1938年1月中旬，根据国民政府指令，长沙临时大学迁往昆明，另行组建国立西南联合大学。当时中共驻长沙办事处的徐特立等几位书生闻讯，急速来到长沙临时大学讲演，坚决反对西迁，鼓动学生抵制国民政府与学校当局的号令。无奈形势比人强，历史选择的只能是顺应时代潮流为民族大义而前行的人。国难当头，大局已定，临时大学师生打点行装，昂头挺胸，以悲壮的豪气英姿，毅然迈出了西迁的步伐。
几乎与此同时，中央研究院在长沙各研究所，经过一番仁者见仁、智者见智的争论后，决定即刻向重庆、桂林、昆明等不同的地区撤退转移。中研院总办事处于重庆发出指示，电令在长沙的史语所与社会科学研究所、天文研究所等设法向昆明转移。
中研院史语所人员从长沙撤退时，由李济住处门口上车赴桂林。其时，李济已搬运中博筹备处一批珍宝去重庆，由梁思永送行。车窗口是李济之子李光谟，女儿李鹤徵（李光谟提供）
一切安排完毕，史语所人员押送三百余箱器物，先乘船至桂林，经越南海防转道抵达昆明，暂租赁云南大学隔壁青云街靛花巷三号一处楼房居住。此时梁思成一家已先期抵达昆明，并在翠湖边一个大宅院里落脚。可谓有缘千里来相会，史语所同人与梁家在这个陌生的边陲春城再度相会了，大家相互倾诉路途的艰辛。
经历了40余天的颠簸动荡，梁氏一家穿山越岭，历尽艰难困苦，终于在1938年1月到达昆明。几个月后，史语所人员接踵而至，相见之后的惊喜可想而知。
待一口气喘过，原中国营造学社的刘致平、莫宗江、陈明达等人，在与梁思成取得联系后，从不同的地方先后赶到了昆明。尽管前线依然炮声隆隆，战火不绝，但此时的梁思成感到有必要把已解体的中国营造学社重新组织起来，对西南地区的古建筑进行一次大规模调查，唯如此，方不辜负自己与同事的青春年华，以及老社长朱启钤的临别嘱托。他开始给营造学社的原资助机构——中华教育文化基金董事会发函，说明大致情况并询问如果在昆明恢复学社的工作，对方是否乐意继续给予资助。中基会很快给予答复：只要梁思成与刘敦桢在一起工作，就承认是中国营造学社并给予资助。梁思成迅速写信与在湖南新宁老家的刘敦桢取得联系，并得到对方乐意来昆明共事的许诺。于是，中国营造学社的牌子又在风雨迷蒙的西南之地挂了起来。
就在中研院史语所等学术机构向昆明撤退的同时，长沙临时大学也开始了迁徙行动，师生们分成三路赶赴昆明。据《西南联大校史》载：
第一批走水路，由樊际昌、梅关德和钟书箴教授率领，成员包括教师及眷属，体弱不适于步行的男生和全体女生，共计600多人，分批经粤汉铁路至广州，取道香港，坐海船到安南（越南）海防，由滇越铁路到蒙自、昆明。
联大负责人与旅行团团长、参谋长、大队长、教师辅导员及随团医生等合影。前排右起：黄钰生，李继侗，蒋梦麟，黄师岳，梅贻琦，杨振声，潘光旦；中排右起：李嘉言，毛鸿，卓超，许维遹，闻一多，总务负责人，副医官；后排右起：吴征镒，徐行敏，邹镇华，杨石先，袁复礼，沈履，曾昭抡，郭海峰，护士，毛应斗
第二批由陈岱孙、朱自清、冯友兰、郑昕、钱穆等10余名教授带领，乘汽车，经桂林、柳州、南宁，取道镇南关（今友谊关）进入河内，转乘滇越铁路火车抵达蒙自、昆明。
第三批为“湘黔滇旅行团”，由290名学生和11名教师组成。随队的11名教师组成辅导团，由黄钰生教授领导，成员包括中文系教授闻一多，教员许维遹，助教李嘉言；生物系教授李继侗，助教吴征镒、毛应斗、郭海峰；化学系教授曾昭抡；地质系教授袁复礼，助教王钟山等人。
应临时大学请求，国民政府军事委员会和湖南省政府指派驻湘中将参议黄师岳担任湘黔滇旅行团团长，军训教官毛鸿上校充任参谋长，对旅行团实施军事化管理。师生身穿湖南省政府赠发的土黄色崭新制服，裹绑腿，背干粮袋、水壶，外加黑棉大衣一件，雨伞一柄，犹如一支出征的正规部队。全团分为2个大队、6个中队、18个小队。大队长分别由教官邹镇华、卓超二人担任，中队长和小队长分别由学生担任。
或许是张治中的招呼起了作用；或许“湘西王”真的以民族大义为重，向密布于山野丛莽中的黑道弟兄下达了手谕；或许因为穷师生们本身没有多少财物可劫掠，一路下来，旅行团并未与土匪遭遇。只有一次，走到一个离土匪窝点很近的地方停留过夜，有探子来报，说可能当晚有土匪前来打劫，众人极其紧张，做了特别戒备和最坏的打算。然而夜间只听得远处几声枪响，并未见土匪来临，众人虚惊一场，算是度过了一劫。
旅行团为避土匪袭扰，途经湖南沅陵凉水井时在小道上急行
3月17日，旅行团到达玉屏县，受到县长刘开彝、各界代表及童子军的热烈欢迎，食宿等诸方面都得到了最大限度的关照。
当旅行团进入贵州腹地时，不间断地有村寨地保敲锣，提示商人与百姓不要提高物价，以方便过路的旅行团。此后，旅行团更是一路畅通无阻，有的县甚至派出中学生在城郊列队欢迎。有一对郑姓姐妹，特地邀请一位同姓的团员到家里吃饭认亲。玉屏产的箫闻名全国，有“苏州笛子玉屏箫”之誉，郑姓姐妹赠送同姓学生玉箫一对留作纪念，从而留下了一段佳话。
贵州地界的地保敲锣，请百姓不要抬高物价，以方便过路的旅行团师生（引自《国立西南联合大学图史》）
