FPGA是可编程芯片，因此FPGA的设计方法包括硬件设计和软件设计两部分。硬件包括FPGA芯片电路、存储器、输入输出接口电路以及其他设备，软件即是相应的HDL程序以及最新才流行的嵌入式C程序。
目前微电子技术已经发展到SOC阶段，即集成系统(IntegratedSystem)阶段，相对于集成电路(IC)的设计思想有着革命性的变化。SOC是一个复杂的系统，它将一个完整产品的功能集成在一个芯片上，包括核心处理器、存储单元、硬件加速单元以及众多的外部设备接口等，具有设计周期长、实现成本高等特点，因此其设计方法必然是自顶向下的从系统级到功能模块的软、硬件协同设计，达到软、硬件的无缝结合。
这么庞大的工作量显然超出了单个工程师的能力，因此需要按照层次化、结构化的设计方法来实施。首先由总设计师将整个软件开发任务划分为若干个可操作的模块，并对其接口和资源进行评估，编制出相应的行为或结构模型，再将其分配给下一层的设计师。这就允许多个设计者同时设计一个硬件系统中的不同模块，并为自己所设计的模块负责；然后由上层设计师对下层模块进行功能验证。
自顶向下的设计流程从系统级设计开始，划分为若干个二级单元，然后再把各个二级单元划分为下一层次的基本单元，一直下去，直到能够使用基本模块或者IP核直接实现为止，流行的FPGA开发工具都提供了层次化管理，可以有效地梳理错综复杂的层次，能够方便地查看某一层次模块的源代码以修改错误。
Planahead允许高层设计者为不同的模块划分相应FPGA芯片区域，并允许底层设计者在所给定的区域内独立地进行设计、实现和优化，等各个模块都正确后，再进行设计整合。如果在设计整合中出现错误，单独修改即可，不会影响到其它模块。Planahead将结构化设计方法、团队化合作设计方法以及重用继承设计方法三者完美地结合在一起，有效地提高了设计效率，缩短了设计周期。
不过从其描述可以看出，新型的设计方法对系统顶层设计师有很高的要求。在设计初期，他们不仅要评估每个子模块所消耗的资源，还需要给出相应的时序关系；在设计后期，需要根据底层模块的实现情况完成相应的修订。
FPGA的设计流程就是利用EDA开发软件和编程工具对FPGA芯片进行开发的过程。典型FPGA的开发流程一般如图4.1.1所示，包括功能定义/器件选型、设计输入、功能仿真、综合优化、综合后仿真、实现、布线后仿真、板级仿真以及芯片编程与调试等主要步骤。
1、功能定义/器件选型
在FPGA设计项目开始之前，必须有系统功能的定义和模块的划分，另外就是要根据任务要求，如系统的功能和复杂度，对工作速度和器件本身的资源、成本、以及连线的可布性等方面进行权衡，选择合适的设计方案和合适的器件类型。一般都采用自顶向下的设计方法，把系统分成若干个基本单元，然后再把每个基本单元划分为下一层次的基本单元，一直这样做下去，直到可以直接使用EDA元件库为止。
2、设计输入
设计输入是将所设计的系统或电路以开发软件要求的某种形式表示出来，并输入给EDA工具的过程。常用的方法有硬件描述语言(HDL)和原理图输入方法等。原理图输入方式是一种最直接的描述方式，在可编程芯片发展的早期应用比较广泛，它将所需的器件从元件库中调出来，画出原理图。这种方法虽然直观并易于仿真，但效率很低，且不易维护，不利于模块构造和重用。更主要的缺点是可移植性差，当芯片升级后，所有的原理图都需要作一定的改动。目前，在实际开发中应用最广的就是HDL语言输入法，利用文本描述设计，可以分为普通HDL和行为HDL。普通HDL有ABEL、CUR等，支持逻辑方程、真值表和状态机等表达方式，主要用于简单的小型设计。而在中大型工程中，主要使用行为HDL，其主流语言是VerilogHDL和VHDL。这两种语言都是美国电气与电子工程师协会(IEEE)的标准，其共同的突出特点有：语言与芯片工艺无关，利于自顶向下设计，便于模块的划分与移植，可移植性好，具有很强的逻辑描述和仿真功能，而且输入效率很高。除了这IEEE标准语言外，还有厂商自己的语言。也可以用HDL为主，原理图为辅的混合设计方式，以发挥两者的各自特色。
3、功能仿真
