明洪武釉里红三友带盖瓷梅瓶于1957年3月出土于南京市江宁区东善桥响龙山明代墓葬，系永乐帝女安成公主的陪葬品。它口径6.4厘米，瓶高35.8厘米，腹深35.3厘米，通高41.6厘米。瓶浅足沙底，盖成铎形，釉质细腻，釉里红发色欠佳，窑变黑色。
3、金曽
1982年2月，金兽出土于江苏省盱眙县南窑庄窖藏。与其共出的文物还有一件青铜圆壶和数量众多的金饼和金版。金兽是南京博物院的国宝级文物之一，也是中国考古发现的金器中最重的一件，是古代金属铸造工艺和金器捶击工艺这两种技法完美结合的产物。
金兽呈豹形，蜷伏状，豹头枕伏于前腿之上颈部戴三轮项圈，头顶有一环纽，通体锤饰圆形斑纹，通高10.2厘米，身长16厘米，身宽17.8厘米，重达9100克，含金量达99%，空腹、厚壁，浇铸成形。根据外形特征，推测金兽的铸造时代大约在战国晚期至西汉早期。
4、金蝉玉叶
1954年，金蝉玉叶出土于苏州五峰山博士坞的明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓。金蝉玉叶是明代织造以构思奇特的方法，将一栩栩如生的金蝉，悠然自得地栖息在一洁白无瑕的玉叶上，金光玉耀，妙趣横生。蝉在中国古代是比较常见的艺术造型，通常蝉造型器具以陪葬品为主，古人认为人死后能像蝉一样破茧重生。
5、东汉广陵王玺金印
东汉广陵王玺金印是一件东汉时期的文物，由高纯度黄金制成，重122.87克，通高2.121厘米，台高0.945厘米。其龟纽精致，纹饰精美，印文阴刻篆书“广陵王玺”，是迄今发现的唯一一枚汉代刘姓诸侯王的印玺。与滇王之印和倭奴王印为姊妹印，具有极高的历史和艺术价值。该金印为国宝级文物，1981年出土于邘江县甘泉二号汉墓。主人为东汉光武帝刘秀的第九子广陵王刘荆。
6、东汉鎏金镶嵌兽形铜盒砚
1970年出土于徐州土山汉墓，墓主为东汉某代彭城王，为国宝级文物。铜盒砚通体鎏金并镶嵌红珊瑚、青金石、绿松石。盒盖与盒身以子母口相合，浑然一体为伏地神兽。珍罕的文房实用砚，构思奇特，工艺精湛，代表了汉代制砚工艺的最高成就。
7、金观音菩萨立像
清金观音菩萨立像---金观音菩萨立像现收藏于南京博物院，是其镇馆之宝之一。这尊佛像由纯度很高的黄金制成，通高88厘米，且佛身与莲座皆装饰华丽，嵌珍珠宝石，雍容华贵，尽显皇家气派，应是清王朝全盛时期由宫廷的能工巧匠制作而成，代表了清代宫廷造像工艺最高水平。
8、鎏金喇嘛塔
上世纪50年代，在牛首山弘觉寺塔地宫出土了一件鎏金藏式佛塔。这是明代佛教工艺绝品，国内出土唯一一件“迷你型”鎏金喇嘛塔。这个鎏金喇嘛塔非常精美，在喇嘛塔的四周还有兽角佛像、瓷罐、玉瓶等。塔身有四个壶门，内有释迦、韦陀佛像，上施有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。塔内须弥座上布置有一组佛像，须弥座内藏有珍珠、宝石、水晶、玛瑙、玉石、骨灰等物。整个鎏金塔安放在一个红色砂岩雕成的须弥山形基座上，四面雕刻胡人献宝、双狮戏球、双鹿嬉戏、蛟龙穿浪图案。塔座下枋刻：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面是“佛弟子御用监太监李福善奉施”。
9、耶稣像
这幅《耶稣像》在巴拿马世界博览会上被评为博览会一等大奖，成为惊世之作，蜚声欧美。这是我国艺术家第一次真正走出国门，当时有富商愿出1.3万美元求购收藏，沈寿不愿出让，张謇派人去美国取回了这幅绣品，珍藏于传习所内。沈寿弥留之际将《耶稣像》赠送给张謇，张窖将它珍藏在南通博物苑中。后由张骞后裔张绪武捐献给南京博物院永久收藏。
10、大報恩寺琉璃塔拱门
大报恩寺琉璃塔拱门是南京大报恩寺的重要建筑构件，大报恩寺是明代皇家寺庙建筑的代表，寺中的琉璃塔，被誉为中古世纪七大奇观之一。由这座拱门可以想见当时琉璃塔的金碧辉煌，雄伟壮观。据史料记载，在当年建造大报恩寺塔石共烧制的三套完整的塔身构建，一套用于施工，两套埋于地下，用于以后的维修。这座拱门就是当时备用两套中的一套。南京大报恩寺琉璃塔共有九层，塔上这样的拱门共有64套。
