主生长、发育、生殖肾藏精，就是说肾对于精气具有闭藏的作用，这是肾的主要生理功能。肾对于精气的闭藏，主要是为精气在体内能充分发挥其应有的生理效应，创造良好的条件，不使精气无故流失，影响机体的生长、发育和生殖能力。“肾者主蜇，封藏之本，精之处也”(《素问六节脏象论》)。
肾中精气，是机体生命活动之本，对机体各方面的生理活动均起着极其重要的作用。为了在理论上和实践上全面阐明肾中精气的生理效应，概括为肾阴和肾阳两个方面：对机体各个脏腑组织器官起着滋养、濡润作用的称为肾阴;对机体各个脏腑组织器官起着推动、温煦作用的称为肾阳。肾阴和肾阳，又称元阴和元阳、真阴和真阳，是机体各脏阴阳的根本，二者之间，相互制约、相互依存、相互为用，维护着各脏阴阳的相对平衡。如果由于某些原因，这种相对平衡遭到破坏而又不能自行恢复时，就会形成肾阴虚和肾阳虚，出现内热、眩晕、耳鸣、腰膝酸软、遗精、舌质红而少津等肾阴虚证候，或是出现疲惫乏力、形寒肢冷、腰膝冷痛和萎弱、小便清长或不利或遗尿失禁、舌质淡，以及性机能减退和水肿等肾阳虚的证候。
由于肾阳和肾阴是各脏阴阳的根本，所以在肾的阴阳失调时，会因此而导致其他各脏的阴阳失调。如肝失去肾阴的滋养，称为“水不涵木”，可出现肝阳上亢，甚则肝风内动;心失去肾阴的上承，则可引起心火上炎，或导致心肾阴虚;肺失去肾阴的滋养，则可出现咽燥、干咳、潮热、升火等肺肾阴虚之证;脾失去肾阳的温煦，就会出现五更泄泻、下利清谷等脾肾阳虚之证;心失去肾阳的温煦，就会出现心悸、脉迟、汗出、肢冷、气短等心肾阳虚之证。反之，其它各脏的阴阳失调，日久也必累及于肾，损耗肾中精气，导致肾的阴阳失调，这就是“久病及肾”的理论依据。
由于肾阴和肾阳均是以肾中精气为其物质基础的，肾的阴虚和阳虚，实质上均是肾中精气不足的表现形式。所以肾阴虚到一定程度的时候，可以累及肾阳，发展为阴阳两虚，称作“阴损及阳”;肾阳虚到一定程度的时候，也可以累及肾阴，发展为阴阳两虚，称作“阳损及阴”。
此外，还需加以说明的是，肾中精气亏损的表现形式是多种多样的，在一定条件下，肾中精气虽已亏损，但其阴阳失调的状况，却又不很明显，因此可称作肾中精气亏损，或可分别称为肾精不足和肾气虚。
2.主水
肾主水液，主要是指肾中精气的气化功能，对于体内津液的输布和排泄，维持体内津液代谢的平衡，起着极为重要的作用，“肾者水脏，主津液”(《素问逆调论》)。
3.主纳气
纳，就是固摄、受纳的意思。肾主纳气，是指肾有摄纳肺所吸入的清气，防止呼吸表浅的作用，才能保证体内外气体的正常交换。人体的呼吸功能，虽为肺所主，但必须依赖于肾的纳气作用，《类证治裁》中说“肺为气之主，肾为其之根，肺主出气，肾主纳气，阴阳相交，呼吸乃和”。肾的纳气功能，实际上就是肾的闭藏作用在呼吸运动中的具体体现。从理论上来说，肺吸入之清气，必须下达于肾。《难经》中提到“呼出心与肺，吸入肾于肝”。实际上是说明了肺的呼吸要保持一定的深度，有赖于肾的纳气作用。因此，肾的纳气功能正常，则呼吸均匀和调。若肾的纳气功能减退，摄纳无权，呼吸就表浅，可出现动辄气喘，呼多吸少等病理现象。这称为“肾不纳气”。
肾的在志、在液、在体和在窍1.在志为恐
2.在液为唾
唾为口津，唾液中较稠厚的称作唾。唾为肾精所化，咽而不吐，有滋养肾中精气的作用。若多唾或久唾，则易耗损肾中精气。所以古代导引家以舌抵上腭，待津液满口后，咽之以养肾精。但唾与脾胃也有关，“唾为肾液，而肾为胃关，故肾家之唾为病，必见于胃也”(《杂病源流犀烛》)
3.在体为骨、主骨生髓、其华在发
肾主骨、生髓的生理功能，实际上是肾中精气具有促进机体生长发育功能的一个重要组成部分。骨的生长发育，有赖于骨髓的充盈及其所提供的营养，而肾中精气充盈，才能充养骨髓。小儿囟门迟闭，骨软无力，以及老年人的骨质脆弱，易于骨折等，都与肾中精气不足，骨髓空虚有关。
髓，有骨髓、脊髓和脑髓之分，这三者均是肾中精气所化生。因此，肾中精气的盛衰，不仅是影响骨的生长和发育，而且也影响及脊髓和脑髓的充盈和发育。脊髓上通于脑，髓聚而成脑，故称脑为“髓海”。肾中精气充盈，则髓海得养，脑的发育就健全，就能充分发挥其“精明之府”的生理功能;反之，肾中精气不足，则髓海失养，形成髓海不足的病理变化。《素问灵兰秘典论》中说的“肾者，作强之官，技巧出焉”，实际上也是指肾中精气主骨生髓生理功能的具体表现。
发的生长，全赖于精和血。因为肾藏精，所以说其华在发。发的生长与脱落、润泽与枯槁，不仅依赖于肾中精气之充养，而且也有赖于血液的濡养，所以又有“发为血之余”之说。青壮年时，由于精血充盈，则发长而有光泽;老年人的精血多虚衰，毛发变白而脱落，一般来说，这是正常规律。但在临床上所见未老先衰，头发枯萎，早脱早白者，与肾中精气不足和血虚有关。
4.在窍为耳及二阴
耳是听觉器官。听觉的灵敏与否，与肾中精气的盈亏有密切关系。肾中的精气充盈，髓海得养，则听觉灵敏，分辨力较高，所以《灵枢脉度》中说：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣”。反之，肾中精气虚衰时，则髓海失养，耳的听力就会减退，或者发生耳鸣，甚至耳聋。人到老年，肾中精气就会衰退，听力也会减弱。所以说肾开窍与耳。
二阴，就是前阴(外生殖器)和后阴(肝门)。前阴是排尿和生殖的器官，后阴是排泄粪便的通道。尿液的排泄虽在膀胱，但必须依赖于肾的气化才能完成。因此，尿频、遗尿、尿失禁、尿少或尿闭，均与肾的气化功能失常有关。至于人的生殖功能，也是由肾所主，我们在前边已经讲过。粪便的排泄，本是大肠的传化糟粕功能，但也与肾的气化功能有关，如肾阴不足时，可致肠液枯涸而便秘;肾阳虚损时，则气化无权而致阳虚便秘或阳虚泄泻;肾的封藏失司时，则可见久泄滑脱。所以说肾开窍于二阴。