1938年4月16日，旅行团由普安抵达盘县，受到当地小学生的欢迎（联大校友李珍焕转赠南开大学档案馆存）
68天的长途跋涉，使旅行团师生们真正地走出了象牙塔，进入到书本之外形形色色的大千世界。一路上，师生们拜访苗寨，调查社会与民众生活，切身感受到国家经济的落后与百姓生活的艰辛，尤其是对当地种植鸦片的背景和这种毒品给社会带来的危害有了更深层的了解和认识。辅导团教师们借此时机进行实际教学。当年与李济一同进行山西夏县西阴村田野考古发掘的著名地质学家袁复礼教授，结合湘西、黔东一带的地形地貌，讲解河流、岩石的构造形成，以及黔西岩溶地貌和地质发育理论。闻一多指导学生收集当地民歌、民谣，研究不同民族语言，并对当地风土人情进行写生。闻氏本人用铅笔写生画作数十幅，取材别致，笔意苍劲，到蒙自展示后，许多教授大为震动，认为是不朽之作。师生们收集的云贵民间歌谣多为男女相悦相慕之词，在外地和书本上极难闻见，其含蓄中暗带的艳丽令师生们大感新奇，如“廊前半夜鹦鹉叫，郎弹月琴妹吹箫”，就是一首绝妙的民谣。
尽管曾昭抡为人低调，穿得破破烂烂，平时不哼不哈，但湖湘文化中的“吃得苦、挺得住、霸得蛮”的脾气还是一点不少的。由于此次朱家骅的冒失，曾昭抡感到受了人格污辱。与许多官僚不同的是，他并不解释和辩驳，并且认为对这类高高在上的官僚政客解释一句都是多余的，且有损于自己的人格和尊严，于是闷头不响地悄悄卷起铺盖开路。这个作风很有一些“湘乡蛮子”倔强不羁的风格。
湘黔滇旅行团由11名教师组成，此为其中10位教师于途中合影（缺王钟山）。左起：李嘉言，郭海峰，李继侗，许维遹，黄钰生，闻一多，袁复礼，曾昭抡，吴征镒，毛应斗。右起第三人为曾昭抡，蹲者为闻一多（北京大学档案馆提供）
在整个旅途跋涉中，旅行团师生们写下了一本又一本日记、观察心得和画作，学生钱能欣到达昆明后，将自己的旅行日记整理成《西南三千五百里》一书，由商务印书馆出版发行。歌谣采访组学生刘兆吉将途中收集的2000多首民歌，汇集成《西南采风录》一书，为当地的历史文化留下了丰富的史料。清华外文系学生、湘黔滇旅行团“护校队员”查良铮，也就是后来著名的诗人穆旦，以澎湃的激\_情和飞动的灵性，创作了名动一时的《出发》《原野上走路》等“三千里步行”系列诗篇：
出发
——三千里步行之一
澄碧的沅江滔滔地注进了祖国的心脏，
浓密的桐树，马尾松，丰富的丘陵地带，
欢呼着又沉默着，奔跑在江水两旁。
千里迢遥，春风吹拂，流过了一个城脚，
在桃李纷飞的城外，它摄了一个影：
黄昏，幽暗寒冷，一群站在海岛上的鲁滨逊
失去了一切，又把茫然的眼睛望着远方，
凶险的海浪澎湃，映红着往日的灰烬。
（哟！如果有Guitar，悄悄弹出我们的感情！）
一扬手，就这样走了，我们是年青的一群。
而江水滔滔流去了，割进幽暗的夜，
一条抖动的银链振鸣着大地的欢欣。
原野上走路
——三千里步行之二
我们终于离开了渔网似的城市，
那已窒息的、干燥的、空虚的格子
不断地捞我们到绝望去的城市呵！
而今天，这片自由阔大的原野
从茫茫的天边把我们拥抱了，
我们简直可以在浓郁的绿海上浮游。
……
我们走在热爱的祖先走过的道路上，
多少年来都是一样的无际的原野，
（蓝色的海，橙黄的海，棕赤的海……）
多少年来都澎湃着丰盛收获的原野呵，
如今是你，展开了同样的诱惑的图案
等待着我们的野力来翻滚。所以我们走着
我们怎能抗拒呢？！我们不能抗拒
那曾在无数代祖先心中燃烧着的希望。
这不可测知的希望是多么固执而悠久，
4月28日上午，旅行团师生们带着满身风尘和疲惫，抵达昆明东郊贤园。西南联大常委蒋梦麟、梅贻琦，以及南开的杨石先，清华的潘光旦、马约翰等教授，另有部分从海道来昆的学生伫立欢迎。之后，大队人马向城内开进，当队伍经过中央研究院史语所临时租赁的拓东路宿舍门前时，史语所同人打出了“欢迎联大同学徒步到昆明”的横幅，以示嘉勉。史语所语言组主任赵元任夫人杨步伟、北大校长蒋梦麟夫人陶曾榖、南开大学秘书长黄钰生夫人梅美德，携各自的女儿与一群当地儿童，在路边设棚奉茶迎接。队伍的前锋一到，众人立即端茶送水递毛巾，向师生献花。欢迎的人群还为这支历尽风霜磨难的队伍献歌一曲，这是著名语言学家兼音乐家赵元任特地为师生们连夜制作而成的，词曰：
旅行团队伍抵达昆明后绕行近日楼，经过正义路、华山路，向圆通公园欢迎会场行进
遥遥长路，到联合大学，
遥遥长路，徒步。
不怕危险和辛苦。
再见岳麓山下，
再会贵阳城。
遥遥长路走罢三千余里，
今天到了昆明。
歌声响起，如江河翻腾，大海惊涛，慷慨悲壮的旋律向行进中的每一位师生传递着国家的艰难与抗战必胜的信念，许多师生与在场的群众被感动得涕泪纵横。
为鼓励师生精神，坚持文化抗战的决心，表达中华民族不屈的意志，西南联大成立了专门委员会，向全体联大师生征集警言、歌词，制定新的校训、校歌。从众多来稿中，专门委员会经过反复筛选和讨论，最后以“刚毅坚卓”四字作为联大校训。同时选定由联大文学院院长冯友兰用《满江红》词牌填写歌词，清华出身的教师张清常谱曲的词曲作为校歌，歌词为：
张伯苓
梅贻琦
蒋梦麟
