罗永浩曾通过彭剑的介绍请方舟子吃过饭，并邀请方舟子加入其创建的牛博网。2006年，罗曾向方舟子作为主要受益人，但不参与管理的“打假基金”捐款一千元。后罗永浩因方舟子对柴静的责难不满而和方舟子产生笔战，方舟子在“新语丝”网站上开辟专栏“牛博网现象”抨击罗永浩。此后两人时有龃龉，但罗一直在新浪微博中转发关于方舟子打假和科普事业的消息。
2011年12月21日晚11时11分，方舟子发出如下微博：“《三联生活周刊》网上好像读不到全文。前两篇介绍于建嵘和罗永浩？萧峰冷笑道：‘萧某大好男儿，竟和你这种人齐名！’”
之后，罗永浩在22日凌晨反唇相讥：“萧某大好男儿，有洁癖，交友极慎，只能忍受跟司马南这样的人齐名和称兄道弟。”当天，方舟子发了两条微博，称罗永浩为“罗装剽”，“很没品”。之后两天两人在微博上未有互动。直到12月25日方舟子发微博讽刺罗永浩，后罗永浩于26日回应。
12月27日，“方罗大战”全面爆发。方舟子发微博称：“这个时代最怪诞的事情之一是流氓也讲政治搞慈善，而且全国各地到处给官员上课当师爷。之二是流氓也办教育搞维权，而且全国各地到处给青年演讲当人生导师。这是一个流氓的时代。”罗永浩反讥说：“这有什么怪诞的？流氓做的慈善也是慈善，流氓也有他的权利并且可以维护他的权利。就像精神病、心理残疾、人格扭曲、老婆学历造假的人都有权利把心一横出去搞学术打假一样嘛，这是他的权利。”之后，两人的争执愈发白热化。
1.《纽约时报》雇员兼职
方舟子质疑纽约时报上海办事处的顾卉妮同时在罗永浩的“留学咨询服务项目”中打工，违反了职业道德。顾卉妮回应说已向社长求证，社长认为未违反。但方舟子不接受这个说法，发微博称：“第一次知道国外报社记者还允许兼职，不担心会出现利害冲突？你对利害冲突的理解只是同行竞争？不会因为报道涉及兼职领域而出现偏颇？如果这个兼职项目是非法的呢？不过或许你的兼职项目很快要没了。”
顾卉妮于是发了第二篇长微博，详细向方舟子解释。但方舟子仍指责她“兼职参与涉嫌欺骗美国大学的“留学咨询”业务”，终于激怒顾卉妮：“从此以后，坚决只接受武力挑战...我愿当面给俩耳光...网上再扯淡，孬种。”。方舟子回应称：“被人问一句兼职关系就发出暴力威胁，不愧是流氓（罗永浩）手下的，还好意思吃媒体这碗饭，砸《纽约时报》的牌子很爽是不是？虽然只是一个临时工。”后又称如果在美国，会向法院申请人身保护令，禁止顾卉妮接近他。
2.在美留学生兼职
方舟子在微博上贴出一些工作于“老罗英语”的留学顾问的姓名和照片，质疑其中“有好几位是美国在读留学生，F1身份，按美国法律是不能打工的。现在他们却在老罗的公司兼职。这是否符合美国法律？其所在大学、移民局、税务局是否会管？向各位美国移民法律专家请教。”一位自称“加州律师”的用户要方舟子将这些人的姓名和学校告诉他，称他将向美国移民和海关执法局写信要求调查，方舟子回复称“老罗英语网站上有你需要的信息。”
3.老罗英语培训涉嫌非法办学
方舟子发微博质疑：“罗永浩的公司叫“老罗和他的朋友们教育科技（北京）有限公司”，只是一家工商注册的企业，没有在北京市海淀区教委社管科注册，没有搞培训的资质。它挂靠到北京至圣嘉德培训学校搞老罗英语培训，和全国几家培训机构共用一个办学许可证，这是否合法？而且留学咨询不在该校经营范围，搞留学咨询是否合法？”
