南京医科大学图书馆是江苏高等教育文献保障系统（JALIS）的医学文献中心、中国高等教育文献保障系统（CALIS）的成员馆、江苏省工程技术文献信息中心的成员馆、江苏省医药卫生中心馆、中国学术期刊文献检索一级咨询站、教育部科技查新站（L04）南京医科大学分中心。截至2018年10月，拥有纸质文献125万册；中外文电子数据库118个；电子图书（包括中外文博硕士论文）970万余册、中外文电子期刊2.5万种，自建特色医学视听资料库，含800部医学视听教材。
图书馆服务积极贯彻学校“临床提升战略”，为完善临床医疗单位医学文献信息资源的共建与共享机制，建设符合各教学基地发展需求的文献信息与数字资源保障体系，于2013年学校图书馆牵头成立南京医科大学图书馆联盟，现联盟发展有30家成员单位。
二、服务
（一）中外文数据库服务
南京医科大学图书馆联盟为注册用户提供统一网络账户。用户通过同一个账户名/密码，访问图书馆提供的全部中外文数据库。对于中外文数据库的使用，联盟的专业人员采用“走进医院、请进图书馆”的服务模式，实施“专人定点服务医院”的工作制度，对联盟单位成员进行面对面指导与培训。
目前主要数据库如下：生物医学专有文摘数据库SinoMed，WebofScience数据库(SCI)；全文数据库有中国知网、维普资讯和万方三大中文数据库，外文库有ScienceDirect、WileyOnlineLibrary、Springer等综合学科数据库，也有诸如Nature、Science、CambridgeJournals等高质量期刊数据库，还有知名学会或协会权威出版物，如AACR美国癌症研究学会、ACS美国化学学会期刊、AMA美国医学会、APS美国生理学会期刊；以及循证医学数据库ClinicalKey和CochraneLibrary可为临床医生提供临床证据，Micromedex可提供临床药物信息和帮助等。
（二）全文文献传递服务
（四）论文推送服务
联盟成员单位可向图书馆联盟提出论文推送服务请求，联盟根据单位当年发表中外文科技论文情况（公开发表的科技论文），进行统计并对发文期刊和发文作者进行初步分析。联盟通过电子邮件将结果推送到联盟单位，便于联盟单位了解单位科研基本信息与进展。也可以指导联盟成员单位，开展科技论文统计分析工作。
（五）论文查收查引服务
图书馆联盟为各联盟单位成员提供论文被各类中外文检索工具（如SCI、CSCD、中国知网、万方数据库等）收录及引用情况证明，并依据检索结果出具检索报告。
收费标准：基本报告费50元，每收录一篇10元，每引用一次3元。
（六）科技查新服务
2、科技查新申请咨询与收费
3）收费标准：
中文查新：10个工作日内完成，收费650元。
外文查新：15个工作日内完成，收费1300元。
加急：中文查新3个工作日完成，收费850元；外文查新7个工作日完成，收费1500元。
对于联盟成员给予最优先安排，并对上述加急费酌情优惠。
（七）融入科研生命周期的深层次信息服务
为医院提供详细科研绩效分析。通过与同行业医疗单位的分析对比，帮助医院了解自身科研和人才竞争力分析。为医院和科研机构的等级评定提供正式报告作为辅助证明材料。提供信息支持服务，帮助医院和科研机构规划学科发展，提高整体竞争水平。
通过科研课题的查新鉴定，帮助医院和科研机构对课题的申报进行预筛选，优先资助创新性高的科研课题，提高课题申报效率。
(八)办理借书卡
1、办理方法
1）由联盟成员单位人事部门审核，给申请领取学校图书馆借书证的本院职工出具介绍信并填写“读者信息表”。
2)办理地点：江宁校区图书馆一楼读者服务部办公室（025-86868122）；办理有关手续时，出具所在医院介绍信、信息表、1寸照片一张及身份证复印件一份。
3)读者在办理离职、退休等离院手续前，需将所借图书全部归还，其中已经接入学校图书馆汇文管理系统的成员馆，可以直接确认是否已经归还；没有接入学校图书馆汇文管理系统的成员馆，则必须在收到图书馆盖有专用章及签名的“借阅还清确认单”后才能给予办理离职、退休手续。
2、借书规则
1)读者必须持本人借书卡办理借书手续，工作人员当场确认本次借书的名称和本数；
2)借书册数：共6册，期刊不外借；
3)借书期限：2个月，每册书可办理1次续借，自续借之日起再加1个月；逾期不还即停借，还清方可再借；
4)保存本、参考工具书、新书阅览室图书和期刊阅览室现刊仅限于所在阅览室阅览或复印，不办理外借。
3、续借
每本书允许续借一次，到期前10天开始续借，续借方法参阅图书馆主页“规章制度”下的“文献借阅规则”中网上图书续借步骤。续借期从续借当日开始后延一个月，过期图书不能续借。