中山医院开业于1937年，设有除儿科以外的所有科室，综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。腹部外科、骨科、介入放射、麻醉科、超声诊断和中西医结合等科室以及十余个临床医疗诊治中心皆颇具特色。
地址：上海市枫林路180号
复旦大学附属华山医院
华山医院共设39个临床医技科室，其中拥有国家级重点学科10个——神经外科、手外科、神经病学、传染病学、中西医结合临床、泌尿外科、肾病科、心血管科、影像医学和核医学、普外科；国家临床重点专科16个——骨科、重点实验室（手功能重建实验室）、专科护理、重点实验室（抗生素研究所）、检验科、神经外科、手外科、内分泌科、中医科（肺病）、神经内科、皮肤科、泌尿外科、肾病科、外科、消化科、中医科（老年病）；上海市临床医学中心2个——神经外科、手外科。华山医院还引进许多国际先进的医疗仪器设备，如高清PET/CT、射波刀、3.0术中磁共振、伽玛刀、256层CT等一大批高精尖仪器，使华山医院医疗设备达国内领先，接近国际先进水平。
地址：上海市乌鲁木齐中路12号
复旦大学附属儿科医院
地址：上海市闵行区万源路399号
复旦大学附属妇产科医院
妇产科医院创建于1884年，集妇科、产科、中西医结合科、计划生育科、新生儿科、乳腺科、妇产科研究所、上海市中西医结合月经病诊疗中心、上海市女性生殖内分泌疾病诊疗中心、上海市集爱遗传与不育诊疗中心、上海市妇科临床质控中心、卫生部妇科四类内镜诊疗技术培训基地等于一身。
地址：上海市方斜路419号、沈阳路128号
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
眼耳鼻喉科医院创建于1952年，是全国唯一一所集眼科和耳鼻喉科医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院。医院眼科和耳鼻喉科均是国家教育部重点学科，还是国家临床重点专科，医教研水平处于国内领先地位。医院第二冠名上海市五官科医院。
地址：上海市徐汇区汾阳路83号，宝庆路19号上海市闵行区江月路2600号
复旦大学附属肿瘤医院
肿瘤医院创建于1931年，是国内历史悠久、享有盛誉的肿瘤专科医院。设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、腹外科、泌尿外科、妇科、化疗科、放射治疗科、中西医结合科、姑息治疗科、麻醉科、放射诊断科、医学检验科、药剂科、内窥镜科、病理科、超声诊断科、核医学科等临床及医技科室。
地址：上海市东安路270号
复旦大学附属华东医院
华东医院成立于1951年，以干部医疗保健为重点，老年医学为特色，拥有胆胰外科中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心、泌尿外科疾病诊治中心、消化内镜中心、老年医学中心、肿瘤诊疗中心、骨质疏松防治研究中心、影像医学中心、特需医疗中心等特色医疗中心，对心脑血管病、呼吸系统疾病、消化系统疾病、泌尿系统疾病、骨质疏松症、多脏器功能衰竭及肿瘤等疾病的诊断、治疗和抢救积累了丰富的经验。
地址：上海静安区延安西路221号
复旦大学附属上海市公共卫生临床中心
上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心是复旦大学附属三级甲等医院，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、重症肝炎、肝硬化、伤寒、乙型脑炎、流行性出血热、流行性脑脊髓膜炎、化脓性及结核性脑膜炎、肠道传染病、艾滋病、破伤风、狂犬病、性病、肺结核、传染性非典型性肺炎等各种法定传染病。在重症肝炎、妊娠肝炎、中枢神经系统感染和艾滋病治疗等方面颇具特色。
地址：上海市金山区漕廊公路2901号
复旦大学附属上海市第五人民医院
上海市第五人民医院创建于1904年，现有38个临床医技科室，并逐步形成了多层次的特色专科，泌尿外科、内分泌科列入上海市医学重点专科建设项目；上海市中医临床优势专科中医科（肺病科）、上海市中西医结合重点病种建设项目肾内科（糖尿病肾病）在建中。2012年医院成功创建全国综合性医院中医药工作示范单位，中医科被列为上海市中医优势学科。九个专业获得国家药物临床试验机构资格认定，检验科获ISO15189实验室资质。2016年4月22日，华山医院与闵行区卫计委、市五医院签订三方合作框架协议，“华山—五院—闵行”医疗联合体正式成立。医院连续11届荣膺“上海市文明单位”称号。
地址：上海市闵行区瑞丽路128号
复旦大学附属金山医院
金山医院是一所专业科室设置齐全、医疗设备先进，集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院。在职业病科、烧伤整形科、神经外科、心血管内科、耳鼻喉科等方面具有独特优势。医院拥有直线加速器等百余台大型先进医疗设备。
地址：上海金山区龙航路1508号
复旦大学附属浦东医院
医院依托复旦、牵手华山，积极打造血管外科、骨科、消化内科、神经内外科、皮肤科等优势学科；重点推进急救创伤、腔道微创、脑卒中防治、糖尿病外科等学科建设，加快医学科研与创新中心建设。
地址：上海市浦东新区惠南镇拱为路2800号
复旦大学附属静安区中心医院
静安区中心医院是一所二级甲等综合性医院，是上海市首家绿色医院。医院设有临床及医技科室47个，目前医院有国家级重点专科1个（针灸科）、上海市重点专科6个（手及上肢外科、内分泌科、消化内科、中医骨伤科、心内科、神经内科）、静安区重点学科2个（心血管内科、护理学科）、静安区特色专科4个（神经内科、肾内科、中医内科、放射科；陆氏伤科被列为静安区非物质文化遗产，董氏儿科是上海市中医流派传承基地；内科、外科、影像科为首批上海市住院医师规范化培训教学基地。
地址：上海市西康路259号（新闸路口）
复旦大学附属闵行医院
医院于1995年成为二级甲等综合性医院。医院有上海市医学重点专科3个，区特色专科11个；医院科室设置齐全，现有临床、医技科室38个。
地址：上海市闵行区莘松路170号
复旦大学附属精神卫生中心（筹）
闵行区精神卫生中心是一所承担着辖区精神疾病患者的治疗、康复及社区管理任务的二级专科医院，设有精神科门诊、心理咨询门诊、病房和阿片类物质成瘾社区药物维持治疗门诊。
地址：上海市闵行区闸航路2500号（门诊部地址：上海市闵行区莘庄疏影路578号）
复旦大学附属青浦区中心医院
青浦区中心医院是一家三级乙等综合医院。医院设有31个临床科室，11个医技科室，其中，急诊医学科和骨科为市级重点专科，呼吸内科、血管外科、病理科、放射科为区重点学科。
地址：上海市青浦区公园东路1158号
复旦大学附属口腔医院
口腔医院是一所集医疗、教学、科研、口腔公共卫生为一体，以医防融合为特色的三级甲等口腔专科医院。自20世纪50年代起，受上海市卫生和计划生育委员会的委托，指导全市口腔疾病预防工作，拥有全国最完整的口腔公共卫生三级防治网络。
地址：上海市北京东路356号
复旦大学附属徐汇医院
复旦大学附属徐汇医院（筹）创建于1934年，是第四届全国文明单位，国家药物临床试验机构，创建了上海首家互联网医院-“徐汇云医院”。心内科、普外科、内镜中心、康复科、中医科等特色优势明显，泌尿外科、骨科、麻醉科、急诊、药学、消化内科、神经内科等综合实力达到同级同类医院先进水平。