1948年左右，中国卷入了一场惨痛的内战，交战一方是国民党，另一方是共产党。找回并收齐南京和北平的皇家藏品是故宫人从1945年到1947年的中心工作，此时因为内战也不得不停止了，取而代之的是交战双方对这些珍宝的争夺，每一边都认为自己才是珍宝的合法所有人。
1948年秋天，国民党政府行政院（政府的行政机构）向马衡下了一道紧急命令，要求后者为北平故宫博物院的文物精品编制一份名单并配以详细说明，同时准备安排这些文物用飞机分批运往南京。此时的国民党政府正在制定预备方案，打算从中国东海岸撤退到台湾岛。国民党的高级军官希望国宝都能聚集在南京，这样一旦需要，他们就可以把这些珍宝安全地带到台湾去。
但马衡看上去却并不急着装运文物。行政院致电催促马衡快些发货时，马衡就以各种借口搪塞，说还没有准备好，或者天气不好不能装运，通过机场存放和运出这些珍宝无论如何都不太安全，等等。
这些明显的拖延策略，再加上马衡对一位同事不经允许就去了台湾的不赞成，都表明马衡很可能是在有意违逆南京政府运送珍宝的命令。马衡的一个职员后来问他：“马先生，您的目的就是不把那些珍宝用飞机运走吧？”马衡点燃一根烟，笑着回答道：“那不也是你的想法吗？”甚至在老朋友和同事庄严的催促下，马衡都没有改变自己要留在北平的决心。庄严后来和国民党一起去了台湾，在那里他继续为国民党带到台湾去的那部分国宝工作着。
◎文物运台
没能取得马衡的合作，国民党政府不得不抛下紫禁城大量的皇家珍宝逃往台湾。他们撤退到台湾的时候只带走了南京所有藏品中的大约五分之一，包括1935年到1936年间在伦敦展出的那80箱精品。
当时，所有的运输都由国民党军方控制。蒋介石很赞同文物运台的决定，专门拨出一笔800万元的款子用于这项计划。那志良细致地记录了这场大规模迁移的细节。本来计划共运送五次，不过实际只运了三次。总共有约4000箱珍贵文物运到了台湾。庄严被指派护送第一次文物运输，这次运送包括了所有参加伦敦艺展的箱件。
把珍宝箱件从存储地送到码头时相当混乱，庄严曾描述过这一情形：当时他和博物馆的工作人员还不知道船上给他们空出的地方有多大；码头工人可能是受了共产党的指使，他们有意拖延怠工，两个人能抬的箱子他们要三个人一起搬，后来甚至四个人一起搬，直到搬运工作几乎无法继续。1948年12月22日，庄严随同第一批文物乘坐“中鼎”轮从上海前往台湾北部的基隆港。他后来回忆了那次可怕的五日之旅，海面上波涛汹涌，装满奇珍的箱子在船舱内左右摇晃。
那志良参加了第二批文物运输。这次运送的文物包括来自中央博物馆和中央图书馆的珍贵图书。中日战争以后，杭立武向日本索回了很多珍贵的图书和艺术品，运往台湾的精品文物之中就有这部分图书和艺术品。那志良先生在1949年1月9日离开上海，搭乘的是商业性的招商局“海沪”轮。
运送第三批文物的“昆仑”号于1949年1月29日离开港口，直到2月22日才到达基隆港，漫长的旅程让盼望货轮到达的工作人员等得心焦。庄严说这次运输包括了大部分1933年从北平运到南部的书籍，但“昆仑”号起航时还是在码头上留下了60个箱子。在最后的混乱中，这些剩余的珍贵书籍优先分给了那些无法随船离开的国民党军官的家属，他们满怀恐惧，担心会遭到共产党的惩罚。
第四次运输还没有着手的时候，蒋介石就辞去了总统的职位，继任的李宗仁下令停止所有的文物运送。文物运台的行动中并没有美国船只加入，美国曾一度错认为应该动用美国船只协助文物运台的活动。
