国立故宫博物院是隶属于中国行政院的中央二级机关，故宫院长为特任官，视同部会首长。它的前身是成立于京兆地方（今北京）紫禁城外廷的古物陈列所，1925年10月10日在紫禁城内廷另外组织了故宫博物院，后来因为抗日战争爆发辗转迁移至南京市和四川省等地，古物陈列所于第二次世界大战后裁撤并入国立中央博物院筹备处。随后第二次国共内战冲突导致时局再陷动荡，包括国立北平故宫博物院在内的6个机构于是在1948年11月10日决定迁往台湾，几经改组易名，最终由国立北平故宫博物院和国立中央博物院筹备处合并为国立故宫博物院，1965年11月12日在台北现址复院开幕。此后，博物馆致力打造成为文化创意产业加值应用的虚拟博物馆，馆舍也历经多次整修扩建。
中国成立后，临时政府和清廷达成《清室优待条件》协议，允许用外国君主礼节对待退位后的清朝宣统皇帝溥仪，并供给岁用400万银圆，皇族和他们的下属可以暂时居住在紫禁城内廷，于是溥仪宣布退位。后来金绍城在内务部总长朱启钤任内提议筹备古物陈列所，内务部便指派杨乃庚和治格等人会同清室内务府人员，将热河避暑山庄和盛京行宫内3,150箱约234,100余件文物分13批移至紫禁城外廷。1913年12月24日颁布《古物陈列所章程》；隔年2月4日在武英殿配殿成立古物陈列所，后续几座外廷建筑也划入作为办公和贮藏之用，武英殿和敬思殿内部则改建为陈列室，陈设古代皇室的搜藏，于10月11日下午2点开放各界参观。
国民革命军北伐平定京兆地方后，国民政府派易培基在1928年6月26日接收故宫博物院。国民政府委员会委员经亨颐旋即在隔日提案废除故宫博物院、筹备中央逆产处理委员会来处理拍卖或移置故宫文物，以及在南京成立中央博物院；中央古物保管委员会委员长张继为此呈文给中央政治会议驳斥抗议。国民政府后来在10月5日公布《故宫博物院组织法》和《故宫博物院理事会条例》，新设秘书处、总务处和文献馆，故宫博物院改直隶于国民政府，委员会制改为院长制，理事会成为院内议会和监督机关；10月8日又任命37名理事，并推李煜瀛为理事长，易培基为院长，易培基、张继和李宗侗为常务委员；此举形同间接否决了经亨颐的前两项议案。
关东军发动918事变占东北后，国民政府着手文物南迁计划。隔年，关东军攻陷热河，进逼北平，故宫博物院理事会决议古物南运，将院藏文物精华立即装箱并捆扎停当。随后李宗侗先行至南京筹备，经请示代理行政院院长宋子文，决定文物落脚上海。但反对南迁者以周肇祥为首的部分北平人士，聚众在太和门演讲与示威阻挠，后遭到北平当局制止。
随着华北情势告急，北平在1933年2月5日夜间宣布戒严，装箱文物连夜被几十辆板车轮流运上火车，隔天黎明启运。沿途有100名军政部宪兵和若干名院内警卫荷枪实弹戒备，由平汉铁路转陇海铁路再沿津浦铁路南下，首批文物在吴瀛和那志良等人押运停靠南京下关；3月中旬才将档案运到行政院大礼堂暂时落脚，古物和图书另以招商局江靖轮运抵上海法租界天主教堂街仁济医院内存放。随后马衡、袁同礼、沈兼士及俞同奎等人各押一批运抵，至5月15日止，共有5批文物抵上海，分别来自故宫博物院13,491箱、古物陈列所5,415箱、颐和园640箱与国子监11箱，合计19,557箱。同时又另外在英租界四川路向业广公司租了一层仓库，南迁各单位人员随后于文物存放地点就近承租数栋公寓作为宿舍和办事处，并在上海办事处主任欧阳道达带领下持续对南迁文物清点和重新审定编目的工作。