万里长征，辞却了，五朝宫阙。暂驻足，衡山湘水，又成离别。绝徼移栽桢干质，九州遍洒黎元血。尽笳吹，弦诵在山城，情弥切。
这是一曲20世纪中国大学校歌的绝唱，它凝聚了中国文人学者、莘莘学子在民族危难时刻最悲壮的呼喊，浓缩了联大师生在国危家难之际所具有的高尚情感和坚强意志。从此，西南联大的歌声开始响起，激昂的旋律震动校园内外，感染着师生，激励着不同职业的中华儿女共赴国难，奋发自强。
西南联大校训
西南联大校徽
1938年，梁思成一家在昆明西山华亭寺与清华好友合影。左起：周培源，梁思成，陈岱孙，林徽因，梁再冰，金岳霖，吴有训，梁从诫
西南联大组建之初，以蒋梦麟为主任的总办事处设在崇仁街46号。未久，在各界人士支持帮助下，又租得大西门外昆华农业学校作为理学院校舍，租得拓东路迤西会馆、江西会馆、全蜀会馆作为工学院校舍，盐行仓库作为工学院学生宿舍，几处房屋略加修理，置办一些桌椅就可以开课。木床赶制不及，每个学生配发几个做外包装用的小木箱，拼拢以代卧榻，箱中还可以放书，可谓一石二鸟，一箱两用。
秩序甫定，张奚若、金岳霖、钱端升等原与梁家关系密切的联大教授，又得以与梁思成、林徽因夫妇相聚，流浪的知识分子在阳光明媚、风景宜人、鲜花遍地的边城，又找回了往日的温馨与梦中的记忆。只是安详舒心的日子未过多久，沉重的生活压力接踵而来。地处西南边陲，多崇山峻岭，在国人眼中并不突出的云南，由于战争爆发和国军大规模溃退，此地的战略地位显得越来越重要，省会昆明不仅成为支撑国民政府持续抗战的大后方，同时也成了沦陷区各色人等的避难场所。大批机关和社会人员涌进，导致昆明物价飞腾蹿升，无论是当地人还是外来人，都感到了前所未有的生活压力。
1939年建成的西南联大铁皮屋顶教室（引自《国立西南联合大学图史》）
1944年，西南联合大学财政困难，被迫将校舍铁皮屋顶卖掉，换成茅草顶（北大校史馆提供）
梁林夫妇遵照新的设计方案，将原计划中的三层砖木结构楼房改成二层，未久矮楼又变成了平房，砖墙变成了土墙。几乎每改一稿，林徽因都要落一次泪。当交出最后一稿时，建设委员会委员长黄钰生很无奈地告诉他们：“经校委会研究，除了图书馆和食堂使用砖木结构和瓦屋顶外，部分教室和校长办公室可以使用铁皮屋顶，其他建筑一律覆盖茅草。”
梁思成听罢，感到忍无可忍，径直来到梅贻琦的办公室，把设计图纸狠狠地拍在桌子上，大声嚷道：“改，改，改！从高楼到矮楼，又到茅草房，还要怎么改？！”
梅贻琦眼看这位平日总是心平气和的老学生一反常态地恼怒起来，知道是冲着政府削减经费过猛过狠又拖欠的做法而来，叹了口气，起身像对待耍脾气的小孩子般和颜悦色地说道：“思成啊，大家都在共赴国难，以你的大度，请再最后谅解我们一次。等抗战胜利回到北平，我一定请你为清华园建几栋世界一流的建筑物，算是对今天的补偿，行吗？”梁思成望着梅贻琦温和中透出坚毅的目光，想起时局的艰难，泪珠从眼角悄然滑落下来。
西南联大校门
在这种情况下，梅贻琦一家又搬到了龙院村一幢小土楼一层居住，时在联大图书馆任职的唐冠芳一家住在楼上，小楼因年久失修，同样简陋不堪。许多年后，唐冠芳的儿子还记得这样一幕情景：有一天中午吃完饭，母亲照例收拾桌椅，扫地。正在这时，只听见楼下的梅家三姑娘高声喊道：“唐太太，你别扫地了，我们在吃饭！”原来，土砟与灰尘随着扫帚起伏顺着楼板的裂隙撒了下去，成为梅家饭菜的“胡椒面”了。
西南联大图书馆坐满了学生
想不到学生们的一句戏言，竟真的成为事实。到昆明不久，蒋梦麟儿子真的由上海辗转来到联大茅屋宿舍住了下来。当年蒋、张之争与梅贻琦打圆场的典故，随着西南联大校史一同流传了下来。
不只是外地、外校学生有如此遭遇，即使是本校学生亦有此例。北平沦陷后，北京大学许多未能及时逃出来的学生，被日军逮捕并关进了北大红楼（校办与文学院所在地，又称一院）地下室，接受灌辣椒水、杀威棒与扇耳光的“招待”。囚在牢内的人不准讲话，如被发现就要遭到毒打。即使在夜间，日本宪兵也要蹑手蹑脚地在过道里巡视，通过栅栏窥视室内的动静。被囚的学生深夜听到受刑的鞭笞声、喊叫声，裂人肺腑。一个被关了两年终于逃出来的北大老学生，辗转数千里抵昆明后对校长蒋梦麟泣诉道，他被关的文学院地下室已成为活地狱，日军把辣椒水灌到他鼻子里，终致使他晕过去。他醒来时，有一个叫上村的日本宪兵告诉他，北大应该对这场使日本蒙受重大损害的战争负责，所以他理应吃到这种苦头。这位老学生连续三天都受到这种特殊“招待”，每次都被灌得死去活来，他在那个地牢里还看到过其他的酷刑，残酷的程度不忍追述。女生的尖叫和男生的-呻-吟，已使中国这座历史最悠久的学府变成撒旦统治的地狱。不少学生就在这样的“招待”中被活活灌死，或在“杀威棒”下暴毙而亡。
环境如此酷烈，西南联大在昆明落地生根后，仍不断发展壮大。
西南联大中文系师生合影。二排：左二朱自清，左三冯友兰，左四闻一多
