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2018.12.30
小编一次性将这些工具全都整理好，还附带了这些工具的基本功能，基本上非编码RNA需要用到的数据库这里都有！看完觉得有用的一定要给小编点赞!
1、EVmiRNA
网址：
提供三个功能模块：
（2）不同EV中特异性表达的miRNA，有助于生物标志物鉴定；
（3）miRNA注释，包括EV和TCGA癌症类型中的miRNA表达，miRNA通路调节以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用户友好的Web界面，具有强大的浏览和搜索功能，以及数据下载。它是第一个专注于EV中miRNA表达谱的数据库，可用于EV生物标志物、miRNA功能和液体活检的研究和应用领域。
2、miR2Disease
一个手工打造的数据库，旨在提供一个全面的microRNA对应各种人类疾病的资源。
其中的每个条目包含miRNA-disease关系的详细信息,包括microRNA的ID、疾病名称、miRNA-disease关系的简要描述、microRNA在不同疾病状态的表达模式、microRNA的表达检测方法、通过实验验证microRNA的目标基因和参考文献。
3、mirWalk
4、HMDD
5、CoGeMiR
CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。
●miRNA靶基因预测数据库
1.TargetScan
TargetScan数据库主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。
2.PITA
该数据库基于靶位点的可接性(target-siteaccessibility)和自由能预测miRNA的靶标，是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通过miRNA预测靶基因，也可以通过mRNA预测miRNA信息，无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。
3.miRBase
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息（仅包含已有的靶标信息，所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象）。该数据库用于miRNA信息查询较多，靶关系预测较少。
4.miRTarBase
该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标，同时提供支持搜索结果的文献或方法，最新更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。
5.starBaseV2.0
该数据库采集了6000多份样本，14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据，同时辅助降解组实验数据搜寻miRNA的靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间关系，该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析，并分析了ceRNA机制。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种信息。
●miRNA-lncRNA关系预测数据库
1．miRSponge数据库：
2．RNA22数据库：
3．lncACTdb数据库:
4．RAIDv2.0数据库：
5．DIANATools数据库：
6．starBase数据库：
7．mircode数据库：
8．LNCediting数据库：
9．LncRNASNP数据库：
10．lncrnamap数据库：
1、silva
https://www.arb-silva.de/
是一个涵盖细菌、古菌、真核的rRNA基因序列的综合数据库。
2、PR2
PR2（ProtistRibosomalReferencedatabase）数据库是专门针对真核微生物小亚基SSUrRNA（即18SrRNA）基因的数据库。该数据库主要由核编码的原生生物序列构成，但为方便分析18S的高通量测序数据，数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器（线粒体、质体等）的SSU序列。内含子和嵌合体序列已被去除。
3、RDP
4、Greengenes
5、EzBioCloud
6、PhytoREF
PhytoREF数据库是专门针对质体（plastid）中16SrRNA基因的数据库。所有陆地、淡水、海洋中的含质体生物16SrRNA基因序列都囊括在该数据库内，包括陆地植物、海洋和淡水大型和微型藻类等的质体。
7、PFR2
浮游有孔虫界（planktonicForaminifera/Rhizaria）是一类在海洋中广泛存在的浮游原生生物，其在海洋碳循环中起重要作用，且其化石可用以生物年代地层和古气候重建。PFR2是专门针对浮游有孔虫界18SrRNA基因的数据库。包含3322条高质量的浮游有孔虫界18SrRNA基因序列。
1、sRNAmap
关于微生物基因组中小型非编码RNA注释的综合资源至关重要。这项工作提供了一个综合数据库，即sRNAMap，通过整合各种生物数据库和调查文献来收集sRNA基因，sRNA的转录调节因子和sRNA靶基因。在这个资源中，我们在70个微生物基因组中收集了397个sRNA，62个调节因子/sRNA和60个sRNAs/靶标。此外，还提供了更有价值的sRNA信息，如sRNA的二级结构，sRNA的表达条件，sRNA的表达谱，sRNA的转录起始位点以及与其他生物数据库的交叉链接，以供进一步研究。
2、sRNAdb
工作台旨在收集革兰氏阳性细菌的所有已发表和预测的sRNA，并将其提供给公众进行比较分析。目前包括关于该主题的转录组学出版物的所有可用数据以及通过称为SIPHT的软件的计算机预测.
siRNA数据库及设计工具
siRNADatabase、siRNATargetFinder、SilencersiRNAConstructionKitTemplateDesignTool、pSilencerExpressionVectorsInsertDesignTool、SilencerExpresssiRNAExpressionCassetteKitsPCRPrimerDesignTool
2、Proteinlounge
3、在线设计siRNA软件：
●siDirect：
●DSIR：
●Sigma：
●Invivogen：
●RNAiCodex：
1、GtRNAdb：
收录了不同物种的tRNA序列信息，这些tRNA都是通过tRNAscan-SE2.0软件预测得到。
2、tRNAdb：
综合序列和二级结构的tRNA数据库，收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列，除了基本的序列信息外，还提供了二级结构的数据。
3、tRNAscan-SE：
tRNAscan-SE能在基因组水平上进行tRNA扫描。该软件实际上是一个perl脚本，整合了tRNAscan、EufindRNA和Cove这3个独立的tRNA检测软件。tRNAscan-SE首先调用tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中的tRNA区域，然后调用Cove进行验证。这样既保证了前者的sensitivities，又保证了后者较低的假阳性概率，同时在搜索速度上提升了很多。
1、snopy
2、Top植物种的snoRNA基因数据库：
文末福利
【《从零学测序》之转录组与长链非编码RNA测序分析视频+讲义】