浦东新区税务局、自贸区税务分局、市税务三分局，市局机关各业务处室，市局电子税务管理中心、市局票证管理中心：
第一阶段(挂牌前准备阶段)：即日起至2014年1月28日，完成自贸区税务分局正式挂牌前的筹备工作，做好人员配备、培训与基础设施建设、综合征管软件代码对照以及系统测试等工作，为双轨制并行奠定基础。
第二阶段(系统并行阶段)：2014年1月28日至2014年4月5日，自贸区税务分局正式挂牌，实行双轨制运作，新办企业使用新税号(310141)，存量企业继续使用原税号(310115)分别开展管理，期间做好宣传告知、培训等系统变更前的准备工作。
第三阶段(系统切换与后续运行阶段)：2014年4月5日以后，完成征管系统数据切换，数据切换后，自贸区税务分局户管企业全部使用新税号(310141)，由自贸区税务分局做好税务登记换证、企业端税控设备的变更发行及后续管理等一系列工作。
一、自贸区税务分局挂牌前筹备，奠定双轨制运行基础(第一阶段)
(一)税务登记
1.自贸区税务分局应于1月27日前完成税务登记人员的岗前培训，完成税务登记人员的岗责配置，完成税务登记流程测试，保证挂牌后新办纳税人的正常登记不受影响。
2.浦东新区税务局应于1月27日前将原由自贸区税务分局管理的浦东企业(含三高地区企业等)接收到位，安排管理所开展日常征管。同时，将部分原由浦东新区税务局管理的自贸区企业户管，整体划转至自贸区税务分局。
3.浦东新区税务局和自贸区税务分局应在1月27日前统计全部涉及调整企业的基本情况，整理涉及调整企业的户管档案资料，并向所有涉及调整企业制发《告纳税人书》(附件1)，详细告知纳税人调整后办税服务厅地址、管理所、管理员联系方式等事项。
(二)发票管理
1.仓库建设。自贸区税务分局应于1月15日前完成新发票、税收票证仓库的选址与基础建设，并在综合征管软件内设立发票内仓，根据机构设置情况配置发票外仓，对所有发票存放点安装、配置红外线探头、公安联网、灭火设备等配套安保、消防设施，市局将对仓库安全情况进行检查。
2.发票调拨。自贸区税务分局应根据前期情况，估算所需发票种类及用量，票证管理中心应及时完成发票调度，配送足额发票至自贸区税务分局内仓，由自贸区税务分局做好外仓的发票配送。
3.发票发售。挂牌后自贸区税务分局办税服务厅应设立专窗并配备专人开展新办企业的发票发售工作，逐日做好发票销售情况统计与库存盘点，发票仓库管理员及发售人员应进行岗前培训，严防误售现象发生。
(三)纳税申报及税控管理
网上申报及各类税控设备运维商应于1月27日前在自贸区税务分局办税服务厅设立专点，派驻专人保证挂牌后日常工作不断不乱。
(四)系统调整
自贸区税务分局应在1月26日前完成参数表和代码表的设置、各类系统涉税业务全方位测试等工作，在上线运行前不断完善优化系统。
(五)收入核算业务
1.税收分析预测。3月份前，税收分析、月度和年度收入预测表由浦东新区税务局统一报市局，自贸区税务分局负责向浦东新区税务局提供有关数据信息。
2.会计核算。1月底前，自贸区税务分局应完成入库销号、对账、记账、生成报表等业务的测试工作;1月27日前，自贸区税务分局应建立与国库浦东支库的网络线路连接，以及做好人员衔接工作。
3.税收票证。1月27日前，自贸区税务分局应按需刻制各类新版票证章戳并报市局备案;1月20日前，自贸区税务分局应将2014年2月、3月及4-6月的各类票证用量上报市局。
二、开展双轨制运行，做好系统数据切换前准备(第二阶段)
1月28日自贸区税务分局将正式挂牌成立后，实行双轨制运作，即：新开企业使用自贸区税号(310141)，存量企业使用浦东税号(310115)。
(一)新办企业具体管理要求
挂牌后自贸区税务分局应设置专人专岗负责新开企业的日常管理工作。
1.设立专窗受理涉税事项。自贸区税务分局办税服务厅应设立专窗，负责新办企业的纳税申报、发票发售、税务登记等涉税事项受理;1月28日至4月5日期间，自贸区新办企业均应至自贸区税务分局办税服务厅办理申报、领票等涉税事项，自贸区税务分局应做好引导工作;发票仓库内应设置独立区域，单独保管自贸区新办企业内仓发票，逐日做好各仓发票的销售情况统计与库存盘点，严防误售现象发生。
2.设立专职所管理新办企业。自贸区税务分局应安排专职管理所管理新办企业，做到户管分配到人，加强管理，优化服务。
3.设置专人审批涉税流程。双轨制运作期间，自贸区税务分局各职能部门(含各业务科室、涉税审批所等)应设置专人配备新系统岗责，负责新办企业涉税事项的审批工作。
(二)存量企业具体管理要求
