南阳市骨科医院关节科成立于1999年，是南阳市临床医学重点专科，在科室奠基人白金广院长、吕尚军院长的带领下，经过近二十年的发展，目前开设病床50张，年门诊量约2000人，年手术例数为600例，科室拥有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师1名，其中研究生学历3名，护理人员12名，其中主管护师2名，康复护士1名。
南阳市中医院独山院区（南阳市骨科医院）关节二科是中国中医科学院望京医院南阳医院重点科室、河南省医学骨科重点专科，南阳市骨关节病专科、医院重点临床科室之一。
南阳市骨科医院脊柱科成立于2007年，是豫西南地区最早单独设立的脊柱专科，南阳市临床医学重点科室。经过10余年的发展，目前开设病床50张;拥有主任医师2名，主治医师4名，住院医师2名;其中研究生学历人员3名。
南阳市骨科医院脊柱二科是豫西南地区最早成立的脊柱微创专科科室，是南阳市脊柱脊髓病重点实验室承接科室，河南省医学会脊柱微创分会委员单位。科室以开放手术为基础，以微创手术为特色，技术全面，实力雄厚。现开设床位40张。主任医师1名，副主任医师3名，主治医师3名，其中研究生学历人员3名，拥有椎间孔镜、UBE双通道内镜、椎间盘镜（MED）、可扩张脊柱微创通道、O臂透视机、术中导航、超声骨刀、3D打印室、等离子射频消融系统等设备。
南阳市中医院(独山院区)南阳市骨科医院脊柱三科，省级重点专科，南阳市中医骨伤专业委员会主任委员单位，南阳市中西医结合椎间盘诊疗中心骨干科室，南阳理工学院张仲景国医学院骨伤教研室。
下肢创伤科成立于2023年01月，前身为南阳市骨科医院创伤一科，主治骨与软组织肿瘤、骨坏死、骨髓炎、骨结核、骨折不愈合、骨不连及骨缺损、四肢畸形等疾病，为中医科学院北京望京医院河南省骨科医院等协作医院，并聘请省内外多名专家来科坐诊及网上会诊。
下肢创伤一科擅长治疗四肢创伤骨折、骨髓炎、骨病、骨结核、胸肋骨骨折等。对老年股骨转子间骨折、青少年骨骺损伤、骨盆骨折、胫骨平台粉碎性骨折、肩肘关节复杂骨折等治疗效果显著。
下肢创伤二科，是中国中医科学院望京医院南阳医院重点科室，河南省医学骨科重点专科，医院重点临床科室之一，西安红会医院、河南省洛阳正骨医院联盟单位，目前开放床位40张，拥有副主任医师4名，住院医师3名，中医副主任医师2名，中医研究生1名，人才梯队合理，突出中医特色。
上肢科创伤科疾病范围包括四肢骨干骨折、关节内骨折、骨缺损、骨不连、骨畸形愈合、关节僵硬，骨与软组织肿瘤，应用骨滑移（骨搬运）治疗骨髓炎和骨肿瘤切除后骨缺损等上肢创伤。
南阳市骨科医院足踝外科，首都医科大学北京同仁医院足踝外科矫形中心(合作诊疗中心)。主要从事足踝部的创伤、畸形、炎症、肿瘤、骨关节病、软组织的急慢性损伤等各种足踝部疾病的诊断和治疗。在足踝部各类畸形、创伤、肿瘤等治疗方面积累了丰富的经验。完成跟骨新鲜、陈旧性粉碎性骨折，踝关节复杂骨折、距骨缺血性坏死、创伤性踝关节炎手术近千例。
南阳市骨科医院急诊医学科成立于1984年，经过近40年的发展，已成为我院急诊急救的综合科室，承担着全市范围内的急诊急救任务。
显微手外1科，是豫西南地区最早成立显微手外专科，于20世纪80年代在本地区最早开展断指(肢)再植的科室，现有病床数30张，与上海华山医院、北京积水潭医院、华中科技大学附属协和医院，大连大学附属中山医院开展远程联合诊疗。
