肝位于腹部，横膈之下，右胁之内。肝为魂之处，血之藏，筋之宗。肝在五行属木，主动，主升。所以《素问灵兰秘典论》说：“肝者，将军之冠，谋虑出焉。”《素问六节藏象论》说“肝者，罢极之本，魂之居也。”肝的主要生理功能是主疏泄和主藏血。肝开窍于目，主筋，其华在爪。在志为怒，在液为泪。足厥阴肝经与足少阳胆经相互络属，肝于胆相为表里。
一、肝的主要生理功能
1.主疏泄
疏，就是疏通;泄，就是发泄、生发。肝的疏泄功能反映了肝为刚脏，主动、主升的生理特点，是调畅全身气机，推动血和津液运行的一个重要环节。肝的疏泄功能，主要表现在以下三个方面：
(1)调畅气机
气机，就是气的升降出入运动。机体的脏腑、经络、器官等的活动，全赖于气的升降出入运动。由于肝的生理特点是主升、主动，这对于气的疏通、畅达、升发，是一个重要的因素。因此，肝的疏泄功能是否正常，对于气的升降出入之间的平衡协调，起着调节作用。肝的疏泄功能正常，则气机调畅，气血调和，经络通利，脏腑器官等的活动也就正常和调。如果肝的疏泄功能异常，则可出现两个方面的病理现象：一是肝的疏泄功能减退，即是肝失疏泄，则气的升发就显现不足，气机的疏通和畅达就会受到阻碍，从而形成气机不畅、气机郁结的病理变化，出现胸胁、两乳或少腹等某些局部的胀痛不适等病理现象;二是肝的升发太过，则其的升发就显现过亢，气的下降就不及，从而形成肝气上逆的病理变化，出现头目胀痛、面红耳赤、易怒等病理表现。气升太过，则血随气逆，而导致吐血、咯血等血从上溢的病理变化。甚则可以导致卒然昏不知人，称为气厥，“阳气者，大怒则行气绝，而血菀于上，使人薄厥”(《素问生气通天论》)。
血的运行和津液的输布障碍，亦有赖于气的升降出入运动。因此，气机的郁结，会导致血行的障碍，形成血瘀，或为癥积、肿块，在妇女则可导致经行不畅、通经、闭经等。气机的郁结，也会导致津液的输布代谢障碍，产生痰、水等病理产物，或为痰阻经络而成痰核，或为水停而成臌胀。
(2)促进脾胃的运化功能
(3)调畅情志
此外，妇女的排卵和月经来潮、男子的排精，与肝的疏泄功能也有密切关系。
2.主藏血
肝藏血是指肝有贮藏血液和调节血量的生理功能。肝的藏血功能，主要体现在肝内必须贮藏一定的血量，以制约肝的阳气升腾，勿使其过亢，以维护肝的疏泄功能，使之冲和条达。其次，肝的藏血，也有防止出血的重要作用。因此，如果肝不藏血，不仅仅可以出现肝血不足，阳气升泄太过等病变，而且还会导致出血。肝的藏血功能，还包含着调节人体各部分血量的分配，特别是对外周血量的调节起着主要的作用。在正常生理情况下，人体各部分的血量，是相对恒定的。但是随着机体活动量的增减、情绪的变化，以及外界气候的变化等因素，人体各部分的血量也随之而有所变化。当机体活动剧烈或情绪激动时，肝脏就把所贮存的血液向机体的外周输布，以供机体的需要。
当人体在安静休息及情绪稳定时，由于全身活动量减少，机体外周的血液需要量相对减少，部分血液便藏之于肝。“故人卧血归于肝”(《素问五脏生成篇》)。后代医家有注释，“肝藏血，心行之，人动则血运于诸经，人静则血归于肝脏”。由于肝脏对血液有贮藏和调节作用，所以人体各部分的生理活动，皆与肝有密切关系。如果肝脏有病，藏血功能失常，不仅会引起血虚或出血，而且也能引起机体许多部分的血血濡养不足的病变。如肝血不足，不能濡养于目，则两目干涩昏花，或为夜盲;若不能濡养于筋，则筋脉拘急，肢体麻木，屈伸不利等。故有“肝受血而能视，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能摄”(《素问五脏生成篇》)。肝的贮藏血液和调节血量的功能，还体现于女子的月经来潮。所以肝血不足或肝不藏血时，就会引起月经量少，甚则闭经，活跃精量多，甚则崩漏等症。