确切的说，有3824箱文物被运到了台湾，包括了大部分精品文物。其中绝大多数是举世无双的大幅挂轴画作，它们都出自唐宋时期的名家之手。而北平的故宫博物院则保留了一部分最重要的书法作品及小型手卷绘画作品。北平和台湾两处收藏存在这些差异的一个重要原因是：溥仪和溥杰离开紫禁城时夹带了部分皇家藏品，他们挑选的自然是最容易携带的物件——尤其是那些手卷和册页，由此便将大幅的挂轴画卷留下了，被国民党带到台湾去，最终成为台北故宫博物院的馆藏。
国民党在即将逃往台湾的最后关头还奇迹般地获得了一些珍品。比如，1948年12月，杭立武和其他几个人正准备从成都乘坐最后一班飞机赶往台湾，艺术大师张大千提出了一个紧急请求。据杭立武的记载：
他（张大千）匆忙中检出七十余帧，请搭此机空运台湾，以保存国家文化。但那时飞机载重已达饱和，驾驶人员不答应再增加重量，在此情形下，我为保存重要文物，决定抛弃了我的行李三件，以换载张大千的国画。惟当时我提一条件，这批国画运到台湾后，请他赠予政府，张氏立表同意，当时就写了一张名片，作为赠送的证明。
实际上，这些画最后是给了台湾的历史博物馆。
三次运输的文物在台湾聚集成了一个新的收藏。最终它将发展成为世界上最重要的艺术博物馆之一，拥有举世罕见的、最丰富的青铜器、书法、手卷画作、珍贵典籍等藏品。国民党当局自认为是全中国的代表和中国皇家文化传统的继承人，他们正在不遗余力地试图维持这一身份。
◎台湾故宫博物院
在台湾盘踞多年后，国民党当局才开始考虑找一个能和紫禁城的宫殿相媲美的地方来长期安置运到台湾的藏品。起初，存放宫廷珍宝的地址选在靠近台中的台湾中部高地地区，就在台中糖厂的两间库房里。到1949年4月，又新建了三个仓库。与此同时，工作人员又立即对文物进行了一次彻底的点查，并编制了一份“故宫运台文物清单”。打开箱子晾晒文物的做法很快也重新恢复了，这是文物当年存在中国西部的十年间养成的习惯，那时藏在山洞和庙里的文物每隔6个月就要打开晾晒一次。
1953年，工作人员在存储藏品的仓库附近挖出了一些山洞用来展出藏品。显而易见，这些文物急需一个条件好些的地方长期保存，因为山洞对这些文物来说太过潮湿了。1954年2月，亨利·卢斯来台湾访问并参观了这些皇家藏品。亨利·卢斯是美国《时代》和《生活》杂志的出版商，非常有钱，他同时也是蒋介石和国民党集团的热情支持者。在他的影响下，当时的美国新一届政府（和美国中央情报局）建立了一个亚洲基金会，这个基金会提供资金在台中郊区北沟建了一个小型博物馆。1957年，新建的小博物馆正式开放。
1955年11月，这个新建的小博物馆和“中央”博物馆、“中央”图书馆合并成一个统一的行政单位，就是现在人们熟知的台湾故宫博物院。在那以后不久，“###”决定刊印一份出版物，向公众介绍这部分皇家收藏中的精品绘画、瓷器、织锦和刺绣。一个主要由台湾故宫博物院的工作人员组成的委员会成立了，他们亲自到北沟去为这份出版物挑选艺术品。这个委员会的成员有：王世杰、罗家伦、蒋毂孙和叶公超。学识渊博的故宫工作者如庄严、那志良都担任了这次活动的顾问。
这个委员会编辑成的清单就是后来大家熟知的“正目”，根据这个正目1956年出版了三卷本的画册，即《故宫书画录》。这个出版物中对于书画的描述经常是直接取之于18世纪的乾隆编目。尽管乾隆编目具有重要的历史价值，但在20世纪50年代以前，艺术史学家们——部分是台湾故宫博物院的职员，还有些是外国专家——已经对乾隆编目中许多藏品的年代和作者进行过修正，而1956年的刊物并没有把这些新成果反映出来。