1938年5月联大初开课时，所属四个学院的学生总数在1300人左右。同年9月，文学院和法商学院由最初落脚的云南蒙自迁往昆明，联大由原来的文、理、工、法商四学院扩大到五院二十六系（内含师范学院），学生人数也增至2000余人。1939年9月，联大规模再度扩充，学生人数达3000之众，教授、助教也增至500名左右。与此同时，西南联大又利用自己的师资力量和毕业生，创办了联大附属中学、附属小学，形成了极为可观的教育基地。而新建的师范学院主要招收云南省内的学生，为地方培养人才，成为继云南大学之后第二所综合性高校，此举受到当地政府和民众的称许（南按：抗战结束后，一批自愿留滇的联大教师，在联大师范学院的基础上，组建了昆明师范学院，1988年改为云南师范大学）。
可惜好景不长，住在昆明茅屋中上课的联大学生，平静的书桌未安放多久，凶悍的日军飞机又带着一肚子“亮晶晶的家伙”主动找上门来了。
自1938年7月中旬始，日军作战大本营指挥25万日军沿长江两岸和大别山麓向西南地区围攻而来，国民政府迅速调集100万大军，以武汉为中心，在大别山、鄱阳湖和长江沿岸组织武汉保卫战。
10月25日，剧战中的国军在被打得残缺不全，几乎没有一个完整的师可供补充之时，为保存继续抗战的力量和持久抗战，蒋介石下令全线撤退，武汉沦陷。
就在武汉会战正酣之际，日本军部已将注意力转移到切断和封锁中国国际通道的战略与外交行动中。日军大本营首先派遣海军航空队轰炸昆明至越南、缅甸的滇越铁路和滇缅公路，同时出兵侵占广东和海南岛，以切断香港和中国内地的联系，继而进攻广西，切断了镇南关和法属印度支那越南的联系。被压缩到西南一隅的中国军队，即将陷入内无粮草，外无救兵的绝境。
1938年9月28日，日军以堵截、破坏滇越铁路和滇缅公路为终极战略意义的昆明大轰炸开始了。由9架日机组成的航空队从琴横岛（位于广东珠江口外）起飞至昆明上空，首次展开对这座春城的轰炸。昆明市居民和无数难民大多没经历过如此阵势，见敌机轰响着一字排开向这座边城压来，一时不知所措。而许多平时好围观看热闹的民众，意识到又一奇观突现，遂停住脚步和手中的活计，站在地上像往昔一样准备看个不买票的把戏。
昆明西门外潘家湾一带遭受到日机轰炸后惨状
无情的炸弹冰雹一样从天空倾泻而下，观看的人群没来得及嗷叫一声便血肉横飞，人头在空中如飘舞的风筝，四处翻腾，当空乱滚。时在昆明西门外潘家湾昆华师范学校附近聚集了大批外乡难民和好奇的市民，日机28枚炸弹从天而降，当场炸死190人，重伤173人，轻伤60余人。
当此之时，西南联大师生和中央研究院等学术机构人员，因在长沙时已有了跑警报的经验，一看敌机来临，立即向附近的防空洞或野外逃窜。中研院史语所住地靛花巷，离昆明城北门只有几十米的路程，出北门即是乡下的旷野，学者们听到警报，扔下手中的工作窜出室外纷纷向北门外狂奔，幸免于难。此次日机轰炸昆明城的悲壮情形，许多年后史语所的石璋如仍记忆犹新：
当天九点响起空袭警报，我跟高去寻先生两人一起跑，藏到一个挖好的战壕，战壕的形状很像田野的坑，我们看见敌机本应从东往西，却在上空绕了一圈从西往东，九架敌机在上空缓慢盘旋，整队飞往昆明城，不久就清楚地听见机关枪、高射炮、炸弹的声音，我们在战壕内丝毫不敢动弹，听见声音结束后才起身。看见敌机轰炸完毕后成群结队地离开，却见我方有一架飞机起飞追击，只见一架敌机冒烟，我方飞机见敌方飞机冒烟就溜了。后来听说发布空袭警报时，昆明航空学校、飞机场的战斗机都奉命飞离。独航空学校一个还没毕业的学生是瞎子不怕老虎，自行起飞追击，日机不防遭击，所以损失一架飞机。这个学生本来会因不守规矩受罚，却因为打下敌机就没有受罚，反而接受奖赏。独眼的龙云（人称“独眼龙”）与中央的关系虽然不怎么好，不过在昆明被轰炸时，还站在北门上指挥呢。（南按：日机被击中后机尾冒黑烟，后坠入滇越铁路宜良狗街火车站外2里地一个叫高苦马的地方，敌机焚毁，除司弹手池岛功1人跳伞被俘，另外5名同机组人员全部丧生。）
因有了“九二八”惨案这一血的教训，“跑警报”成了昆明城不分男女老少，贫富贵贱共同的一种生活方式。连无孔不入的小商贩在黑市上倒卖的本地酒，也挂名“警报牌”，以此表达自己与时俱进、开拓创新的商业精神与现代化意识。跑警报几乎成为每个人每日不可或缺的要务和功课。而随着空袭逐渐增多，昆明的空袭警报系统也逐渐完善起来。起初，昆明防空司令部曾经让单车队持红旗在市区内疾行，表示预行警报。当敌机临近后，则鸣警报器，其声间隔稍长。如果敌机距市空不远，则再鸣警报器，其声间隔短而急。警报解除时，除警报器长鸣外，并由单车队持小绿旗遍示城乡。后来空袭警报改为在五华山悬挂灯笼。预行警报悬一个红灯笼，空袭警报悬两个红灯笼，并且鸣警报器，紧急警报则警报器短鸣，同时收去所悬挂的两个红灯笼。敌机一旦离开市空，则仍然挂两个红灯笼，等到敌机出境后，改为悬挂一绿灯笼，表示警报解除，同时警报器长鸣数分钟后停止。到了后来，又将红绿灯笼改为长形布桶。
淞沪抗战爆发后，傅斯年托史语所一位陈姓职员护送自己的老母前往安徽，暂住陈家，继而让妻子俞大綵携幼子傅仁轨投奔江西庐山牯岭岳父家避难，自己只身一人留在危机四伏的南京城，组织、指挥中央研究院总办事处和各所内迁重庆、长沙等地的事务。