中国教育部于1933年4月选在南京北极阁中央研究院成立国立中央博物院筹备处，拟定《国立中央博物院暂行规则》，由傅斯年担任筹备处主任，翁文灏、李济和周仁分别为自然、人文与工艺3馆主任。李济在隔年7月接替筹备处主任，随后成立中央博物院建筑委员会，由9名委员推选翁文灏出任委员长；7月26日又推傅斯年、张道藩和丁文江为常务委员，梁思成为专门委员；并在8月4日致函南京市政府，拟征收土地作为博物院。10月5日，中央政治会议决议将古物陈列所文物划入国立中央博物院人文馆。隔年，《国立北平故宫博物院暂行组织条例》公布，国立北平故宫博物院隶属国民政府行政院；继又在4月4日于南京召开理事会，蔡元培任理事长，马衡实际授任院长；12月，理事会通过了沈兼士和王世杰在南京朝天宫成立南京分院与修建库房的议案。
国立中央博物院筹备处在1935年4月收到南京市政府函复后，主体建筑6月初便动工兴建，11月1日起施行《国立中央博物院筹备处暂行组织规程》。同年，国立北平故宫博物院着手筹画伦敦“中国艺术国际展览会”参展事宜。朝天宫库房新建工程接着在1936年3月展开。国立中央博物院筹备处稍后在4月15日成立理事会，会中拟定通过《国立中央博物院理事会议事细则》和《国立中央博物院各馆组织暂行通则》，由教育部会同中央研究院聘请13名理事，推定蔡元培为理事长，傅斯年为秘书。同年7月，国立历史博物馆所属南迁文物并入国立中央博物院筹备处。存放上海文物在12月17日全数迁入朝天宫地库，并于次年1月1日成立国立北平故宫博物院南京分院，北平和上海两办事处随即撤销。之后因为抗日战争全面爆发，敌机对南京频繁轰炸，国立中央博物院筹备处工程被迫在8月底停工。
淞沪会战爆发次日，迁运南京和国立中央博物院筹备处文物先后分南、中、北3路西迁。南路80箱文物是5月17日刚结束伦敦展览会运抵南京的精品，加上未提选赴展的〈散氏盘〉和〈快雪时晴帖〉等诸多传世孤品要件，随即登上由庄严、那志良和曾湛瑶等人押运的招商局建国轮，经南昌至汉口，在武昌转ink">汽车抵长沙，存放在湖南大学图书馆地下室；隔年11月运往桂林；1938年1月31日迁至贵阳六广门一处花园内；隔年2月又移至安顺华严洞存放，由庄严出任安顺办事处主任，期间拣选了100件贮于洞中的文物赴莫斯科和列宁格勒（今圣彼得堡）参加“中国艺术展览会”；1944年冬再迁往四川巴县。
中路9,370箱文物，由杭立武和杨师庚等人押运招商局江安轮与英商黄埔轮沿长江水路，先后在1937年11月9日和12月2日运抵汉口；后仓促从宜昌运至重庆，暂时存放在四川禁烟局仓库，接着又不断更换位置；1939年春再迁往宜宾，9月中旬抵达乐山安谷乡，由欧阳道达出任乐山办事处主任，因条件恶劣，部分文物常遭白蚁和仓库渗漏危害。1939年6月，国立中央博物院筹备处部分贮放重庆的143箱文物也先后3批分别转往昆明和乐山；隔年8月再分别迁到贵州安顺和四川南溪李庄镇，与中央研究院历史语言研究所合署办公。
北路7,285箱文物，由马彦祥、那志良、吴玉璋、梁廷炜和曾湛瑶等人分3批设法在大屠杀5天前押离南京，沿津浦铁路至徐州，转陇海铁路经西安运至宝鸡关帝庙和城隍庙暂存，后改汽车载运，历时48天才在1938年4月10日分别运达汉中文庙与褒城宗营镇的马家祠堂、范家祠堂和大庙；5月26日起经四川广元蜀道翻越秦岭，历时10个月全数迁到成都大慈寺；同年7月11日全部运抵峨眉东门外大佛寺和西门外武庙安置，由那志良出任峨眉办事处主任；1942年春又纳入东门外金顶山脚土主祠和附近许氏祠堂来分散贮放风险。总计3路西迁抢运出16,735箱文物，2,953箱文物因长江下游已封锁而滞留南京；日军占领南京后腾出文物库房，连同朝天宫一起改为伤兵医院。
