收藏有数字方志、西夏文献、宋人文集、碑帖、年画、徽州善本家谱、甲骨文、古代典籍、敦煌遗珍等，另有“中华古籍善本国际联合书目系统”著录了北美图书馆的几乎全部藏书以及中国图书馆的部分藏书，数据达到2万多条；“中华古籍资源库”目前在线发布的古籍影像资源包括：国家图书馆藏善本和普通古籍、法国国家图书馆藏敦煌遗书、天津图书馆藏普通古籍等，资源总量超过3.2万部。与国外图书馆联合开发的“哈佛大学哈佛燕京图书馆藏善本特藏资源库”、“东京大学东洋文化研究所汉籍影像数据库”等。
内阁文库是日本一所收藏汉籍、日文古籍的专门图书馆，现在是日本国立公文书馆的一个部分，现藏汉籍185000余册。内阁文库中属于“日本重要文化财”的汉籍12种，其中9种是宋刊，都可以在线阅读下载。另有网站上显示的约15000条目录，显示“阅览”的可以下载全文。库中的特色资源有地方志、医书、诗文集等。
收藏有部分属于日本“国宝”和“重要文化财”的汉籍，包括《王勃集》残卷、《碣石调幽兰》第五，《世说新书》第六卷残卷，《古文尚书》第六卷等国宝汉籍10种，另有数字图书馆中收藏的33种汉籍，大部分是医学类。
收藏汉籍约177000余册，六朝、唐、五代、宋、金、元、明、清时期的抄本。“东洋文化研究所汉籍目录”数据库可以检索研究所收藏的汉籍，支持中文检索，可分类检索和浏览检索，但没全文。“汉籍善本全文影像资料库”是和中国国家图书馆一起开发的，对收藏的汉籍文献数字化，大部分可以查看全文，一共有3889条数据。“双红堂文库全文影像资料库”是双红堂文库汉籍的数字化，可查看全文，大部分也同时收录在“汉籍善本全文影像资料库”。
在其附属的东亚人文信息学研究中心，有部分自建的数据库，有数字化的汉籍、中国历史地图、画像石、甲骨文等。
东方研究数字图书馆：里面有数字化的汉籍，有部分宋刊本和抄本，数量不多。
中国历史地图数据库：从明朝到民国时期的地图。
甲骨文数据库：收藏中国甲骨文片3600多件，在网站上能查到的是3245片。输入编号查看，没有注释信息。
西域行記数据库：包括《大唐西域记》等十部史籍的电子文本，可实现全文检索。
四库全书通用数据库（全文）：四库全书的文字版。
日本所藏中文古籍数据库：分类索引库，可以查询日本各个有中文古籍的机构收藏的中文古籍书目。
宫内厅书陵部收藏的中国古籍包括汉籍唐写本、元钞本、明钞本以及宋元以来数量可观的刊本，收藏有《太平御览》、《画一元龟》和《天台陈先生类编花果卉木全芳备祖》等极有价值的宋刊。建有“宫内厅书陵部收藏汉籍集览”全文数据库，可在线阅览。
数字馆藏收藏了全部5300多册中国善本图书中的近2000册，现在在线可用的有1043册。包括经史子集中的古代经典、手稿、佛经、手绘图片、地方志和古地图等。其中以明代(1368-1644)和清初(1644-1795)版本居多。
哈佛大学燕京图书馆把他们的4000多种古籍全部彩色扫描，收录内容包括中国家谱、地名录、丛书，明朝（1368-1644）和清朝（1644-1912）时期的个人著作等，可通过哈佛燕京图书馆数字化版中文珍本书（Harvard-YenchingLibrarydigitizedversionofChineseRareBooks）在线获取。
普林斯顿大学1937年购入寄存在加拿大麦吉尔大学的葛斯德中文藏书约10万册，包括宋、元、明、清刻本近3万册。
数字馆藏收藏汉籍200多种，以医学类为主。另有“中国图书目录”数据库和皮影数据库。
该馆收藏特色是中国地方志与家谱，其中家谱有1500余种。在数字馆藏方面，收藏的甲骨文片与浙江大学合作数字化并向公众开放。另有部分汉籍已经数字化，编目还未完全处理。