亘古时代的日本，是因海平面下降、从海底升上来的一片陆地，所以日本岛没有原住民。那日本人是从何而来的呢？明治时代，日本人类学鼻祖坪井正五郎（1863-1913）博士依据人类学、考古学资料进行研究后认为，日本原住民族是克罗波库尔人。克罗波库尔人是一种被称为“阿伊努人”中的“矮人”人种；阿伊努人又称“虾夷人”，主要分布于北海道地区，特点是身材矮小、肤色淡褐、体毛发达。
由于在日本大正年代（1912-1926大正天皇执政时期）有大量的石器时代的人骨出土，日本学者清野谦次博士（1885-1955）根据对出土人骨的检测分析，认为这些古人由某些大陆系人种与南方系人种混血进化而来。
《倭寇图卷》（局部）明·佚名现藏东京大学
由于又有大量旧石器时代的人骨被发现，人类学家长谷部言人博士（1882-1969）研究认为，日本旧石器时代的先民是从中国云南一带西南地区的人经渡海到达日本，他们定居日本后又长期与原住民通婚混血，形成了现今的日本民族。
还有一种说法，是江上波夫和冈正雄两位学者提出的“马上起源说”。他们认为日本先祖来自骑马民族，是大陆北方（西伯利亚）地区的骑马民族由朝鲜半岛入侵日本，征服了当时以农耕为主的南方民族，由此南北两系通婚混血而形成了日本民族。这一说法得到了日语语系的佐证：大约在石器时代的某个时段，有一支从欧亚大陆北方向东移动的种族，经库页岛和北海道迁至日本列岛定居。这一人种同后来迁来的阿伊努人、南方系人种互相混血，此后又与经由朝鲜半岛迁来的大陆各民族多有混血。
在有文字记载之后，又有从中国、朝鲜迁徙的移民归化成为日本人，这些人在日本历史中被称为“渡来人”。正是由上述这些“移民”的融入、累加、混血、繁衍而形成了现代的日本大和民族。
香港学者吴恩先生长期研究古代史，他的《解开古吴国之谜》（中文版）已成为全球网搜前十位的书籍。据他考证，“渡来人”中的一支大约在公元前470年左右抵达日本，他们来自春秋末期的古吴国，日本的神武天皇实际上就是春秋末期的吴国人。春秋末期（公元前473年冬），吴国被越王勾践所灭。包括吴王夫差之子在内的一批吴国人逃往海上，成为日本史上的一支“渡来人”。吴恩先生的依据是日本史书《古事记》。
《古事记》载，日本的开国者乘一艘大船（共64人），到达日本九州的鹿儿岛（今雾岛市），定居于高千穗山，古称“隼人”。吴恩先生认为，当时拥有建造渡海大船的技术和具备航海知识的国家只有齐、越、吴三国。而吴越争霸最终吴王夫差自刎，吴国灭亡，只有吴国王族才有远离家乡、逃亡外海、徙居日本的动机和能力。
据中国《万家姓》对吴姓的解读，当年勾吴被越国灭亡后，大部分吴国子民逃离江东，转而南下，逃往南粤。但有小部分吴国王族子弟则跨海逃往蓬莱群岛（日本国土）避难，不知所终。元朝初建时，一位史官在查阅史书资料《通鉴前编》时，发现上面记有“日本又云吴太伯之后，盖吴亡其支庶，入海为倭”。
这些“隼人”能够拥有渡海的大船，估计多半是权贵家族、有钱商人和有技匠人，他们抵达日本后，其后代从“高千穗宫”北上，建立了“九州西吴国”。至于“吴”如何转变成了“倭”，我曾请教过无锡的文史学者杨大中先生，他认为在吴语中“吴”和“倭”的发音十分接近，语音风格也颇为相似，古时极有可能具通假意。“吴”很可能就是“倭”的初意。
东汉时就有这样一个例子，就是因发音而把“吴”字写成了“倭”字。《后汉书》载：汉光武帝刘秀曾赐予倭国使者一枚“汉委（吴字误写）奴王国”（大汉属国）金印。该枚金印后来出土于日本九州福冈，保存完好，当地极为重视，还在金印出土处建了一座金印公园。也这说明从那时起，大汉朝已把日本的“吴”误写成了“委”，日本当时也就稀里糊涂接受了。
在晋朝陈寿所著的《三国志·魏书·倭人传》中，有两千字篇幅介绍三国时代倭国的情况。文中提到，当时在日本国九州岛东北部有一个很大的女王国叫作“邪马台国”（やまたいこく/yamataikoku），属下有30多个小国。今日本别称“大和”在日语发音上也几乎一致（Yamato），可窥见其演变轨迹。统治该国的女王叫“卑弥呼”，据吴恩先生考据，所谓“卑弥呼”就是“姬”姓的名呼。在日语中，“姫”的发音为“He-mee”，中国汉字谐音变成了“卑弥”。而“姬”姓正是勾吴王族源自西周的姓氏。这就难怪在日本九州南部的千穗山上竟然会有一座太（泰）伯神社和一座以太（泰）伯命名的山名。
日本东京国立国会图书馆内的古文献藏本，是关于访问九州太伯山的记录
至隋唐时，中日关系更为密切。日本对外公开声称“日本皇室是中国春秋战国时期吴太伯的后代”。这一时期，日本国曾多次派出遣隋使、遣唐使，赴中国学习文化。正是在这个阶段，日本废弃了此前历代沿用的以“倭”称呼“吴”的国名（因为那时来自海上的强盗皆被称为“倭寇”），而正式改称“日本”，并沿用至今。不过，这段误会已足可说明日本与古中国的勾吴之间的不解之缘。
一个长期闭锁的岛国，如果没有“勾吴”的加入，在相对封闭的条件下，是不可能在很短的历史时期内快速摆脱“绳文时代”（近似原始时期）而飞快跃入同时拥有铁器、青铜器的时代。正因为这种外来文化的输入，才提升了日本早期的冶金、制陶和纺织技术。因为纺织技术的提升，“弥生时代”的服饰也比“绳文时代”的穿着兽皮、树皮有了很大进步，弥生时代服装多以构树、楮树、苎麻等植物的纤维为材料，用类似纺车那样的原始织机，将其织成麻布、制成衣物。
弥生时代的丧葬文化，也比绳文时代前进了一大步。弥生时代已使用木制棺材和以石板围成箱式的两种殓棺。因当时贫富悬殊已经出现，出土墓葬中的陪葬品也有明显数量、质量的区别。这些出土于古棺木中的数量可观的铜镜、铜剑、铜矛、玉、璧、编钟、农具等随葬品，都是勾吴人所带来的文化。