医疗工作（疑难感染性疾病的诊治）：病房收治的疑难病例中主要包括不明原因的发热待查住院病例（300例/年），中枢神经系统感染住院病例（30例/年），AIDS门诊新病例和住院病例（50例/年）及其他各种病因的感染病例。病房年收治病人数约为450人次；病床使用率为99.2%；门诊工作量（包括肝炎门诊）近20,000人次；临床实验室承担全院有关传染病血液标本（包括肝炎病毒核酸PCR检测、T淋巴细胞亚群、莱姆病抗体及结核特异的淋巴细胞培养+干扰素测定的检测工作。
呼吸内科是由我国已故知名呼吸病学专家-朱贵卿教授创建的、具有悠久历史的学科专业，是我国较早成立的呼吸科专业科室之一，是我国优异的呼吸科学临床和研究中心及呼吸疑难病诊治中心，拥有众多的我国呼吸专业的老前辈或知名教授。朱贵卿教授、罗慰慈教授、朱元珏教授、黄席珍教授、林耀广教授、李龙芸教授、蔡柏薔和陆慰萱教授等都曾或正在这里执教和工作。
目前内分泌科现有工作人员79人，其中工程院院士1名，教授7名、副教授7名，主治医师18名，住院医师2名；研究员1名、副研究员4名，研究实习员1名，副主任技师1名，主管技师8名、技士1名，中级职称管理人员1名，主管护师9名、护士18名。目前病房有床位66张。在医疗方面内分泌科每年门诊诊治来自国内外的患者10万人次左右，每年收住院1300人次左右。许多疑难重症患者在这里得到了正确诊治，为此国际知名的内分泌学家J.D.Wilson教授特别撰文称：“北京协和医院，一座蕴藏内分泌财富的殿堂”，发表在国际知名学术期刊（JClinEndocrinolMetab1992）上。我科是国内目前分支学科较全面的内分泌学科，设有糖尿病、垂体、甲状腺、肾上腺、内分泌高血压、代谢性骨病和肥胖7个研究组。内分泌科学术梯队合理、阵容强大。多年来内分泌科在科研上取得了丰硕的成果，每年有50余篇科研论文发表，曾获得国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项和多项卫生部科技奖励。
神经科成立于1921年，光阴似箭，岁月如梭，历经90余载风雨，北京协和医院神经科已经成为全国久负盛名的神经专科，科室专业设置齐全，技术力量雄厚，是国内较早的神经病学专业博士、硕士学位授予点及博士后工作站之一。在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领跑地位。现拥有11个专业组（临床神经生理、脑电图与癫痫、痴呆与认知障碍、脑血管病、帕金森及运动障碍、神经病理、神经肌肉病、感染与脑脊液细胞学、神经免疫、神经遗传和睡眠），开设9个特色门诊（神经肌肉病门诊、肌张力障碍和肉毒毒素治疗门诊、帕金森病和老年痴呆门诊、癫痫门诊、脑血管病门诊、运动神经元病、重症肌无力门诊、多发性硬化门诊和头痛门诊等），为广大患者提供高水平的医疗服务。
1979年肾脏病在中国作为一个崭新的学科才刚刚起步,毕增祺教授有远见的创立了北京协和医院内科肾脏病专业组，成为中国较早的肾脏内科之一。1980年起建立了肾脏病实验室和血液透析室。九十年代初期，一批年轻的学者从海外学成归来，为肾脏病临床、教学和研究注入了新的活力和发展契机。1993年北京协和医院内科肾脏病专业组和其他各专业组一样，都改为学科即肾脏病科，同时成立了血液净化中心。90年代后期，多位博士、硕士研究生毕业，并相继赴美国、欧洲、澳大利亚和日本完成博士后训练或进修归来，使得肾内科更具生机和活力。经过近30余年艰苦创业，协和肾内科已逐步发展成为现代化的肾脏病诊疗中心，包括肾脏病门诊、病房、血液净化（包括腹膜透析）中心、和肾脏病实验室。
