根据中央统一部署，有关部门于2004年11月至2005年6月联合集中开展了互联网站清理整顿工作。在集中行动中，各部门按照《集中开展互联网站清理整顿工作方案》狠抓落实、积极行动、密切配合，积累了一定的协调工作经验，为下一步做好互联网站日常监督和管理工作奠定了良好的基础。
互联网站管理协调工作方案
一、建立日常协调体制，切实加强互联网站管理沟通协调
在集中开展互联网站清理整顿工作期间，国家有关部门联合成立的“全国集中开展互联网站清理整顿工作协调小组”，在此项工作阶段性结束后，调整为“全国互联网站管理工作协调小组”（简称全国协调小组），成员单位包括：信息产业部、国务院新闻办公室、教育部、文化部、卫生部、公安部、国家安全部、商务部、国家广播电影电视总局、新闻出版总署、国家保密局、国家工商行政管理总局、国家食品药品监督管理局、中国科学院、总参谋部通信部。全国协调小组负责全国互联网站日常管理工作的协调、指导，协调各成员单位对互联网站实施齐抓共管。全国协调小组办公室设在信息产业部。
各省（自治区、直辖市）将本行政区集中开展互联网站清理整顿工作领导小组同步调整为本行政区互联网站管理工作协调小组（简称省级协调小组），成员单位包括：省（自治区、直辖市）党委宣传部、通信管理局、新闻办、教育厅（教委）、文化厅（局）、卫生厅（局）、公安厅（局）、国家安全厅（局）、广播影视局、新闻出版局、保密局、工商行政管理局、食品药品监督管理局（药品监督管理局）。省级协调小组负责本行政区互联网站日常管理工作的协调、指导。省级协调小组办公室设在省（自治区、直辖市）通信管理局。
二、落实互联网站管理职责，形成管理合力
中共中央宣传部对互联网意识形态工作进行宏观协调和指导。
互联网行业主管部门负责互联网行业管理工作。具体承担互联网站管理协调工作，依法对基础电信运营商、互联网接入服务提供商、互联网信息服务提供者、域名注册服务机构进行日常行业监管，指导互联网行业协会工作。
国务院新闻办公室负责互联网上意识形态工作，具体协调互联网意识形态管理，统筹宣传文化系统网上管理。公安机关负责互联网站安全监督，依法处罚和打击网上违法犯罪行为；国家安全机关负责对互联网站涉及国家安全事项的信息内容进行监督检查；国家保密工作主管部门负责对互联网站涉及国家秘密的信息进行监督检查。公安机关、国家安全机关和国家保密工作主管部门对各自主管的专项内容进行审核，并向同级互联网行业主管部门提供年度审核意见。
三、理顺网站管理工作衔接流程，密切部门协作
在协调小组统一协调下，互联网行业主管部门与各前置审批部门、专项内容主管部门、公益性互联单位主管部门以及企业登记主管部门之间建立、完善有效的互联网站管理工作衔接流程，制定前置审批、查处违法违规网站、年度审核、公益性互联单位主管部门管理网站、查询网站信息等流程，各有关部门应按照共同制定的工作流程，认真执行、密切配合、通力协作，切实做好互联网站管理工作。
（一）前置审批流程
3、前置审批部门收到网站主办者提交的申请材料后，在规定时限内做出批准、不予批准或者不需要前置审批的决定。
6、互联网行业主管部门通过“备案管理系统”按前置审批项目分类公布已取得经营许可或者已经备案的网站主办者名单。
网站主办者名称、住所、法定代表人或者网站负责人、服务项目、网站域名、IP地址等事项发生变更的，比照前置审核流程办理变更手续。
（二）查处违法违规网站流程
4、前置审批部门取消网站前置审批业务资格的，应向同级互联网行业主管部门通报有关处理情况。互联网行业主管部门根据前置审批部门的通报情况，变更网站主办者经营许可服务项目或备案服务项目，并向同级工商部门通报有关变更经营许可服务项目情况。工商部门根据互联网行业主管部门的通报情况，责令经营性互联网信息服务提供者限期办理变更登记或依法办理注销登记。
5、互联网行业主管部门、专项内容主管部门对违法违规网站涉嫌犯罪的，移交同级公安机关处理。
（三）年度审核流程
1、互联网行业主管部门依法对基础电信运营商、互联网接入服务提供商、互联网信息服务提供者、域名注册服务机构进行年度审核。
2、专项内容主管部门负责对各自主管的专项内容进行年度审核，向行业主管部门提供年度审核不合格意见，实行一票否决制。
3、专项内容主管部门的年度审核意见分为“年度审核合格”、“取消专项服务资格”、“关闭网站”三种。其中，“取消专项服务资格”、“关闭网站”属于年度审核不合格意见。
4、专项内容主管部门应当对出具年度审核不合格意见的网站先进行依法查处，并将依法查处情况通报同级互联网行业主管部门。
5-1、前置审批部门应区别不同情况提出年度审核不合格意见：
（1）对于已经取得前置审批文件的互联网站，应依法做出“取消专项服务资格”或“关闭网站”年度审核不合格意见；
（2）对于未取得相应前置审批文件、超范围提供信息服务的网站，依法予以查处。对拒不补办前置审批手续或拒不纠正违法违规行为的网站，依法做出“关闭网站”的年度审核不合格意见。
5-2、公安机关、国家安全机关和国家保密工作主管部门对网站提出年度审核不合格意见的，应当向同级互联网行业主管部门通报有关依法查处情况。
6、互联网行业主管部门对同级专项内容主管部门提供年度审核不合格意见的，应依法做出如下处理：
（1）对于年度审核意见为“取消专项服务资格”的，应依法变更经营许可服务项目或备案服务项目；
7、工商部门根据互联网行业主管部门的通报情况，责令经营性互联网信息服务提供者限期办理变更登记或依法办理注销登记。
8、互联网行业主管部门应及时向同级有关部门通报年度审核的处理结果。
（四）公益性互联单位主管部门网站管理工作流程
1、公益性互联单位主管部门应对所主管的公益性互联单位的接入服务行为加强监督检查。公益性互联单位应严格遵守国家有关规定，不得为未取得电信业务经营许可或者未履行备案手续的网站主办者提供互联网接入服务。公益性互联单位主管部门对违规的公益性互联单位予以行政处罚。
2、公益性互联单位主管部门应要求所主管的公益性互联单位记录所接入的网站主办者备案信息，对网站主办者的备案信息进行认真核实、动态更新，保证备案信息的真实、完整、准确，并督促、指导已经备案的互联网站按规定标明备案编号、下载安装备案电子标识文件。
3、公益性互联单位主管部门应要求所主管的公益性互联单位积极配合、协助互联网行业主管部门和专项内容主管部门对违法违规网站进行依法查处。
（五）查询网站信息流程
1、互联网行业主管部门向专项内容主管部门提供查询网站信息便利条件，并尽快提供联网查询条件。
2、前置审批部门、专项内容主管部门向同级互联网行业主管部门提供要求配合查询网站有关信息的函。