运行FileZillaServerInterface.exe，得到以上界面，如果是第一次进入，直接点击ok即可。我们可以在「Administratorpassword:」栏位中输入本服务器Filezilla服务的密码，输入管理端口号（管理端口到底是多少，请参考前文安装过程中填写的具体数字是多少。），然后勾选「Alwaysconnecttothisserver」再按下〔OK〕。建议选中“总是连接到本服务器”的选项，即表示每次启动管理控制台，都是管理本机的Filezilla服务。
注意：修改端口和密码非常重要，这是确保Filezilla安全的重点，必须修改端口，必须设置密码！密码建议足够复杂！可以在管理界面中进行修改
FileZillaServer主界面
这是程序的主界面，然后开始点击Edit菜单下的Settings.会得到如下界面：
首先要进行服务器全局参数设置：
1、Generalsettings（常规设置）：
ListenonPort：监听端口，其实就是FTP服务器的连接端口。（一般都是21）
Max.Numberofusers：允许最大并发连接客户端的数量。（0为不限制）
NumberofThreads：处理线程。也就是CPU优先级别。数值调得越大优先级越高，一般默认即可。
下面的是超时设置，
NoTransfertimeout：传输空闲超时；此处默认是600秒。
Logintimeout：登入超时。此处是60秒。
FileZillaServer全局参数设置
FileZillaServer配置欢迎信息
站长此处已经改为WelcomtoServ-UFTPServer（另一款非常知名的ftp服务器）!此处最好要修改！因为随便暴露的话黑客可能会利用漏洞进行攻击。建议和站长输入的一样即可。
1.2、IPbindings（IP绑定）页面：把服务器与IP地址绑定，使用*以绑定到所有地址。（一般默认即可）
FileZillaServer配置绑定IP
1.3、IPFilter（IP过滤器）页面：设置IP过滤规则，在上面栏目中的IP是被禁止与FTP服务器连接的，下面的是允许的。
格式：可以是单个IP地址、IP地址段，可以使用通配符、使用IP/subnet语法或正则表达式（以“/”结尾）来过滤主机名。
（一般默认即可，除非有需要的话再来进行设置）
FileZillaServer配置过滤ip
先修改Usecustomportrange：小编此处选择的从10000-10020.此处根据自己需要选择。
下面是被动传输设置：
1.如果服务器本身直接拥有公网IP，可以选软件默认的“Default”。
2.如果服务器是在局域网里面，在一个网关后面，那么就要选择第二项“UsethefollwoingIP”，并且在下面的输入栏填写公网的IP地址；否则，客户端用PASV被动模式可能无法连接FTP服务器。因为服务器是在内网中，在客户端使用PASV模式连接服务器的时候，服务器收到连接请求之后需要把自身的IP地址告诉客户端，由于服务器在内网中，它侦测到的IP地址是内网的（如192.168.0.5），它把这个IP地址交给客户端，客户端自然无法连接。在这里设置了指定的IP地址后，服务器就会把这个公网合法的IP地址提交给客户端，这样才能正常建立连接。如果服务器是动态IP的，那么可以选择下面的“RetrieveexternalIPaddressfrom”，利用FileZilla官方网站免费提供的IP查询页面获取当时的公网合法IP，然后服务器把这个公网合法IP地址提交给客户端。当然静态IP也可以用这个，只不过没有必要。
这个设置页面对服务器位于内网的情况非常重要。有些FTP服务器端没有这个设置项目，客户端就只能用Port主动模式连接。当然有些客户端软件针对这个问题有专门的设置，如FlashFXP的站点设置中只要选中“被动模式使用站点IP”就可以了。
