1905年，三江师范学堂易名两江优级师范学堂。李瑞清出任两江师范学堂监督（校长）。
1914年8月30日，江苏巡按使韩国钧委任江谦校长筹办南京高等师范学校，“苏省原有两江师范学校，前因军兴中辍，现在大局已定，亟应由省续行开办，以储师资”，两江师范学堂乃得以改设，成为南京高等师范学校。
1920年，在南京高等师范的基础上又组建了国立东南大学。“南高师”与“东大”共处同一校园，资源共享。1923年7月，南京高等师范学校校牌撤去，南高正式并入东大，遂称之为国立东南大学。
1920年4月，郭秉文在校务会议上提出“建立南京大学”的建议，联名致书教育部，“拟就南京高等师范学校校址及南洋劝业会旧址，建设南京大学，以宏造就”，但由于各种原因，这一提议并没有获得当时教育部门的批准。12月7日国务会议全体通过，同意以南高师各专修科为基础筹办大学，定名为国立东南大学。1921年国立东南大学正式招生开办，郭秉文、蒋维乔等先后执掌校政。
1920年，正式招收8名女学生入学，在中国国立高等学府中首开“女禁”，引领男女同校之风。竺可桢为南京大学60周年校庆题词：“东南学府，为国之光。男女同校，惟此首创。外御强敌，内抑豺狼。天下有道，黉舍乃昌。”
1920年9月实行选科制与学分制，开设必修及选修课，修毕一定学分方可毕业。这些改革逐步为全国教育界所采用。最早在中国开展现代学术研究，建立了全国最早期的现代科学研究实验室，成为中国最早的以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体为特征的现代大学，被称为“中国第一所现代大学”。当时在国际上被认为是中国最优秀的大学；国际教育会东方部主任孟禄评价其为“中国政府设立的第一所有希望的现代高等学府”、“中国最有发展前途的大学”，将来之发达可颉颃世界最佳大学。
1921年10月，柳诒徵、刘伯明、梅光迪等人成立学衡社，1922年1月创办《学衡》月刊，展开现代中国文化复兴运动，其间成为中西学术文化交流的中心，国内外着名学者多来校讲学，誉为“东方教育的中心”。
1923年8月，因经费紧张，东大停办工科，工科与河海工程专门学校合组为河海工科大学。
1927年，国民政府成立，教育行政委员会经过通盘考虑，实行大学区制，国立东南大学、河海工科大学、上海商科大学、江苏法政大学、江苏医科大学以及江苏境内四所公立专门学校的9所公学合并，在首都南京改组易名“国立第四中山大学”，以纪念孙中山先生及北伐军攻克的第四座历史文化名城。
学校更名第四中山大学后，教育界人士普遍认为中山大学不止一处，不易辨认。1928年国民政府颁行《大学区条例》，要求“各省大学依据各地名名之”，规定改第四中山大学为江苏大学。于是，1928年2月改名为“江苏大学”。此令一出，即刻招到广大师生的反对，他们认为这样的更名“既不足以冠全国中心之学府，又不足以树首都声教之规模”。全校师生群情激愤，组成“改定校名请愿团”，要求政府依照英国伦敦大学，法国巴黎大学等的做法，将校名改为“国立南京大学”。但国民政府执意要改江苏大学，最后还是定名为江苏大学。
1928年5月16日，国民政府行政院作出决议，“江苏大学”改称“国立中央大学”，张乃燕仍为校长。
1937年7月抗战爆发，学校顺利西迁入川，校址设在重庆沙磁区沙坪坝松林坡，史称“重庆中央大学”。1945年8月抗战胜利后，吴有训出任校长。1946年11月1日在京（当时南京的简称）开学。全校设文、法、理、农、工、医、师范七个学院，为全国院系最全、规模最大的大学。根据1947年的统计，全校教职员1266人，学生4066人。其规模之宏大，学科之齐全，师资力量之雄厚，均居全国各大学之首，因而有“民国最高学府”之称。
1940年前后，该校学生先后创刊《太公报》和《大学新闻》。
1949年国立南京大学
