一、总体要求（一）指导思想以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻习近平生态文明思想，认真落实党中央、国务院决策部署，牢固树立尊重自然、顺应自然、保护自然的理念，坚持问题导向，解决矛盾冲突，科学界定自然保护区范围，优化功能分区，细化管控措施，加强和改进自然保护区管理，确保重要生态系统、自然遗迹、自然景观和生物多样性得到有效保护，筑牢国家生态安全屏障。（二）基本原则1.科学评估，合理调整。以生物多样性评估为基础，建立科学评价体系，着眼解决现实矛盾冲突和历史遗留问题，为确定合理的优化调整方案做好准备。2.应划尽划，应保尽保。保持自然生态系统完整性和生态廊道连通性，划入与调出相结合，将应该保护的地方都保护起来，谋划新设一批自然保护区等自然保护地。3.实事求是，简便易行。不预设自然保护区面积，简化功能分区，采取差别化管控措施，对生态搬迁、永久基本农田、镇村、矿业权等逐步退出设置过渡期，依法加强产权保护，稳妥推进。4.统筹协调，做好衔接。结合国土空间规划编制，衔接三条控制线划定，与生态保护红线评估调整同步开展，与永久基本农田核实整改协调推进，合理安排生产、生活、生态空间。
四、完善功能分区自然保护区功能分区由核心区、缓冲区、实验区转为核心保护区和一般控制区。（一）由于原自然保护区核心区、缓冲区管控要求基本接近，故一般情况下，将自然保护区原核心区和原缓冲区转为核心保护区，将原实验区转为一般控制区。（二）自然保护区原实验区内无人为活动且具有重要保护价值的区域，特别是国家和省级重点保护野生动植物分布的关键区域、生态廊道的重要节点、重要自然遗迹等，也应转为核心保护区。（三）自然保护区原核心区和原缓冲区有以下情况，可调整为一般控制区：自然保护区设立之前就存在的合法水利水电等设施；历史文化名村、少数民族特色村寨和重要人文景观合法建筑，包括有历史文化价值的遗址遗迹、寺庙、名人故居、纪念馆等有纪念意义的场所。
六、加强组织领导自然保护区优化调整前期有关工作，任务重、情况复杂、涉及面广，各省（区、市）要切实提高政治站位，加强组织领导，坚持科学态度，严密组织实施，做到应保尽保，应划尽划，进一步强化自然保护地管理。自然资源部、国家林业和草原局（国家公园管理局）应会同生态环境部等有关部门加强对地方指导监督，督促地方抓紧编制形成自然保护区调整预案，推动优化调整前期有关工作科学、规范、有序开展。调整预案经省（区、市）人民政府同意后，由各省（区、市）自然资源主管部门、林业和草原主管部门联合报自然资源部、国家林业和草原局。