淮海战役爆发后，随即由行政院院长兼任国立北平故宫博物院理事长的翁文灏在1948年11月10日召开理事会，会中杭立武、朱家骅、傅斯年、李济和王世杰等理事均同意由各机关拣选精品运往台湾。会后国立北平故宫博物院、国立中央博物院筹备处、中央研究院历史语言研究所、国立中央图书馆、国立北平图书馆和中国外交部等机构共同成立中央文物联合保管处，由杭立武统筹文物运台事宜；杨师庚和芮逸夫先前往台湾进行勘察部署作业。
1949年8月31日，中央文物联合保管处和中华教育电影制片厂合并为国立中央博物图书院馆联合管理处（简称联管处），隶属于中国教育部，由部长杭立武兼任主任委员。最初设址于台中糖厂旁的香蕉市场对面（今台中市政府警察局三分局立德派出所附近），其后，联管处拨款新台币41,200元在台中县雾峰乡吉峰村（今台中市雾峰区吉峰里）北沟山麓承租面积104,337平方米农地，再以新台币49万余元委由泰基工程司进行整体规划，新建3座文物库房、1栋办公室和U字形防空坑道等，并在1950年4月13日开始迁入。5月10日公布《国立故宫中央博物院共同理事会组织规程》，理事会稍后在7月17日成立，21名理事推定李敬斋为理事长，王世杰、朱家骅、傅斯年、罗家伦、丘念台、余井塘和程天放等人为常务理事，杭立武理事兼任秘书。1951年6月16日，两院存台文物清点委员会成立，由共同理事成员会同专家分批进行简目性质的文物帐籍，直到1954年才告完成；这次清点编制的《国立故宫中央博物院理事会点查两院存台文物点查清册》成为日后盘点的原始清册。联管处同时也着手集结两院珍藏出版图书，后续又向亚洲基金会请得补助款成立出版部门。
之后，国立中央图书馆恢复建制并接收国立北平图书馆文物，联管处于是在1955年1月更名为中央运台文物联合管理处。同年11月撤销教育电影组后，改为国立故宫中央博物院联合管理处。1956年5月，亚洲基金会补助新台币688,000元设立面积56平方米的北沟文物陈列室，教育部另外拨款新台币288,000元订制陈列柜、铁栅门和修建环境道路等；展厅于隔年3月24日举行预展，25日起定期展览。之后受亨利·鲁斯邀请到华府、纽约、波士顿、芝加哥和旧金山等5个城市举办“中国古艺术品展览”，间接影响了ink">美国学术界对于中国艺术的研究和评价，接着在1963年与密歇根大学安娜堡分校合作成立中国相片档案中心，为两院的书画和器物进行照片与幻灯片拍摄，作为美国各大学和研究机构对古代中国艺术史有系统研究的基础。隔年又赴纽约参加“世界博览会”。
北沟文物陈列室受限于展示空间狭隘且所处地点偏僻，社会教育功能无法有效发挥，加上简陋馆舍难敌雨水渗入库房的危害，两院共同理事会于是在1959年12月7日常务理事会提议于台北兴建现代化博物馆，由两院共同理事会理事长王云五经请行政院院长陈诚同意拨款新台币6,200万元兴建，隔年9月便设立两院迁建小组展开新馆筹备工作。1965年8月16日公布《国立故宫博物院管理委员会临时组织规程》，国立故宫中央博物院联合管理处人员和其文物编入国立故宫博物院，并恢复建制隶属于行政院。管理委员会主任委员王云五在后续召开的会议中通过蒋复璁为院长的人事案，又选定于11月12日孙文百岁冥诞在台北市士林区外双溪流域现址开幕，时任总统蒋中正为此题署了“中山博物院”门额，厅内并设置孙文铜像作为纪念。之后，《国立故宫博物院办事细则》、《国立故宫博物院组织条例》和《国立故宫博物院管理委员会设置要点》等法条相继颁布施行。
国立故宫博物院依据2008年3月7日行政院核定的《国立故宫博物院处务规程》，以“一个组织、一套制度、全宗典藏、分处管理、文物不分散”规章营运位阶平衡的北部院区和南部院区。