4.老罗英语培训涉嫌偷漏税
方舟子称：“罗永浩本人承认没有给大部分学员开具发票。根据《中华人民共和国发票管理办法》，应该开发票。应没收违法所得，处1万元以下罚款。”又称“经营者不主动给消费者开发票，有偷税漏税嫌疑，丰台区一家民办英语培训学校即因此被查处。罗永浩自己承认没有给大部分学员开发票，可能偷税漏税，请海淀地税查处。”
5.零基础英语课程涉嫌欺诈
方舟子称：“英语速成课程都是骗人的”并鼓励对课程内容不满的学员起诉罗永浩的机构。
6.外教资质
方舟子质疑“老罗英语培训”聘请的外教没有“外国专家证”。
罗永浩的机构由于方舟子的以上质疑被工商调查。老罗也去了公安局自首。
方舟子也对罗永浩的父亲进行了如下质疑。
7.罗永浩的父亲
1月15日，方舟子发了这样一则微博：“某个延边人的实名（隐去）报料，是真的吗？【罗永浩的父亲是和龙市龙门的靠打砸抢起家的革委会起家的，延边二中是延边州排名第一的重点高中，是罗永浩父亲罗昌珍动用手里的权力进入的，罗永浩一直排名倒数第一，学习成绩跟不上，相差太远没有办法被劝退的，罗永浩和他的哥哥都是延吉市出了名的混混儿。】”
1月17日后，方舟子的注意力转向韩寒，从此卷入了漫长的韩寒被质疑造假事件。从此方舟子再未对罗永浩及其机构进行密集的质疑。罗永浩加入了支持韩寒的阵营，并不时讽刺方舟子。
罗永浩对方舟子的每一项质疑几乎都有回应。在方舟子停止质疑后，罗永浩反客为主，质疑以方舟子为受益人的两个基金（资金）涉嫌违法，并在3月22日与媒体一起到民政、税务、公安部门举报方舟子的基金。罗永浩亦要求与方舟子就基金问题在媒体前当面对质，方舟子拒绝。
3月9日，罗永浩发起“我也可以很方很舟子杯”恶搞征文大赛。。3月12日，罗永浩将新浪微博头像换成了方舟子版并保留至8月底。3月27日，罗永浩发起“给方舟子一个眈眈”----大型网络行为艺术活动。
1.与律师彭剑对质
3月28日，罗永浩成功拦截到方舟子和其律师彭剑并当面对质。方舟子未理睬罗永浩，低头看手机，后进入电梯离开。彭剑留下来回应罗永浩的质问，整个过程被罗永浩所带摄影师录像。罗永浩随后在新浪微博上公布该录像。该条微博被转发了6万多次，视频被观看了189万次，引起轰动。罗永浩针对彭剑的“给丫一个特写”成为网络流行语。
4月上旬后，罗永浩高调宣布准备做手机，对方舟子的质疑在其微博上开始占据次要位置，但仍时不时发布微博抨击方舟子。
2.年度演讲
6月10日，罗永浩在北展剧院举行年度演讲“一个理想主义者的创业故事III”。在3个小时的演讲中，罗永浩详细介绍了自己和方舟子的恩恩怨怨，并诚征《你不知道的方舟子》作者。该视频被观看了140余万次，引起反响。
6月17日（父亲节），罗永浩要求方舟子为对其父亲的造谣道歉，并称如果方拒绝，将给他的头上“泼点糊状物”。
3.办学资格
6月28日，罗永浩发出微博，在方舟子居住的小区求租，要与方做邻居。
在2012年8月方舟子退出新浪微博转至搜狐微博后，罗永浩在新浪微博一度撤下有方舟子头像的头像，并不再提到方舟子。但当方舟子在搜狐微博声称罗是由于收到其律师函而撤下之后，罗又在搜狐微博换上该头像。之后罗永浩未在新浪微博上提起方舟子，可以视为此事已告一段落。