感谢所有专家秉持专业和公正的态度参与本年度十大进展的推荐和评选;祝贺所有入选工作的团队!同时祝愿大家在2024新的一年里健康平安、工作顺利、大展宏图、硕果累累!
评审委员会
2024年3月16日
泛癌种自然杀伤细胞异质性的生物信息学解析
该成果发表于Cell
推荐理由:首个人类自然杀伤细胞的泛癌图谱
图:生物信息学整合分析揭示NK细胞的泛癌种异质性规律
数据链接
原文信息
TangF,LiJ,QiL,LiuD,BoY,QinS,etal.Apan-cancersingle-cellpanoramaofhumannaturalkillercells.Cell2023;186:4235–51.e20.PMID:37607536.
原文链接
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人类和小鼠细胞身份识别及单细胞功能分析平台——CellMarker2.0
该成果发表于NucleicAcidsResearch
推荐理由:提供了人/鼠不同细胞类型的分子标志物的高质量数据
图:CellMarker2.0细胞身份识别及单细胞功能分析平台
数据库链接
HuC,LiT,XuY,ZhangX,LiF,BaiJ,etal.CellMarker2.0:anupdateddatabaseofmanuallycuratedcellmarkersinhuman/mouseandwebtoolsbasedonscRNA-seqdata.NucleicAcidsResearch2023;51:D870–6.PMID:36300619.
揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
该成果发表于Nature
推荐理由:揭示了增强子与启动子交互的选择性
图:“增强子-启动子互作图谱”以及“突变-功能图谱”构建
LiangL,CaoC,JiL,CaiZ,WangD,YeR,etal.ComplementaryAlusequencesmediateenhancer-promoterselectivity.Nature2023;619:868–75.PMID:37438529.
我国生命组学数据资源体系建设成效显著
推荐理由:筑造中国生物数据资源根基
图:CNCB-NGDC多组学数据资源体系
CNCB-NGDCMembersandPartners.DatabaseresourcesoftheNationalGenomicsDataCenter,ChinaNationalCenterforBioinformationin2023.NucleicAcidsResearch2023;51:D18–28.PMID:36420893.
结构驱动的碱基编辑器开发与应用
推荐理由:人工智能指导的蛋白质结构聚类,助力研发新型碱基编辑工具
图:新型碱基编辑器开发与应用
HuangJ,LinQ,FeiH,HeZ,XuH,LiY,etal.Discoveryofdeaminasefunctionsbystructure-basedproteinclustering.Cell2023;186:3182–95.e14.PMID:37379837.
新方法实现单细胞命运轨迹的精确预测——PhyloVelo
该成果发表于NatureBiotechnology
推荐理由:基于谱系示踪信息精确计算RNA速率的新方法
图:基于单调表达基因的细胞分化轨迹推断新框架(PhyloVelo)
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单液滴细胞外囊泡异质性解析新技术——SEVtras
该成果发表于NatureMethods
推荐理由:从单细胞转录组数据中解码胞外小囊泡的异质性
图:SEVtras追踪胞外小囊泡异质性
工具链接
HeR,ZhuJ,JiP,ZhaoF.SEVtrasdelineatessmallextracellularvesiclesatdropletresolutionfromsingle-celltranscriptomes.NatureMethods2024;21:259–66.PMID:38049696.
空间多组学数据库及分析算法——SODB
推荐理由:领域最大的空间多组学数据库
图:SODB支持多种算法的基准研究
YuanZ,PanW,ZhaoX,ZhaoF,XuZ,LiX.etal.SODBfacilitatescomprehensiveexplorationofspatialomicsdata.NatureMethods2023;20:387–99.PMID:36797409.
该成果发表于Genomics,Proteomics&Bioinformatics
推荐理由:肿瘤免疫治疗分子标志物分析的大数据平台
图:TIGER整体设计概览
ChenZ,LuoZ,ZhangD,LiH,LiuX,ZhuK,etal.TIGER:awebportalofTumorImmunotherapyGeneExpressionResource.Genomics,Proteomics&Bioinformatics2023;21:337–48.PMID:36049666.
基于工程化纳米孔的氨基酸及其翻译后修饰检测
推荐理由:首个能够识别20种天然蛋白质氨基酸的纳米孔测序和分析技术
图:镍离子修饰纳米孔道实现20种蛋白质氨基酸全分辨
WangK,ZhangS,ZhouX,YangX,LiX,WangY,etal.Unambiguousdiscriminationofall20proteinogenicaminoacidsandtheirmodificationsbynanopore.NatureMethods2024;21:92–101.PMID:37749214.