自贸区税务分局在挂牌后应做好存量企业的数据统计、宣传告知、清理各类涉税事项等工作，为第三阶段工作奠定基础。
1.税务登记。浦东新区税务局应整理涉及调整存量企业的所有纸质档案资料，并于2月内与自贸区税务分局完成资料的移交接，交接过程中须注意档案资料的签收，防范遗失;涉及调整存量企业税务登记证件将由市局税务登记中心统一制作，交接后自贸区税务分局应安排专人保管新证。
2.发票管理。自贸区税务分局应加强原发票外仓与新设立的发票内、外仓的日常管理工作，坚决杜绝存量企业与新办企业在发票发售等管理事项的交叉混用现象;同时应在满足需求的前提下，限量供应涉及调整企业的各种发票，停止对涉及调整企业的自印冠名发票、套章发票的审批，如有特殊情况的，批印数量控制至2014年3月底。
3.税控设备。自贸区税务分局应统计全部涉及调整企业的税控设备使用情况，并于3月底前向所有涉及调整户管企业发出《税号变更通知书》(附件2)、《税号变更涉及事项须知》(附件3)，属税控企业需同时发出《税控企业变更情况表》(附件4)。
4.收入核算业务
(1)会计核算
市局：应对入库、欠税等历史数据进行处理，保证企业迁移后自贸区税务分局退库流程正常、欠税核算正确以及入退库历史数据可明细查询;3月份关账后，在征管系统中完成“洋山港户管认定”、“洋山港收入划转”有关模块的调整。
自贸区税务分局：2月份起，自贸区税务分局应做好每日销号，以及与国库日、月对账等工作，并应按月报送会统计报表。
(2)票证管理
实物票证。3月30日前，浦东新区税务局移出税务所应以所为单位，按用票部门、用票人对票证进行实物盘点，对已敲过票证专用章戳的票证作作废处理。制作打印各类票证报表、空白票证结存明细清单(含票证种类、字别、数量、号码段)。
章戳管理。3月31日，浦东新区税务局将移出税务所各类票证业务专用章收齐销毁，并于4月10日前将《销毁报告表》、《销毁清册》上报市局。
(3)重点税源
自贸区税务分局：配置重点税源专用电脑，并于2月28日前完成重点税源TRAS系统及其任务集安装工作。
5.个人所得税《税收完税证明》的日常打印管理
(1)日常打印管理。个人所得税纳税人因特殊需要需取得《税收完税证明》，一般情况可持本人有效身份证件原件，前往主管税务机关办税服务厅申请开具相应期间实际缴纳个人所得税的《税收完税证明》。调整前，仍由浦东新区税务局负责打印管理工作;调整后，使用新税号在自贸区税务分局进行打印。
(2)2013年度批量打印和送达工作。2014年2月按原税号打印个人所得税《税收完税证明》，送达过程中发生的退信，由浦东新区税务局协调自贸区税务分局处理。
6.稽查案件管理
(3)关于浦东新区税务局在综合征管软件中稽查数据的清理。浦东新区税务局应在调整前对征管系统中稽查案件数进行清理，并于3月23日前清理完毕。
7.12万元以上收入个人所得税自行纳税申报
(1)双轨制运作开始前，浦东新区税务局应告知应申报人员有关自贸区税务分局办税服务厅地址，并做好已在浦东新区办税服务厅申报的涉及调整应申报纳税人纸质资料移交接工作。
(2)双轨制运作开始后，自贸区税务分局应做好所辖应申报纳税人自行纳税申报工作。
(3)涉及调整企业的后续管理工作由自贸区税务分局开展。
8.企业所得税汇算清缴
2013年度企业所得税汇算清缴工作双轨制运作之日起，浦东新区税务局和自贸区税务分局应按《上海市国家税务局上海市地方税务局关于做好2013年度本市居民企业所得税汇算清缴工作的通知》(沪国税所〔2013〕41号)的要求，做好各自所辖纳税人的企业所得税汇算清缴及其后续管理工作。
三、完成系统数据转换，全部企业并入日常征管(第三阶段)
4月5日至4月7日，由市局完成各项系统内的数据切换，全面将存量企业的税号由310115转变为310141，系统数据切换后，自贸区税务分局应做好企业端税控设备的变更发行及后续管理工作。
1.自贸区税务分局负责存量企业的税务登记证换发工作。换发工作应结合税控设备变更等纳税人现场办理工作环节，同步开展，避免纳税人多次往返奔波，并应综合考虑办公场地承受力等因素，安排、通知纳税人分批、有序开展。自贸区税务分局涉及私营企业跨区经营报验登记情况的，应在4月5日后，由自贸区税务分局在综合征管软件中进行报验登记开业操作。
2.增值税一般纳税人资格。增值税一般纳税人资格无需由纳税人重新申请，由征管系统自动转换承续;自贸区税务分局应在换发新税务登记证同时，做好一般纳税人税务登记证副本的盖章工作。