台湾故宫博物院甚至在使用展览标签的时候也沿用了乾隆的判断。这种固守传统的做法几年以后在宫廷藏品参加国外的展览时遭到了强烈质疑。直到那个时候，台湾故宫博物院的工作人员与一些中西方学者之间的意见分歧才爆发了出来。
为台湾拥有的珍宝（正目中没有列出的那部分）编制的第二份目录被人们称为“简目”。1972年，那志良解释说，简目所列出的文物既不是赝品也不是劣质品，它们仅仅是第一次出版时没有被委员会挑出来的部分藏品。
◎首次赴美展出
很多美国人一直以来都期盼中国的皇家藏品能赴美国做一次展览，1935年在伦敦艺展之后就有人第一次提出这个想法，1948年又有人提出，但是这个提议始终没被通过。
出版商亨利·卢斯50年代访问台中的时候，重提了在美国展出的事情，但是一开始并没有什么结果。故宫藏品在美国展出一直是美国著名博物馆工作人员和亚洲艺术研究者的心愿，他们催促台湾当局考虑这一提议。台湾有两位高级“外交官”也为这一提议摇旗呐喊，他们是王世杰和叶公超。其中前者在20世纪30年代和40年代曾为故宫收藏工作过，如今是台湾当局里一位老牌的政治家，而叶公超曾任“外务部”部长，后来担任过驻华盛顿的“大使”。
亨利·卢斯是在1935年到1936年的伦敦艺展时认识王世杰的，50年代卢斯访台时两人再次见面。卢斯最终说服了王世杰，使后者承认在美国举办一次中国艺术品展览对台湾是十分有益的。事实上这已有日本方面的例子。从1948年起，日本在美国举行了一系列的艺术品展览，这些展览影响了美国人对日本人的看法，缓和了战后美国公众对日本的抵触情绪。这一例证不仅更加坚定了卢斯促成此事的决心，也使王世杰彻底折服。作为台湾故宫博物院理事会的成员，王世杰开始在“行政院”游说，争取获得“行政院”对赴美国展览的支持。1960年，这一提议最终被通过，藏品将在1961年到1962年间从台湾赴美，在美国的几个城市展出。
有五个美国博物馆为这次展览提供了赞助，它们分别是：华盛顿国立美术馆，纽约大都会博物馆，波士顿美术馆，芝加哥艺术博物馆和旧金山的德杨博物馆。卢斯基金也答应提供经济上的支持。
这次艺术品展览会获得了极大的成功。尽管展出的画作只有当初伦敦艺展的一半，但这次选择的都是质量最高的作品，展会的氛围严肃静穆，丝毫没有媚俗的味道（比如用镶边的卷轴作为背景装饰展出的瓷器）。随珍宝参展的台湾故宫工作人员李霖灿在他的日记里记下了参观的人数：1961年5月到8月在华盛顿有144358人；1961年9月到11月在纽约有105061人；1961年12月到1962年1月在波士顿有47896人；从1962年2月到4月在芝加哥有59637人；从1962年5月到6月在旧金山有108254人。
尽管如此，双方理解这次展出的意义时仍有一些分歧。王世杰在目录说明中写道：“在这个不平静的时代……让美国人更充分地理解中国的文化艺术，了解究竟是谁担负着自由世界的未来，显得格外重要。这次展出可能也是在提醒世人：自由的中国人正在为保护他们的文化遗产而奋斗，正如他们在为收回他们失去的土地而奋斗一样。”美国人编写的目录在前言里集中讲述了这次展览对于教育的益处。前言中乐观地宣称：这些稀世珍品之所以慷慨地在美国的博物馆中展出，是由于“我们美国公众已经熟悉了中国各个历史时期的艺术精品……”前言里还声称这次展览将“使学者的标准变得更为明确”。
