根据《国务院机构改革方案》新组建的自然资源部，是将原国土资源部的职责，国家发改委的组织编制主体功能区规划职责，住建部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，原农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，原国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，原国家海洋局的职责，原国家测绘局的职责整合，组建自然资源部，作为国务院组成部门，自然资源部对外保留国家海洋局牌子。不再保留国土资源部、海洋局、国家测绘地理信息局。
据公开信息的统计，由自然资源部（本级）、国家林业和草原局、中国地质调查局管理的局级单位（含机关内设司局、派出机构、直属单位）共200家。（数据仅供参考，如有不准确，请联系修改）
机构设置（部本级）
国家林业和草原局（自然资源部管理的国家局）中国地质调查局（副部级事业单位）
内设机构（部本级27家）
办公厅
综合司
法规司
自然资源调查监测司
自然资源确权登记局
自然资源所有者权益司
自然资源开发利用司
国土空间规划局
国土空间用途管制司
国土空间生态修复司
耕地保护监督司
地质勘查管理司
矿业权管理司
矿产资源保护监督司
海洋战略规划与经济司
海域海岛管理司
海洋预警监测司
国土测绘司
地理信息管理司
国家自然资源总督察办公室
执法局
科技发展司
国际合作司(海洋权益司)
财务与资金运用司
人事司
机关党委
离退休干部局
派出机构（16家）
国家自然资源督察北京局
国家自然资源督察沈阳局
国家自然资源督察上海局
国家自然资源督察南京局
国家自然资源督察济南局
国家自然资源督察广州局
国家自然资源督察武汉局
国家自然资源督察成都局
国家自然资源督察西安局
陕西测绘地理信息局
黑龙江测绘地理信息局
四川测绘地理信息局
海南测绘地理信息局
自然资源部北海局
自然资源部东海局
自然资源部南海局
直属单位（部本级50家）
机关服务局
咨询研究中心
信息中心
国家海洋信息中心
财务服务中心
宣教中心
评审中心
人力中心
宝石中心
整治中心
经研院
规划院
中国大地出版社（地质出版社）
自然资源报社
博物馆
油气中心
不动产登记中心
中央地质勘查基金管理中心
地图技术审查中心
测绘发展研究中心
中国测绘科学研究院
国家基础地理信息中心
国土卫星遥感应用中心
职业技能鉴定指导中心
国家测绘产品质量检验测试中心
重庆测绘院
三亚测绘技术开发服务培训中心
北戴河休养院
中国地图出版集团
国家海洋局极地考察办公室
中国大洋矿产资源研究开发协会办公室
国家海洋技术中心
国家海洋环境预报中心
中国极地研究中心
国家海洋标准计量中心
国家海洋卫星应用中心
海洋减灾中心
海洋咨询中心
国家深海基地管理中心
海岛研究中心
第一海洋研究所
第二海洋研究所
第三海洋研究所
第四海洋研究所（中国-东盟国家海洋科技联合研发中心）
天津海水淡化与综合利用研究所
海洋发展战略研究所
国家南极考察训练基地
海洋出版社
中国海洋报社
城乡规划管理中心
国家林业和草原局
内设司局（局本级16家）
办公室
生态保护修复司（全国绿化委员会办公室）
森林资源管理司
草原管理司
湿地管理司（中华人民共和国国际湿地公约履约办公室）
荒漠化防治司
野生动植物保护司（中华人民共和国濒危物种进出口管理办公室）
自然保护地管理司
林业和草原改革发展司
国有林场和种苗管理司
森林公安局
规划财务司
国际合作司（港澳台办公室）
直属单位（局本级21家）
西北华北东北防护林建设局
国家林业和草原局林业工作站管理总站
国家林业和草原局科技发展中心（国家林业和草原局植物新品种保护办公室）