云南中医药大学始发于1953年成立的昆明中医进修学校,1960年云南中医药大学的前身云南中医学院正式挂牌成立，是全国第二批成立的中医药院校之一。
1951年经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。
1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校址位于昆明市景星街110号，校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。同年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。
1957年1月，校址从昆明市三合营13号又迁至昆明高峣办学，上级任命省卫生厅厅长王天顺兼任校长。同年增设“中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”和“卫生干部文化班”。
1958年7月，昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号，自此正式开办四年制中医中专班。同年再增设“保育训练班”和两年制“西医离职学习中医研究班”，在校学生总数达630人。
1960年5月，为贯彻党的卫生工作方针，落实党的中医政策，发掘、整理祖国中医药遗产，云南中医学院正式挂牌成立。吴佩衡任首任院长。
1962年初，由于国家处于经济困难时期，学校面临停办危机。时逢周恩来总理到云南视察工作，在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。
1964年2月，学校校址自昆明市平政街41号迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地30亩。“文化大革命”期间，学院和全国其他高校一样，办学受到严重影响，造成了不可估量的损失。“文革”后期，师生员工在极其艰难的条件下坚持办学，1971年至1976年累计毕业三年制中医专业学生630人。
1987年9月12日，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。
1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，自此关上新校区正式启用。
1997年，学校承担中国“99昆明世界园艺博览会”六大专题园区之一的药草园建设工作，为世界博览会之首创。1999年建成，得到江泽民总书记、李岚清副总理等党和国家领导人的高度评价，荣获“中国’99昆明世界园艺博览会”贡献奖。
1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。
2004年9月6日，中国共产党云南中医学院第一次党代会召开。大会的主要任务是：总结过去44年的工作，部署今后一段时期学校建设和发展的主要工作和任务，选举产生新一届中国共产党云南中医学院委员会。党委书记郭玉鉴在会上作了题为《继往开来，开拓创新，全面推进学院的建设与发展》的工作报告。王树发、李庆生、李莹、陆炜諠、郑进、郭玉鉴、熊磊（以姓氏笔画为序）当选委员。
2005年，为适应中医药教育发展的需要，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设，2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区，成为第一家整体搬迁入驻呈贡新区的高校。
2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。
2011年10月26日，中国共产党云南中医学院第二次代表大会召开。大会的主要任务是:高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导,深入贯彻落实科学发展观，全面贯彻落实党的教育方针，总结学校第一次党代会以来的工作，确定今后5年的奋斗目标和主要任务，选举产生新一届学院党委和纪委班子，动员全校共产党员和师生员工在新的征途起点上，解放思想，凝心聚智，继往开来，开拓创新，励精图治，科学发展，为把我校建设成为特色鲜明的中医药大学而努力奋斗。王树发、王翠岗、李世辉、李莹、杨中梁、邱勇、杨建军、陈林兴、陈燕溪、陆炜諠、熊磊（以姓氏笔画为序）当选为第二届委员会委员。
2016年7月，学校成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校。根据共建协议，云南省和国家中医药管理局将在政策、项目、经费等方面给予重点扶持，切实提升学校引领云南中医药事业发展、造福各族人民、辐射周边国家的能力和水平。
2016年9月，学校呈贡校区二期项目陆续开工建设。项目延续一期建筑风格，将中国传统文化与中医药科学内涵相融合，一个既具有现代大学功能、又具有中医药文化传承独特气质的现代大学校园矗立在滇池之滨。2019年8月，二期建成并交付使用，办学条件得到极大改善。
2016年10月至2017年3月，省委对学院党政领导班子主要负责同志职务进行了调整，新一届党政领导班子到任，王翠岗同志任党委书记，熊磊同志任院长。
2016年12月10—11日，中国共产党云南中医学院第三次代表大会召开。大会的主题是：动员全校共产党员和师生医务员工，抢抓机遇、锐意改革，加快内涵发展，为建设特色鲜明区域高水平中医药大学而努力奋斗。校党委书记王翠岗作题为《为建设特色鲜明区域高水平中医大学二努力奋斗》的工作报告。大会明确了今后五年学校工作的总体思路，选举产生了学校第三届委员会委员。王翠岗、祁苑红、李世辉、李媛芬、邱勇、张云富、陈祖琨、陈燕溪、荀传美、郭平、熊磊（以姓氏笔画为序）当选委员。
2017年2月，省政府批准将云南省交通运输厅所属的云南省交通中心医院划转为我校直属第二附属医院。2018年4月27日，省委编办印发《关于调整云南省交通中心医院机构编制事项的批复》；同年6月，我校第二附属医院正式揭牌，列入省级公立医院序列。
2018年9月，学校获评云南省2018年脱贫攻坚奖扶贫先进集体。
2018年11月，教育部发函云南省人民政府《关于同意云南中医学院更名为云南中医药大学的函》，2019年1月，省政府通知省教育厅，批准学校正式更名为云南中医药大学。2019年1月19日，云南中医药大学正式揭牌。
2019年8月27日，我校承建的中国-缅甸中医药中心在缅甸第二大城市曼德勒揭牌。
2020年11月20日，学校在呈贡校区举行本科教育60周年纪念大会。
2021年10月25日，我校参加了2021年国家中医药管理局国际合作司“中医药国际合作专项”项目投标，我校申报的“中国-老挝中医药中心”项目中标。这标志着我校“中国-老挝中医药中心”获批国家级海外中医药中心建设项目。
2022年，中国中医药联合研究生院获准成立，我校成为10家成员单位之一。
2022年2月，中共云南省委办公厅下发《中共云南省委办公厅、云南省人民政府办公厅关于命名第九届云南省文明村镇、第十六届云南省文明单位、第二届云南省文明家庭和文明校园的通报》（云办通【2022】7号），我校入选第二届云南省文明校园名单，正式获评云南省文明校园。
2022年4月21日，云南中医药大学与老挝卫生部传统医药研究院通过视频方式举行“中国-老挝中医药中心”项目合作谅解备忘录线上签约仪式。以此为标志，双方将全面启动在传统医药领域的联合医疗、医学研究、人才培养等方面的合作与交流。
2022年9月，学校召开干部大会，省委组织部领导宣布省委对学校党委主要领导和行政主要领导的任职决定，邱勇任校党委书记，丁中涛任校长。
2023年，顺利完成首次博士研究生“申请－考核制”招生改革。
2023年4月，学校组建临床实践教学基地联盟，97家临床实践教学基地单位成为首批联盟成员。
2023年9月，云南中医药大学教育基金会获上级部门批准；教育基金会成立大会同年11月17日举行。
2024年7月，由我校丁中涛校长为团长、我校专家为主体的云南省专家人才产业服务团与云南白药集团签约，共谱生物医药产业创新发展新篇章。