农村宅基地存在的主要问题，法律分析：第一种是所谓的空心村问题。所谓的空心村，指的是原来村庄内部的房屋由于农民的搬迁而被废弃，同时在老村的外围或临近的交通线路附近建起新的农房。也就是说，村庄的边界在不断向外围扩展，同时老村子呈现出越来越衰败
法律分析：
第二种是所谓的一户多宅问题。按照我国的宅基地管理规定，农村实行一户一宅。但是，各地农村在实际的过程中，还是出现了一户多宅的现象。一户多宅在不同区域的农村表现的程度不一样，在华北平原地区，宅基地管理一向来较为规范和严格，因此一户多宅的现象并不多见，而在丘陵地区及山区农村，人口居住本来就较为分散，乡村组织都没有多大的动力去管，因此一户多宅的现象相对更多一些。
第三种是所谓的分散居住问题。农民分散居住带来的问题是增加公共品供给的成本，这应该是我国农村地区普遍面临的问题。当然，不同的农村地区居住分散的程度是不一样的。在北方平原地区，基于各种原因其居住是较为集中和紧密的。而在成都平原及南方丘陵地区，农民的居住分散程度则要高得多。
法律依据：
《农村宅基地管理办法》第九条农村村民一户只能拥有一处宅基地，使用耕地最高不得超过125平方米用其他土地最高不得超过140平方米区有条件利用荒地、荒坡的，最高不得超过160平方米。
宅基地的用地面积限额为：三人及三人以下的农户75m2以内，四人的农户100m2以内，五人的农户110m2以内人及六人以上的农户125m2以内。
使用非耕地的，每档最高可增加15m2区有条件利用荒坡、荒山建房的，每档最高可增加35m2。
实施旧村改造、下山移民拆除面积超出用地限额20m2以上的，可放宽一个档次的用地限额。
法律主观：
《中华人民共和国土地管理法》
第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民住宅用地，由乡镇人民政府审核批准；
其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
宅基地是农户用作住宅基地而占有、利用本集体所有的土地。宅基地制度确立于1986年，由于其兼具财产权与保障权双重属性，在该制度设立之初曾对农民权益保护起到过重要作用。然而，随着我国城市化与工业化进程的不断深入，该制度存在的问题日益凸显。主要包括以下几个方面：
一、按“户”分配引发的问题为了保障农民的居住需要，宅基地制度采用按“户”分配的方式确定使用面积。农民在利益驱动下产生以“分户”的方式谋取额外利益的想法，而户籍管理制度的改革又使这种想法成为可能。一户多宅的情况大量出现，不仅造成土地资源的严重浪费，同时也使得部分家庭新增人口无法通过正常渠道申请获得宅基地，容易引发社会矛盾。
三、集中居住引发的问题为了节约土地资源，有效的利用基础设施，集中建楼供村民居住已经成为新农村建设的一大特色。这种做法引发的问题主要有：
1、集中居住占用的土地如何补偿农民集中居住需要使用他人的承包地或跨村组用地，必然会涉及土地承包经营权和土地所有权的调整的问题，而占用农民的土地应当由谁补偿、如何补偿成为农民集中居住用地的重要问题。
2、集中居住的土地如何确权登记集中居住后，土地的所有权与使用权应如何确定实践中主要有两种做法。一是跨组的确定给村集体，跨村的确定给乡镇集体。但是这种做法仍值得商榷，因为我国村和乡镇两级集体经济组织并不健全。二是将集中居住区用地转为国有土地，虚化土地所有权，强化土地使用权。这种做法相对简单问题较少。
3、集中居住后农民新增人员怎么办根据土地管理法律法规的规定，农民家庭中新增加的人口如果符合宅基地申请条件，可以申请宅基地建房。该法律明确赋予的权利在集中居住的情况下却难以实现。
四、完善宅基地制度的建议完善宅基地制度必须在允许宅基地使用权流转的前提下进行。宅基地使用权的流转不仅是市场经济的需要，同时也是保护宅基地用益物权的需要。作为农民依身份而获得的福利待遇。宅基地虽然具有保障权性质，但是从根本上来说，其更属于财产权，赋予农民自由处分的权利不仅能盘活宅基地，对提高土地利用率也具有积极意义。在允许宅基地流转的前提下，改变原有按“户”分配的方式，按人头平均分配更能体现人人均等的价值取向。对于集中居住占用农民土地的，应当参照征地补偿办法，一次性给予补偿。失地农民为集体经济组织成员的，可以租赁或转包其他农民的土地耕种，也可以改变谋生方式到外打工。预留一部分土地或房屋解决新增人员住房问题。