自1928年6月中央研究院成立后，陆续按学科分科增设各研究所，到1937年抗战爆发前，已设立物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、心理、社会科学及动植物等10个研究所。理、化、工等三个研究所设在上海，其余各所均设于南京，并在南京成贤街旧法制局内设立总办事处（北极阁新址落成后，办事处迁往新址办公），主持办理全院行政事务。
当史语所、社会科学所等机构迁往长沙后，傅斯年在总办事处度过了最后的留守岁月，于南京沦陷前夜，奉命撤离，同年冬到达江西牯岭，见到爱妻幼子，随即携妇将雏乘船经汉口抵达重庆中央研究院总办事处临时驻地。1938年初夏，蔡元培终于同意朱家骅辞去总干事一职，本想请傅斯年继任，但傅坚辞，说对昆明的弟兄放心不下，急于到昆明主持史语所工作，蔡只好请抗战前曾做过中华教育文化基金董事会干事长、四川大学校长、中国科学社创办人的著名科学家任鸿隽（字叔永）任总干事。
傅与任交接了总办事处事务，携妻带子来到了昆明，与史语所同人相会于昆明靛花巷三号，继而迁往龙泉镇龙头村。此时，梁思成主持的中国营造学社虽已恢复，但要开展工作，必须有辅助这一工作可供查阅的图书资料，否则所谓工作将无从谈起。
自长沙撤退之后，清华通过本校毕业生、时任教育部次长的顾毓琇联系，将图书大部分运往重庆，存放于顾毓琇之弟顾毓瑔为负责人的经济部下属某所，携带昆明者只很少的一部分。想不到1938年6月26日，顾毓瑔从重庆急电昆明的梅贻琦，告之曰：
此前南开大学的图书馆在津门被日机几乎全部炸毁，北大图书没有抢出，如今，抢运出来的清华图书大部分又成灰烬，这就导致迁往昆明的三校几乎无图书可资参考。多亏中研院史语所来昆明后，傅斯年设法将先期疏散到重庆的13万册中外善本图书寄运昆明靛花巷三号驻地，随即又将靛花巷对面竹安巷内的一座四合院租下作为图书馆，算是为迁来的三校和其他学术机构研究人员借读缓解了燃眉之急。正处于孤立无援之地的梁思成，见史语所大批图书到昆，与傅斯年协商，借用图书资料及部分技术工具以便开展业务。傅斯年慷慨应允。此后，史语所与中国营造学社这两个本不搭界的独立学术团体，就形成了老大与老二，国营与民营，依附与被依附的“捆绑式”格局。
既然史语所与营造学社已成了老大与老二的依附关系，在史语所搬迁时，营造学社也只好跟着搬到乡下，在史语所旁边的麦地村落脚，寻租一处尼姑庵作为工作室。
李济领导的中央博物院筹备处在龙泉镇龙头村的办公场所（作者摄）
尽管生存环境不尽如人意，毕竟在炸弹纷飞中又安下了一张书桌，众研究人员心情渐渐平静的同时，又在各自的专业领域忙碌起来。到了1940年3月，突有噩耗传来，蔡元培在香港去世。中央研究院各研究所、中央博物院筹备处与西南联大同人闻讯，震惊之余无不同声悲泣。傅斯年在龙头村旁边的弥陀殿，专门组织相邻的几家单位召开追悼会，傅氏作为主持人，在讲述蔡元培的生平，特别是上海沦陷前后一段经历时，泪如雨下，几不成语。
卢沟桥事变前两年，蔡元培的身\_体状况已现衰老颓势，病魔开始与他纠缠不休，但这位中国学界领袖，仍为民族的救亡与复兴奔走呼号。据他的学生，先后任清华、中央大学校长的罗家伦回忆，有一次蔡元培到南京，时任国民政府行政院院长兼外交部长的汪精卫闻讯后设宴招待。席前，蔡元培极为真诚恳切地苦劝汪精卫改变亲日的立场和行为，严正态度，以推进抗战和民族复兴的国策。当时在座的罗家伦等人看见，蔡元培说到激动伤心处，眼泪一滴滴落在汤盘里，又和汤一道咽下去。其情其景，在场者无不为之动容。
1931年，当蔡元培与蒋介石关系逐渐疏远并发生裂隙时，南京政府的要员党棍如桂崇基（南按：1927年以后，历任国民党“清党”委员会委员，国民党中央宣传部长，中央政治大学校长，考试院副院长，国民党中央执行委员，1949年随蒋逃台）等常思压制中央研究院，诋毁蔡元培。当情形紧急时，傅斯年便乘火车赶到国民党四大元老之一的吴稚晖处请其出面向蒋缓颊。蒋介石一度曾想任命中央研究院总干事杨杏佛为江西“剿匪”秘书长，杨氏极不愿蹚这摊浑水，但为顾及中央研究院利益，只好硬着头皮随蒋前往江西。对此，杨杏佛于1931年6月16日致傅斯年的信中说：“赴赣则要钱较有力，此亦冒暑随征之一原因也。”尽管奉命以身前往，且伴随蒋氏左右，但要钱仍非易事，同年7月21日，杨杏佛在致傅斯年的另一封信中颇为伤感地说：“虽尽力帮闲，而要钱终不如有实力者。”此时的中央研究院以及掌门人蔡元培，在蒋介石心中已由热变冷，双方的隔阂与裂隙无形中拉大。后因杨杏佛遭暗杀与自己遭特务恐吓事，蔡元培彻底与蒋介石在感情上分道扬镳。
1933年2月，杨杏佛（中）与鲁迅（右）、李济（左）在上海亚尔培路中央研究院总办事处合影（李光谟提供）
1937年7月卢沟桥事变发生后，蔡元培正在上海。此时，中央研究院理、化、工等三个研究所仍留在上海租界内开展工作。淞沪抗战爆发，蔡氏强撑病体，亲自组织、指挥上海的三个所向内地撤退。上海城陷之际，中央研究院总办事处已由朱家骅和傅斯年共同组织撤往重庆，蔡元培满怀悲愤与忧伤，乘一艘外国油轮独自一人从上海赶往香港。对于这个秘密行动，后来有两种解说，一说蔡准备至港后，转赴重庆与傅斯年等人会合，共撑中央研究院总办事处战时工作。一说蔡对蒋派特务刺杀杨杏佛事件耿耿于怀，情绪消沉，对蒋介石与国民党政府失去信心，极不愿到重庆与蒋氏打交道，遂负气出走，避居香港，与宋庆龄等人会合，静观待变。由于一路颠簸漂荡，年高体衰的蔡元培抵达港岛后身\_体不支，被迫滞留疗养休整，暂居于跑马地崇正会馆。
