耳鼻咽喉头颈外科是首都医科大学附属北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，现为卫生部国家临床重点专科、教育部国家重点学科。2002年，耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心，耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室、WHO防聋合作中心、北京市人工听觉技术生物工程中心、国家生命科学与技术人才培养基地—北京市耳鼻喉科学院等均落户本中心。耳鼻咽喉头颈外科下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科。
中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科先后被国家和军队评定为全军耳鼻咽喉专科中心、全军耳鼻咽喉研究所、全国首批国家重点学科、军队重点实验室、聋病防治国际合作研究基地、聋病防治北京市重点实验室、国家耳鼻咽喉疾病临床研究中心，是硕士、博士学位授予单位和博士后流动站，是国家973项目首席科学家单位。医学部设耳显微外科、耳神经颅底外科、耳内镜外科、头颈创伤外科、头颈肿瘤科等9个亚专科。
北京协和医院耳鼻咽喉科为国家临床重点专科，已连续4年进入复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜四强。现有普通病房病床数46张，特需病房床位10张，分设耳科学组、鼻科学组、咽喉头颈学组。另设有人工耳蜗中心、助听器中心、新生儿听力筛查诊治中心、临床听力学实验室、颞骨颅底显微外科解剖及技术实验室和耳聋基因筛查实验室。
中山大学附属第一医院耳鼻咽喉科室国家医学重点学科、广东省重点学科，是我国华南地区规模最大、专业设置最齐全、医教研综合实力最强的耳鼻咽喉专科。学科拥有国内一流的医疗、科研和教学人才梯队，拥有设备先进的硬件设施，现分设耳专科、鼻专科、咽喉专科以及变态反应专科，具有强大的技术实力，在国内、甚至海内外都具有自身的技术优势和特色，如功能性内镜鼻窦微创手术完成病例数继续保持国内首位；国际首创经鼻内镜眼眶肿物切除术、侧颅底岩尖部肿物切除术等。
上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科下设耳神经颅底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉头颈外科及听力中心等亚专业，核定床位120张，年手术量达3000台以上，是上海市耳鼻咽喉科学住院医师/专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、上海市人工耳蜗植入定点医院、上海市儿童听力障碍诊治中心。科室现有五个病区，分别是一病区耳神经颅底外科、二病区鼻和鼻畸形及综合外科、三病区咽喉-头颈外科（北部）、听力中心和耳科学研究所。
华中科技大学附属协和医院耳鼻咽喉科是卫生部-湖北省共建“211工程”重点学科，现有“耳显微及耳神经侧颅底外科”、“耳内科”等6个三级学科，以及“耳聋及眩晕诊疗中心”、“过敏性鼻炎及变态反应疾病诊疗中心”等5个临床专病诊疗中心。并建有耳鼻咽喉科学研究所，下设“内耳形态与超微病理研究室”、“聋病遗传与分子生物学研究室”、“耳发育与细胞生物学研究室”、“等9个研究室。
上海交通大学附属第六人民医院耳鼻咽喉头颈外科，是国家临床重点专科、上海市“重中之重”重点学科，上海市睡眠呼吸疾病重点实验室、上海交通大学耳鼻咽喉科研究所。学科分设耳科、鼻科和咽喉头颈外科三个亚学科，附设上海市听力测试中心、鼾症诊治中心、上海交通大学眩晕疾病诊治中心。学科在2019年复旦大学医院管理研究所“最佳专科声誉排行榜”位列全国第七位；北京大学“中国最佳临床学科评估”排行榜位列全国第十位；中国医学科学院“医院科技影响力”专科科技影响力排行榜位列全国第八位。
山东省耳鼻喉医院是山东省首批重点专科医院，现为国家卫健委临床重点专科、山东省重点学科，是国家首批人工耳蜗植入定点医院、山东省耳鼻咽喉与头颈外科临床医学中心、新生儿听力筛查省级诊治中心，是具有全国辐射力和一定国际影响的国内少数几家大型耳鼻喉专科医院之一。医院设立15个独立的专业学科,在解决耳鼻咽喉头颈外科疑难复杂危重疾病方面开展了许多创新性工作。其中，耳神经侧颅底外科、头颈外科、眩晕疾病科入选山东省临床精品特色专科。
中南大学湘雅医院耳鼻咽喉头颈外科是中南大学湘雅医院传统的重点学科，是国内最早的博士学位授予点之一，是博士和博士后招生单位。现为国家卫健委临床重点专科、教育部国家重点学科。现拥有耳鼻咽喉头颈外科下设耳科学、鼻-颅底外科学、咽喉嗓音科学和头颈外科学等四个亚专科，是中南地区规模最大的耳鼻咽喉头颈外科中心之一，学科排名和学术声誉一直稳居全国前十。