作为税务部门的核心系统，支持多种方式进行纳税申报。系统通过与内部管理系统和外部的信息交换，可以很好地为税收决策提供支持。税收征管信息系统提供了包括管理服务、征收监控、税务稽查、税收法制和系统维护五个系列的功能，如图所示。
1．管理服务
管理服务主要包括税务登记管理、认定管理、税收证明、文书管理、发票管理和证件管理等子系统。
(1)税务登记管理
税务登记管理主要包括开业登记、变更登记、注销登记、验换证管理、重新税务登记管理、非正常户管理。
(2)认定管理
(3)税收证明
(4)文书管理
文书管理主要包括文书通用流程、减免退类文书、所得税类文书、核定类文书、汇总申报文书、延期类文书、其他类文书。
(5)发票管理
(6)证件管理
证件管理主要包括税务登记证件打印销号、证件状态管理、税务登记证件重新发放、纳税人可持有证件数量限制设置。
2．征收监控
(1)申报征收
申报征收主要包括纳税申报、税款征收、催报催缴、纳税保证金查询。
(2)税收会计
3．税务稽查
税务稽查主要包括案源管理、稽查实施、稽查审理、稽查执行和稽查其他处理等子系统。
(1)案源管理
案源管理包括案源登记、复查选案、案源处理。
(2)稽查实施
稽查实施包括实施任务接收、立案处理、通知(证明)处理、稽查收据清单、笔录处理、稽查事项报告、稽查实施总结性文书、提请审理处理、处罚告知处理、决定性文书处理和其他处理。
(3)稽查审理
稽查审理包括审理登记、笔录处理、审理(查)报告处理、处罚告知处理、听证处理、决定性文书处理和其他处理。
(4)稽查执行
稽查执行的功能有执行登记和稽查执行文书处理。
(5)稽查其他处理
稽查其他处理包括提取挂案申请表、文书批量审批、稽查案件实施人员调整、稽查案件审理人员调整、稽查案件执行人员调整。
4．税收法制
税收法制主要包括违法违章处理、内部协查、一般执行、保全强制、查询统计等子系统。
(1)违法违章处理
违法违章处理包括违法违章案件产生、责令限改处理、行政处罚决定(简易)、不予行政处罚决定(简易)、违章一般处罚、运行数据维护。
(2)内部协查
内部协查的功能有内部协查管理、问题纳税人监控日志、提请内部协查文书处理。
(3)查询统计
查询统计功能有违法违章综合查询、违法违章和一般执行其他查询统计。
5．系统维护
系统维护主要包括系统初始化、参数设置、数据字典、权限管理、工作流管理和通用报表等子系统。
实施和使用税收征管信息系统可以起到以下几个方面的作用：
1．加强对税务行政执法的监督
加强对税务行政执法的监督，避免了税收执法的随意性，为纳税人提供了公开、公平、公正的纳税环境。
2．强化对税源的全方位监控
强化对税源的全方位监控，初步形成了全国性的税源监控网络。
3．加强税收数据的综合分析和利用
4．税务机关转为主动服务
5．税务机关成本降低，效率提高
税务机关成本降低，效率提高，实现了从粗放式管理到集约化管理的全面转变。
1．税收征管系统使用不稳定、用户权限设置控制不当等系统设计阶段存在的缺陷。
2．税收征管系统数据库数据的真实完整性、准确性。
实例二：利用计算机辅助审计工具和技术根据税款征收数据表和税款退还数据表，计算各级次各税种收入和税款退回，审查与金库报表反映的各级次各税种收入和税款退回是否一致，验证业务数据的真实完整性和准确性。审计人员发现金库退还报表与税收退回数据总额一致，但是部分税种在级次上、税种上存在着一定偏差。
3．基于真实完整的征管数据的税收征管征纳、减免和退库等主要业务流程审查。