1.陆军军医大学附属第一医院（西南医院）
2.重医附一院
3.重医附属儿童医院
二、重庆主要的三甲医院
1.重庆西南医院
类别：三级甲等综合医院
擅长诊治：中医常见病和疑难杂症,泌尿外科疾病,神经外科疾病,感染性疾病,消化内科疾病,检验,骨科疾病,肝胆外科疾病,心血管内科疾病,妇产科疾病,呼吸内科疾病,整形外科,眼科疾病,胸心外科疾病,普通外科疾病,康复理疗,烧伤科疾病
2.重医一院
擅长诊治：麻醉,内分泌疾病,器官移植,肿瘤疾病,心血管疾病,产科疾病,神经内科疾病,神经外科疾病,胸外科疾病,检验,耳鼻喉科疾病,医学影像,呼吸内科疾病,辅助生殖技术,老年疾病,眼科疾病,重症医学,普通外科疾病,无痛技术,微创介入治疗,临床护理,传染病
3.重庆大坪医院
擅长诊治：急危重症,微创介入治疗,严重创伤
4.重医附二院
擅长诊治：病毒性肝炎,肝病,心律失常,微创外科手术,感染,神经内科疾病,心血管疾病,呼吸内科疾病,肾脏病,肝胆外科疾病,内分泌疾病,老年病,消化内科疾病,神经外科疾病,皮肤病,妇产科疾病,肿瘤疾病,甲状腺乳腺疾病,康复理疗,超声影像学
5.重庆新桥医院
擅长诊治：呼吸内科疾病,心血管内科疾病,心血管外科疾病,骨科疾病,泌尿外科疾病,神经外科疾病,普外科疾病,肝胆外科疾病,胸外科疾病,整形外科
6.重庆儿童医院
类别：三级甲等专科医院
擅长诊治：小儿急救,小儿哮喘,危重新生儿抢救,早产儿的救治,儿童营养咨询,小儿创伤,儿童五官保健,儿童保健与发育行为,小儿康复治疗,小儿危重症
7.重庆市中医院
擅长诊治：肿瘤疾病,肾病,妇科病,针灸,神经内科疾病,皮肤科疾病
8.重庆市肿瘤医院
擅长诊治：中医肿瘤,头颈肿瘤,乳腺肿瘤,乳腺疾病,子宫颈癌,肿瘤放射治疗
9.重庆市第二人民医院
10.重庆市涪陵中心医院
擅长诊治：神经外科疾病,肝胆外科疾病
11.重庆市口腔医院
擅长诊治：牙体牙髓病,牙周粘膜疾病,口腔颌面外科,口腔修复,口腔正畸,儿童口腔疾病,牙种植
12.重庆武警医院
擅长诊治：神经内科疾病,优生优育,创伤救治
13.重庆市三院
擅长诊治：老年病,耳鼻喉科疾病,眼科疾病,肾内科疾病,普外科疾病,心血管内科疾病,检验,放射诊断
14.重庆九院
擅长诊治：全科医疗,儿科疾病,急危重症,儿童孤独症,血液净化,食管疾病,风湿病,情志病
15.重庆三峡中心医院
擅长诊治：治未病,康复医学,神经系统疾病,男科疾病,肛肠病,妇产科疾病,儿科疾病,急诊医学
16.重庆市急救医疗中心
擅长诊治：妇产科疾病,心内科疾病,神经外科疾病,屈光矫正,皮肤性病,创伤急救
17.重庆五院
擅长诊治：脑卒中,小儿哮喘
18.重庆市江津区中心医院
擅长诊治：儿科疾病,临床麻醉,呼吸内科疾病,泌尿外科疾病
三、重庆有哪些三甲医院入围前100强
根据复旦大学医院管理研究所2020年公布的全国医院综合排名，重庆共有5所三甲医院入围前100强，分别是西南医院（25名）、重医附一院（56名）、重医附属儿童医院（58名）、新桥医院（85名）、重医附二院（98名），这在一定程度上体现了重庆医疗实力，而这些实力离不开来自于市内不同院校的支撑。