中国书刊发行业协会成立于1991年3月，是原国家新闻出版署批准并业务主管（随着国家机构改革变化，业务主管部门分别变更为国家新闻出版总署、国家新闻出版广电总局、中宣部），国家民政部注册登记的，由从事出版物发行的企业事业单位及其经营者、发行工作者自愿组成的全国性社会组织。
第一届理事会（1991年3月至1995年4月）
1991年3月6日，中国书刊发行业协会成立大会在北京召开。来自全国各省（自治区、直辖市）和计划单列市的书刊发行业协会代表，以及出版社、新华书店、外文书店、古旧书店、书刊进出口公司、供销社、集体书店、个体书店和部分邮电系统报刊发行单位的178位代表参加会议。中宣部副部长刘忠德，国务院副秘书长徐志坚，国家新闻出版署署长宋木文，国家出版委员会主任委员王子野，中宣部出版局局长刘国雄、民政部社团管理司司长刘宝琦等领导出席了成立大会。
大会选举产生了中国书刊发行业协会第一届理事会理事156名、常务理事21名。选举国家新闻出版署副署长刘杲为第一届理事会会长，人民出版社副社长刘继文、新闻出版署发行管理司司长吴克明、新华书店总店总经理汪轶千、中国图书进出口总公司总经理陈为江、商业部供销合作管理司副司长陈远祥、新华书店总店副总经理郑士德、北京市新闻出版局副局长高树林等7人为第一届理事会副会长，郑士德兼任秘书长。
会议表决通过了《中国书刊发行业协会章程》和《中国书刊发行业协会财务管理规定》。
本届理事会所开展的主要工作：一是编印《图书市场信息》为会员单位提供信息服务；二是开展全国优秀畅销书的评选为会员单位提供导购导销服务；三是协调本行业内部的产、供、销关系，促进发行体制改革；四是举办法规、门市、财会等培训班，为会员单位提供业务培训服务；五是加强同海外、国外同行业的联系，开展对外交流服务；六是配合政府部门“扫黄”、“打非”，繁荣和净化书刊市场。
第二届理事会（1995年4月至1999年11月）
1995年4月19-21日，中国书刊发行业协会第二届会员代表大会在北京召开。来自全国各省（自治区、直辖市）及部分城市发行协会的代表，新华书店系统代表，图书进出口、外文书店、古旧书店系统的代表，中央及地方出版社的代表，集、个体书店的代表，共计224名参加了会议。中宣部出版局局长高明光、国家新闻出版署副署长谢宏、中国出版工作者协会常务副主席卢玉忆、中国编辑学会常务副会长邵益文等领导出席会议。
会议选举产生中国书刊发行业协会第二届理事会理事190名、常务理事30名。选举刘杲同志继续担任第二届理事会会长，选举新华书店总店总经理邓耘、人民出版社副社长刘继文等2人为常务副会长，选举新闻出版署发行管理司副司长王俊国、中宣部出版局副局长邬书林、北京市新闻出版局副局长孙向东、中国建筑工业出版社社长刘慈慰、中国图书进出口总公司总经理陈为江、全国供销合作总社司长陈远祥、人民教育出版社副社长李泽鹏、新华书店总店原副总经理徐家祥等8人为副会长，徐家祥兼任秘书长。
会议审议通过了《第一届理事会工作报告》《财务收支情况报告》和《章程》的修改，审议通过设立“中国书刊发行优秀奖”和颁发办法等。
本届理事会所开展的主要工作：一是联合中国出版工作者协会共同举办北京图书订货会（96年、97年、98年、99年共举办四届）；二是举办全国图书联合展销活动（95年、96年共举办两届）；三是评选全国优秀畅销书（共举办4次）；四是举办发行业务和发行改革方面的研讨会（95年、96年、98年）；五是开展农村图书发行论文征集活动（98年）；六是承办“中国书刊发行奖”和主办“中国书刊发行行业双优单位”评选活动（共举办两届）；七是制订和颁布《全国书刊发行业公约》（97年）；八是为会员单位提供信息服务，编印《图书市场信息》和《发行协会通讯》；九是经过努力和谈判正式加入国际书商联盟组织（95年3月）；十是组织会员单位开展对外交流活动。
第三届理事会（1999年11月至2005年1月）
1999年11月11—13日，中国书刊发行业协会第三届会员代表大会在北京召开。来自全国各省（自治区、直辖市）及部分城市发行协会的代表，本会各专业委员会的代表，新华书店系统代表，图书进出口、外文书店、古旧书店系统的代表，中央及地方出版社的代表，集体书店、民营书店的代表，共计243名参加了会议。中宣部副部长龚心瀚，国家新闻出版署署长于友先、副署长杨牧之，中国出版工作者协会常务副主席卢玉忆，中国编辑学会常务副会长邵益文等领导出席会议。
