1921年，在将南京高等师范学校部分系科归入东南大学后，国立东南大学在南京正式成立，两校用同一个校园，校门口挂两块校牌，校产和经费也属两校共有，但当时的农业专修科仍属南京高等师范学校。1922年12月，决议将南京高等师范学校并入东南大学。同年7月南京高等师范学校撤销，东南大学学科涵盖文理科、教育科、工科、农科。
自1917年至1927年，涉农学科及院系不断的得到扩充，东南大学农科由农艺系（分设作物、土壤、农具等门）、园艺系、植物病虫害系、农业化学系（附农产制造）、畜牧系、生物系6系。
1914年2月，裴义理建议金陵大学增设农科，得到批准后，农科正式设立，其目标是“培养农事指导员”，裴义理出任第一任农科科长，1915年任农林科科长。
1928年5月，国民政府始改第四中山大学为国立中央大学。农学院也成为国立中央大学农学院。
1949年4月，南京解放，中央大学农学院的教学工作未受影响。1949年8月8日，根据南京市军管会文教委员会通知，国立中央大学改名为国立南京大学。12日，成立国立南京大学校务委员会，中央大学农学院也随之更名为南京大学农学院。
1963年国务院决定将南京农学院列为全国重点高校，由农业部和江苏省双重领导，以农业部为主。此时的南京农学院已有在校本科生2500名，专科生500余名，同时继续举办函授专修科。
1966年5月至1976年10月，中国发生了一场史无前例的“文化大革命”。这场动乱首先从文化、教育战线开始，使得各级的学校遭到了前所未有的破坏，高等农业院校也被迫经历了撤销、搬迁、并校的过程。南京农学院也在搬迁并校中，受到了严重破坏，教学科研工作限于停顿。
1979年1月，中共中央办公厅发出了“关于南京农学院复校问题”的电报指示，1979年1月11日，中共农林部党组、中共江苏省委联合提出了“贯彻中央关于南京农学院复校问题的实施意见”。不久，由农林部和江苏省革委会联合向国务院报告，恢复南京农学院为全国重点学校，实行农林部和江苏省双重领导，以部为主的领导体制。
1979年，南京农学院在原校址恢复建制，江苏农学院仍在扬州校址办学。
1984年7月31日，教育部、农牧渔业部同意南京农学院更名为南京农业大学，10月20日召开了成立大会暨庆祝校庆70年大会。
1999年4月，首批通过全国高校本科教学工作优秀评价。
2000年2月，由农业部划转教育部直接管理。
2007年4月，再次以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
2013年度主要科技成果获奖情况一览表
序号
成果名称
获奖类别及等级
授奖部门
第一完成人
1
冷却肉品质控制关键技术及装备创新与应用
国家科学技术进步奖
二等奖
国务院
周光宏
2
梨高光效树形及花果管理技术研发与应用
高等学校科学研究优秀成果奖技术发明奖
一等奖
教育部
张绍铃
3
有机肥作用机制和产业化关键技术研究与推广
高等学校科学研究优秀成果奖科学技术进步奖、一等奖
沈其荣
4
农田固碳减排研究及应用
高等学校科学研究优秀成果奖科学技术进步奖、二等奖
潘根兴
5
中国农田温室气体排放与减排增汇研究
江苏省科学技术奖一等奖
江苏省
人民政府
黄耀
6
梅种质资源研究与创新利用
江苏省科学技术奖三等奖
房经贵
7
棉纤维发育的基因组学与分子育种研究团队
中华农业科技奖优秀创新团队
农业部
中国农学会
张天真
8
苏淮猪新品种培育与推广应用
中华农业科技奖科学研究成果二等奖
王林云
9
小四轮拖拉机与农用运输车常见故障诊断排除图解
中华农业科技奖科普奖
鲁植雄
10
克氏螯虾营养需求研究及人工配合饲料的研发与应用
江苏省海洋与渔业科技创新奖三等奖
江苏省海洋与渔业科技创新奖奖励工作办公室
刘文斌
11
长江下游农区多花黑麦草高产栽培及利用技术的基础研究
中国草业科技奖二等奖
中国草学会
沈益新
12
梨生殖生理与分子生物学研究团队
华耐园艺科技奖
中国园艺学会等
13
中国工业化、城镇化进程中的农村土地问题研究
第六届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）一等奖
曲福田
截至2015年3月，学校建有建有作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家信息农业工程技术中心、国家大豆改良中心、国家有机类肥料工程技术研究中心、农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心、绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心等65个国家及部省级科研平台。
