尊经阁文库原在东京本乡的前田氏旧宅邸内，与东京帝国大学（今东京大学）相毗邻。东京帝国大学为将农学部迁至校本部，遂与前田氏互换地产。于是，尊经阁文库于1927年之后重建，新址位于今东京都目黑区美丽的驹场公园西侧。
9、早稻田大学图书馆
早稻田大学是本部设在日本东京都新宿区的私立大学，与庆应义塾大学并称为“日本私学双雄”。其前身是1882年大隈重信设立的东京专门学校。1901年改称早稻田大学，当时同时设置了专科部和大学部。1949年的学制改革，该校随之成为新制大学。是亚洲最为国际化的大学之一，拥有日本最先进的图书馆，留学生数也位居日本大学第一（2008年），早稻田大学图书馆以中央图书馆为核心，共有30座，藏书总数约427万册，利用者达180万人次。早稻田大学不但拥有巨大的藏书量，同时也拥有庞大而先进的图书管理系统，所有领域的学术信息都实现了在线搜索。并且早稻田大学的图书目录数据库被世界最大的图书目录利用机关OCLC（OnlineLibraryCenter：本部在美国）所采用，供世界各国的研究人员所利用。早稻田大学收藏的汉籍如四库系列丛书、敦煌系列丛书、地方志系列等，以及四部丛刊、四部备要等，还收藏了大量从韩国以及中国大陆、台湾地区购买的汉文古籍珍本，如《礼记义疏》和被视为日本国宝级的《玉篇》。其汉籍目录有1991出版的《早稻田大学图书馆所藏汉籍分类目录》和1996出版的索引。
10、庆应义塾大学图书馆
庆应义塾大学与早稻田大学并称为“日本私学双雄”。它创建于1858年，由日本近代著名思想家福泽谕吉在江户（东京旧称）的筑地铁炮州购地创办，取“兰学塾”，又名“福泽屋”。10年后，即庆应4年，正式定名为庆应大学。如从“兰学塾”算起，庆应义塾大学的创建比日本第一所大学东京大学还早。庆应共有4个图书馆，分布于三田、日吉、矢上和信浓汀4个校区，截止2007年10月为止，藏书总量已达到4,275,823册。其中的“斯道文库”专门收藏汉籍。1907年建立的老图书馆，为八角塔式结构，已成为日本的重要文物。新建的三田图书馆有12个书库，采用现代化的服务。可藏书115万册，2002年10月，庆应义塾大学成为RLG（ResearchLibrariesGroup,Inc.）的首个东亚正式成员。2006年RLG与OCLC合并，成为世界上最大的非营利性组织，致力于图书馆、档案馆和博物馆的需要。庆应大学文献学研究所的“斯道文库”，是日本蒐集和研究汉籍的中心之一，其中有专门收藏书誌学的书库。
11、东北大学图书馆
东北大学是继东京大学、京都大学之后日本第三所国立大学，位于日本东北地区仙台市。其附属图书馆创立于明治44年（1911年），已有近百年的历史,它是日本高校图书馆屈指可数的收藏资料丰富、现代化设施完备的大学图书馆。现有藏书约370万册，其中日文书和外文原版书均为180多万册。国内外各种期刊杂志约7万种，其中日文杂志32000多种，外文原版杂志37000余种。附属图书馆由总馆、医学分馆、北青叶山分馆、工学分馆、农学分馆组成。再加上各个学院的15个专业资料室。
其中的特殊文库里收藏着古今名家的私人藏书，每位名家捐献的藏书自成一库，以捐献者名字命名。如夏目漱石捐献的藏书命名为漱石文库。狩野亨吉捐献的藏书命名为狩野文库等。各专业特殊文库共有32个，收藏图书约27万册。涉及日本文化、宗教、考古学、农业经济学、西洋美术史、医学以及汉籍等多学科领域。
东北大学图书馆收藏的汉籍，以狩野文库为代表。狩野亨吉（1865—1942）历任第一高等学校校长、京都大学文科大学长。其藏书中有大量和、汉、西洋古写本和古刊本。经东北大学初代总长泽柳正太郎之斡旋，其藏书于大正元年（1912）一并购入东北大学，记14798册。其中有日本国宝级的平安钞本《史记》孝文本纪第十。由该学图书馆编的《东北大学所藏和汉书古典分类目录汉籍经部·史部》和《东北大学所藏和汉书古典分类目录·汉籍·子部·集部·丛书部》已分别于1974和1975出版。
12、天理大学图书馆
天理大学附属图书馆刊有《天理图书馆稀世书目》，另有《天理图书馆善本丛书汉籍之部》刊行于世。
13、阳明文库
位于京都北区等持院北町56-1，1938年设立，属于藤原家族的私人图书馆，以收藏近卫家族所传文书、典籍20万种而闻名于世。据1936年举办展览时编辑的《近卫文库展观目录》，文库收藏汉籍550多种。
14、关西大学图书馆
收藏有原属于大阪私塾藤泽氏的“泊园文库”全部藏书，加上汉学家增田涉、内藤湖南的旧藏，几乎与原本就藏书丰富的关西大学藏书相等特别是内藤湖南的藏书，除了如唐写本《说文解字》等最善本为武田药品的“杏雨书屋”购去外，留存于恭仁山庄的34000册藏书，在1983年连同山庄一并为关西大学图书馆收购。图书馆为此专门编有《关西大学所藏内藤文库汉籍古刊古钞目录》。
15、爱知大学图书馆
爱知大学图书馆的中文藏书也很丰富，以霞山（东亚同文会创始人近卫文磨，号霞山）文库为代表，涉及古典、近现代中国政治、经济、社会、文学、历史、哲学等各个领域，总数达10万册，古籍36000余册、中国杂志219种，其中有些珍贵文献堪称世界文化遗产。另外，在筹建现代中国系时，还购入了大量文革时期的宝贵资料及战后主要在美国从事研究的德国汉学家、社会学家、经济学家魏特夫（KarlAugustWittfogel）的珍贵个人藏书。
日本收藏汉籍比较著名的公立图书馆还有：大阪府立中之岛图书馆，九州大学图书馆，东方文化研究所图书馆，利足学校图书馆，米泽图书馆，北海道大学图书馆，大阪大学图书馆怀德堂文库，大阪府立图书馆（建于明治36年（1903）。以收藏中文图书著称，尤其是汉文古籍），东京市立日比谷图书馆（建于明治41年，1908），广岛大学图书馆，大东文化大学图书馆，二松学社图书馆，大谷大学图书馆，龙谷大学图书馆等私人图书馆还有：三宅少太郎的“真轩文库”，织田小觉的“织田文库”。加藤虎之亮的“天渊文库”，武田药品的“杏雨书屋”。其中“杏雨书屋”的十万册藏书中就包括著名藏书家和汉学家内藤湖南旧藏的唐写本《说文解字》等善本。日本还有一些寺庙也收藏大量中国传来的汉籍，如伊势神宫的“神宫文库”，京都北野天满宫神社，大阪天满宫神社，京都建仁寺两足院藏书等。