首先、我们尽量不用系统的python,python的库很多很大,各个专业的装下来(我们这有几十个专业的用户),能上百个g把系统弄的很臃肿。而且系统的版本都很老很老。
bash-4.2$whichpython
/usr/bin/python
bash-4.2$python
Python2.7.5(default,Apr92019,14:30:50)
[GCC4.8.520150623(RedHat4.8.5-36)]onlinux2
其次、用户有对不同版本的库的需求,比如numpy:
[test_pkuhpc@login12soft]$pipinstallnumpy==ERROR:Couldnotfindaversionthatsatisfiestherequirementnumpy==(fromversions:1.3.0,1.4.1,1.5.0,1.5.1,1.6.0,1.6.1,1.6.2,1.7.0,1.7.1,1.7.2,1.8.0,1.8.1,1.8.2,1.9.0,1.9.1,1.9.2,1.9.3,1.10.0,1.10.0.post2,1.10.1,1.10.2,1.10.3,1.10.4,1.11.0b3,1.11.0rc1,1.11.0rc2,1.11.0,1.11.1rc1,1.11.1,1.11.2rc1,1.11.2,1.11.3,1.12.0b1,1.12.0rc1,1.12.0rc2,1.12.0,1.12.1rc1,1.12.1,1.13.0rc1,1.13.0rc2,1.13.0,1.13.1,1.13.3,1.14.0rc1,1.14.0,1.14.1,1.14.2,1.14.3,1.14.4,1.14.5,1.14.6,1.15.0rc1,1.15.0rc2,1.15.0,1.15.1,1.15.2,1.15.3,1.15.4,1.16.0rc1,1.16.0rc2,1.16.0,1.16.1,1.16.2,1.16.3,1.16.4,1.16.5)
有几十个版本,不同版本,有些指令都已经弃用了,但是有些用户还得使用,但是一个版本的python一般不让装多个版本的numpy
再次,yum等会用到系统的python,如果操作不当,yum就不能用。
最后你的师弟师妹们,有可能会误操作,弄坏python,这里我们使用virtualenv做容器
那么在北京大学北极星高性能计算平台用户,怎么解决呢,直接安装下,我们以这个版本为例:
1、下载:
2、解压:
[test_pkuhpc@login12soft]tar-xvfPython-3.8.0.tgz
3、创建软件放置路径:
[test_pkuhpc@login12soft]mkdirpython-3.8.0
4、进入解压后的源文件夹
cdPython-3.8.0
5、配置系统和环境
[test_pkuhpc@login12soft]./configure--prefix=/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/--enable-optimizations6、编译和安装,其中j10表示用10个核去编译,&&表示如果成功就执行安装:
[test_pkuhpc@login12soft]make-j10&&makeinstall
7、python3以上版本不需要单独安装pip--跳过,python2版本需要:
[test_pkuhpc@login12soft]/installpath/bin/pythonget-pip.py#务必是所安装python的路径,不能用系统,否则又装到系统里去了,估计是装不上。
8、建立pip链接文件(python2版本不需要)
[test_pkuhpc@login12soft]ln-s/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/bin/pip3/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/bin/pip
9、安装virtualenv容器
[test_pkuhpc@login12soft]/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/bin/pipinstallvirtualenv
10、配置virtualenv
先创建路径:
[test_pkuhpc@login12soft]mkdir/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/virtualenv
再配置下容器环境
[test_pkuhpc@login12soft]/lustre4/stest_pkuhpc/soft/python-3.8.0/bin/virtualenv--distribute/lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/virtualenv
11、创建source文件如下
[test_pkuhpc@login12Python-3.8.0]$cat/lustre4/test_pkuhpc/soft/source/python-3.8.0.sh#!/bin/bash./lustre4/test_pkuhpc/soft/python-3.8.0/virtualenv/bin/activate
12、测试:
先source下上面的source文件(用.也可以啊,一样):
[test_pkuhpc@login12Python-3.8.0]./lustre4/test_pkuhpc/soft/source/python-3.8.0.sh查看python在哪里:
[test_pkuhpc@login12Python-3.8.0]$whichpython/lustre4/swzhang_pkuhpc/soft/python-3.8.0/virtualenv/bin/python确实是我们安装的版本。
13、库安装
[test_pkuhpc@login12Python-3.8.0]$pipinstallpyensembl
耐心等待中........
苦苦等待.....
在继续等待。。。
惊喜不,一下给你安装了这么多软件包!
14、查看是否安装上
[test_pkuhpc@login12Python-3.8.0]$piplist|greppyensemblpyensembl1.8.415、是否好用