国家（部委）级科研机构
机构名称
批准部门
负责人
作物遗传与种质创新国家重点实验室
科技部
丁艳锋
南京农业大学猪链球菌病诊断国际参考实验室
世界动物卫生组织(OIE)
陆承平
国家肉品质量安全控制技术技术研究中心
国家大豆改良中心
盖钧镒
喻德跃
工业与信息化部
曹卫星
农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心（江苏）
国家发改委
欧名豪
国家有机类肥料工程技术研究中心
绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程中心
吴益东
肉品加工与质量控制教育部重点实验室
农作物生物灾害综合治理教育部重点实验室
农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室
农业部华东作物基因资源与种质创制重点实验室
王秀娥
农业部长江中下游粳稻生物学与遗传育种重点实验室
万建民
14
农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室
侯喜林
15
农业部华东作物有害生物综合治理重点实验室
16
农业部动物细菌学重点实验室
姜平
17
农业部农业环境微生物重点实验室
崔中利
18
农业部长江中下游植物营养与肥料重点实验室
徐国华
19
农业部动物生理生化重点实验室
赵茹茜
20
农业部作物生理生态与生产管理重点实验室
21
农业部畜产品加工重点实验室
22
农业部农产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室
23
中华农业文明博物馆
中国科协
王思明
24
中华农业遗传研究室
25
中美食品安全与质量联合研究中心
26
资源节约型肥料教育部工程研究中心
27
杂交棉创制教育部工程研究中心
28
园艺作物种质创新与利用教育部工程研究中心
29
农业部小麦区域技术创新中心
30
农业部转基因大豆检测与监测中心（南方）
31
农业部动物疫病防治技术创新中心
32
农业部牛冷冻精液质量检测中心（南方）
戴建君
33
农业部肉与肉制品检测中心
34
农业部农药残留微生物降解研发基地
李顺鹏
35
农业部农药残留检测中心（南京农业大学）
王鸣华
36
东部资源环境与持续发展研究中心（共建）
中国科学院
水利部
37
长江中下游转基因水稻中试与产业化基地（共建）
38
教育部农作物特种遗传资源标准化整理、整合及共享平台
省（市）级科研机构
主管部门
江苏省科技厅
江苏省固体有机废弃物资源化高技术研究重点实验室
江苏省海洋生物学重点实验室
江苏省教育厅
江苏省水产动物营养重点实验室
江苏省海洋与渔业局
江苏省动物源食品生产与安全保障重点实验室
高峰
江苏省低碳农业与温室气体减排重点实验室
邹建文
现代设施农业技术与装备工程实验室
江苏省发改委
丁为民
江苏省家畜胚胎工程实验室
王锋
江苏省植物基因工程技术研究中心
江苏省肉品工程技术研究中心
江苏省农业环境污染微生物修复与利用工程技术研究中心
江苏省新型兽药与饲料添加剂工程技术研究中心（共建）
王恬
江苏省生态营养水产饲料工程技术研究中心（共建）
江苏省动物疫病防控工程技术研究中心（共建）
江苏省花卉培育工程技术研究中心（共建）
陈发棣
江苏生物源农药工程中心
郭坚华
江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心
江苏省国土资源利用与管理工程中心
江苏省循环经济工程中心（共建）
江苏省有机肥料工程中心（共建）
中国农业历史研究中心
江苏农村金融发展研究中心
褚保金
江苏省杂草防治技术工程技术研究中心
强胜
江苏省肉羊产业工程技术研究中心
江苏省农村发展与土地政策研究基地
江苏省社科规划办
钟甫宁
南京市奶牛生殖工程开放实验室
南京市科委
王根林
南京市实验动物中心开放实验室
范红结
江苏省非物质文化遗产研究基地
江苏省文化厅
王思
图书馆藏
学术期刊
《南京农业大学学报（社会科学版）》
《南京农业大学学报》
《中国农业教育》
《畜牧与兽医》
该刊设有“试验研究”、“畜牧生产”、“兽医科技”、“疾病防治”、“专题论述”、“文献综述”、“畜牧兽医简报”等6个固定栏目，以及“动物保护”、“专家论坛”等几个不定期栏目。
