谷歌学术已成为许多研究者依赖的工具，但近年来因其指标易操控以及收录AI生成论文的问题，逐渐引发质疑。KirstenElliott指出，谷歌学术尚未“崩溃”，而是这些问题反映了学术搜索工具的局限性。对于不再依赖谷歌学术的用户，还有其他替代选择。
谷歌学术也存在弊端。与其他数据库设有明确的收录标准不同，谷歌学术依赖网页抓取，这使得一些质量差或存在诚信问题的出版物也可能被收录。即使有明确的引用操控证据，论文也不会被删除，例如“LarrytheCat”和他令人印象深刻的H指数事件就是一个典型例证。
谷歌学术还通过不透明的排序算法进行排名，尽管有研究尝试反向解析算法，但其更新迅速，难以长期有效。排序可能基于引用次数、关键词出现频率及发表日期，更新的研究通常排名更高。大多数用户仅查看搜索结果的前几页，这加剧了“马太效应”，即高引用作品更易获得进一步引用，并导致偏向英语文献。
谷歌学术的排名算法可能带来意外结果，如学科基础性作品不再出现在首页，或某些学位论文排名异常靠前。同时，谷歌学术的搜索结果难以复现，这削弱了用户的信任。没有一种完美的算法能呈现所有搜索的“最佳”结果，因为“最佳”因学科和目的而异。比如在医学领域，找到最新文献更重要。
PublishorPerish软件，保存精确的搜索词，便于后续搜索复现。该软件支持按引用次数或日期排序，替代谷歌学术的默认排序方式。
在谷歌学术之外，秉持开放研究理念且免费的替代平台还有TheLens、Matilda和OpenAlex。
关于OpenAle，研究显示其覆盖范围与WebofScience和Scopus相当，测试也发现其在社会科学和人文学科的收录更广。OpenAlex代码开放，数据可重复使用，文档详尽，团队反馈积极。相较于谷歌学术，OpenAlex在透明度和学界互动方面具有显著优势。不过，OpenAlex仍较新，数据也不完美，尤其在处理跨学科作者的识别上仍有困难。