1950年10月10日，接华东军政委员会教育部通知，校名去“国立”两字而径称“南京大学”。校长周鸿经去职，梁希担任校务委员会主席。
1956年12月，潘菽率心理系师生迁到北京组建中国科学院心理研究所，次年郭影秋接任校长，1963年匡亚明任校长。1966年文革爆发，教学工作受到破坏，本科生停止招生6年，研究生停止招生12年；当时南京大学以被称为曾是“国民党反动派的高等学府”、“国民党的文化中心”等理由而受到特别的冲击。
1976年，南大在校师生率先发起旨在反对和结束文化大革命的南京三·二九事件”，为四五运动的先声，南京反文革势力运动，影响全国。
1978年5月，哲学系青年教师胡福明发表了《实践是检验真理的唯一标准》，引发全国真理标准问题大讨论，拉开了当代中国思想解放的序幕，推动了邓小平领导开创的中国改革开放时代的到来。
1978年5月，匡亚明复任校长，1984年8月，曲钦岳任校长。
1993年，南京大学浦口校区投入使用（2009年成为金陵学院校园）。
1994年，南京大学被确定为国家“211工程”重点支持的大学。
1999年，南京大学进入国家“985工程”首批重点建设的高水平大学行列。
2006年，教育部和江苏省再次签订重点共建南京大学的协议。
2009年10月，南京大学仙林校区启用。仙林校区按规划和鼓楼校区协作分工，成为南京大学主校区。
2011年，教育部和江苏省签署协议继续重点共建南京大学。
学院
下属系科
南京大学文学院
文学系、语言学系、文献学系、戏剧影视艺术系、大学语文部
南京大学哲学系
（南京大学哲学系·宗教学系）
南京大学物理学院
南京大学天文与空间科学学院
天文学系、空间科学系
南京大学地球科学与工程学院
南京大学大气科学学院
气象学系、大气物理学系
南京大学电子科学与工程学院
电子工程系、通信工程系、信息电子学系、电子电工实验教学中心、微电子与光电子学系、微制造与集成工艺中心
南京大学现代工程与应用科学学院
南京大学新闻传播学院
南京大学商学院
（南京大学经济学院）
经济学系、产业经济学系、金融与保险学系、国际经济与贸易系、人口研究所
（南京大学管理学院）
工商管理系、会计学系、营销与电子商务系、人力资源管理学系
南京大学外国语学院
英语系、俄语系、日语系、德语系、法语系、西班牙语系、朝鲜语系、国际商务系
南京大学生命科学学院
生化系、生物科学与技术系
南京大学政府管理学院
政治学系、行政管理学系、劳动人事与社会保障系
南京大学信息管理学院
图书馆学、情报学、档案管理学
南京大学社会学院
社会学系、心理学系、社会工作与社会政策系
南京大学河仁社会慈善学院
南京大学化学化工学院
南京大学环境学院
环境科学、环境工程
南京大学医学院
南京大学软件学院
软件工程系、信息系统工程系、嵌入式技术系
管理科学与工程系、控制与系统工程系、光通信工程研究中心、管理-控制-一体化实验教学中心
南京大学匡亚明学院
南京大学建筑与城市规划学院
建筑系、城市规划与设计系
南京大学海外教育学院
南京大学创新创业学院
南京大学美术研究院
南京大学教育研究院
南京大学金陵学院
参考资料[19-21]
注：各院系办学实力可以浏览学校各院系网站或者《南京大学110周年校庆特刊》。
南京大学鼓楼校区有南京大学考古与艺术博物馆、南京大学地球科学博物馆、南京大学校史博物馆等。南园有孙中山就任中华民国临时大总统时的故居（中山楼），还有设立了拉贝与国际安全区纪念馆的拉贝故居，北园有赛珍珠故居、何应钦故居（斗鸡闸）等。（图册：[23-24]）
南京大学附属医院有南京大学医学院附属鼓楼医院、南京大学医学院附属口腔医院等。