会议选举产生中国书刊发行业协会第三届理事会理事233名、常务理事53名。选举国家新闻出版署副署长杨牧之为第三届理事会会长，新华书店总店总经理邓耘、国家新闻出版署出版物发行管理司司长王俊国、商务印书馆总经理杨德炎等3人为常务副会长，选举人民卫生出版社社长刘益清、全国供销总社何伟、北京市书刊发行业协会会长肖天如、中国图书进出口总公司名誉董事长陈为江、中宣部出版局副局长张小影、新华书店总店原副总经理徐家祥、人民教育出版社副社长阎棻荣等7人为副会长，徐家祥兼任秘书长。
会议审议通过了《第二届理事会工作报告》《财务收支情况报告》、《章程》的修改和《关于加强行业自律决议》等。
第四届理事会（2005年1月至2010年3月）
2005年1月22-23日，中国书刊发行业协会第四次全国会员代表大会在北京召开。来自全国各省（自治区、直辖市）及部分城市发行协会的代表，新华书店系统的代表，图书进出口、外文书店、古旧书店系统的代表，中央及地方出版社的代表，民营书业的代表，共计267名参加了会议。新闻出版总署副署长邬书林、中国出版工作者协会主席于友先、中国编辑学会会长刘杲（曾担任发协第一、二届会长）、中宣部出版局局长张小影、新闻出版总署出版物发行管理司副司长张福海、中国出版工作者协会副主席谢明清等领导出席会议。
会议选举产生中国书刊发行业协会第四届理事会理事259名、常务理事67名。选举中国出版集团总裁、国家新闻出版总署原副署长杨牧之为第四届理事会会长，选举中国出版集团副总裁、中国新华书店协会会长王俊国，商务印书馆总经理杨德炎，金盾出版社原社长刘新明，新华书店总店总经理刘国辉，新闻出版总署出版物发行管理副司长张福海等5人为常务副会长；选举辽宁发行（集团）有限公司董事长卜景春、山东世纪天鸿书刊有限公司董事长任志鸿、中宣部出版局局长张小影、江苏省新华书店集团有限公司总经理张佩清、中国图书进出口（集团）总公司副总经理李峰、外语教学与研究出版社社长李朋义、北京科文书业信息技术有限公司（当当网）联合总裁李国庆、北京市书刊发行业协会会长肖天如、化学工业出版社社长俸培宗、人民教育出版社副社长阎棻荣、湖南省新闻出版局副局长彭国华等11人为副会长。刘新明兼任秘书长。
会议审议通过了《第三届理事会工作报告》、《财务管理情况报告》和《章程》的修改等。
本届理事会所开展的主要工作：一是联合中国出版工作者协会共同举办北京图书订货会（2005年、2006年、2007年、2008年、2009年、2010年共六届）；二是参与承办全国图书交易博览会（第十五届至第十九届）；三是在中宣部出版局领导下参与农村图书发行网点建设调研工作（2005年7月、8月，分赴甘肃、河南、内蒙古调研）；四是参与发起“民间组织服务社会主义新农村建设”倡议活动（2006年9月）；五是倡议把“世界图书日”定为本行业节日，推动全民阅读活动开展（2006年3月向全行业发出倡议）；六是举办“全行业优秀畅销品种”评选活动，促进全行业多发好书（2006年至2009年共举办4次）；七是开展理论研讨和主题征文活动，推进行业的改革发展（2005年至2008年共举办4次）；八是承办国际书商联盟大会2005北京年会（2005年5月）；九是组织代表团参加国际书商联盟年会（2006年5月意大利，2007年6月南非）；十是为会员单位提供信息服务（修订出版《全国出版发行单位名录大全》、编印《发行协会通讯》和《市场信息》4年共计编印近百期、建设并开通协会网站等）；十一是指导各专业委和地方协会开展工作。
第五届理事会（2010年3月至2015年7月）
会议审议通过《第四届理事会工作报告》、《财务管理情况报告》、《章程》修改，表决通过《会费收取标准及管理规定》和名称变更等。
第六届理事会（2015年7月至2020年12月）
2015年7月17日，中国书刊发行业协会第六次全国会员代表大会在北京召开。来自全国各省（自治区、直辖市）及部分城市发行协会的代表，新华书店系统的代表，图书进出口、外文书店、古旧书店系统的代表，中央及地方出版社的代表，民营书业的代表，共计270名参加了会议。国家新闻出版广电总局副局长孙寿山，原国家新闻出版总署副署长、协会第五届理事会会长杨牧之，原国家新闻出版总署副署长、中国期刊协会理事长石峰，国家新闻出版广电总局人事司巡视员李潞，国家新闻出版广电总局印刷发行司巡视员谭汶，中国出版协会常务副理事长兼秘书长刘建国等领导出席会议。
会议审议通过《第五届理事会工作报告》、《财务管理情况报告》、《章程》修改等。