李霖灿还记述了他在运输过程中的许多担忧：卡车没有火车安全；有一次，调度过来的火车突然找不到装有全部展品的货车了，虽然在24小时内货车又找回来了，但着实让人后怕。在美国展出一年半之后，所有的珍宝被安全运回台湾。像1936年伦敦艺展之后一样，展品在台湾又展出了一次，这次展出很大程度上也是为了让台湾民众确信：国宝已经安然无恙地回来了。
◎台北新馆
这次赴美展览最重要的成果无疑是促成美国为台湾提供了一笔资金，以便建一个更大的博物馆来收藏皇家珍藏。1960年，美国国际开发署向博物院提供了一笔万美元（合台币3200万元）的赠款。这笔款子和台湾当局为建院拨发的3000万元台币数额相当。1960年秋，“行政院”开始为修建这个永久性的博物院制定计划。为了纪念孙中山先生诞辰一百周年，博物院于1965年正式命名。台北故宫博物院位于台北市北郊，它的建成使普通的老百姓自1932年以来第一次可以看到更多的皇家藏品了，当然这些藏品只限于迁台文物。
从1965年正式开放以来，台北故宫扩建、修缮过多次。尽管院长秦孝仪创制了一种积极的接收政策，但台北故宫的收藏在多年间都没有太大的变化。前清的宫廷珍宝虽然极为丰富，但是并不具有系统性。清朝的皇帝们对于新石器时代的陶器、古代碑刻、出口的瓷器和历代的青铜佛像都不太有兴趣，因此他们也就没有收藏这些东西。皇家收藏中也不包括殉葬品，和墓碑拓本一样，人们认为这些东西都是不吉利的。各种各样的武器在皇家的宫廷里也是被禁止的。明末四僧的绘画作品同样没有进入皇家的收藏，因为在清朝的统治之下，这几个和尚都被视为政治上的异端分子。19世纪，中国的经济和政治实力日趋下降，宫廷也逐渐没有了收集藏品的习惯，因此尽管在19世纪宫廷对一些艺术分支的赞助还在继续，景泰蓝、玉刻、纺织和刺绣也仍然在继续发展，但书画作品的收藏却存在着重大的断裂。
台北故宫博物院通过捐赠、外借和购买弥补了以上皇家收藏中存在的一些缺陷。1967年台北故宫开始第一次接受赠品和外借品，但是直到1985年才确立了每年预支200万美元接收藏品的政策。相当著名的一次购买发生在1986年，这次购买的对象是宋朝艺术家、书法家和诗人苏轼的一幅名帖《寒食帖》。它在1860年英法联军火烧圆明园的时候散佚。后来流失于日本，在日本它历经1923年的关东大地震和二战期间盟军的轰炸而安然无恙。
对于当地人来说，台北故宫博物院成了一个教育中心，而对于其他国家研究中国艺术史的学生来说，它也是一个重要的资源。1986年，博物院增设了一个当代艺术长廊，主要展出现代艺术大师们的书画作品。1995年，为了纪念北京故宫博物院成立70周年，台北故宫增建了一个用于收藏珍稀典籍和皇家档案的文献图书大楼，此前，这部分典籍和皇家档案几乎从来没有展出过。台北故宫博物院还邀请国外的艺术品赴台展出，比如在1995年，在新建的文献楼中就举行了选自卢浮宫的风景画展。
接下来最为重要的事情就是挑选哪些画作和文物参加展览。一共选出了475件艺术品，其中包括限展品中的27件作品（从7世纪到14世纪的早期绘画）。这些极为珍贵的限展品很少展出——通常是每三年展出40天。当台湾人得知这些珍宝也要被安排去美国展出的时候，一场风暴在岛上爆发了。台湾民众强烈反对这一决定，“立法机关”也下令进行调查。在选出的展品即将装箱运往纽约的时候，“立法院”只好下令禁止这27件作品赴美参展。这场纠纷持续了两个星期，后来，做出了妥协性的裁定：从限展品中的27件作品里拿回23件，留下4件参加展览，其他19件重要的艺术品被限定只能展出40天。展览过程中这23件作品中有6件在纽约大都会博物馆展出，剩下的17件分别展出于其他的几个博物馆中。这次“中华瑰宝”之旅最终取得了巨大的成功，而展览过程中政治和组织工作的复杂性充分提醒了人们：外交方面对于这份收藏十分敏感。
