植物科学常用数据库和生物信息学工具2020正式版

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2020.12.17

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通用数据库

国家基因库下属数据库,涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息

美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站

北京大学应用生物信息学中心

瑞士生物信息研究所的生物信息资源门户网站,涵盖各种生物研究数据库和软件工具

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

植物比较基因组学资源库

植物比较基因组学数据库

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

针对有农学意义的植物研究生物信息平台

GO分析工具包和数据库综合平台

基于Web的用于表达定量性状位点(eQTL)研究的工作台和数据库

植物基因组序列数据库

二代测序(NGS)数据库,包括植物的RNA和基因组信息资源

植物基因组数据库

植物染色质状态信息数据库

植物snoRNA基因数据库

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

作物代谢途径数据库

植物器官研究数据库

植物细胞的信号转导分析数据库

植物转录因子数据库

植物小型开放阅读框架(sORF)数据资源库

作物EST数据库

植物顺式调控DNA元件数据库

植物线粒体蛋白运输元件数据库

用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库

拟南芥和玉米蛋白质组数据库

基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

植物CircularRNAs数据库

植物基因编辑数据库,收集CRISPR/Cas9技术产生植物的信息

植物性状全球数据库

植物基因和基因组加倍的数据库

生物microRNA数据库

植物microRNA数据库

模式植物拟南芥和水稻的microRNA数据库

植物基因集富集分析平台

植物非编码RNA数据库

植物长非编码RNA数据库

植物抗病R基因数据库

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库

植物启动子数据库

植物miRNA综合数据库

水稻、小麦和大豆的分子育种资源库

植物DNA甲基化数据库

从植物多组学数据中检索获取上游调控因子的数据驱动平台

植物SNP检索数据库

植物蛋白磷酸化数据库

植物天然抗菌肽数据库

植物竞争性内源RNA数据库

用于检索,分析和预测植物移动大分子包括RNA和蛋白质的数据库平台

用于获取和比较植物基因组大小的数据库

植物代谢和调控通路数据库

植物蛋白酶抑制剂数据库

植物DNaseI超敏位点数据库

植物天然反义转录本(NaturalAntisenseTranscripts)数据库

用于研究植物物种和基因组进化中的微卫星DNA和标记开发的数据库

旨在促进有关植物基因功能和基因模型的跨物种推断的关系数据库

植物蛋白复合物组分以及蛋白间稳定互作图谱数据库

拟南芥

www.arabidopsis.org

最为常用的拟南芥遗传和分子生物学数据资源库

拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库

1001Genomes:拟南芥遗传变异目录

AraGWAS:用于拟南芥的GWAS标准结果的公共人工管理数据库

拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库

拟南芥的基于侧翼序列标签(FST)的T-DNA插入突变体查找库

拟南芥质体蛋白数据库

拟南芥发育关键基因数据库

拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库

基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库

拟南芥转录调控图谱数据库

拟南芥根部单细胞RNA测序数据库

拟南芥RNA-seq数据资源,可探索20,000多种已发布的拟南芥RNA-Seq库

水稻

国家水稻数据中心

BGI-RIS:水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台

粳稻日本晴基因组注释计划

水稻EST数据库

水稻突变体数据库

水稻功能基因组表达数据库

水稻逆转座子Tos17插入突变数据库

水稻T-DNA插入突变数据库

籼稻cDNA数据库

水稻遗传学和基因组学数据库

水稻基因共表达数据库

水稻糖基转移酶数据库

籼稻基因组的综合生物信息学平台

稻属和假稻属的重复序列和转座因子(TEs)数据库

水稻表达谱数据库

水稻基因组变异及其功能注释综合数据库

水稻SNP检索数据库

水稻已克隆基因的数据库

水稻专属的表观组学数据库

其他重要植物

小麦基因组信息数据库

小麦基因图谱和数据共享的综合基因组平台

小麦族同源基因数据库

小麦蛋白质组数据库

小麦组学大数据可视化网站

小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库

小麦及其祖先的基因组变异数据库

大麦种质资源和基因组分析数据库

大麦基因组资源平台

玉米基因组数据库

玉米基因组和遗传分析平台

玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库

玉米多组学基因网络分析平台

适应玉米多组学时代的综合数据库

大豆基因组学和分子生物学数据库

大豆蛋白质组数据库

国际豆科植物数据库和信息服务

棉花基因组学,遗传学和育种数据库

棉花功能基因组学数据分析平台

锦葵科比较基因组数据库

二倍体和多倍体棉花基因网络与功能模块比较分析平台

番茄功能基因组数据库

番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台

番茄表观基因组数据库

番茄基因及其产物的高分辨率图谱和搜索工具

番茄转录组数据可视化和分析平台

茄科物种基因组测序数据库

管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库

药用植物基因组和代谢组资源库

马铃薯生物信息数据库

葡萄育种和遗传信息综合数据库

高梁功能基因组学数据库

谷子功能基因组学数据库

辣椒基因组信息数据库

面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库

油菜种质资源遗传信息共享平台网站

甘蓝型油菜泛基因组数据库

芸苔属作物基因组数据库

葫芦科植物基因组数据库

咖啡基因组学、遗传学、育种数据和分析工具

管理热带作物基因组,遗传和表型信息的数据库

蔷薇科植物基因组数据库

可用于植物研究的生信工具

生物信息学和生命科学软件工具门户

北京大学应用生物信息学中心工具库

Tbtools:用于生物大数据交互式分析的集成工具包

TargetP:亚细胞定位/N端功能肽预测

EasyGo:提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息

SMART:蛋白保守结构域预测工具

GenAlEx:群体遗传分析软件

MapMan:适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架

GENEVESTIGATOR:转录组数据挖掘比对云平台

CRISPR-GE:用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包

DSDecode:基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具

