上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家重点学科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质量控制中心等。消化科现有病床112张、内镜中心占地3400平方米、实验室面积1200平方米。消化科独立诊治的病种包括消化道出血、黄疸、腹水、胰腺疾病、食管肿瘤等。
消化内科是北京协和医院成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。消化内科的亚专业齐全、人才济济、临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心，在食管肿瘤等疾病方面处于领先水平。
上海长海医院消化内科为国家临床重点专科，军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科,是集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。目前学科共有3个病区，共133张床位，年门诊量22万例次，年住院收治7000余例次，年完成内镜诊治例数9万例次。深入开展胰腺肿瘤内镜微创治疗，ERCP、EUS等关键技术达到国际一流水平；国内率先开展早期食管肿瘤内镜微创治疗，为我国消化内镜技术普及和快速发展做出重要贡献。
空军军医大学西京医院消化内科是国家消化系统疾病临床医学研究中心（全国3个中心之首）、国家重点学科、国家临床重点专科、肿瘤生物学国家重点实验室、科技创新优秀研究群体所在单位，是世界胃肠病学会在中国的唯一培训中心，连续十年位居全国最佳专科声誉排行榜第一。科室在应激消化系统疾病、食管肿瘤、慢性肝病、胰腺肿瘤和炎症性肠病的诊治方面形成了鲜明的特色。
解放军总医院消化内科医学部是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。医学部包含消化内镜超级微创与修复（消化军事医学）、食管、胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室。在消化系统常见病,疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。
四川大学华西医院消化内科凭借高超的医疗技术和一流的专业服务享誉西南地区乃至全国，以诊治胃肠、肝病及胆胰疾病著称，是西南地区消化疑难重症诊治中心，是国家重点学科及卫生部临床重点专科。病房设立多个亚专业组，包括肝脏疾病组、胆胰疾病组、炎症性肠病组、消化道出血组、内镜微创治疗组及消化介入治疗组等，擅长胰腺肿瘤、食管肿瘤、胃部肿瘤等疾病的治疗。
首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点(培育)学科、北京市重点学科。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，多次承担国家“十一·五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金、卫生部公益性项目、国家科技部之国际合作项目、“九·五”攻关项目、北京市科委重点科研项目。
中山大学附属第一医院消化内科是国家临床重点专科，是全国消化内科及消化内镜专科医师培训基地、国家药物临床试验基地，近年来，逐渐成为医疗、教学、科研实力较强的学科，在全国乃至港澳地区及国际上均具有相当影响力和知名度。消化内科由消化病区、内镜中心、消化实验室及消化专科门诊组成，擅长食管、胃肠、胰腺肿瘤的综合治疗，总体实力达到国内先进水平。
南方医科大学南方医院消化内科为国家首批临床重点专科。2014年由广东省编制办批准设立南方消化病研究所。2015年入选广东省高水平大学重点建设学科。同时是国家药品临床研究基地专业科室、广东省“五个一科教兴医工程”重点专科、广东省首批重点专科、广东省胃肠疾病重点实验室、广东省胃肠疾病生物医学工程技术研究中心、广州市胃肠道早期肿瘤临床医学研究与转化中心，擅长食管癌、胰腺癌的化疗、放疗等。
复旦大学附属中山医院消化科是卫生部首批临床重点专科、卫生部专科医师培训基地、国家药品监督管理局中山医院临床药理基地单位、内科博士点和博士后流动站。科室在2019-2021年中国医学院校科技量值消化病学专科排行榜均居第三。除常见消化系统疾病外，还擅长食管、胰腺等良恶性肿瘤的治疗。