消化内科有着悠久、辉煌的历史，1933年张孝骞教授创建了消化专业，20世纪70年陈敏章教授创建了消化内镜中心，继20世纪60年代成立硕士生培养基地，先后成立博士生培养点（1982）和博士后流动站，2000年以单学科（16医生）挺进/荣获教育部重点专科（其中消化领域共5家，其余4家均为联合申请）至今，2006年仍然以单学科成功卫冕教育部重点专科；2011年再次成为卫生部重点学科之一。协和消化内科有完善的科室发展规划，在临床工作中严格执行医院ISO9001质量认证。依托医院综合平台，在大内科、免疫内科、基本外科、内分泌科、放射科、病理科、核医学科、超声科等兄弟科室的大力支持下，使得我科医疗水平、诊治能力进一步向前推动。
协和医院心内科具有悠久的历史。早在中华人民共和国成立初期，由黄宛教授和方圻教授组建了协和医院内科心组，率先在国内开展了心血管专科的临床和研究工作。50年代初期，黄宛教授等从修复三导联的弦线心电图机开始到制造出十二导联心电图机，为心电图在我国的普及做出了巨大的贡献。50年代末期，在黄宛和方圻教授的领导下，心组在国内率先开展了右心导管和血液动力学监测。在1958年北京阜外医院成立初期，黄宛、方圻、陈在嘉、吴宁教授等由协和医院心组调往阜外医院，为我国心血管专科医院的创立做出了贡献。
血液科具有悠久的历史，是我国现代血液学的先驱者，也是我国培养血液学专业人才的较早基地。1932年北京协和医学院内科率先在我国建立了一个血液学专业实验室，并于1934年建立血液内科专业组。1980年成立大内科建制下的血液内科。1981年经教育部批准为博士生培养基地。1990年被国家教委认定为血液学国家重点学科点（与医科院血液学研究所联合）。1992年成为博士后流动站。2006年被卫生部及北京市批准为首批血液内科专科医师培训基地。血液科自建立专业组起即清醒地认识到血液学专业组是大内科中的一员，是综合性医院的一个重要组成部分。我们的临床工作重点要面向全内科、面向全院，即要研究原发的血液病，也要重视研究其他专业患者面临的各种血液学问题，这就是北京协和医院血液科的特色和长期努力的方向。
泌尿外科始建于二十世纪四十年代。50年代由老一辈医学家虞松庭、吴阶平、施锡恩创建了一定规模的专科。60年代至80年代刘国振、吴德诚、臧美孚等专家教授将其发展成为国内知名的泌尿外科专业科室。在协和“严谨、求精、勤奋、奉献”院训的激励下，经过几代人数十年的努力，目前已发展建设成为国内优异的具有肾上腺外科、腔道微创外科、肾移植、泌尿系肿瘤、普通泌尿外科、男科学等专业领域的科室。
乳腺疾病是妇女中的常见病，乳腺癌在我国城市地区已占女性各类肿瘤发病率的一位，是严重危害广大妇女健康及生命的恶性肿瘤。北京协和医院乳腺专业组，是在20世纪80年代由我国外科奠基人之一曾宪九教授提议，并在他的支持和帮助下成立的，黄汉源教授任专业组长。在黄汉源教授的领导下，乳腺专业组不断发展壮大，创造了良好的社会效益和经济效益，为了更好的为病人服务和学科的发展，在医院领导的关心和支持下，2006年2月将乳腺专业组扩大为北京协和医院乳腺外科，孙强教授任主任。
整形外科始建于1952年，由中国整形外科创始人之一的宋儒耀教授担任主任。1957年整形外科脱离协和医院，历经扩建、迁移及解散。60年代末，北京协和医院恢复整形外科，仍由宋儒耀教授领衔。1979年，再次脱离协和医院，扩建为整形外科医院。为与国际接轨，提高综合实力，创建较高级水平的综合医院，北京协和医院于2003年再次恢复整形外科。目前为中华医学会整形外科分会常委及中国康复医学会修复重建外科分会常委所在单位，国家整形外科重点专科单位。现任主任王晓军教授。
进行了子宫内膜异位症的发病机制和临床治疗；女性盆底功能障碍性疾病的基础与临床研究；广泛深入的开展了妇科内窥镜和微创手术的临床研究；宫颈病变的规范化治疗，首先应用薄层液基细胞学技术、TBS报告系统和HC-II检测HPV进行宫颈病变的筛查；提出宫颈病变诊断的“三阶梯”模式；深入的探讨宫颈锥切在诊治宫颈上皮内瘤变的价值。