次年2月，蔡氏一家老小逃出沦陷的上海乘船抵港，蔡元培携家迁往尖沙咀柯士甸道，化名“周子余”隐居下来，谢绝一切应酬，但仍遥领中央研究院事务。同月，在蔡元培精心策划和组织下，于香港主持召开了中央研究院自上海、南京沦陷以来首次院务会议。浙江省主席兼中研院总干事朱家骅，以及所属的丁西林、李四光、竺可桢、傅斯年、陶孟和等10位所长如期赴约，共商御侮图存大计，面对众人的慷慨悲歌之气，蔡元培精神为之一振。就在这次会议上，确定了战时院务工作的许多重大策略与生存、发展方针。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由保卫中国同盟及香港国防医药筹赈会于圣约翰大礼堂举行的美术展览会，并公开发表演说。这是蔡元培在港期间唯一一次公开演讲，其意本为公开话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身\_体病弱不堪，未能成行，最终病逝香江。
1940年3月3日晨，蔡元培起床后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继而昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。
巨星陨落，天下震惊。全中国不分政治派别，均表深切哀悼。蔡氏遗体于7日下午在香港湾仔摩利臣山道福禄寿殡仪馆入殓，10日举殡，香港各学校及商号均下半旗致哀。蔡元培灵柩初移厝于东华义庄7号殡房，以待运回故乡浙江绍兴安葬。但因战事迭起，炮火连绵，未能成行，遂移葬于香港华人永远坟场。从此，这位“五四元老”“中国新文化运动之父”“学界泰斗”，长眠于香江。
蔡元培在民族危急的“大风雪”中走来，又在山河破碎的暴风骤雨中离去，在他到来和离去之后，中国已经不再是原来的中国，他所开创的学术大业，自由之思想，民主、科学之理念，囊括、兼容之精神，将成为一座不灭的灯塔，于岚山雾海、天地苍茫中，昭示着天下儒林士子远航的路。
1940年3月中旬，中央研究院评议会秘书翁文灏与中央研究院总干事任鸿隽，中央组织部长朱家骅，教育部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届院长。
既然胡适不能返国，中央研究院院长就只有在翁文灏与朱家骅之间选择了。但蒋介石对翁、朱二人皆不满意，故左右摇摆，举棋不定，直到蔡元培死后半年有余的9月18日，才最后下定决心弃翁而圈朱，不过在圈定之后又加了个“代”字，以示平衡各派势力，朱家骅遂以中央研究院代理院长的名分被公示天下。
朱家骅本是合法的三位院长候选人之一，结果阴差阳错地以暂代之名充当天下儒林共主，心中颇为不快，又无力改变这一尴尬局面。经过他一番明查暗访，认为导致这一局面的原因，与王世杰背后捣鬼大有关系。王不想让胡适此时离任回国，但又觉得胡适因此失去中研院院长之位牺牲太大，既然自己得不到，也不能让朱氏轻易占了便宜，于是欲留院长之位以待胡适，并以此说动蒋介石，抛弃最具竞争力的翁文灏，让资历较浅的朱家骅暂代。蒋介石心想，既然翁氏被抛弃，单举朱氏来做院长也有些不便，于是顺水推舟，在朱家骅的院长前轻轻加了个“代”字以示平衡，可见蒋介石此举之煞费苦心。
1940年5月，欧洲战场上，德国法西斯军队机械化部队绕道比利时，以闪电速度斜插法国腹部，从法国马奇诺防线左翼迂回，在蒙梅迪附近突破达拉弟防线，占领了法国北部。紧接着进抵马奇诺防线的后方，导致号称“固若金汤”的马奇诺防线变成了毫无用处的垃圾堆，在此布防的英法盟军数十个师瞬间崩溃，德军势如破竹向巴黎挺进。与此同时，远东战场上的日军与希特勒遥相呼应，立即出兵威胁越南，封闭滇越铁路，进而封锁香港。见风使舵的英国迅速与日本达成协定，拱手交出中国政府存放于天津英国银行的大批白银，并承诺配合日军封锁滇缅公路3个月，与日本共同觅得“光荣之和平”。
就在以上战略步骤实施前后，为确保日军已经攻占的武汉三镇，控制长江水上交通线，扼住中国军队的咽喉，置国民政府于死地，5月2日，日军调集15万精锐部队在第十一军司令官园部和一郎指挥下，于襄阳、枣阳、宜昌一带发动战争，史称“枣宜会战”。中国第五战区司令长官李宗仁指挥六个集团军进行阻击。日军自5月1日起分三路先后攻占明港、桐柏、唐河、枣阳等地，10日会师于唐白河畔。中国军队转入外线的部队将敌反包围于襄东平原，收复明港、桐柏，一度克复枣阳。5月14日，第三十三集团军总司令兼第五战区右翼兵团上将衔总司令张自忠，亲率第七十四师、骑九师及总部特务营数千人渡襄河出击，截击敌军，与日军血战竟日，复激战通宵。第二天，日军调集飞机20余架，炮20余门，轮番轰击。
