安装也非常简单,如果在Rstudio中,直接安装:
install.packages("corrplot")本节选学内容,让工作体验更美好!
如果使用rstudio的数据源下载太慢,可以使用国内清华镜像安装,反正我在科技网,或方正宽带下载都会快10倍以上。
我们现在对原始数据、分析结果和可视化参数进行解释。
我们看一下输入数据格式:使用head查看数据前6行预览:
head(mtcars)mpgcyldisphpdratwtqsecvsamgearcarbMazdaRX421.061601103.902.62016.460144MazdaRX4Wag21.061601103.902.87517.020144Datsun71022.84108933.852.32018.611141Hornet4Drive21.462581103.083.21519.441031HornetSportabout18.783601753.153.44017.020032Valiant18.162251052.763.46020.221031本质上是一个行为样本名,列为属性的数值表格。其实我们大部分的数据都是这种格式的文件,只需要使用read.table读入。
corrplot命令解释
可视化时,默认的方法为直接corrplot()可视化矩阵即可,如下:
示例中order按hclust聚类方式排序,addrect是添加分组矩形,可自定义分组类,类似于平时热图的kmean分组方式。用于表现研究对象可分类的特点,方便继续分类讨论或研究
corrplot(corr,method=c("circle","square","ellipse","number","shade","color","pie"),type=c("full","lower","upper"),add=FALSE,col=NULL,bg="white",title="",is.corr=TRUE,diag=TRUE,outline=FALSE,mar=c(0,0,0,0),addgrid.col=NULL,addCoef.col=NULL,addCoefasPercent=FALSE,order=c("original","AOE","FPC","hclust","alphabet"),hclust.method=c("complete","ward","ward.D","ward.D2","single","average","mcquitty","median","centroid"),addrect=NULL,rect.col="black",rect.lwd=2,tl.pos=NULL,tl.cex=1,tl.col="red",tl.offset=0.4,tl.srt=90,cl.pos=NULL,cl.lim=NULL,cl.length=NULL,cl.cex=0.8,cl.ratio=0.15,cl.align.text="c",cl.offset=0.5,number.cex=1,number.font=2,number.digits=NULL,addshade=c("negative","positive","all"),shade.lwd=1,shade.col="white",p.mat=NULL,sig.level=0.05,insig=c("pch","p-value","blank","n","label_sig"),pch=4,pch.col="black",pch.cex=3,plotCI=c("n","square","circle","rect"),lowCI.mat=NULL,uppCI.mat=NULL,na.label="",na.label.col="black",win.asp=1,...)
是不是有点多,功能实在太强大了,我们挑几个常用的说明。
corr:用于绘图的矩阵,必须是正方形矩阵,如果是普通的矩阵,需要设置is.corr=FALSE
type:展示类型,默认全显full,还有下三角lower,或上三角upper可选。
col:颜色设置,可设置颜色起、中、终点颜色。
diag:是否显示对角线值。因为对角线全为1,显示只是美观,实际意义不大
tl.cex:名称标签字体大小
tl.col:名称标签字体颜色
cl.lim:值域范围
addrect:设置分组数量,添加矩形
公众号只是信息传播和推荐的作用,让你知道什么东西可以干什么事。具体更深入的学习,作者的官方教程一般都是比较不错的教材,很少有人比作者更了解它的软件使用。
作者在CRAN上包主页的vignettes中提供了非常详细的图片教程,有几十种画法展示,简直像自选超市,大家需要哪种选哪种。
下面我只举几个粟子:
1.画上三角矩阵
2.图形和数值混合矩阵
文字看不清,可以设置文字为黑色和大小
corrplot.mixed(M,lower.col="black",number.cex=.7)3.修改颜色
4.图例标签控制
关闭图例和标签
还可以控制对角标签旋转45度
修改图例范围
5.显著性标记
还可设置不显著的空白,或显示p值;更可以利用此方法显示所有p值,或用*数量代表显示性
##leaveblankonnosignificantcoefficientcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig="blank")##addp-valuesonnosignificantcoefficientcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig="p-value")##addallp-valuescorrplot(M,p.mat=res1$p,insig="p-value",sig.level=-1)##starlevelcorrplot(M,p.mat=res1$p,insig="label_sig",sig.level=c(.001,.01,.05),pch.cex=.9,pch.col="white")6.画蓝色亮30天的变化
原理:生成一个1-15和15-1的30个数且每行10个的矩阵,利用corrplot可视,方法为饼形,矩阵为非对称,去除标签和图例,设置图例范围