根据《城市维护建设税暂行条例》第三条规定，城市维护建设税，以纳税人实际缴纳的增值税、消费税、营业税税额为计税依据，分别与增值税、消费税、营业税同时缴纳。第四条规定，城市维护建设税税率为：纳税人所在地在市区的税率为7%；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1%。
实际缴纳是指计提增值税、营业税、消费税的同时，计提城市维护建设税和教育费附加，在次月纳税申报期限内一起缴纳。预缴增值税不是实际缴纳增值税，当期销项税额大于当期进项税额需要缴纳增值税的时候，可以先抵减已预缴的增值税，抵减后仍有余额的应补缴增值税。
例如：某小型商贸批发企业，注册资本50万元，从业人员8人，2010年4月1日被认定为辅导期一般纳税人，辅导期限为3个月，4月购进货物增值税专用发票注明价款20万元；5月领购千元版增值税专用发票25份，开具销售金额24万元，购进货物增值税专用发票注明价款50万元；6月份领购千元版增值税专用发票25份，开具销售金额24万元，由于该单位业务量增大，25份专用发票不能满足经营需要，向主管税务机关申请增购千元版专用发票40份，按规定预缴增值税税款7200元，当月增购发票开具销售金额35万元。该单位增值税税率为17%，单位所在地在市区。账务处理如下：
一、4月份账务处理
购进货物取得增值税抵扣凭证时：
借：库存商品200000
应交税费———待抵扣进项税额34000
贷：银行存款234000
辅导期一般纳税人当月购进货物，其进项税额不能抵扣，次月根据“稽核结果通知书”做账务处理。
二、5月份账务处理
1.根据“稽核结果通知书”交叉稽核比对无误后：
借：应交税费———应交增值税（进项税额）34000
贷：应交税费———待抵扣进项税额34000.
2.根据销售货物专用发票：
借：银行存款280800
贷：主营业务收入240000
应交税费———应交增值税（销项税额）40800.
3.购进货物取得增值税抵扣凭证时：
借：库存商品500000
应交税费———待抵扣进项税额85000
贷：银行存款585000.
4．5月份应交增值税=40800-34000=6800元，同时计提城市维护建设税=6800×7%=476（元）及教育费附加=6800×3%=204（元）时：
借：营业税金及附加680
贷：应交税费———应交城市维护建设税476
应交税费———教育费附加204.
三、6月份账务处理
1.缴纳5月份增值税、城市维护建设税及教育费附加时：
借：应交税费———应交增值税（已交税金）6800
应交税费———应交城市维护建设税476
应交税费———教育费附加204
贷：银行存款7480.
2.根据“稽核结果通知书”交叉稽核比对无误后：
借：应交税费———应交增值税（进项税额）85000
贷：应交税费———待抵扣进项税额85000.
3.增购专用发票预缴增值税时：
借：应交税费———应交增值税（已交税金）7200
贷：银行存款7200.
4.根据本月销售货物专用发票（包括领购和增购）
借：银行存款690300
贷：主营业务收入590000
应交税费———应交增值税（销项税额）100300.
5.本月应交增值税=100300-85000=15300元，同时计提城市维护建设税=15300×7%=1071（元）及教育费附加=15300×3%=459（元）时：
借：营业税金及附加1530
贷：应交税费———应交城市维护建设税1071
应交税费———教育费附加459.
四、7月份缴纳6月份增值税时，由于已预缴增值税7200元，因此，应补交增值税=15300-7200=8100（元），同时交纳6月份已计提的城市维护建设税及教育费附加。
借：应交税费———应交增值税（已交税金）8100
应交税费———应交城市维护建设税1071
应交税费———教育费附加459
贷：银行存款9630.
分析——
综上所述，辅导期一般纳税人，预缴增值税无论从税法规定还是从会计账务处理上看，都不应当同时预缴城市维护建设税及教育费附加，预缴增值税不是实际缴纳增值税，当销项税额大于进项税额时，应交增值税应先扣减已预缴增值税后，才是应补交的增值税。当月计算出增值税时，同时应计提城市维护建设税及教育费附加，次月纳税申报期限内一起缴纳。纳税人发生预缴税款抵减的，应自行计算需抵减的税款并向主管税务机关提出抵减申请。如果仍有余额，主管税务机关应在纳税人辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税余额。
因此，预缴增值税不应当同时预缴城市维护建设税及教育费附加。税务干部和执业注册税务师在审核企业应交纳的城市维护建设税及教育费附加时，一定要注意不能让企业提前交税。