1914年中华民国政府将热河避暑山庄和沈阳故宫的文物迁移至紫禁城的外廷，设立“古物陈列所”开放参观。
1925年9月，成立清室古物保管委员会，由李石曾出任委员长。清室善后委员会制定《故宫博物院临时组织大纲》、《故宫博物院临时董事会组织章程》及《故宫博物院临时理事会章程》。10月10日，在北京紫禁城建立“故宫博物院”（此时尚无设置院长）。
故宫博物院于抗日战争的前夕，选择重要文物南迁。
1931年，日本发动九一八事变侵占东北后，国民政府开始计划将博物院文物南运。隔年，日军攻占热河、进逼北平，故宫理事会要求博物院选择院藏文物菁华装箱储置，开始南运。
1936年12月，南迁文物由上海转运首都南京。
1937年1月，故宫博物院南京分院，即中央博物院正式成立。8月，上海爆发淞沪会战，南迁文物再由庄尚严等人第一批80箱南京文物迁至长沙；隔年11月再转运至贵州安顺暂置（1944年再运往四川巴县）。
1945年，抗日战争胜利后，南迁文物先集中运至重庆。
1947年6月，南迁文物由重庆循水路运回南京，至12月全数运抵。
1949年，1月6日第二批由招商局海沪轮于1月6日运出，1月9日到达基隆，共计3502箱（包括故宫博物院1680箱、中央博物院筹备处486箱、中央研究院历史语言研究所856箱、中央图书馆462箱、北平图书馆明清舆图18箱）。第三批文物由昆仑号军舰于1月29日运出，2月22日运抵基隆港，共1244箱；第三次原本计划搬运2000箱（包括故宫博物院1700箱、中央博物院筹备处150箱、中央图书馆150箱），但军舰一到海军部眷属就抢先上船，杭立武只好找海军司令桂永清解决，最后下令拆除办公桌，但由于运输舰舱位有限，最后只能运出1244箱（包括故宫博物院972箱、中央博物院筹备处150箱、中央图书馆28箱），剩下的故宫博物院728箱和中央图书馆28箱被迫留在南京。至此，总共有2972箱故宫博物院文物运台，南京还剩11178箱故宫文物，其中大部分在五十年代运回北京故宫，剩下两千多箱暂存南京至今。为阻止文物迁台，南京中央博物院共产党员陶孟和曾发动群众阻止，但未成功。
1949年8月23日，文物迁入台中县雾峰乡吉峰村，并成立“中央博物图书院馆联合管理处”，隶属于教育部，由杭立武部长兼任主任委员，并于台中县雾峰乡北沟觅地建筑库房（隔年4月落成，文物随即迁入）。11月，战时河南省存放在重庆中央大学柏溪分校的68箱出土文物，亦抢运到台湾并存放在台中市糖厂仓库。
1950年4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，运台文物随即迁入新库存贮。
1951年6月，成立两院存台文物清点委员会，延聘学者、专家为委员，进行重编箱号、抽查箱内文物，直到1954年才完成。这次清点也编制了《点查清册》，成为存台两院文物的原始清册。
1954年，“中央图书馆”在台北复馆，联管处改组，并开始出版重要资料。
1956年，“北沟文物陈列室”正式开放（后毁于九二一地震）。
1956年，早于台北故宫博物院，国民党当局在台湾建立第一座博物馆“文物美术馆”，收藏来自河南的38箱文物，加上日本归还掠夺的文物51箱，奠定了史博馆的“家底”。
1969年，订定《故宫博物院藏品征集办法》，在台湾展开增加藏品的行动。1967年-2008年8月期间，透过其它机关移交1,651件，受赠32,326件册，收购12,751件册，合计46,728件册。
2000年台湾地区政党轮替后，台湾“中央研究院”院士杜正胜接任院长，以去政治化、推动本土、中华与国际兼具之多元文化观，回归艺术文化本质经营故宫博物院。在此政策指引下，馆藏方向朝扩大至东南亚、南太平洋文物的趋势，以呼应台湾同胞与南岛文化的传承关系。
2002年，台湾当局台湾地区行政机构通过改建案。
2007年，台湾当局台湾地区行政机构提出修正故宫组织条例，将收藏“中国”文物改为“国内外文物”，被台湾地区立法机构否决。
