零代码生信分析在线工具重磅出炉!免疫浸润、机器学习等通通不在话下,以一篇8分+单基
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这个零代码分析工具绝对值得拥有!
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有了这个在线分析工具,导师再也不用担心我不会生信分析啦~
(不想自己分析也可以找小云帮忙,超多个性化、创新性高的分析思路供你选择!)
题目:鉴定ZBTB9作为对抗肿瘤细胞增殖异常的潜在治疗靶点和一种新的肝细胞癌生物标志物
杂志:Journaloftranslationalmedicine
影响因子:8.44
研究思路
主要结果
ZBTB9在包括LIHC在内的多种癌症中均高表达(图1A)。TCGALIHC数据显示,与相邻正常组织和GTEx正常组织相比,LIHC样本中ZBTB9表达显著上调(图1B)。GEO数据分析显示ZBTB9在LIHC肿瘤组织中上调(图1C,D)。免疫组化结果也证实ZBTB9蛋白在肿瘤样本中明显升高(图1E-H)。
图1.ZBTB9的表达
小云说:分析单基因在泛癌中的表达可以采用云生信在线工具中的“基因在肿瘤与正常组织中的差异表达”模块进行分析。
可以直接在主页找到这个模块:
也可以在主页的搜索框中搜索“差异表达”,再选择对应的模块进行分析:
一键出结果:
1.ZBTB9基因突变及启动子甲基化分析
通过cBioPortal数据库分析ZBTB9基因突变类型和位点(图2A-B),使用COSMIC在线工具对突变类型进行了分析(图2C)。通过UALCAN进行启动子甲基化分析,结果显示,LIHC肿瘤组织中ZBTB9的启动子甲基化水平明显低于相邻正常组织(图2D)。启动子甲基化程度越低,肿瘤分期和肿瘤分级越高。
小云说:云生信在线工具中有多种甲基化分析小工具可以使用,可以根据需要选择:
2预后和诊断价值分析
图3.ZBTB9高表达提示LIHC患者生存期较差
3.不同亚型的生存分析
采用Kaplan-Meier生存曲线分析,评价ZBTB9在不同临床特征下的预后价值。结果表明,高ZBTB9表达在多个临床亚型中是一个风险因素(图4)。
图4.ZBTB9在不同临床亚型的生存分析
小云说:生存分析可以使用云生信在线工具中的“生存分析”模块分析,
根据需要选择对应的小工具进行分析,结果展示:
小云说:免疫细胞浸润可以使用云生信在线工具进行分析,提供不同的工具可以根据需要进行选择哦~
5.基因集富集分析(GSEA)
图6.ZBTB9高表达组与ZBTB9低表达组基因集富集分析
小云说:基因富集分析也可以使用云生信在线工具进行分析~
6药物-疗效分析
小云说:云生信在线工具也有多种药敏性分析小工具可以使用~
GSCALite工具分析了上述7个基因与ZBTB9在LIHC中的共同功能,结果表明这些基因主要是触发细胞周期通路的激活和DNA修复,从而导致肿瘤的进展(图10A,B)。
图10.LIHC中8个基因的功能分析
10.体外实验验证
细胞实验验证干扰ZBTB9对肿瘤细胞增殖和迁移的影响(图11)。
图11.细胞实验结果
总结
小云今天只是简单介绍一下小工具,还有更多的宝藏功能等你来发现哦~感兴趣的小伙伴赶紧动手用起来吧!