台北故宫博物院今天仍然是中国皇家艺术品的宝库，也是世界上最重要的博物馆之一。博物院的维护和陈列都达到了国际水准。这份收藏从1948年来到台湾以后也在不断地扩展。最初，藏品主要由明清时期的绘画和一定数量的青铜器组成，后来博物馆竭力扩大收藏，接收了早期的陶器、新石器时期的玉器、更多的青铜器、六朝时期的佛像及书法作品等，馆藏日渐丰富。
从2000年春民进党###上台后，始终强调，要增强台湾本土历史和文化的独特性而降低其与大陆在历史文化方面的关联。与此相一致，台北故宫博物院制定了21世纪的发展目标，其中包括：要把台湾本土的文化和艺术融入博物院的收藏和项目中。院长杜正胜说：“在新的世纪，博物院将吸收台湾本土的丰富活力，为宝岛人民介绍其他类型的文化，从而走下皇帝的宝座，走进本地民众的生活中。”
台北故宫博物院的藏品是否能够重新和北京故宫的现有收藏合为一体是一个难以预测的问题，同样我们也难以预料台湾是否能够回归大陆。在持有“###”思想的民进党执政的情况下，这些问题更加让人疑惑。这样一来，我们可以清楚地预期，在未来必然会像在过去的近3000年一样，围绕皇家藏品的政治和艺术问题永远都将相互纠缠、难解难分。
1949年后的北京故宫
1948年12月14日，当共产党的军队已经包围北平城的时候，马衡让人把故宫的四扇大门都给关上了。在这国民党撤退和共产党进逼的政治过渡期，马衡的这种举动是在表明他决不会听命于国民党政府将国宝运到台湾去，也是在告诉大家：无论遇到什么情况他都会坚守岗位。1948年秋天，故宫有一批工作人员没有随国民党逃到台湾，而是选择留了下来，当然，也有人是迫不得已而不得不留下来的，院长的决心对他们都是极大的鼓舞。
◎建国初期的故宫
在行政管理上，中共的过渡政府马上接管故宫。1949年2月19日，北平市军管会文化接管委员会派三人小组（钱俊瑞、尹达和王冶秋）到故宫博物院，办理接管事宜。3月6日，该小组在紫禁城太和殿召集全院职工参加的接管大会，由文化接管委员会文物部部长尹达作报告。尹达郑重宣布文化接管委员会正式（临时）接管故宫博物院。1949年6月，随着北平军管会的撤销，文化接管委员会也宣告解散。故宫改由华北人民政府高等教育委员会领导。不过这也只是临时性的。
1949年10月1日中华人民共和国成立后，故宫博物院即隶属于新成立的文化部（出于实际需要，博物院归文化部下属的文物局管）。此后，除1958—1960年暂归北京市领导外，故宫一直归文化部文物局管，直至2002年故宫改由文化部直接管理。1950年2月，北平正式更名为北京，故宫被重新命名为“国立北京故宫博物院”。1951年6月，简称为“故宫博物院”。
建立新政权才几个月，中国新的领导人就开始着手拯救和赎买故宫的文物。毛泽东主席和周恩来总理都亲自过问这件事，对馆藏的恢复和扩充十分关心。这样看来，即使在共产党的政权下，中国历史悠久的皇家宫殿和文化瑰宝依然被当做政治合法性的重要象征。
◎早期的收获
新中国早期为恢复故宫馆藏所做的努力意义深远，特别是当时的新政权财政困难，缺乏必要的资金赎买流散到香港和国外的国宝。为了收回散失的国宝，人们竭尽所能，群策群力，采取了各种各样的方式，有机构组织的努力也有来自个人的贡献，有无偿捐赠也有重金赎买，既有国内人民的努力也包括海外人士的支持。
