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Step1：对遗传算法的运行参数进行赋值。参数包括种群规模、变量个数、交叉概率、变异概率以及遗传运算的终止进化代数。
Step2：建立区域描述器。根据轨道交通与常规公交运营协调模型的求解变量的约束条件，设置变量的取值范围。
Step3：在Step2的变量取值范围内，随机产生初始群体，代入适应度函数计算其适应度值。
Step4：执行比例选择算子进行选择操作。
Step5：按交叉概率对交叉算子执行交叉操作。
Step6：按变异概率执行离散变异操作。
Step7：计算Step6得到局部最优解中每个个体的适应值，并执行最优个体保存策略。
Step8：判断是否满足遗传运算的终止进化代数，不满足则返回Step4，满足则输出运算结果。其次，运用遗传算法工具箱。
1.将GAOT工具箱文件拷贝至Matlab文件夹下，具体路径为：C:\programfiles\MATLAB\R2009a\toolbox。（也可以放在其他路径，不一定放在toolbox里面，比如C:\programfiles\MATLAB\R2009a也行）。
2.将GAOT工具箱路径加入Matlab文件路径之中。流程为：File-->SetPath-->AddwithSubfolders。即，将C:\programfiles\MATLAB\R2009a\toolbox\gaot文件夹加入该路径系统中。
3.重新启动Matlab，运行。
4.但是在重新启动后，你会发现在命令窗口，会出现如下警告
Warning:Nameisnonexistentornotadirectory:\afs\eos\info\ie\ie589k_info\GAOT
5.测试是否安装成功
在命令窗口输入：editga
出现如下函数：function[x,fval,exitFlag,output,population,scores]=ga(fun,nvars,Aineq,bineq,Aeq,beq,lb,ub,nonlcon,options)
此时你会发现这是MATLAB自带的ga函数，并不是你想要的工具箱中的ga函数，这样会在以后应用工具箱编写程序是发生错误。
解决上述问题的方法：为了统一，不管你是高版本还是低版本，都可以通过将GAOT工具箱中的ga重命名为gaot_ga(名字可以随你定，但是不能改为大写GA，原因是MATLAB会默认大小写函数是同一个函数，不信你可以用editga和editGA验证)，来实现解决上述问题。