作为战略实施工具，绩效激励的目标承接企业战略，又要将企业战略落实到个人。这就需要涉及目标的制定和分解问题。
一般管理经验上看，公司级目标和直接承接公司目标的部门目标涉及公司战略落地，需要公司层面统一组织制定，而部门目标的往下分解，作为管理工具，一般由部门主管按照层层承接原则自行负责。
为了弥补这一缺陷，一些公司在绩效考核形式做了改进。比如，一种常见的方式是在绩效考核内容上强制设立百分比，如：50%的考核权重为来自运营计划的当期重点工作，50%的考核权重为关键运营指标。但这种弥补仅能在绩效管理范畴内解决部分问题。要在全面绩效激励体系内建立与战略相一致的目标体系，还是需要进行战略举措分析和价值链分析。
价值链分析法是设计绩效目标最有效和最基础的方法。价值链分析法从价值链角度对价值链各个活动准备好公司的绩效目标集合。这些目标的收集，可以按照流程设计方法论中对流程衡量的几个维度为出发点考虑。流程衡量评价的几个维度是：
1)收益，收益可以从产出的数量方面衡量，也可以从产出的效果方面衡量，比如销售额。
2)质量，质量既包括活动产出的产品质量，也包括活动提供的服务质量，比如残品率，客户投诉率，渠道库存等。
3)成本，成本是活动所需要的资源投入。很多时候目标的表现形式是投入产出比，比如单吨制费。
这种从价值链角度所收集的绩效目标库。是企业很重要的无形资产。企业所需要的不仅是收集这些目标，而且还要衡量这些目标在企业过往运营中的达成情况以及偏差原因。如果这些目标一直处于极高的达成水平上，则可以不纳入重点观察或考核目标中。如果一些目标在达成上存在问题，就要将这些目标作为重点绩效目标考核。
换句话说，按照价值链分析法，企业应建立一套绩效目标库，这里面的目标都是观测目标。根据战略重点或运营中的短板，企业从中挑选考核目标，或者制定提升某些观测目标的战略举措，并纳入考核中。
价值链法最明显的缺点是无法直接把企业的无形资产与有形的战略结果相联系。这方面，恰恰需要战略地图和平衡计分卡的补充。
总之，公司和部门级绩效目标分解的方法论框架是战略地图和平衡计分卡。但是基础工作来自企业价值链分析得出的绩效目标库。战略地图和平衡计分卡只提供了思考框架。战略地图法如果没有对企业价值链的深入了解，以及对企业价值链运营情况的分析，管理者很难制定出完备的绩效目标。
目标选择完成后，就需要考虑如何与激励规则挂钩的问题。如果目标不能与激励规则挂钩，则无法对员工形成有效的指引。按照一般的绩效管理理念，员工正式的绩效考核内容应该有重点，不宜过多，所以按照绩效管理流程纳入绩效管理体系的目标会有数量限制。这就是传统绩效管理中由绩效指标（PI）到关键绩效指标（KPI）的过程。然而，从全面绩效激励体系的观点看，其实有多种手段可以将绩效目标与员工行为挂钩。比如：
1、通过完善的员工行为规范制度约束员工的价值观和外在行为表现；
2、通过提成或计件工资将员工收入与业绩结果直接挂钩，而将薪酬调整，绩效工资多少与员工行为和能力表现挂钩；
3、设立额外的专项奖励奖励员工特定业绩和行为；
4、员工晋升标准中增加绩效管理流程以外的其他内容，比如对管理能力的要求，对下属培养的要求；
5、主管对行为符合要求的员工及时口头表扬。
所以在绩效激励体系设计时，应该根据目标的特点，综合考虑目标如何与激励规则挂钩的问题。