STAG-CNS:一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具

FED:基因组编辑外源成分检测平台

GeneCloud:使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述

MAFFT:在线的序列比对工具

Protter:在线蛋白结构绘制工具

EvolView:用于可视化,注释和管理系统树的网络工具

iTOL:用于显示,注释和管理系统发育树的在线工具

OrthoVenn2:多物种直系同源基因簇比较和注释在线服务工具

ARSER:生物节律表达谱波形分析

植物研究专用工具

BAR:植物生物学分析工具平台

CRISPR-P:用于植物基因组编辑的改进的CRISPR/Cas9工具包

ACT:拟南芥共表达分析工具

OryGenesDB:用于水稻反向遗传学研究的交互式工具

T-DNAExpress:拟南芥基因定位工具

pssRNAit:通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAisiRNA

PlantMetGenMAP:在生化途径的背景下全面挖掘和整合基因表达和代谢物变化的网络工具

iTAK:用于识别和分类植物转录因子和蛋白激酶的软件包

PlantPAN:检测植物转录因子结合位点的工具

SnpHub:用于探索大规模基因组变异数据的统一的网络服务器框架

THE END
1.GeneticsNatureCancer genetics Cancer genomics Clinical genetics Consanguinity CRISPR-Cas systems Cytogenetics Development Epigenetics Epigenomics Eukaryote Evolutionary biology Functional genomics Gene expression Gene regulation Genetic association study Genetic hybridization Genetic interaction Genetic linkagehttps://www.nature.com/subjects/genetics/nature
2.12月18日外媒科学网站摘要:阅读如何重塑大脑β-地中海贫血和镰状细胞病均源于血红蛋白基因突变。虽然胎儿血红蛋白可以缓解这些突变的影响,但其产生通常在出生后不久便停止。Casgevy利用CRISPR-Cas9基因编辑技术,通过禁用基因“开关”,使胎儿血红蛋白重新产生,从而缓解疾病。去年11月,英国成为首个批准Casgevy的国家,美国食品和药物管理局(FDA)随后在12月跟进https://baijiahao.baidu.com/s?id=1818767556043776660&wfr=spider&for=pc
3.领先的生命科学研究和临床诊断—BioBio-Rad是生命科学研究和临床诊断创新产品的全球领导者,可帮助您放心地推进您的发现、诊断和知识积累。 查找您的产品 新产品 Vericheck ddPCR空壳率检测试剂盒 由Bio-Rad推出的Vericheck ddPCR 空壳率检测试剂盒!同时测量AAV空衣壳与完整衣壳的比例以及滴度。优化您的基因治疗研究和生产。 https://www.bio-rad.com/?country=CN&lang=zh&force=true
4.NK510(NK510)mRNA细胞疗法Descartes-08在治疗全身性重症肌无力(MG)患者的2b期试验中取得积极结果,80%的可评估患者维持了临床显著应答达1年。锐正基因的体内基因编辑疗法ART001用于治疗转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR),患者接受给药四周后,高剂量组所有受试者的外周转甲状腺素蛋白(TTR)下降幅度均超过90%。患者本文将节选其中部分https://synapse.zhihuiya.com/drug/90a779bdae7143a7a07e2c59d537495b
5.3572we developed a CRISPR-Cas9-based tool for specific DNA methylation consisting of deactivated Cas9 (dCas9) nuclease and catalytic domain of the DNA methyltransferase DNMT3A targeted by co-expression of a guide RNA to any 20 bp DNA sequence followed by the NGG trinucleotide.we demonstrated that dirhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3572
6.MicrosoftResearch–EmergingTechnology,Computer,andExplore research at Microsoft, a site featuring the impact of research along with publications, products, downloads, and research careers.http://research.microsoft.com/en-us/um/cambridge/projects/autocollage
7.ComputationalToolsandResourcesforCRISPR/CasGenomeCRISPR-GE > 40 plant species SpCas9, FnCpf1, and AsCpf1 Providing software toolkits, primer design for vector construction, on-target amplification, and PCR sequencing result analysis Web server https://skl.scau.edu.cn/ [94] CRISPR-P 49 plant species > 14 Cas9 and variants Supporting widehttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022922000274
8.植物科学常用数据库和生物信息学工具2020番茄数据库r包CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包 http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/ DSDecode:基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具 https://github.com/srbehera11/stag-cns STAG-CNS:一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具 https://blog.csdn.net/qq_44520665/article/details/112599139
9.Nature细胞命运重塑的新篇章:染色质结构与重编程因子的协奏细胞命运的转换是现代生命科学和医学领域中最具革命性的话题之一。通过精准操控细胞命运,研究人员可以将一种成熟的细胞类型重编程为另一种完全不同的细胞类型,这种过程不仅揭示了生命系统的可塑性,更为再生医学、疾病建模和个性化治疗开辟了新https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU2MTQ2MDE0Ng==&mid=2247579274&idx=2&sn=32040630ee45c3ee77a8cd6c87b06f91&chksm=fd138021e94eb5f137762aaad34d04982f58aaa5bbe83c430f9b32be621fe15b34c3813b3c50&scene=27