Gaussian教程–GaussView绘制电子密度差图

摘要:电子密度差(Electrondensitydifference)可以方便用于分析激发态计算结果:直观地观察电子从哪里来,到哪里去。GaussView提供了非常方便的图形界面用于计算激发态、基态的电子密度cube与密度差cube,并展示电子密度差图。本教程以甲醛的激发态计算为例,演示了甲醛激发态的计算、基态与激发态的总电子密度cube与密度差Cube的计算、电子密度差图的绘制。

作者:肖高铿联系:info@molcalx.com

12%chk=D:/demo/hcho_td_density.chk#tdapfd/6-311+g(2d,p)density=current%chk=D:/demo/hcho_td_density.chk#tdapfd/6-311+g(2d,p)density=current

此外,绘制电子密度差图(展示电荷、分子表面等)还需要checkpoint文件。

用GaussView读入checkpoint文件hcho_td_density.chk,用鼠标点击Results>Surface/Contours命令,如图1所示。

图1.GaussView的Surface/Contours

单击Surface/Contours之后,弹出Surface/Contours对话框,如图2所示。

图2.Surface/Contours对话框

图3.Generatecubes对话框

从Generatecubes对话框中,点击type右边的下拉菜单,选中TotalDensity;点击DensityMatrix右边下拉菜单,选中SCF。其它采用默认值,结果如图3所示。

点击OK,生成基态总电子密度的cube。计算完毕,在Cubesavailable部分会增加一行:

1ElectrondensityfromTotalSCFDensity....ElectrondensityfromTotalSCFDensity....

说明基态总电子密度cube已经准备好了。

同上一步操作一样,所不同的是需要将DensityMatrix设置为CI,如图4所示。

图4.激发态Cube计算的对话框

计算完毕,在cubesavailable部分会增加一行,类似于:

1ElectrondensityfromTotalCIDensity....ElectrondensityfromTotalCIDensity....

说明激发态总电子密度cube已经准备好了。

在现在为止,我们通过图形界面用cubegen计算了基态与激发态的总电子密度。在本步骤,我们将用cubman将两者相减就得到电子密度差cube。操作过程与基态总电子密度计算一样,除了Type选项不同:将Type设置为Subtracttwocubes(见图5),从Cube1下拉菜单中将Cube设置为激发态总电子密度,Cube2设置为基态总电子密度,如图6所示。

图5.激发态与基态的电子密度差Cube计算

图6.激发态与基态的电子密度差Cube计算

点击OK,生成电子密度差Cube,在Cubesavailable部分会添加一行,类似于:

1ElectronDensityofTotalCIDensity-ElectronDensityofTotalSCFDensity...ElectronDensityofTotalCIDensity-ElectronDensityofTotalSCFDensity...

这说明激发态与基态的总电子密度差cube已经准备好了。

现在,我们得到了激发态与基态的电子密度差cube,可以进一步用GaussView将密度差展示出来:

在Surfaceavailable部分,设置Density的值为0.05(可以不断调整,直到等值图满意为止),再从Surfaceactions下拉菜单中点击NewSurface生成密度差图,如图7所示。

图7.绘制电子密度差图:1)先选择电子密度差cube;2)设定Density的值,生成新的表面

GaussView可以以Solid,Mesh与transparent三种模式展示电子密度差,在本例中,结果如图8-A,B与C所示。在电子密度差图中,电子从蓝色(负值)部分往紫色(正值)区域迁移。

图8-A.甲醛的电子密度差图,网格表面

图8-B.甲醛的电子密度差图,透明表面

图8-C.甲醛的电子密度差图,实体表面

JamesB.ForesmanandAEleenFrisch.PlottinganElectronDifferenceDensity.ExploringChemistrywithElectronicStructureMethods.ThirdEdition.Page:338

THE END
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