张自忠上将
1938年1月，张自忠的五十九军被调归第五战区序列李宗仁指挥，旋赴临沂一带参加台、枣会战。张自忠以悲愤交加的心情，率部在临沂战役中击溃号称日本“铁军”的板垣征四郎第五师团，揭开了台儿庄大捷的序幕。
血战台儿庄之后，日军增兵包围徐州，截断陇海铁路，张自忠部又临危受命，掩护徐州数十万主力部队突围。武汉会战中，张部奉命守卫潢川，重创来犯日军第十师团。战后，张自忠以战功升任第二十七军团军团长，未久，军事委员会组建第三十三集团军，该集团军下辖曹福林的五十五军，张自忠的五十九军和冯治安的七十七军，张自忠任集团军总司令，冯治安副之，这支部队算是原二十九军老班底的余脉。此时的三十三集团军重整旗鼓，面貌一新，再也不是宋哲元第一集团军暮气沉沉的混乱状况了。受张、冯二位将领“尽忠报国”（张自忠语）的影响，军士们个个奋勇当先，在著名的随枣会战和枣宜会战，均打出了军威、声威，立下了赫赫战功。令人痛惜的是，一代名将张自忠竟在战场上以身殉职。
5月16日晨，张自忠部进至宜城东北罐子口地区与日军展开激战，在敌猛烈炮火的轰击下，被迫退至南瓜店附近。日军得知第三十三集团军总司令部被包围，集中万余人全力展开围攻夹击。因实力悬殊，第七十四师和特务营伤亡殆尽，张自忠数次中弹，身被七创，自知不治，弥留之际，对身边的人员说道：“我力战而死，自问对得起国家，对民族、对长官可告无愧，良心平安。”旋拔剑自戕，壮烈殉国，时年51岁。
与日军周旋的国军士气高昂，在山区丛林中穿插行进
当时围攻而来的日军亲眼目睹张自忠舍身以成仁的忠勇场面，皆认为倒下的不是一个人，而是一座山。随之而来的日军将领确认眼前阵亡的将军就是张自忠后，在片刻的欢呼之后，即肃穆郑重地列队，给面前这座大山一样伟岸刚卓的烈士行了军礼——这是对勇者强大灵魂与高贵人格的敬畏和敬佩。
当天夜里，根据最高统帅部命令，中方派一个师的兵力强攻落入敌人手中的阵地，以牺牲二百多名士兵的代价，占领该据点并抢回落入日军手中的张自忠将军之躯。5月21日5时，李致远将军、徐惟烈顾问奉三十三集团军副总司令冯治安之命，率手枪队，乘六辆卡车从快活铺集团军总部起程，护送张自忠灵柩前往重庆。
将星陨落，举国震悼。护送张自忠灵柩的车队经荆门、当阳等县和沿途集镇，均有各界群众祭奠。下午3时许，车抵宜昌县境，在宜昌东山寺停灵三日，23日凌晨4时，张自忠灵柩在严重、郭忏、王陆一等人护送下，由东山公园东山草堂运往轮船码头，宜昌民众路祭送灵者达10万之众，夹道香花爆竹不绝。民生公司免费运送灵柩的“民风”号轮船，停泊江面，生火待发。江面上过往轮船按响汽笛，以哀悼党国在抗战中失去的第一位集团军总司令职、上将衔的民族英雄。清晨6时半，盛载张自忠遗体的轮船拔锚起航，岸上人群无不怆然，江中其他轮船都停止航行，肃穆以待，汽笛一阵紧接一阵，扣人心弦，催人泪下。
这一感人至深的场面，时任军事委员会战区军风纪第二巡察团委员、正在宜昌亲睹其情的王陆一有如下记述：
5月28日，张自忠将军灵柩运抵重庆，全军举哀，满城悲恸。蒋介石亲临致祭，发表告全军将士书，追述张自忠一生的抗战之功：
追维荩忱（南按：张自忠字）生平与敌作战始于二十二年喜峰口之役，迄于今兹豫鄂之役，无役不身先士卒。当喜峰口之役，歼敌步兵两联队，骑兵一大队，是为荩忱与敌搏战之始。抗战以来，一战于淝水，再战于临沂，三战于徐州，四战于随枣。而临沂之役，荩忱率所部疾趋战地，一日夜达百八十里，与敌板垣师团号称铁军者鏖战七昼夜，卒歼敌师，是为我抗战以来克敌制胜之始……
在表彰其战功的同时，蒋介石借机对张自忠在平津沦陷前后一段历史功过做了评述：
抑中正私心犹有所痛惜者，荩忱之勇敢善战，举世皆知，其智深勇沉，则犹有世人未及者。自喜峰口战事之后，卢沟桥战事之前，敌人密布平津之间，乘间抵隙，多方以谋我。其时应敌之难，盖有千百倍于今日之抗战者。荩忱前主察政，后长津市，皆以身当樽俎折冲之交，忍痛含垢与敌周旋，众谤群疑无所摇夺，而未尝以一语自明。唯中正独知其苦衷与枉曲，乃特加爱护矜全，而犹为全国人士所不谅也。迨抗战既起，义奋超群，所向无前，然后知其忠义之性，卓越寻常，而其忍辱负重，杀敌致果之概，乃大白于世。夫见危授命，烈士之行，古今犹多有之。至于当艰难之会，内断诸心，苟利国家，曾不以当世之是非毁誉乱其虑，此古大臣谋国之用心，故非寻常之人所及知，亦非寻常之人所能任也……
尽管国军将士忠勇荩忱，硬打死拼，不惜以身殉国，终因装备与兵员素质等方面与敌方相差悬殊，仍未阻止日军的凌厉攻势。骄狂的日军在扫荡武汉周边战略要地后，又集中兵力向西部的宜昌赴来，企图打开三峡门户，围攻陪都重庆，给精疲力竭的国民党抗日力量最为致命的一击。中华民族又一次面临死里求生的抉择。
何兆武所说躲警报的地方又称为“一线天”，这是一道很窄的峡谷，大家认为躲警报此处较为安全，每次空袭到那里去的人也最多。因是在狭谷中，炸弹下来把两边的土炸翻，才有华罗庚被埋的险情发生。
重庆军民进入防空洞中
重庆民众为躲避日机轰炸在防空洞中工作
