书中保存上自先秦下至明初的各种典籍资料达8000多种，收录的典籍除正规的儒家典籍、史传百家、历代文集等，还收录了大量的方舆志乘、小说戏曲、医学方技、道佛典籍。由于规模太大，《永乐大典》编定后从未刊刻过，所以它也是世界上部头最大的手抄本。3.7亿多字都是书手们一笔一画抄写出来。《永乐大典》中的插图，所绘山川器物也全是白描手法，精丽工致。
1403年，经过4年的苦战，朱棣终于登上皇位，这位通过武力实现上位的帝王需要不仅是正名，还需要标显自己文治武功，以此来证明自己皇位来路很正。然后他召集明朝大才子解缙，对他们说：“古今事物，散载诸书，篇帙浩繁，不易检阅，朕想广泛收录各书中所载事物，用韵统摄。这样检索起来如同探囊取物一般”。如同现在的电脑检索功能，估计要是朱棣要拥有现代工具，也不会编《永乐大典》了。
解缙等人接旨后，不敢怠慢，集合约140人，在南京国子监中，汇集历代经典文献，于次年十一月编成《文献大成》进呈。永乐看了之后感觉还不满意，远远没有达到“百家之书”的要求。于是让他最信任的“黑衣宰相”姚广孝主持重新编纂。并让礼部到全国各地购买各类书籍，钱不是问题，大胆地买。
然后荟萃了全国各方面的优秀人才，光总裁官就有5人，副总裁20人，纂修347人，编写332人，誊写1381人，办事官吏20人，总计约有3000人。除了官员、学者还包括各行业的精英，甚至民间的术士、僧侣也参与其中。到了永乐五年（1407年）十一月终于将书编成。这一次永乐皇帝很高兴，正式将书名定为《永乐大典》，并亲自撰写序言。这就是永乐正本，藏于南京文渊阁。
永乐十九年（1421年）《永乐大典》正本随文渊阁图书一起被运到北京，放到皇宫文楼。嘉靖三十六（1557年），宫中失火，奉天门和三大殿都被烧毁，嘉靖皇帝怕殃及附近的文楼，赶紧命人把《永乐大典》正本抢运了出去，为防万一，他决定重录一部，贮之他所，以备不虞。嘉靖四十一年（1562年），由徐阶等人负责重录，选拔各色善楷书108人。规定每人每日写三页，抄毕有专人核对，遇有差错，即要另写，不拘一次二次。
让人奇怪的是，在重录副本工作完成后，《永乐大典》正本就不知去向，成为中国书籍史上最大疑案，我们现在看到全是嘉靖朝重录的副本。一整部正本，人间蒸发，没有任何毁损和去向记录。
那么《永乐大典》有可能去了哪里呢？
一，毁于乾清宫大火。
有的学者认为，正本毁于乾清宫大火。乾清宫在顺治十二年（1655年），康熙八年（1669年）重修，然而在嘉庆二年（1797年）又发生了一场大火，将整个乾清宫几乎彻底毁灭，我们现在看到的乾清宫是重建的。而当时《永乐大典》这部书正好放到乾隆宫中。很多人提出不同意见，如果《永乐大典》放在乾清宫，为何在清朝的史籍中看不到一点记录。
二，毁于李自成之手。
在明亡之际，李自成和他的大顺军队攻占北京，短短40天后就被吴三桂和多尔衮满汉联军所击败。在李自成匆匆撤离北京之际，下令放火焚烧宫殿。《永乐大典》正本于是全部化为灰烬。当然这种说法只是猜测，没有形成定论。
三，随嘉靖皇帝陪葬。
嘉靖皇帝急着要重录一部副本，就是为他将来寿终正寝时以正本作为随葬品葬入永陵地宫。对于中国古代帝王来说，死后都要带走自己最喜爱的东西，嘉靖皇帝是非常喜爱《永乐大典》的，经常把正本放到床边，随时能翻看。当然，《永乐大典》正本是否做了嘉靖皇帝的陪葬物，在打开永陵地宫之前，只能是一个猜测。不过很多人认为，现存史料所载嘉靖皇帝的遗诏丝毫未语正本陪葬的事。也许，只有打开永陵才能找到答案。
四，秘密藏在京城某处。
《永乐大典》正本神秘地消失了，在这个世界没有留下任何的支言片语。
那么如果《永乐大典》突然出世，那么将意味会怎么样呢。
一，很多文献资料将会重新面世。
二，很多历史资料将会改写。
清代学者邵晋涵就是从《永乐大典》副本中偶然发现北宋的薛居正的《旧五代史》，可以说没有《永乐大典》，就没有如今的“二十四史”。乾隆三十七年（1772年），乾隆皇帝准备编纂《四库全书》，要利用《永乐大典》，于是对《永乐大典》副本进行清查，发现已经缺1000多册，合2422卷。《四库全书》的修纂是对历史的一次篡改，乾隆皇帝发现不利于自己统治的任意删改。而《永乐大典》所辑各书均保持原书面貌，不改动书中文字内容。这与乾隆的《四库全书》有本质的区别。
如果《永乐大典》重新面世，很多历史资料将会改写，因为清朝统治者已经把历史资料给篡改很多。我们只有跳过这段历史，才能发现真实的历史资料。那么《永乐大典》是最全最有价值的史书资料。
《永乐大典》正本已经缺失，那么副本的命运呢。
从乾隆时发现已经缺失了1000多册，到《四库全书》修纂成后，更是疏于监管，《永乐大典》开始不断流失，光绪元年（1875年），《永乐大典》副本已经不足5000册，光绪二十年（1894年），翁同龢入翰林院核查《永乐大典》时只剩下800册。在1900年又遭遇灭顶之灾，北京城遭到八国联军入侵，翰林院被英军焚毁，其中大多的《永乐大典》化为灰烬，或者被人盗走。宣统元年（1909年），再次清点《永乐大典》只剩下64册。
1912年中华民国政府成立，这64册被送往京师图书馆收藏。九一八事变后，这些古籍随文物南迁，60册被运送美国国会图书馆为保管。1965年，这些善本转运台湾，存于台北故宫博物院。
新中国成立后，《永乐大典》的收集工作进入新局面。
1950年北京图书馆馆员顾子刚率先捐献3册。
1951年著名收藏家周叔弢捐献一册。
商务印书馆捐献21册。
苏联归还中国11册。
1954年，苏联科学院、国立图书馆送还53册。
1955年，德意志民主共和国归还3册。
1958年，北京大学梁思庄和耿济安将4册送给国家。
1964年，周恩来总理特批从香港购回4册《永乐大典》。
1983年，山东掖县农民孙洪林家中，竟然发现一册《永乐大典》，捐献给国家。
2013年，从上海已经移民袁女士手中购买一册《永乐大典》。
国家图书馆现在收藏有《永乐大典》224册，其中62册暂存于台北故宫博物院。另外还有200册流落于海外，散布在日本、韩国、英国、德国、美国、越南、爱尔兰等国家和地区公私藏家手里。
这些存世的书籍，比起11095册《永乐大典》正本的数量来说，只是九牛之一毛，那么这些《永乐大典》里都保存着什么秘密，希望不久将来《永乐大典》能横空出世。