1964年，台北故宫博物院正馆开始兴建。1966年，第一期新馆左右两翼扩建工程完竣。
1971年，第二期扩建工程从新馆两翼向前扩建完竣，陈列室面积达到8,777.41平方米。
1983年10月，成立“张大千先生纪念馆”。
2000年，杜正胜接任院长，计划进行第五期正馆扩充整建，并推动故宫南部院区之规划设立。
2007年2月，正馆扩充整建工程完工，展览空间达到9,613.91平方米、非专业展览用之公共空间则增加至10,656.98平方米、行政空间增至8,852.69平方米。同年，检调侦办故宫博物院改建扩建工程弊案，故宫先后任院长、官员涉入其中，总共15人遭起诉。
铜器－6,044件绘画－5,287件
瓷器－25,423件书法－3,046件
玉器－12,104件法帖－474件
漆器－707件丝绣－306件
珐琅器－2,510件成扇－1,651件
雕刻－651件善本书籍－198,459册
文具－2,379件清宫档案文献－386,729册件
钱币－6,953件满蒙藏文文献－11,501件
织品－138件拓片－895件
杂项－12,347件
台北故宫博物院70万件藏品（包括近40万件明清档案）堪称中国文化艺术之宝库，北京故宫博物院超过了180万件的珍藏（另有800万件明清档案拨交中国第一历史档案馆）同样无人匹敌。
金石：迁台的学者当时认为金石是最重要的，鼎是象征，所以拿走了不少（2382件）青铜器去台北。
陶瓷：陶瓷只拿走了一部分，计17934件。
宫廷：台北故宫博物院收藏有比较完备的宋元以及明代的帝后画像，多为故宫南熏殿旧藏，但没有清代帝后画像。
院长、副院长、主任秘书、参事
器物处、书画处、图书文献处、文创营销处、教育展资处、南院处、安全管理室、秘书室、人事室、主计室、政风室
蒋复璁（1965年9月－1983年1月）
秦孝仪（1983年－2000年）
杜正胜（2000年－2004年）
周功鑫（2008年－2012年）
陈其南（2018年—2019年）
李静慧（2019年）
2、团体参观票（10人以上）新台币230元；
4、至善园：新台币20元；
5、至德园：免费参观；
展览馆一区(正馆)：8：30——18：30；周五、周六夜间开放18：30——21：00，全年无休。
图书文献馆：9：00——17：00，周日、假日休馆。
至善园：9：00——19：00，周二至周日开放，周一休园。
儿童学艺中心：8：30——18：30，周五、周六延长至21：00，周三下午13：00以后闭馆。需申请预约，5-12岁学童为主。
故宫博物院中能用餐的地方共有三个，较大的故宫晶华位于第一展览区外部西侧，三希堂位于第一展览区四楼，富春居位于第二展览区，都提供中式餐饮及茶点，还有第一展览区一楼东侧的间居赋售卖西式茶点。
公交
自驾
1、高速公路北上路段，由台北滨江交流道下，走滨江街，左转上大直桥，下大直桥后，走北安路，进自强隧道，于故宫路与至善路口右转即可抵达。
2、高速公路由基隆方向南下，由内湖交流道下，左转快速道路，至内湖路一段，过自强隧道，于故宫路与至善路口转即可抵达。
4、台北市南港，经环东，堤顶大道，过自强隧道即可到达。
国民党“立委”柯志恩12日爆料，台北故宫博物院拟于2010年开始封馆3年，对此，台北故宫博物院院长陈其南回应称，“正准备评估这样的必要性。”柯志恩质疑，此举是想拿台北故宫博物院珍宝当选举工具。
台海网2022年10月30日报道，台北故宫博物院被曝2年内打破损毁3件国宝，中国国民党“立委”李贵敏批院长吴密察主政的故宫，管理、维护与保存一片散沙，1件毁损已令人难以接受，更何况一再毁损，2年毁损3件国宝，要求院长吴密下台。
2022年10月29日消息，台北故宫博物院入选2021年全球20大博物馆。
2021年5月14日，台北故宫博物院宣布，自15日起北部院区全面闭馆（含博物馆园区等公共空间），并暂停北部院区所有对外活动。后续恢复开馆日，将视疫情发展调整。