是日，联大外文系教授吴宓邀多位友人同游西山，上午9：00从小西门外篆塘上船，10：40在滇池中闻警报。“途中2：00见日机27架飞入市空，投弹百余枚。雾烟大起，火光迸烁，响震山谷。较上两次惨重多多。”傍晚归城后，“始知被炸区为文林街一带。云大及联大师院已全毁，文林巷住宅无一存者。大西门城楼微圮，城门半欹。文林街及南北侧各巷皆落弹甚多。幸联大师生皆逃，仅伤一二学生，死校警工役数人云。”
因敌机来得频繁，跑警报的次数太多，联大师生与员工渐感疲乏并产生了懈怠与侥幸心理，对敌机的“嗡嗡”轰鸣也不再理会。每次警报响起，几位老校工就打开联大校园的后门，让众师生向后山疏散，自己则在校园内或常委办公室看护。有些学生也仿照老校工的做法，在校园内随便找个树木繁密的地方或蹲或坐，待敌机过后再继续到教室自习，想不到这个做法竟酿成了一场灾祸。
10月13日下午，梅贻琦正在办公室处理公务，紧急警报响起，梅仍像往常一样走出办公室，随着师生穿过校园后门奔赴后山躲避。他尚未跑到离校园最近的白泥山，敌机已飞临校园上空，密集的炸弹冰雹一样落下，顿时浓烟腾起，常委办公室与临近的一幢宿舍楼被炸塌，看守地下室和常委办公室的老校工尹师傅与几位同事，另外还有几名躲在校园密林内的学生，见此次敌机轰炸异常猛烈，乃起身向防空洞奔去。有的刚钻进洞口，有的尚在洞外，一枚炸弹从天而降，众人不幸遇难。梅贻琦多亏跑得及时，算是逃过了一劫。
被炸断的房梁直插在蒋梦麟办公桌上（北京大学校史馆提供）
就在这次轰炸中，蒋梦麟办公室一根被炸断的房梁轰然落下，把蒋的办公桌桌面刺穿。多亏当时蒋梦麟已跑出办公室，否则后果不堪设想。学生何兆武看到这位蒋校长坐在图书馆前的地上，一副无奈的样子，或许不够准确。但当时的蒋梦麟面对他办公室中的恐怖情景，一定是百感交集并心有余悸的。
这两位同学置敌机轰炸于不顾，临危不惧、神态自若的另类表现，真有点古代战争或武侠小说中描绘的大将风度，甚至有点神仙风范，令人叹服。据说，联大校园外不远处有一家牛肉面馆，老板很有个性，被炸之后，索性换了一个新的招牌，叫作“不怕炸牛肉面馆”，大家都觉得这个招牌挺有趣，也挺鼓舞士气，前来吃面喝汤的食客增加了不少，老板因此大大地发了一笔。
当然，说是“不怕炸”只是赌气式地与日本人暗中较劲儿，或者称为一种黑色幽默，凡胎肉-体总是敌不过钢铁炸弹，警报一响，还得跑。日复一日，没完没了地跑，众人身心俱疲，就连住在昆明郊外龙泉镇的中央研究院史语所、中国营造学社，以及李济领导的中央博物院筹备处同人，每天都在警报的鸣响中惶恐度日，其悲苦之状从林徽因给费慰梅的信中可以看到：
日本鬼子的轰炸或歼击机的扫射都像是一阵暴雨，你只能咬紧牙关挺过去，在头顶还是在远处都一样，有一种让人呕吐的感觉。
1941年，日机轰炸下的重庆
当时日军对重庆的轰炸远胜过昆明，1939年6月11日，蒋介石的重庆黄山官邸附近遭到轰炸，官邸亦中弹，时蒋在三楼，险遭劫难。1940年5月始，日机经常以100架次以上轰炸重庆，许多无辜的民房与市民被炸毁炸死，其悲惨之状，令人痛扼。这年5月29日，蒋介石在目睹了重庆大轰炸后，于当天的日记中做了如下记载：
进入8月，日机对重庆的轰炸更为猛烈，整个重庆市区墙倒屋塌，满目疮痍，死伤惨重。尽管如此，军民们那种慷慨悲歌之气未减，大有越炸越勇，越炸越冷静、不屈之势。8月19日，日机出动190余架，对重庆展开轮番轰炸，整个市区笼罩在浓烟与烈火中，许多建筑被炸后燃烧，持续数十小时。面对惨剧，蒋介石于8月21日在日记中做了如下记载：
字里行间，透出这位战时军政领袖不服输、不怕鬼、不信邪的气概。1941年8月30日，蒋介石的重庆黄山官邸再次遭日机轰炸，六名卫士死二伤四。面对血肉横飞的惨象，蒋介石心怀忧愤但不为所惧，继续在残破的官邸办公和召开会议，周身透出一股视死如归的英雄豪气。
1939年春，日军航空兵开始对重庆大规模空袭。图为1939年8月19日，重庆市教会学校遭到日机轰炸情形
就在日军攻占越南并出动战机对重庆与昆明等地狂轰滥炸之际，国民政府教育部指令，西南联合大学，同济大学，中央研究院史语所、社会学所，中央博物院筹备处等驻昆学校和科研机构“宜作万一之准备”，即做迁移的准备。7月17日，西南联大常委会召开会议，决定按照教育部指令，做必要的准备工作。7月26日，梅贻琦与联大教务长樊际昌、事务组主任毕正宣赴云南澄江考察，但澄江接纳能力有限，只能前去一个学院。9月9日，联大常委会在听取了叶企孙、周炳琳、杨石先、樊际昌等人前往澄江再次调查和筹设分校与当地接洽的情况后，决定不去澄江，分校地点以重庆以西的四川辖境为宜。号称天府之国的蜀地，既有千山万壑的阻隔，又有长江或岷江、嘉陵江等长江支流和国民政府战时首都重庆相通，其间有大大小小的坝子可以耕种，粮食、蔬菜等生活必需品容易解决，是一个天然的避难场所与积蓄力量、待机反攻的后方基地。中国历史上许多王朝在大难临头之际都逃亡四川避难，天宝年间的安史之乱，在长安城陷之际，唐玄宗携带部分文臣武将出逃四川剑南，李唐王朝在天崩地裂的摇晃震荡中最终稳住了阵脚。鉴于这样的天然条件，西南联大做出了迁川的决定。