肝的调节血量功能，是以贮藏血液为前提的，只有充足的血量贮备，才能有效的进行调节。但是将贮藏于肝内之血输布于外周的作用，实际上是肝的疏泄功能在血液运行方面的一种表现。肝的疏泄功能正常，贮存于肝内的血液才能向外周布散。因此，肝的调节血量功能，必须是藏血与疏泄功能之间的协调平衡，才能完成。如果升泄太过或藏血功能减退，就会导致各种出血;疏泄不及，肝气郁结，则可导致血瘀。
此外，藏象学说中还有“肝藏魂”之说。魂乃神之变，是神所派生的，“随神往来者，谓之魂”(《灵枢本神》)。魂和神一样，都是以血为其主要物质基础的，心有余主血，故藏神;肝藏血，故藏魂。所以《本神》又说：“肝藏血，血舍魂”。肝的藏血功能正常，则魂有所舍。若干血不足，心血亏虚，则魂不守舍，可见惊骇多梦、卧寐不安、梦游、梦呓以及出现幻觉等症。
二、肝的在志、在液、在体和在窍
1.在志为怒
怒是人在情绪激动时的一种情志变化。怒对于机体的生理活动来说，一般是属于一种不良的刺激，可使气血上逆，阳气升泄，正如《素问举痛论》所言：“怒则气逆，甚则呕血、飧泄，故气上矣”。由于肝主疏泄，阳气升发，为肝之用，故说肝在志为怒。
2.在液为泪
肝开窍于目，泪从目出，所以肝在液为泪。泪有濡润眼睛，保护眼睛的功能。在正常情况下，泪液的分泌，是濡润而不外溢，但在异物侵入目中时，泪液即可大量外溢，起到清洁眼目和排出异物的作用。在病理情况下，则可见泪液的分泌异常。如肝的阴血不足时两目干涩，实质上是泪液的分泌不足;如在风火赤眼，肝经湿热等情况下，可见目眵增多，迎风流泪的等症。此外在极度悲哀的情况下，泪液的分泌也可大量增多。如《灵枢口问》所言“悲哀愁忧则心动，心动则五脏六腑皆摇，摇则宗脉感，宗脉感则泪道开，泪道开故泣涕出焉”。
3.在体合筋，其华在爪
爪，就是爪甲，包括指甲和趾甲，“爪为筋之余”，就是说爪甲是筋的延续。肝血的盛衰，可影响爪甲的枯荣。肝血充足，则爪甲坚韧明亮，红润光泽。若肝血不足，则爪甲软薄，枯而色夭，甚则变形脆裂。
4.在窍为目
目就是眼睛，又称“精明”，是视觉器官。“夫精明者，所以视万物、别黑白、审短长”(《素问脉要精微论》)。肝的经脉，足厥阴肝经，上联于目系，目的视力，有赖于肝气的疏泄和肝血的营养，所以说肝开窍于目。“肝受血而能视”(《素问五脏生成篇》)，“肝气通于目，肝和则目能辨五色矣”(《灵枢脉度》)。但还须指出，五脏六腑之精气皆上注于目，因此，目与五脏六腑皆有内在联系。这是“五轮”学说的基础，《灵枢大惑论》中说“五脏六腑之精气，皆上注于目而为之精。精之窠为眼，骨之精为瞳子，筋之精为黑眼，血之精为络，其窠气之精为白眼，肌肉之精为约束，裹撷筋骨血气之精而与脉并为系，上属于脑，后出于项中”。“五轮”学说为眼科的辩证论治打下了一定的基础。
由于肝与目的关系非常密切，因而肝的功能是否正常，往往可以从眼睛上反映出来。如果肝的阴血不足，则两目干涩，视物不清或夜盲;肝经风热，则可见目赤痒痛;肝火上炎，则可见目赤生翳;肝阳上亢，则头晕目眩;肝风内动，则可见目斜上视等。