截至2018年3月，学校设有农学院、工学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科学技术学院（含无锡渔业学院）、动物医学院、食品科学技术学院、经济管理学院、公共管理学院、人文与社会发展学院、生命科学学院、理学院、信息科学技术学院、外国语学院、农村发展学院、金融学院、草业学院、政治学院、体育部等19个学院（部）；设有62个本科专业。
园艺、园林、风景园林、中药学、设施农业科学与工程
农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务、
农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、工业设计、材料成型及控制工程、农业电气化、自动化、电子信息科学与技术、工业工程、工程管理、物流管理
博士后科研流动站
作物学、植物保护、农业资源利用、园艺学、畜牧学、兽医学、食品科学与工程、公共管理、科学技术史、生物学、水产、农业工程、动物学、生态学、草学。
一级学科博硕士授予点
一级学科博士点：应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。
一级学科硕士点：哲学、理论经济学、社会学、外国语言文学、数学、化学、海洋科学、机械工程、计算机科学与技术、轻工技术与工程、环境科学与工程、林学、中药学、管理科学与工程、工商管理、图书情报与档案管理、风景园林学、应用经济学、生物学、科学技术史、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理、公共管理、草学、生态学。
江苏高校优势学科建设工程
物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学。
重点学科
国家重点学科
一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学
二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理
国家重点（培育）学科：食品科学
省级重点学科
十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学
二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
学科评估
在教育部第三轮全国高校学科评估中，南京农业大学共有12个学科参评，6个学科排在前5位，10个学科排在前10位，其中农业资源与环境排在第1位。
学科名称
排名
农业资源与环境
畜牧学
作物学
农林经济管理
植物保护
草学
兽医学
公共管理
水产
生物学
园艺学
生态学
教育部创新团队
国家级精品课程
农业经济学、动物繁殖学、汽车拖拉机学、土地利用规划学、美学与大学生艺术修养、土壤学、兽医微生物学、不动产估价、食品微生物学、土壤肥料学通论、饲料学、园艺作物育种学、兽医寄生虫学、作物育种学、生态学、农产品运销学、普通植物病理学、动物生物化学、生物统计与田间实验、农业机械与设施、农业植物病理学、管理学原理、农业昆虫学、植物营养学、土地经济学、植物学。
国家级虚拟仿真实验教学中心
农业生物学虚拟仿真实验教学中心
国家级实验教学示范中心
动物科学类实验教学中心、植物生产国家级实验教学中心。
国家级特色专业
生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理。
国家级优秀教学团队
农业经济管理课程群教学团队（周应恒）、植物营养学教学团队（沈其荣）、生态学教学团队（胡锋）、植物保护专业教学团队（郑小波）等。
截至2015年3月，学校先后与30多个国家和地区的150多所高校、研究机构保持着学生联合培养、学术交流和科研合作关系。与美国加州大学戴维斯分校、英国雷丁大学、澳大利亚西澳大学、新西兰梅西大学等世界知名高校开展了“交流访学”、“本科双学位”、“本硕双学位”等数十个学生联合培养项目。学校建有“中美食品安全与质量联合研究中心”、“南京农业大学--康奈尔大学国际技术转移中心”、“猪链球菌病诊断国际参考实验室”等多个国际合作平台。2007年成为教育部“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。2008年成为全国首批“教育援外基地”。2012年获批建设全球首个农业特色孔子学院。学校倡议发起设立了“世界农业奖”，并成功举办了两届颁奖活动。2014年，与美国加州大学戴维斯分校（UCDavis）签署协议共建“全球健康联合研究中心”（OneHealthCenter)，获科技部批准援建“中-肯作物分子生物学联合实验室”，获外交部、教育部联合批准成立“中国-东盟教育培训中心”。