国立故宫博物院位于台北市士林区现址的北部院区，占地212,000余平方米，总楼地板面积58,145平方米。正馆建筑设计起初由共同理事会常务委员兼两院迁建小组召集人王世杰在1961年邀请王大闳、吴文喜、杨卓成等5名建筑师以不公开竞图方式产生，后来王大闳结合密斯·凡德罗简约风格理念与双曲面倒伞状结构屋顶的现代主义建筑形式胜出；但副总统兼行政院院长陈诚对此结果不甚满意，评审之一的陈其宽转而委托建筑师黄宝瑜重新设计并执行此案。1962年6月18日举行了开工奠基仪式，黄色正脊和绿色琉璃瓦盝顶式明堂建筑，配上米黄色石英质无釉面砖外墙，主体在1965年8月落成，同年11月12日启用。两翼建筑和护龙大致沿用相同立面形式，分别在1967年8月和1970年3月完工，使正馆整体格局呈中轴对称的凹字形配置；该配置之建筑本体和前方地景、华表大道、天下为公牌楼等并于2020年10月26日公告列属台北市历史建筑；后方钢筋水泥壁的山洞库房为1974年所建。接着在2007年2月8日完成参观动线改善和建物耐震补强工程，现正馆面积为24,124平方米。
行政大楼面积12,496平方米，在1984年3月启用后，除了瓷器品项仍贮于山洞库房外，其余藏品陆续都移置行政大楼地下室自动化的库房内，正馆展厅也全面建立起防火、防震、防盗和恒温、恒湿等管控措施。1996年4月启用开放的图书文献大楼面积13,814平方米，大宗善本古籍和档案文献改贮藏于此。其中一楼1,220平方米的场域规划为第二展览区，用于举办各项特别展览；二楼至四楼的图书文献馆则采取开架陈列方式，供各界提阅古籍和文献的副本，以及阅览参考各种艺术文化、文物维护和博物馆学等类别的中、外文图书与学术期刊等。由于院区馆舍空间仍不足以因应组织扩编后的办公需求及日益增加的典藏和访客量，时任院长林正仪任内提出“新故宫计划”，计划中的整扩建故宫北院包含图书文献大楼及研究大楼整建工程、第二行政大楼整建工程、新行政大楼及新图书馆新建工程、正馆整建工程。
此外，1983年10月在张大千遗赠的台北故居摩耶精舍成立张大千先生纪念馆；隔年仿效养心殿西室书房于正馆四楼规划三希堂来提供游客茶点和热食。1985年和1994年于馆舍两侧再仿效中国园林分别设置至善园与至德园。正馆右前方面积4,810平方米由姚仁喜设计的帷幕墙建筑，是以BOT模式兴建运转的故宫晶华餐厅，自2008年6月25日开幕营运以来，除了结合国立故宫博物院藏品推出国宝宴，也提供各式中华料理和台湾小吃。
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国立北平故宫博物院南京分院，1933年文物南迁后成立
国立故宫博物院藏有9世纪中期以降持续至当代的绘画作品，形式上多为可悬于厅堂的水墨画挂轴。各种类型题材的水墨画作以画家模拟物象再现真理，走向内心自我投射的10世纪晚期至14世纪山水画对东方人文思想尤具启发，也是风景画发展过程中重要里程的见证。像是范宽在中轴鼎立的山势下缀有商旅和建筑等点景，传达万物生息不灭，人如同浩瀚宇宙间短暂过客哲理的〈谿山行旅图〉；郭熙呈现冬、春交替之际，大地瑞雪消融和水汽烟岚的复苏景象，同时以稳定构图寓意君臣伦理尊卑秩序的〈早春图〉；李唐融合主峰鼎立与近景松林溪涧，展现大自然顽强生命力和诗意追求的〈万壑松风图〉；马远描绘文士带着携琴僮仆外出春游，衣袖无意间触动了野花并惊吓到柳枝上啼莺的〈山径春行图〉；夏珪在熟纸长卷上用渴墨绘形廓和肌理，随即以湿笔擦染，表现江南景色淋漓壮阔的〈溪山清远图〉；武元直描写苏轼偕同两位友人及船夫于赤壁夹岸江面泛舟夜游，缅怀古代英雄和战争场景的〈赤壁图〉；赵孟