11、西晋青釉神兽尊
西晋青釉神兽尊为国宝级文物，其造型奇特，为盘口短颈削肩鼓腹平底，象个大鱼篓；高279厘米，口径13.2厘米，口径13.2厘米，底径16厘米，体饰四爪、双翼、脊毛和尾，雕刻生动，在六朝青瓷中属于罕见的艺术珍品。
西晋青釉神兽尊于1976年出土自江苏宜兴周处家族墓，为浙江越窑的经典代表，现藏于南京博物院，2013年被国家文物局列入第三批禁止出国文物。
12、唐三彩双魚瓶
唐代，扬州市扫垢山出土。高23厘米，腹径11.2厘米。唐三彩双鱼瓶，淡红色胎，釉色鲜艳，与中原地区三彩器的稳重浑厚有明显不同，是南方三彩器的特征，以水生动物为造型。此瓶塑成腹部相对的双鱼形，鱼口即瓶口，双脊即为双系，尾部制成瓶底，鱼目、鱼鳞、鱼鳍一应俱全，表面挂有绿、黄、褐三色釉，三色互相浸润交融。这件双鱼瓶不仅“貌美”，还很实用，二鱼中间各有上下二个小翅。双脊突出，方便拿握。两侧各有一个小孔，便于系绳，放入井、河中取水。
13、明宣德青花寿山福海纹瓷香炉
明宣德
高58.5，口径38厘米造型为青铜鼎样式，盘口，方唇，束颈，圆腹，小平底。纹样以苏麻离青料绘蓝地白花寿山福海纹，青花发色浓重。
14、透雕人鳥獸玉飾件
1991年出土于昆山市赵陵山遗址77号墓中，为良渚文化时期的产物。主体是一个侧身人像，有眼，有嘴，有鼻，头上戴着冠帽，冠帽上为一束羽翎，反手拖着一只兽类，顶上顶着一只肥鸟。是我国出土最早的人鸟兽图案透雕精品。这件玉器的用途可能与氏族首领主持祭祀的事件有关。
15、神人兽面纹玉琮
良渚时期。出土于常州市武进寺墩遗址4号墓。此玉器是良渚文化琢玉工艺的代表作品。上节是人面纹，下节是兽面纹。为良渚文化宗教信仰核心。
16、战国错金银镶嵌丝网套铜壶
又名陈璋圆壶，为战国中期的容酒器，1982年2月10日出土于盱眙南窑庄窖藏，现收藏于南京博物院。也是2013年8月国家文物局发布的《第三批禁止出境展览文物目录》中的94件国宝之一。
铜壶有3处铭文，最具有历史意义的一处在圈足外缘，共有29字：“佳王五年，奠易（阳）陈灵再立事岁，孟冬戎启，齐藏戈子陈璋内伐燕邦之获。”陈璋就是史籍所记载的章子，他曾带兵攻打燕国都城，战争中缴获了这件圆壶。齐宣王五年（公元前315年），中国北方燕国太子平和将军市发动兵变攻打丞相子之，子之成功地进行了反政变。燕国内乱，齐国将军陈璋攻下了燕都。陈璋的军队攻下燕都后，“毁其宗庙，迁其重器”。“重器”，其中一件便是燕国宫廷里的器具——战国错金银镶嵌丝网套铜壶，陈璋命人在该壶上刻下了他攻打燕国的记事铭文。与此相互印证的是藏于美国宾夕法尼亚大学博物馆的陈璋方壶，方壶铭文记载了齐宣王五年（前314），燕王哙让位引发燕国内乱，齐国借机伐燕之事。通过铭文可知，陈璋圆壶和陈璋方壶应为一对，都是那次齐燕战争中，齐国统帅陈璋的战利品，均有重要的史料价值。遗憾的是，方壶在清末列强侵略中国时被抢走，流失海外。
第二处铭文在足部内侧，刻4字，因腐蚀受损，模糊难辨，大致看是“王后右酒”，推测为使用者刻记。
第三处铭文，位于铜壶侈口沿内壁，刻铜壶制作序号、名字与容量的文字，共11字，当为工匠用燕国文字铭刻：“廿五，重金络霝líng，受一觳hú五升”。该铜壶容量约3000毫升，即指“一觳五升”。
17、东汉错银铜牛灯
1980年出土于江苏邗江县甘泉2号东汉墓。东汉错银铜牛灯通高46.2厘米，身长36.4厘米，由灯座、灯盏、烟管三部分组装而成，三部分均可拆卸，使用和擦洗很方便。灯罩上紧扣穹顶形罩盖，盖顶之上均匀弯曲的烟管与牛头顶上方凸出的短管紧密套接。当灯火点燃时，所产生的烟尘通过烟管导入灯座腹腔中的清水被溶解，颜而确保室内空气的清新。
18、银缕玉衣
玉衣是汉代皇帝、诸侯王和高级贵族死后穿用的殓服，按玉衣等级的不同，又分为金缕玉衣、银缕玉衣和铜缕玉衣。一般来说，只有帝王在驾崩时才有资格穿金缕玉衣，而诸侯死去时只能穿银缕玉衣，一般的贵族和长公主只能穿铜缕玉衣。南京博物院所藏的是这件银缕玉衣于1969年出土于江苏徐州土山一号汉墓中。