，神秘老头给了侦探一瓶药水，让侦探再次回到过去，破坏小雕像)。
点翠绿色门，看剧情动画(侦探被神秘老头用时空门送到了一个房子的2楼)，点向左的箭头，拿狙击枪，后退；点向右的箭头，看剧情动画(侦探用狙击枪打爆了在过去时空里自己开的车子轮胎)。
点下面箭头，点楼梯上箭头，点灰色梯子，打开工具箱，点螺丝刀，点使用，固定好梯子，点梯子下到地面，点向右箭头，点汽车，打开工具箱，点神秘药水，点使用，看剧情动画(药水被倒在小雕像上)，后退。
点上方向右的箭头，点墙上的梯子，看剧情动画(梯子和螺丝刀掉下来)，点楼梯上的箭头，点左侧的门。
看剧情动画(侦探回到博士家，再次见到神秘老头，神秘老头告诉侦探，他来自未来，事情已经办完，他要回去了，在博士家的卧室里给侦探留了一份礼物，并且告诉侦探他回去之后，让侦探毁掉时空门，把奇怪的腕表给了侦探)。
打开工具箱，点腕表，点使用，看剧情动画(时空传送门被毁坏)；退回到1楼，点蓝色门离开博士家，打开地图，点右侧楼房图标，来到研究所。
点右下箭头，点右侧箭头，点右边灰色门进入电梯，点门左侧的电梯按钮，点数字1按钮，回到1楼，点右下的门，回到研究所门前。
打开地图，点左下的房子图标，来到博士家，点蓝色门进入博士家，点向右箭头，点灰色门，进入卧室，点床上的盒子，看剧终动画(原来神秘老头正是几十之后的博士本人....)提交成绩，过关。