对于在局域网中的服务器，如果服务器没有置于DMZ区，那么强烈建议选中下面的“Usecustomportrange”定义PASV端口范围。由于PASV模式中，是服务器随机打开端口，然后把打开的端口号告诉客户端，让客户端连接打开的端口。但是因为服务器处于网关后面，如果网关那里没有做对应的端口映射，客户端从外网就无法连接服务器打开的端口，导致PASV模式连接失败。在这里限定服务器打开的端口范围，然后到连接外网的网关那里，对服务器的这些端口做端口映射（虚拟服务）。这需要服务器和Internet网关设备配合设置，这样外网的客户端才能用PASV模式连接进来。
3、Securitysettings（安全设置）：
这里的两个选项关系到能否FXP。软件默认状态“Blockincomingserver-to-servertransfers”和“Blockoutgoingserver-to-servertransfers”两项都是选中的，前面那项是禁止连入的服务器对传，后面是禁止传出的服务器对传。也就是说默认状态不允许FXP，如果需要使用FXP，那么就把这两个项目取消选择。注意FXP传输除了跟这个页面的设置有关，还跟IP过滤器有关。
说明：如果启用，IP过滤器在传输开始时检查远端IP，如果IP不符合控制通道中的远端IP，传输将被取消。FXP经常被用来传输非法盗版软件，反弹攻击亦可被用来发起对服务器的Dos攻击，因为恶意用户可以发起多个服务器到服务器传输，这将对服务器的带宽和可用性造成很大影响。如果设置了严格过滤IP，整个IP将与控制通道中的IP进行比较，但此选项可能会对使用了多个IP的代理服务器引发问题。为了避免此问题，可以禁用严格IP过滤，这样只检查IP地址的前三部分，但这会使对FXP/反弹攻击的安全都降低。因此，你需要在安全和兼容性之间做选择，要想达到最佳效果，你可以阻止所有的FXP传输并且仅对传入的传输启用严格过滤。
4、miscellaneous：杂项设置。
默认即可。
5、AdminInterfacesetting（管理员界面设定）：
注意：修改端口和密码非常重要，这是确保Filezilla安全的重点，必须修改端口，必须设置密码！密码建议足够复杂！
6、Logging（日志）：设定是否启用日志记录功能以及日志文件大小和文件名。
7、SpeedLimits（速度限制）：
FileZillaServer速度限制
8、Filetransfercompression（文件传输压缩设置）：
MODEZFTP协议是一种实时压缩的传输协议。在这种模式下，发送方的数据在发出之前先进行压缩，再送到网络链路中传输，接收方将收到数据实时解包，在本地还原重组成原文件。这种模式可以大幅度减少网络中的数据流量，提升传输效率（速度）。当然对于已经压缩过的文件，就几乎没有效果了。要使用这种传输模式，需要服务器端和客户端都支持MODEZ协议。
FileZillaServer文件传输压缩设置
勾选“EnableMODEZsupport”就可以启用本服务器的MODEZ支持功能，这样，只要客户端也支持MODEZ就可以获得它带来的性能提升。“Minimumallowedcompressionlevel”和“Maximumallowedcompressionlevel”分别设置最小压缩率和最大压缩率。最下面可以输入不启用MODEZ功能的目标IP。
9、设置“SSL/TLSsettings”：安全套接层协议设置
FileZillaServer配置ssl/tls
选中“EnableFTPoverSSL/TLSsupport(FTPS)”进行公钥私钥的设置：
FileZillaServer配置ssl
10、Autoban：自动断开
FileZillaServer配置勾选是否一小时之内允许重复10次失败尝试。
加固权限：
找到Filezilla的配置文件，格式是xml格式，鼠标右键点击之，并选择属性。
加入Guest组禁止读写的权限，设置为拒绝。
FileZillaServer配置设置文件属性，点击确定后，系统会弹出提示，询问拒绝权限优先级高于允许权限，是否要继续，点击是通过即可。
匿名FTP配置：
1.首先打开管理控制台，点击左起第四个图标进入系统设置。
2.打开ftp用户管理界面，点击右侧的add按钮，添加新用户。