功能仿真也称为前仿真是在编译之前对用户所设计的电路进行逻辑功能验证，此时的仿真没有延迟信息，仅对初步的功能进行检测。仿真前，要先利用波形编辑器和HDL等建立波形文件和测试向量(即将所关心的输入信号组合成序列)，仿真结果将会生成报告文件和输出信号波形，从中便可以观察各个节点信号的变化。如果发现错误，则返回设计修改逻辑设计。常用的工具有ModelTech公司的ModelSim、Sysnopsys公司的VCS和Cadence公司的NC-Verilog以及NC-VHDL等软件。
4、综合优化
所谓综合就是将较高级抽象层次的描述转化成较低层次的描述。综合优化根据目标与要求优化所生成的逻辑连接，使层次设计平面化，供FPGA布局布线软件进行实现。就目前的层次来看，综合优化(Synthesis)是指将设计输入编译成由与门、或门、非门、RAM、触发器等基本逻辑单元组成的逻辑连接网表，而并非真实的门级电路。真实具体的门级电路需要利用FPGA制造商的布局布线功能，根据综合后生成的标准门级结构网表来产生。为了能转换成标准的门级结构网表，HDL程序的编写必须符合特定综合器所要求的风格。由于门级结构、RTL级的HDL程序的综合是很成熟的技术，所有的综合器都可以支持到这一级别的综合。常用的综合工具有Synplicity公司的Synplify/SynplifyPro软件以及各个FPGA厂家自己推出的综合开发工具。
5、综合后仿真
综合后仿真检查综合结果是否和原设计一致。在仿真时，把综合生成的标准延时文件反标注到综合仿真模型中去，可估计门延时带来的影响。但这一步骤不能估计线延时，因此和布线后的实际情况还有一定的差距，并不十分准确。目前的综合工具较为成熟，对于一般的设计可以省略这一步，但如果在布局布线后发现电路结构和设计意图不符，则需要回溯到综合后仿真来确认问题之所在。在功能仿真中介绍的软件工具一般都支持综合后仿真。
图4-1FPGA典型设计流程
6、实现与布局布线
7、时序仿真
8、板级仿真与验证
板级仿真主要应用于高速电路设计中，对高速系统的信号完整性、电磁干扰等特征进行分析，一般都以第三方工具进行仿真和验证。
9、芯片编程与调试
设计的最后一步就是芯片编程与调试。芯片编程是指产生使用的数据文件(位数据流文件，BitstreamGeneration)，然后将编程数据下载到FPGA芯片中。其中，芯片编程需要满足一定的条件，如编程电压、编程时序和编程算法等方面。逻辑分析仪(LogicAnalyzer，LA)是FPGA设计的主要调试工具，但需要引出大量的测试管脚，且LA价格昂贵。目前，主流的FPGA芯片生产商都提供了内嵌的在线逻辑分析仪(如XilinxISE中的ChipScope、AlteraQuartusII中的SignalTapII以及SignalProb)来解决上述矛盾，它们只需要占用芯片少量的逻辑资源，具有很高的实用价值。
目前，由于FPGA性能提升价格下降，同时嵌入越来越多内核，很自然地，很多IC设计公司将FPGA用于ASIC原型验证，把FPGA可编程的优点带到了SOC领域，其系统由嵌入式处理器内核、DSP单元、大容量处理器、吉比特收发器、混合逻辑、IP以及原有的设计部分组成。
SOC平台的核心部分是内嵌的处理内核，其硬件是固定的，软件则是可编程的；外围电路则由FPGA的逻辑资源组成，大都以IP的形式提供，例如存储器接口、USB接口以及以太网MAC层接口等，用户根据自己需要在内核总线上添加，并能自己订制相应的接口IP和外围设备。
基于FPGA的典型SOC开发流程为：
1、芯片内的考虑
从设计生成开始，设计人员需要从硬件/软件协同验证的思路入手，以找出只能在系统集成阶段才会被发现的软、硬件缺陷。然后选择合适的芯片以及开发工具，在综合过程得到优化，随后进行精确的实现，以满足实际需求。由于设计规模越来越大，工作频率也到了数百兆赫兹，布局布线的延迟将变得非常重要。为了确保满足时序，需要在布局布线后进行静态时序分析，对设计进行验证。
2、板级验证
在芯片设计完毕后，需要再进行板级验证，以便在印刷电路板(PCB)上保证与最初设计功能一致。因此，PCB布局以及信号完整性测试应被纳入设计流程。由于芯片内设计所做的任何改变都将反映在下游的设计流程中，各个过程之间的数据接口和管理也必须是无误的。预计SOC系统以及所必须的额外过程将使数据的大小成指数增长，因此，管理各种数据集本身是急剧挑战性的任务。