手外二科是豫西南地区公立医院中最早单独成立显微修复专科的科室，完成了地区内首例断肢再植。拥有医护人员16人，其中副主任医师两人，主治医师五人，人才梯队建设完善，技术力量先进，设备完善领先（拥有地区内唯一的高精度进口莱卡显微镜）。医生先后进修于北京积水潭医院、山东省立医院、齐鲁医院的手足显微专科，同时均与其建立了长久稳定的合作关系（远程会诊、来院义诊、手术等），团队拥有丰富的临床诊疗经验，目前是市级及医院的临床重点科室。科室目前开放床位40张，各种抢救设施齐全，可满足各类创伤疾病的医疗需求，保障各种急危重症的救治。科室以“精心、细心、热心、耐心”的医疗精神，为广大患者及家属提供贴心服务。
显微手外三科，与复旦大学附属华山医院、北京积水潭医院、上海六院开展远程联合诊疗。在科室奠基人白金广主任医师带领下，在全市率先开展了断肢（指、趾）再植、足趾移植手指再造、游离皮瓣移植术，开展此类手术数千例，积累了丰富的临床经验，技术上居国内领先水平。
科室开展糖尿病足、压疮（褥疮）、血管性溃疡、外科术后或外伤后创面（伤口）不愈合、放射性溃疡、疤痕性溃疡、骨髓炎（骨外露）伴窦道溃疡、肌腱外露等慢性体表创面的研究与治疗。
微创正骨科科室成立于2022年10月份。科室医护人员共计14人，其中主任医师1人，副主任医师2人，副主任护师1人，主治医师2人。
综合外科（前身是南阳市中医院七一院区微创外科，设微创外科腔镜治疗中心——南阳市微创外科腔镜治疗中心是经南阳市科委批准，省卫建委备案，集泌尿，普外微创治疗技术于一体的综合性治疗中心，下设泌尿组，普外组）
骨感染科诊疗范围：四肢骨干及关节内骨折、骨盆髋臼骨折、急慢性骨髓炎、感染性骨不愈合、关节感染、骨折内固定术后感染、骨与关节结核、骨与软组织缺损、骨不连、骨外露、骨肿瘤等。
南阳市骨科医院儿童骨科是河南省成立较早的儿童骨科专业科室之一。是以诊治儿童各型骨折和创伤的骨科专科。是南阳市残联唯一指定的矫形儿童各类先天骨骼畸形疾病的专业科室，南阳市临床医学重点专科。
小儿骨科治疗范围：小儿四肢骨折的微创治疗，小儿先天多指并指畸形的矫正，发育性髋关节脱位的系统治疗，ponseti（潘塞提）系列石膏方法治疗儿童先天性马蹄内翻足，8字钢板微创治疗儿童o型腿和X型腿，llizarov技术治疗肢体短缩畸形，最长延长12cm,脑瘫肢体畸形矫治，成骨不全和胫骨假关节等儿童疑难骨病，技术处于国内领先水平。
疼痛二科，前身为疼痛理疗科，创建于20世纪90年代，在医院领导的支持及兄弟科室的帮助下，于2022年10月成立了疼痛二科独立科室。现开放床位40张,医护人员10人,其中医生5人，护士5人。
康复科是国内开展较早的以骨科康复为专业的科室，是世界华裔骨科康复委员会成员，无痛康复应用中心授牌单位，南阳市康复医学会骨科康复分会主委单位，南阳市物理医学学会委员单位，MTT训练基地，骨科康复实习进修基地。
内科(老年病科)是以治疗心脑血管病、内分泌、呼吸、消化、骨质疏松、痛风等疾病为重点的综合科室。全科有医护人员二十多人，其中副主任医师一名，主治医师三名，住院医师一名，主管护师四名，护师六名，护士六名，开放床位二十余张，拥有多参数心电监护仪、除颤仪、遥测心脏监护、心电图机、床旁肺功能仪、注射微量泵、血糖仪、电动吸痰器、雾化吸入器、中频治疗仪、红光治疗仪等。