南京大学最早在中国开展博士学位教育，设立了中国第一个大理科通才教育班、第一个大文科通才教育班。创建了中国第一个生物系、第一个气象系、第一个心理学系、第一个西洋文学系、第一个建筑系、第一个航空系、第一个体育科、第一个艺术科、第一个电影播音专修科、第一个农科、第一个林科、第一个现代地学系、第一个现代数学系、第一个国立大学医学院和新中国第一个综合性大学医学院、第一个履践型政治行政系、第一个履践型法学院、中国第一个商学院以及第一个工商管理、金融理财、会计、国际贸易系等等。其他许多学科，如文、史、哲、戏剧学、宗教学、人类学、社会学、化学、物理学、天文学、电子学、计算机科学、城市规划等等，都有深厚传统。
哲学
经济学
法学
法学、政治学、社会学、马克思主义理论
文学
中国语言文学、外国语言文学
历史学
考古学、中国史、世界史
理学
数学、物理学、化学、天文学、地理学、大气科学、地质学、生物学、生态学、统计学
工学
医学
基础医学、临床医学、药学
管理学
管理科学与工程、工商管理、公共管理、“图书馆、情报与档案管理”
艺术学
艺术学理论、戏剧与影视学
一级学科
中国语言文学
数学
物理学
化学
天文学
地质学
生物学
计算机科学与技术学
二级学科
马克思主义哲学
世界史
政治经济学
英语语言文学
社会学
情报学
微电子与固体电子学
环境科学
气象学
外科学（普外）
重点培育学科
中国近现代史
世界经济
环境工程
水文与水资源
大气物理与大气环境
注：13个二级学科国家重点学科中不包含8个一级学科国家重点学科中的48个二级学科国家重点学科
2013年1月，教育部公布最新学科整体水平评估结果，南京大学共有32个一级学科参评，其中27个一级学科进入前九，16个学科进入前五，9个学科进入前三，4个学科第二，3个学科第一，在C9高校中排名第三。[30-31]
截止到2013年4月底，南京大学共有12个学科领域进入ESI全球前1%，其中化学、材料科学两个学科已跻身世界百强之列。
大类
名次
1
5
地理学
6
生态学
8
2
9
大气科学
统计学
26
人文社科类
外国语言文学
政治学
3
理论经济学
4
考古学
11
新闻传播学
13
中国史
图书情报与档案管理
管理科学与工程
19
工商管理
环境科学与工程
计算机科学与技术
地质资源与地质工程
城乡规划学
软件工程
7
建筑学
电子科学与技术
临床医学
18
南京大学曾经首倡“教学法”，率先实行“学分制”和“选科制”。首开“女禁”，实行“男女同校”，引领中国风气之先。发起成立了中国最早的教师节。截至2013年1月，该校共拥有国家级双语示范课程6门、国家十一五精品教材17部、国家人才培养模式创新实验区5个，入选国家级大学生创新训练计划457项。
南京大学拥有国家基地班13个，位居全国高校第二。基地班覆盖了南京大学8个一级学科国家重点学科中的7个，均设有硕、博士点，配备院士、长江学者、杰青为主体的师资队伍，并依托国家重点学科和重点实验室教学科研优势实施重点培养。基地班出国率30%以上，保研率60%以上。
理科基地班
文科基地班
经济学基地班
生命科学与技术基地班
生命科学与技术
天文系
大理科试验班，即南京大学匡亚明学院基础学科理科强化班，是国家理科基础科学人才培养基地中唯一的多学科综合点。
合作机构
中美文化研究中心
中日文化研究中心
中德法学研究所
黛安/杰尔福特格来泽犹太文化研究所
南大中荷国际MBA
南大－康奈尔EMBA
华英文教基金会
南京大学在1952年院系调整前长期是中国高校中院系最
最新权威排名结果：
世界三大最具影响力的全球性大学排名：
2、泰晤士高等教育世界大学排名（2012-2013年）：南京大学位列世界第251-275位（区间），中国大陆第5位。
3、世界大学学术排名（2012年）：南京大学位列世界第201-300位（区间），中国大陆5-7位（区间）。
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