20世纪50年代初期，绝大部分珍宝从南京装船运到了北京故宫，最后在南京只留下了2211个箱子。因为南京是国民党统治时期的首都，再加上作为原来的中央博物馆，皇家收藏一度存放于此，所以南京博物馆被赋予“博物院”这个特殊的称谓。中国的博物馆里只有北京故宫博物院和台北故宫博物院才叫“博物院”，可见这个称谓的特殊性。1999年，故宫要求南京博物院归还剩下的2211箱文物，却遭到委婉的拒绝，他们以为自己毕竟已经精心收藏这些宝物长达半个多世纪，而故宫的文物又已经很多了。有记录表明，到2003年年底，还有装着几千件文物的834只箱子留在南京，主要是瓷器和装饰品。另外，据几个鉴定家称，从目前南京博物院皇家瓷器的布展情况来看，这最后一批箱子十有###已经开封了。
文化部新成立的文物局在文物回收工作中发挥了积极作用。当时的文化部副部长郑振铎任文物局局长。文物局聘请了上海著名的书画鉴定家张珩（张葱玉），后者又请来了艺术鉴赏家徐邦达。此后，徐邦达在共和国时期的故宫历史上扮演重要角色，他在收回故宫遗失文物、恢复馆藏方面功绩卓著。
故宫专门成立了文物征集组来鉴定收回文物的真伪，还通过单位及文物组成员的个人关系，召集了一大批从事文物鉴定的艺术史家和训练有素的工作人员。征集组包括许多知名专家，他们被分为五个小组，对收回故宫的物品进行鉴定，开始重建故宫博物院的馆藏。这五个小组是：玉器（乔有声）、陶瓷（孙瀛洲和耿宝昌）、铜器（王文昶）、书画（王以坤和刘九庵）和碑帖（马子云）。故宫博物院院长吴仲超则负责监督新职工的招收工作。大概在1953年，从朝鲜战场回来的退伍军人被招进故宫，从事故宫的保卫和维修工作，他们中的许多人后来都被提拔为故宫的领导。此后复员军人占据领导岗位开始成为一种趋势，并一直延续至今。这一惯例形成的根源当然与美学无关，但反映了政府把博物院看作国家安全保卫对象的态度。在文化大革命期间，全中国只有两个机构由于党中央和国务院的行政命令而免遭红卫兵的冲击和破坏，这就是青海省罗布泊核实验基地和北京故宫。
为了收回故宫的散失文物，大家想了各种各样的办法，有时是中央政府出面提供帮助，有时要靠参与人员发挥自己的聪明才智。
首先是政府发布征集文物的行政命令。命令一出，党、政、军机关，人民团体和事业单位，纷纷响应，将本单位收藏的物品登记造册，看其中是否有珍贵的文物。一旦发现就拨交故宫，由文物征集组进行鉴定。通过这种方法，故宫在政府和非政府部门共征集到了165061件文物。
徐邦达和文物局的工作是接收这些上交的文物，负责鉴别其真伪并将各件文物登记造册。他们通常在地处北京中心地带的北海公园的团城里做这项工作。1992年采访徐邦达时，他谈到了建国初期故宫博物院征集艺术品的其他几种办法。在紫禁城一个门洞上没有暖气设备的小房子里，徐邦达和张葱玉对人们带来的数量多得惊人的书画进行鉴定，这些人都愿意用其艺术品换取迫切需要的现金。每天从早到晚，徐邦达的工作就是从这些文物中搜检出最好的部分，把价钱压低，获得上级领导的批准后付钱买下来。因为许多著名的收藏家不住在北京，徐邦达偶尔还需要到外地去。吴湖帆是上海有名的艺术收藏家，政府准许他在有生之年保留他的收藏，但去世后就以“捐赠”的名义将其悉数没收，转交上海博物馆。而上海大收藏家庞元济的###就只好将其收藏品卖给了上海博物馆和故宫博物院。