3.在新增用户的对话框中，输入“anonymous”这个名字，即FTP的匿名用户。
4.点击确认，添加用户完成，返回用户管理界面。
5.点击左侧的“Sharedfolders”菜单。点击Add按钮，添加一个目录。
6.打开浏览文件夹的选项，选择要设置FTP的目录。
7.点击确定，添加用户完成。
现在用户FTP客户端连接到FileZillaServer上，可以看到匿名FTP已经配置完成。
标准FTP用户配置：
设定流程：开新帐户→设定密码→选定资料夹→设定完成。
第1步进行的是用户组（GroupSettings）设置。在主界面点击第五个按钮或者由“Edit”——“Groups”菜单进入。（组设置是为了便于用户归类管理，相同权限的用户归属到同一个组里面，这样就不用重复多次设置每个用户的权限等参数，简化配置和管理工作。点击右边的“Add”按钮创建新组。）
FileZillaServer配置组用户
FileZillaServer增加用户配置目录
设置好主目录之后，再点击“Add”按钮把其余的目录依次设置进来就可以了。不过这里得注意，如果仅仅把别的目录添加进去，那么你用客户端连接之后，会发现除了主目录和它的子目录之外，别的目录都看不见。这是怎么回事？这里要说明一个概念——虚拟路径。所谓虚拟路径，就是在客户端看到的目录结构。由于一个用户只能有一个主目录，别的目录如果不映射成虚拟目录的话，客户端将看不到它。所以只有把除了主目录之外的其它目录，虚拟成主目录的子目录，这样在客户端才能看到。
组设置中的“SpeedLimits”和“IPFilter”跟全局设置里面的速度限制和IP过滤器设置方法是一样的，请参照前面的内容。只不过这个是仅仅针对这个组的用户生效。而全局设置是对所有的用户都生效。设置完毕之后点击“OK”按钮回到主界面。
权限说明：
文件：
Files→Read：可下载档桉。
Files→Write：可上传档桉。
Files→Delete：可删除档桉。
Files→Append：即把文件下载到本地副本并打开编辑，在关闭时再上传到服务器。（问题：不知道是不是在服务器端进行执行编辑。）
目录：
Directories→Creat：可新增子资料夹。
Directories→Delete：可删除子资料夹。
Directories→List：可列出资料夹中的档桉。
Directories→+subdirs：列出文件夹中的子文件夹。
注意：在FileZillaServer里设置的对文件、目录的权限，需要依赖Windows操作系统中SYSTEM账号对文件、目录的权限设置。
第2步设置用户（Users）。点击主界面第四个按钮或者由“Edit”——“Users”菜单进入。点击右边的“Add”按钮创建用户，输入用户名test。选中Password前边的多选框，然后输入密码123456。
FileZillaServer设置用户
然后从“Groupmembership”栏选择该用户所属的组（Group），这样该用户将继承该组的所有属性/权限，不用再单独一一设置这些参数了。这也是设置组体现的方便性，在用户比较多的时候使用组来分类会使得管理工作更加方便、高效。当然，也可以设置一个不属于任何组的用户，这样的话，就得单独定制该用户的权限。对于少量特殊用户，可以用这种方式设置。返回到用户管理界面，点击设置文件夹目录，点击Add添加目录。添加完成，再右侧选中test用户对这个目录的权限，然后点击左侧的OK按钮，配置完成。
至此，FileZillaServer的基本设置就完成并可以运行了。
启用SFTP设置如下：
打开“Users”对话框：添加用户；输入密码；选中“ForceSSLforuserlogin”，目的是强制使用SSL，当然如果不选的话，要不要使用SSL，就由客户端自己选择了。
在“Sharedfolders”中添加FTP文件夹，并设置相应权限。用FileZillaClient连接FTP服务器。和普通的连接相同，只是注意选择Servertype，如下图：
这篇教程也算入门级的教程，其他的ftp服务器软件也是大同小异。还是根据自己的需要自行设置。希望这篇教程能对你有益！