我是一名在日本留学的在读文科博士，现在正在奋战最后的毕业论文。作为一名文科博士，我的工作就是不断的阅读文献，整理读书笔记，树梳理自己知识体系，并在最后作为论文进行输出。
在这个过程中，一直伴随着一些痛点。譬如：
也罢，纸质版就纸质版吧，翻着书页纸张至少可以安慰自己有读书的感觉，只要读书时自己做电子化的笔记就可以检索了。可问题是，写论文时，对于引用的原文还是要找到原书逐字核对，这可就苦了，尤其是初期的笔记做得太简略，连页码都没标，因此常常为了核对一条引用典出要翻上半天书……
随着年龄的增长，发际线不断上移而脑容量却越来越不足。一本曾经花大力气啃过的日文书，可能再次翻到时，已经忘记其中大部分内容，甚至已经忘记自己曾经读过这个东西。
这时可能大家都能想到要做笔记。我也曾做过以下尝试：
就这个问题，我也请教过很多身边的同行，我问他们在用什么方法做笔记。W博士和G博士告诉我，她们用MicrosoftWord做笔记。X博士告诉我他坚信只有手写才能加深记忆。而M博士则说，他只相信自己的大脑，直接记忆在大脑里检索最容易。我……我只能膜拜。
这大概是最痛的痛点了。因为博士论文写不出来，多少人在苦苦挣扎。我想这除了之前的阅读、笔记做不足，自身才智不足等原因之外，写作工具也是一个重大的问题。写篇短文，什么工具都不在话下，而动辄数十万字的博士论文，只用一个word文档从头写到尾，这无疑是反人性的操作。
总结下来，无非是在研究过程中出现了文献阅读、资料管理、笔记整理、论文写作这几个全方位的小问题而已……
我设想的工作流应该是这样：
理想很丰满，剩下的就是找到趁手的工具来完成上述构想。可以看出，我的工作流程中最核心的就是管理系统和笔记系统。恰好，2020年是一个笔记工具革新的年份，市场上出现了许多可供挑选的工具。经过多方尝试，我选定了以下的工具来承担工作流的执行任务。
DEVONthink的功能齐全且复杂，要学会用它得先啃一本厚厚的说明书。不过，我们的目的不在于研究软件本身，只要能用到其中我们需要的重要功能即可。
其中查询、OCR的功能都在表面，只要右键就能实现，不需要特别学习和说明。
DEVONthink可以对在电脑中存放的文件进行index，也就是说，不需要移动自己硬盘里的东西，只要将它托管给DEVONthink就好。而在托管之先需要在头脑中有自己的体系构造。我将自己的DEVONthink数据库分为以下四个部分：inbox，图书馆，笔记系统，文件存档区。
由于在DEVONthink中检索十分方便，不需要进行真正的图书馆式编码，我只是将书籍分为未读和已读（这部分我放在文件夹「books」中）和借阅站。其中借阅站就是Dropbox的一个文件夹（我叫它「待读列表」），将它index到图书馆系统下即可。
（注：这一步其实可以与zotero等专业的文献管理工具一同使用。但我不喜欢zotero层层叠叠的文件夹，因此文件都放在DEVONthink中管理，在zotero中附加了DEVONthink的itemlink。）
下文中会具体说明，我使用的笔记工具是Obsidian，它的优点之一就是笔记全部保存在本地，也就意味着可以方便地index到Devonthink中（我的笔记文件夹就简单的叫「notes」）。之所以将笔记系统也放进来，是因为在进行查询时也希望看到自己的笔记。
电脑中必然会积攒各种事务性文件，我将它们按照年份分类都index到这个区域，方便查询。
这一步就各有偏好了。在电脑上进行阅读其实最基础的preview阅读器就可以完成。但是以阅读为生命，追求高效的博士怎么能就此止步呢？根据不同的阅读场景、阅读材料的性质长度等可能适当选用不同的阅读器。我常用的有以下几种。
Tips：
Boox是Android平台，可以下载Dropbox的app，导书很方便（注：我从借阅站下载书籍时会在下载好后删除借阅站里的原文件，看完后再导回Dropbox的「读完」文件。）此外，pdf之外的各种电子书基本上都能看。但是，highlight不太方便。我直接用红笔划线。
Sonydigtalpaper是封闭系统，只能看PDF，但是利用自带软件关联云盘也可以做到自动同步，类似于PDFExperts。优点是highlight方便，但是扫描书即使highlight了，也做不到漂亮地导出highlight部分的文字版。
回到软件本身，markdown语法其实掌握起来十分简单，随着obsidian软件会一同下载下来帮助文件，其中介绍了基本的语法。对我来说最重要的就是url的链接（语法是[内容](url)）来链接pdf的页面，以及笔记之间的页面链接（[[笔记名称]]）。有了它们就可以实现笔记和原文之间的跳转，笔记之间的跳转。值得一提的是，DEVONthink为每一个文件，乃至pdf中的每一个页面生成一个url，只要在页面上右键复制url链接并粘贴到笔记中，就完成了原文的链接引用。因此我们需要的就是从DEVONthink里打开已经读完第一遍的pdf，同时打开Obsidian在其中做笔记。我称之为第二遍阅读和整理。
第二遍阅读只要读第一遍标注好的highlight，并在其基础上整理读书笔记即可。做笔记时要注意以下几点：
第二遍到第n遍的笔记过程中形成的自己的新的想法如果可以扩展成一个新的笔记，则新建一个笔记链接到该笔记中，形成一个自己的永久笔记（permanentnote）。
Obsidian还会帮我们形成所有笔记的地图。譬如说这个就是我目前的地图。
日本在60年代就有卡片式方法论的提出，论述这一方法的梅棹忠夫认为，人们常把知的创造与有固定程序、标准化的商业、技术分开，有鄙视后者的倾向（「知的生産の技術」、岩波新書722、1969年，p.94）。但是技术不仅仅是术。人们从新的思维模式出发，开发出便利的新工具，而后，一些工具的诞生反之会引起文化变革，改变人的思考样式、生活样式的契机（梅棹，p.130）
笔记书、整理术乃至发想创造术，它的意义应该在于对整体性程序逻辑的改善，而一旦改变了底层逻辑，同样的方法和工具就可以运用于各个领域，从这种意义上才可成为方法性的revolution。反过来说，一切不涉及底层逻辑革新的所谓「方法论」，最终会流向肤浅化的工具论。这也是在摸索方法中的我所需要自勉的。
本文从个人经验出发，分析了在我的研究过程中出现的文献阅读，资料管理，笔记整理，论文写作这几个方面的痛点和难点。设想了一个理想的工作流程。并选取了一些代表型的软件来实现这一设想。其中最核心的软件是管理软件devonthink和笔记软件obsidian。
我本人也一直在摸索和实践的过程中，希望我的经验写出来，对你有所帮助。如果你有好的提议和建议，也欢迎留言，我们来一起探讨，共同进步。祝福每一个在写作的文科博士都能早日完成大作。