在『罗德岛』事件经过数十年后，一直在暗中蛰伏的地狱博士正式开始了其征服全世界的计划。地狱博士依靠迈锡尼帝国的科技建造了大量强大的机械兽，并组建了用于征服世界的五大军团。地狱博士暗杀了一直以来的眼中钉兜十藏博士，并派出数台机械兽登陆日本进攻十藏所建立的光子力研究所。在光子力研究所受到机械兽的攻击时，一台神秘的黑色机器人出现并击败了机械兽。而那神秘的机器人，便是兜十藏临死前托付给孙子兜甲儿的机器人『魔神Z』......
『老实说，每次战斗我的情绪都会十分高涨，如果说这感情是恶魔，我也不会否认。但我要战斗，为了这个值得我牺牲生命去守护的世界。如果那一天战斗结束了，我想去做一名科学家。什么嘛，你那眼神！别看我这样，其实我的脑袋是很好的。』
本文介绍的魔神Z为72版及其衍生剧场版世界观，不包含《魔神凯撒》OVA，《真魔神Z冲击篇》与漫画《真魔神ZERO》设定。
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