1.根据存量企业经营的实际情况，本着“先清理后供应”的原则，自贸区税务分局应做好换领和供应各类发票、核发新《发票领购簿》等工作;换票过程中发现遗失发票情况的企业，由自贸区税务分局依法进行处罚。
2.在税控设备变更时，自贸区税务分局应将涉及调整企业剩余的空白增值税专用发票、货运发票、机动车销售发票及需通过税控机具开具的各类发票按规定清理缴销，并在《发票领购簿》和综合征管软件中做好销号记录。
在变更完成后，以25份为单位，按从高原则向涉及变更企业提供。存量企业应在取得新的税务登记号后，尽快刻制带新税号的发票专用章;存量企业凭原《发票领购簿》、新的税务登记证件和新的发票专用章，领购增值税专用发票和普通发票;凡使用冠名发票、套章发票或在发票上已加盖发票专用章的，仅限于2014年6月底前在本市使用。
(三)税控系统变更
(2)金税系统信息录入。在系统数据变更结束、税控设备变更开始前，自贸区税务分局应在金税系统中做好变更企业的基础信息录入工作，信息录入中应防范误核开票限额等风险。
(3)发票缴销。在税控设备变更时对涉及调整企业剩余的空白增值税专用发票、货运发票、机动车销售发票及需通过税控机器开具的各类发票按规定清理缴销，并在《发票领购簿》和综合征管软件中做好销号记录。
(6)重新发行金税卡。自贸区税务分局(或浦东新区税务局)应使用自贸区(310141)发行卡在发行系统中对开票金税卡重新发行。
(7)装机验收。爱信诺公司应在金税卡重新发行后为调整企业进行装机，调整企业应在装机完成后签收确认。
(9)增值税专用发票抵扣联认证。正式更新后180天内，自贸区税务分局应做好变更企业原税号增值税专用发票抵扣联及新税号增值税专用发票抵扣联的认证工作。
(10)先比对后抵扣的海关进口专用缴款书的稽核结果，由征管系统实行新老税号自动对接，便于纳税人申报抵扣。
(11)自贸区税务分局应做好变更企业税号调整后的后续工作，包括原税号红字通用单开具、已抄报税证明单出具、发票核查信息传递与办理等。
2.防伪税控盘、税控收款机、货运自开票及机动车销售企业
防伪税控盘、税控收款机税号变更与防伪税控系统变更相仿，其场地、设备准备的具体组织实施可借鉴防伪税控系统变更。纳入税控收款机发票明细数据采集的企业在开始变更税控机、器税号前，必须完成上个申报期开票明细数据的上传，设备税号变更完成后将无法上传使用原税号开具的发票数据。
3.核查信息的处理
4.通用机打发票
税号变更后，企业应重新下载、安装开票软件后方可开具带有新税号的机打发票;企业在重新下载、安装开票软件前必须完成全部历史开票数据的明细上传，开票软件重装后将无法上传使用原税号开具的发票数据;设备维护商应告知企业上传明细数据及下载、安装通用机打开票软件的路径、方式，并安排客服人员为纳税人解决上传、下载、使用中遇到的问题。
(四)电子申报和网上认证
1.浦东新区税务局的对口电子申报和网上认证服务公司应继续做好调整前后的服务工作。
1.收入分析预测。2014年4月份起，每个月的税收分析报告以及月度和年度税收预测表由浦东新区税务局、自贸区税务分局分头编制上报。
2.重点税源管理
自贸区税务分局：(1)做好2014年1月、2月总局级和市局级重点税源企业分月数据核对工作，并分别于4月25日、28日前与3月份总局级、市局级重点税源数据一起上报市局;(2)4月份起，自贸区税务分局需按市局重点税源工作有关要求，单独上报总局级、市局级重点税源企业数据。
3.会统计核算
市局：协商市财政、国库部门完成移入企业1-3月收入的调库工作;户管调整后，市局统一生成2013年会计账簿期初数，应将涉及变更企业上年期末数据由浦东新区税务局调整至自贸区税务分局期初数。
4.票证管理
4月份起，自贸区税务分局负责本单位税收票证印制计划上报，票证领发、保管、开具、作废、结报缴销、停用、交回、损失核销、移交、核算、归档、审核、检查、销毁等工作。
(七)出口退税管理
1.出口货物退(免)税认定变更
税号变更后，自贸区税务分局应按浦东税务局原所辖出口企业涉及出口货物退(免)税认定的各项变更信息(如征税机关名称、纳税人识别号、企业业务分组等)，编制出口货物退(免)税认定变更清单(以下简称变更清单，一式二份)，在变更清单中，应注明出口企业的类型(即外贸或生产)，然后加盖公章后交市税务三分局进行出口货物退(免)税认定变更。
2.市税务三分局收到自贸区税务分局变更清单后，应做好以下工作：
(1)在10个工作日内完成对变更信息系统维护工作，并将变更清单(一份)盖章确认后返还自贸区税务分局。
(2)对变更清单中的外贸企业，按新的纳税人识别号上传企业FA信息，确保增值税专用发票信息的正常清分。