校徽采用三色设计，其中，标识内心“主楼”造型图案的色彩处理采用深绿色，象征南京农业大学蓬勃的发展生机和活力，也与学校“绿色校园”的办学特色相吻合；两株麦穗以金黄色为主基调，并自上往下渐变加深，象征学校在发展中国高等教育事业上取得累累硕果，也与学校农科优势的历史地位相吻合；同心圆形轮廓以蓝色为主基调、蓝白相间，中英文对照明目清晰，标识内心“1902”也采用与圆环相同的蓝色，内外呼应，象征学校一百多年的发展历程就像蔚蓝的天空一样广阔灿烂，也与学校建设世界一流农业大学的战略目标相吻合。
“诚朴勤仁”
校训“诚朴勤仁”系分别取自该校前身中央大学校训“诚朴雄伟”之“诚朴”二字和金陵大学校训“诚真勤仁”之“勤仁”二字组合而成，它高度凝炼和充分体现了该校在逾百年的办学历程中，秉承中大、金大两校的优良传统，逐步形成的具有南农特色和个性的精神品格。“诚朴勤仁”四字最早正式使用于该校2007年本科教学工作水平评估自评报告材料中。
“诚朴勤仁”中的“诚”是指诚恳、诚信，“朴”是指朴实、朴素，“勤”是指勤奋、勤勉，“仁”是指仁爱、仁义。“诚朴勤仁”作为校训，就是要启发和勉励师生员工做到诚信做人，朴实做事，勤学近知，力行近仁，德才兼备，知行合一。
钟山挺秀是你的风骨，长江浩然是你的雄魂
荟萃五千年华夏文明，推出一代代神农传人
啊！南京农业大学
人民的衣食铭刻心中，祖国的强盛身当重任
你把智慧撒向希望的田野
用科学催动催动，现代化巨轮
光辉的誓言团结勤奋，闪亮的校训求实创新
在跨世纪里程中迎接挑战
为中华腾飞腾飞，拼搏奋进
为中华腾飞腾飞，拼搏奋进奋进
学校领导
党委书记
校长
党委副书记
盛邦跃、王春春、刘营军
副校长
胡锋、丁艳锋、董维春、闫祥林
纪委书记
盛邦跃
校区建设
截至2015年3月，学校校区总面积9平方公里，建筑面积72万平方米，资产总值35亿元。有卫岗本部、浦口校区和珠江校区三个校区。
学校有图书资料收藏量超过206万册（部），教学科研和生活设施配套齐全，是江苏省园林式单位、江苏省爱国卫生先进单位。
南京农业大学，众所周知农学比较好，南京农业大学以农业和生命科学为优势和特色。南京大学农学系是我国创立最早的农学系科之一，2000年10月撤系建立农学院。
动物医学是南京农业大学的王牌专业，全国数一数二。动物医学属于农学门类，授农学学士。但是该专业比较辛苦，并且是5年制的。就业范围很宽，除了兽医、读研，最多的是去机场海关之类的地方做动物检验检疫。
南京农业大学经济管理学院的农业经济管理专业全国第一，金融专业是江苏省重点学科，经管院是被这两个专业提升的。经管院是学校最大的院，金融分数最高，农经是全国第一。
南农少有的巨牛的专业，A++专业，全国排名第二，现任校长就是这个专业的。植保专业本科只有2条路，1是做销售2是考国家饭碗（公务员，事业单位）。硕士基本工资肯定比本科生高，而且主要做科研。
农业资源与环境在以农业为特色的南农是还不错的专业，但是因为是边缘学科就业比较困难。农业资源与环境专业以化学为主要学科，就业方向主要是有机肥方面，最值得期待的是大一下学期中为期一个星期的地质实习（别人都在上课的时候该专业在游山玩水哦）还有大二暑假的庐山实习~
南农的土管在国内本专业排名是顶尖的，师资实力也很牛，但是就业有点难度。这个专业招收时只招理科生！
南农的兽医是很出名的，后来被细分为动物医学和动物科学两个专业，都是国家级重点学科，专业排名在全国是很靠前的，但是，动医其实比动科好多了。该专业的就业率是很高的，接近百分之百。另：如果你要学动科，解剖是必修的。
南农食品科学专业是全国5强，就业不难起薪低，男生就业更容易点。其实这个专业是为国家事业单位和公务员准备的，可以考很多岗位。南农食品科学出国比较容易。
园艺学院现是南农第一大院——起码人数上是的。园艺专业也是全国排五六名，很多教授很牛！园艺学主要搞的就是水果蔬菜和花卉的繁殖育种和生长调控，毕业后要是不继续深造搞研究，直接就业的话挺难的，工资也不高。
生物科学专业属于生科院，在南农很好，不过就业不是不好，学的广，不精，因此大部分学生选择考研进修，出国保研的都很多，学习气氛科研气氛也很好。。生命科学院最好的专业是生命基地班。
南京农业大学农业机械化及其自动化专业学的内容很多，就业面很广。就业率和工资都还不错，目前农机生产企业、管理部门都缺人，很多大型国企和外企的重工业企业都会优先考虑南农的学生。这个专业是在浦口校区哦，不在卫岗本部。