在分组审议时，有常委会委员提出，网络食品现在问题也很大，草案二审稿只对于“网络食品交易第三方”作出了规定，但对入网的食品生产经营者没有作规定，建议增加“入网食品生产经营者应当依法取得食品生产经营许可证”。
该委员表示，这就是说，凡是在网上销售的食品，生产经营的，都必须有实体店，而这个实体店必须按照食品安全卫生法生产经营的要求取得许可证，才能到网上卖。在此基础上，再规定“网络食品交易平台第三方应当对入网食品经营者进行实名登记，查验其食品生产经营许可证”，明确其食品安全监管责任。
学生幼儿餐实行专人试餐
草案二审稿规定学校、托幼机构、建筑工地等集中用餐单位未按规定履行食品安全管理责任，应该受罚。对此，陈光国委员提出，还应该加上“上述这些单位的主管部门没有履行食品安全责任的，也应该相应承担法律责任”。
此外，该委员提出，二审稿对集中用餐单位进行了明确，如学校、托幼机构、建筑工地。但是忽略了一个问题，即船舶航运也是一个集中用餐的单位，船舶航运集中用餐食品安全管理需要在食品安全法中作出规定。
此外，董中原委员明确提出，应明确规定“学校、托幼机构”除查验食品安全外，在学生和幼儿用餐之前应当实行专人试餐制度。
土特产限在许可区域销售
草案二审稿对于特殊食品只是规定了保健食品和婴幼儿食品，有常委会委员在审议时提出，土特产也应属于特殊食品，还有是进口食品、新生产的食品、恢复再生产的食品，是否都应该放在特殊食品中，要分层讲清楚。
另外，建议草案规定“土特产食品生产经营必须按照科学健康的要求，改进传统工艺”。该委员解释称，现在很多土特产的传统工艺是非常落后、不科学的，但是人民群众又非常喜爱，作为食品安全法来讲，应该有一个引导，土特产的生产经营应该按照科学健康的要求改进传统工艺，并获得县以上卫生行政管理部门的许可。
此外，土特产还应纳入本区域食品监管部门风险监测，并限在许可区域内销售。
规范野菜等高危食品使用
对于食品的监管标准目前我国还没有统一，对此，有常委会委员在审议时提出，首先要进行食品的分类，再制定相应的标准，比如哪些是大众食品(普通食品)？哪些是特殊食品？哪些是添加食品？都应该进行明确的划分，此外，对于土特产、野菜等也需要进行分类和规范。
全国人大代表宗庆后提出，食品安全标准应强制执行国家标准，由国务院卫生行政部门组织制定，除食品安全标准，不得制定其他食品强制性标准。他认为，允许地方与企业制定食品安全标准，实际上把食品安全标准和产品质量标准混淆在一起，食品安全标准不能允许地方和企业去定。
车光铁委员建议进一步强化高危食品的界定和监管工作。他提出，在现实生活中发生的食物中毒事件，有很多是因为高危食品造成的，例如，学校食堂的食物中毒事件中，因为食用山野菜等食物造成的情况比较多，建议在食品安全法中确定以市级食品药品监督管理部门根据风险监测结果和事故调查情况确定适合本地区饮食习惯的高危食品目录和禁用范围，从而规范本地区高危食品的使用。
立法法
制定税法规划废除各类试点
他认为，税收关系到每一个家庭，每一个企业，每一个公民。现在全国有18种税收，只有3种是人大立法的，分别是个人所得税、企业所得税、车船税法。另外还有一部分税收征管法也是人大立法，但不涉及具体的税种，其余的15种都是国务院以暂行的条例和试点的方式推出来的，许多税种税率的调整往往也是由政府具体的行政机关单方面决定，一个红头文件就决定了政策。没有经过听证，发布通知即成了一种市场调节的手段。
陈泽民以最近成品油消费税的调整为例，他提出，随着国际油价的下降，国内趁机加税，有关单位连着发了两个通知税率涨了两次，老百姓反应十分强烈。
人大主导立法防止“部门化”
辜胜阻委员在审议时提出，行政体制中有一个很大的弊病就是争权诿责，碰到权力都打“篮球”去抢；碰到责任都打“排球”往外推。到底由谁来主导立法？建议把人大主导立法的思想吸纳进来，然后明确提出防止立法部门化。
他认为，现在“国家的权力部门化、部门的权力利益化、部门的利益法定化”，部门立法在“治民”和“治官”的关系上，往往强调“治民”。在今后的立法过程中，要防止部门利益的法定化、防止部门在立法问题上争权。
在立法问题上谁主导立法的问题可能是立法法中很关键的问题，是由行政部门主导还是人大主导？在有不同意见的情况下，谁能够主导，谁的意见起到主导作用，立法法需要解决这个问题。
明确军事行政法规有关内容
邓昌友委员建议立法法修正案草案明确规范军事行政法规、军事行政规章的有关问题。
邓昌友表示，军事行政法规是国务院、中央军委联合制定的，由国务院总理、中央军委主席共同签署，以国务院、中央军委令的形式颁发。比如军事设施保护实施办法、退役士兵安置条例等都如此。军事行政规章是国务院有关部门、中央军委有关总部联合发布的。比如军人子女教育优待办法等。
军事行政法规、军事行政规章对国防和军队建设的许多重大事项作出了明确的规范，对推进依法治国、依法治军都发挥了重大作用。但是现行立法法没有明确军事行政法规、军事行政规章的有关问题，致使军事行政法规、军事行政规章缺乏立法的法律依据，亟待在立法法中来解决这一重大问题。
所以，邓昌友建议在这次修正案当中，对军事行政法规、军事行政规章的法律地位、立法体制、立法程序等等作出明确的规范。
食品安全立法重要历程回顾
2006年
修订食品卫生法被列入年度立法计划。此后，将修订食品卫生法改为制定食品安全法。
2007年食品安全法草案首次提请全国人大常委会审议
2008年
食品安全法草案公布，广泛征求各方面意见和建议，后进行了多方面修改。
2009年
食品安全法在十一届全国人大常委会第七次会议上高票通过，并于6月1日正式施行。
为配合食品安全法的施行，国务院颁布实施《食品安全法实施条例》。
2013年
国务院法制办就食品安全法修订草案送审稿公开征求意见。在此基础上形成的修订草案经国务院第47次常务会议讨论通过。
2014年
食品安全法修订草案提交十二届全国人大常委会第九次会议审议。